凡纳滨对虾ATG13基因克隆及其功能分析

【目的】克隆凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)自噬相关基因13(ATG13),并分析凡纳滨对虾ATG13基因的组织表达特征及其在外源刺激后的表达变化,为探究ATG13基因在凡纳滨对虾抗病原感染过程中的作用机制提供理论依据。【方法】采用PCR扩增凡纳滨对虾ATG13基因,通过ProtParam、Softberry、SMART、InterProScan等在线软件进行生物信息学分析,并以实时荧光定量PCR检测凡纳滨对虾ATG13基因的组织表达特征及其在哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)和Poly(I:C)刺激后的表达变化。【结果】凡纳滨对虾ATG13基因开放阅读框(ORF)为1431 bp,共编码476个氨基酸残基;凡纳滨对虾ATG13蛋白相对分子量为52.4 kD,理论等电点(pI)为5.40,属于疏水性蛋白,不存在信号肽,但其N末端存在1个ATG13功能域(第94~167位氨基酸处)。凡纳滨对虾ATG13氨基酸序列与果蝇(Drosophila melanogaster)ATG13氨基酸序列的相似性高达97%,基于ATG13氨基酸序列相似性构建的系统发育进化树也显示凡纳滨对虾与果蝇的亲缘关系最近。ATG13基因在凡纳滨对虾肝胰腺、肌肉、鳃、中肠、血细胞、心脏、脑和皮肤等组织中均有不同程度的表达,以肝胰腺中的相对表达量最高,其次是肌肉和中肠,在皮肤和血细胞中的相对表达量较低。经哈维氏弧菌和poly(I:C)刺激后,凡纳滨对虾ATG13基因在肝胰腺、中肠和鳃组织中的相对表达量整体上呈先上升后下降的变化趋势,且在刺激后12、24或48 h达最高值,极显著高于对照组(PBS)(P<0.01)。【结论】受哈维氏弧菌或poly(I:C)等外源刺激后,凡纳滨对虾通过上调自噬相关基因ATG13表达以调控机体清除受损的细胞器和维持细胞稳态,即ATG13基因参与凡纳滨对虾抗病原感染的响应过程。

1例足月小样儿15q11-q13基因缺失变异至Prader-Willi综合征

1病史及临床特征患儿女,10 d,因“反应低下10 d”就诊于湖北医药学院附属十堰市人民医院新生儿科,患儿系第3胎第2产,试管婴儿,孕38+5周剖宫产出生,出生时羊水清亮、量中,1 min及5 min Apgar评分均为10分,无抢救病史,脐带、胎盘、胎膜未见明显异常,出生体重2.43 kg。生后家长发现患儿喂养困难,吸吮力弱,体形瘦小,反应差,少哭少动,于当地妇幼保健院就诊,住院10 d,患儿病情好转不明显,遂转入本院。患儿父母非近亲结婚,均否认家族遗传病史,其母孕期行规律产检,胎动少。

慢性乙型肝炎中医证型与HLA-DR13基因、基本核心启动子突变及T细胞亚群变化的相关性研究

目的探讨慢性乙型肝炎中医临床各证型与HLA-DR13基因、基本核心启动子(BCP)突变(即A1762T/G1764A)及T细胞亚群变化的相关性。方法 102例乙型肝炎患者按中医辨证分型分为肝胆湿热、肝郁脾虚、肝肾阴虚、瘀血阻络及脾肾阳虚证型5种,设30名健康人为正常对照组。实时荧光定量PCR检测血液中的乙肝病毒核酸定量(HBV-DNA)水平及HLA-DR13基因,流式细胞仪检测T淋巴细胞CD4+、CD8+表达,测序法检测样本血清BCP变异,ELISA方法检测乙肝病毒e抗原,并分析各证型客观指标的相关性。结果 HBV-DNA定量结果各证型之间差异均无统计学意义(P>0.05);HBe Ag阳性率各组间比较,肝郁脾虚型HBe Ag阳性率高于与其他各证型(P<0.05),即肝郁脾虚型>肝肾阴虚型>瘀血阻络型>肝胆湿热型>脾肾阳虚型。与正常对照组比较,脾肾阳虚型CD3+及CD3+CD4+值明显降低(P<0.05),肝胆湿热型及脾肾阳虚型CD3+CD4+/CD3+CD8+值亦降低(P<0.05),各证型CD3+CD8+值差异均无统计学意义(P>0.05)。HLA-DR13基因定量与正常对照组比较,肝郁脾虚型和肝肾阴虚型组降低(P<0.05);BCP突变以肝肾阴虚型阳性率高于其他各证型,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 HLA-DR13和BCP检测结果可作为临床慢性乙型肝炎中医辨证分型的参考指标。

沉默PRR13基因对结直肠癌细胞增殖和凋亡的影响及其可能机制

目的探讨沉默富脯氨酸多肽13(PRR13)基因对结直肠癌细胞增殖、凋亡的影响,并基于自噬相关蛋白、免疫细胞相关因子和Wnt/β⁃连环蛋白信号通路探讨其可能的作用机制。方法(1)检测正常人结直肠上皮细胞(FHC细胞)及人结直肠癌细胞(HCT116细胞、HT⁃29细胞、LS174T细胞、SW480细胞、SW620细胞、LoVo细胞和HR⁃8348细胞)的PRR13 mRNA表达水平,选择表达水平最高的人结直肠癌细胞进行后续实验。(2)将HR⁃8348细胞分为对照组、空载体组、PRR13⁃小干扰RNA(siRNA)组、IWR⁃1组、PRR13⁃siRNA+IWR⁃1组。不给予对照组任何干预,给予空载体组转染阴性对照siRNA,给予PRR13⁃siRNA组转染PRR13⁃siRNA,给予IWR⁃1组Wnt/β⁃连环蛋白信号通路抑制剂IWR⁃1干预,给予PRR13⁃siRNA+IWR⁃1组转染PRR13⁃siRNA并给予IWR⁃1干预。检测各组的PRR13 mRNA表达水平、细胞存活率、细胞凋亡率、γ⁃干扰素水平、白细胞介素(IL)⁃4水平,以及微管相关蛋白1轻链3Ⅱ(MAP1LC3Ⅱ)、Beclin 1蛋白、β⁃连环蛋白、糖原合成酶激酶3β(GSK⁃3β)蛋白、Wnt11蛋白的表达水平。结果(1)除SW620细胞外,其他6种人结直肠癌细胞的PRR13 mRNA表达水平均高于人结直肠上皮FHC细胞,且HR⁃8348细胞中的PRR13 mRNA表达水平高于其他人结直肠癌细胞(P<0.05)。(2)与对照组及空载体组相比,其他3组的PRR13 mRNA表达水平、细胞存活率、IL⁃4水平降低,MAP1LC3Ⅱ蛋白、Beclin 1蛋白、β⁃连环蛋白、GSK⁃3β蛋白、Wnt11蛋白表达水平下调,细胞凋亡率及γ⁃干扰素表达水平升高(P<0.05)。与PRR13⁃siRNA组及IWR⁃1组相比,PRR13 siRNA+IWR⁃1组上述指标的改变更为明显(P<0.05),但PRR13⁃siRNA组及IWR⁃1组的上述指标差异并无统计学意义(P>0.05)。结论沉默PRR13基因可抑制结直肠癌细胞活性,促进其凋亡,其机制可能与调控Th分化、抑制自噬相关蛋白活性及Wnt/β⁃连环蛋白信号通路激活有关。联合沉默PRR13基因与抑制Wnt/β⁃连环蛋白信号通路,或许可更好地发挥抗结直肠癌的作用。

基因HLA-DR13表达及BCP突变与HBV感染后临床转归的相关性研究

目的探讨宿主基因HLA-DR13、T细胞亚群及病毒基因BCP(基本核心启动子)A1762T/G1764A突变与乙型肝炎病毒感染后临床转归的关系。方法实时荧光定量PCR检测急性肝炎、慢性肝炎、携带者、肝硬化、肝癌及自动清除(对照)组血液中的HBV-DNA及白细胞HLA-DR13基因水平,流式细胞仪检测T淋巴细胞CD4+、CD8+表达,测序法检测样本BCP变异,ELISA方法检测乙肝病毒e抗原并分析各因素对临床结局的影响。结果 HLA-DR13定量结果以自动清除组值最高,与急性组和肝癌组比较有显著性差别(P=0.027,0.049,P<0.05);CD4+及CD4+/CD8+百分率:肝硬化和肝癌组与对照相比有显著性差别(P=0.003,0.000,0.025,0.006,P<0.05),慢性组和携带组无显著性差别(P>0.05);CD8+百分率:肝癌组与其它5组比较均有显著性差别(P=0.013,0.012,0.024,0.010,0.009,P<0.05);BCP百分率:急性组和携带者组与其它3组相比较有显著性差别(χ2=36.117,P<0.05);HBV-DNA定量结果以急性肝炎组最高,肝硬化组最低,各组之间相比较有显著性差别(F=16.909,P=0.000,P<0.05);HBeAg阳性率:急性肝炎组与其它4组相比较有显著性差别(χ2=94.590,P<0.05)。结论 HLA-DR13基因表达水平与HBV感染后急性发病和肝癌结局呈负相关,BCP与急性发病及携带者结局呈正相关,联合检测宿主自身免疫因素与病毒因素有利于HBV患者的临床诊治。

大豆核因子GmNF-YA13基因的克隆及功能分析

【目的】探究大豆核因子GmNF-YA13基因在大豆应对非生物胁迫中的生物学功能,为GmNF-YA13基因在抗逆育种中的应用奠定基础。【方法】以大豆北豆9号和烟草NC89的种子为供试材料,将大豆培养至第一片三出复叶展开后,分别进行干旱、高盐、低温和脱落酸(ABA)处理,通过实时荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)对GmNF-YA13在以上4种非生物胁迫下的相对表达量进行检测,并对GmNF-YA13进行克隆及生物信息学分析,将GmNF-YA13转化烟草,并对转基因烟草中抗逆相关基因(NtABA2、NtOsmotin、NtAPX2、NtSOD、NtCAT1和NtCaMK3)的表达量进行qRT-PCR检测。【结果】干旱、高盐、低温和ABA处理均能不同程度诱导GmNF-YA13的表达,其中干旱胁迫和ABA处理对GmNF-YA13的诱导效果尤为显著。GmNF-YA13位于大豆基因组13号染色体,开放阅读框915 bp,编码含有304个氨基酸的蛋白质,该蛋白质分子量75.14 ku,等电点5.10。GmNF-YA13蛋白序列包含一个保守的DNA结合结构域。蛋白系统进化分析结果表明,GmNF-YA13与GmNF-YA7和拟南芥AtNF-YA1亲缘关系较近。启动子顺式作用元件预测分析结果表明,GmNF-YA13启动子区含有3个ABA响应元件ABRE、1个厌氧诱导元件ARE、1个防御和胁迫反应元件TC-rich repeats及1个干旱诱导的MYB转录因子结合位点MBS。GmNF-YA13在大豆叶片中的相对表达量最高。同时构建GmNF-YA13植物表达载体,并将GmNF-YA13转化烟草,获得3株转基因烟草植株。转基因烟草中抗逆相关基因表达量检测结果显示,转基因烟草中的NtABA2、NtOsmotin和NtAPX2相对表达量均显著高于野生型烟草,转基因烟草中NtSOD、NtCAT1和NtCaMK3的相对表达量与野生型烟草差异不显著。【结论】GmNF-YA13与大豆干旱、高盐、低温等非生物胁迫之间关系密切,GmNF-YA13可能通过促进抗逆相关基因表达量的升高以提高转基因烟草的抗逆性。

miRNAs-MUC 13调控体系中与仔猪腹泻有关的基因与通路

为研究microRNAs-Mucin 13(miRNAs-MUC 13)调控体系中与仔猪腹泻相关的分子调控机制,对miRNAs-MUC 13调控体系中与仔猪腹泻有关的基因与通路进行了发掘与验证。用NCBI的blastn工具比对了小鼠MUC 13基因和猪基因库中的核酸序列,发现两者的相似性在74%~87%,同源性较高。以小鼠为模型,选择miRDB、mirTarBase、TargetScan数据库预测调控MUC 13基因的miRNA序列,通过StarBase数据库预测这些miRNA序列的靶基因,得到36个靶基因交集。用Cytoscape软件围绕MUC 13和这36个靶基因构建仔猪腹泻基因互作网络,该网络包含19个筛选到的靶基因,基于MCOMD算法分析获得4个分子复合物集团。通过DAVID平台对这4个分子复合物进行基因和通路富集分析,结果发现,靶基因SRF和STAG 2及其参与的有关通路与仔猪腹泻相关。以大肠埃希菌200和仔猪肠上皮细胞系(IPEC-1)作为试验材料,通过体外细胞试验设计仔猪腹泻模型进行验证,实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测结果显示,试验组MUC 13、SRF、IL-6、MAPK、STAG 2、NF-κB、TLR 7等基因的表达量均显著(P<0.05)高于对照组,由此推测,SRF与STAG 2基因在miRNAs-MUC 13调控体系中分别通过MAPK、IL6、Toll-like受体信号通路参与仔猪腹泻调控。围绕miRNAs-MUC 13调控体系发掘了4个分子复合物集团和2个核心基因(SRF和STAG 2)并进行了试验验证,这为靶向治疗仔猪腹泻提供了理论参考和科学依据。

HLA-DRB1*07,13等位基因对乙肝疫苗免疫效果影响的研究

目的:探讨机体HLA-DRB1*07,13等位基因对基因重组乙肝疫苗免疫效果的影响。方法:选取完成基因重组乙肝疫苗全程接种(10μg/次,0、1、6月)的广西籍汉族健康大学生896名,于末次接种疫苗后的第6个月采血检测血清抗-HBs水平,对无或低应答者再次接种基因重组乙肝疫苗20μg,4周后筛选出无或低应答者99名及初次检测中或强应答者136名作为研究对象,应用PCR-SSP技术对研究对象外周血HLA-DRB1*07,13等位基因进行检测。结果:HLA-DRB1*07在无或低应答组中的表达频率为16.16%,显著高于中或强应答组的表达频率(4.41%)(P<0.05);HLA-DRB1*13在无或低应答组和中或强应答组的表达频率分别为1.01%和3.68%,两组比较无统计学差异(P>0.05)。结论:基因重组乙肝疫苗无或低应答与HLA-DRB1*07基因密切相关;而HLA-DRB1*13对乙肝疫苗的免疫应答无明显影响。

HLA-DRB1*13等位基因与我国汉族人群慢性乙型肝炎关联性的Meta分析

目的:用Meta分析的方法综合评价HLA-DRB1*13等位基因与我国汉族人群慢性乙型肝炎关联性。方法:检索中国生物医学文献数据库、维普数据库和Medline数据库,依据纳入与排除标准,收集所有相关的病例对照研究,应用RevMan4.2软件对符合条件的研究结果进行Meta分析。结果:符合纳入标准的共6篇文献,合计包含CHB组335例,正常对照组659例,经Egger’s检验未见显著发表偏倚。经综合分析:合并OR值为0.40,95%CI为0.21～0.79(P=0.008),认为HLA-DRB1*13等位基因是我国汉族人群慢性乙型肝炎发生的保护因素。结论:HLA-DRB1*13等位基因与我国汉族人群慢性乙型肝炎的发生具有统计学关联性,且为保护性基因。

基因HLA-DR13、CW1及A24表达、BCP突变与HBV感染者性别的相关性

目的探讨宿主基因HLA-DR13、CW1、A24表达、BCP突变与乙型肝炎病毒(HBV)感染后性别的相关性。方法收集82例临床确诊已感染HBV的患者及133例感染HBV后自动清除者血液,实时荧光定量PCR检测样本血液中白细胞HLA-DR13、CW1及A24基因水平,流式细胞仪检测T淋巴细胞亚群,测序法检测样本BCP变异,并分析相关因素在不同性别的人群中的差异表达。结果 4组结果:HLA-DR13定量结果以男性感染组最低,与其他3组结果比较差异有统计学意义(P<0.05);HLA-A24和HLA-CW1定量结果差异无统计学意义(P>0.05);T淋巴细胞亚群CD4^+/CD8^+比值以男性感染组与自动清除组(男、女)结果比较差异有统计学意义(P<0.01);BCP测序结果:男性感染组双突变比率与女性感染组结果比较差异有统计学意义(P<0.01)。相关性分析:DR13基因与A24及CD4^+/CD8^+呈正相关(P<0.05)。结论 HLA-DR13含量与清除乙肝病毒的宿主性别相关,感染HBV后女性比男性更容易清除病毒。

VPS13A基因双位点纯合突变致舞蹈病-棘红细胞增多症1例并文献复习

舞蹈病-棘红细胞增多症(chorea-acanthocytosis,ChAc)是一种罕见的常染色体隐性遗传病,其临床特征较为复杂,可累及运动、神经、精神及内分泌等多个系统,常伴有头颈部不自主运动、进行性舞蹈样运动障碍、认知能力下降等临床表现,极易与麦克劳德综合征、类亨廷顿病2型、泛酸激酶相关的神经退行性等疾病相混淆[1];液泡蛋白分类同源物13A(vacuolar protein sorting homolog 13A,VPS13A)基因编码蛋白chorein对于维持细胞膜正常结构及神经元细胞功能具有重要作用,其突变与CHAc发病相关。现将南昌大学第一附属医院诊治的1例VPS13A基因双位点纯合突变致ChAc患者报告如下。

小麦四个抗白粉病基因的KASP标记检测

为提高Pm13的检测效率,了解Pm21、PmV、Pm12和Pm13共4个小麦抗白粉病基因在山东小麦育种中的利用情况,本研究通过测序和引物设计成功转化了Pm13的KASP标记,并采用4个基因的KASP标记对2022—2023年山东省小麦高产区试组和强筋区试组的140份参试品系和2份区试对照品种进行检测,结果显示140份材料均不含上述4个基因,表明它们在山东小麦育种中应用较少。本研究可为利用KASP标记开展小麦抗白粉病基因的分子标记辅助选择提供参考,促进其育种应用。

乳腺癌患者病理特征与Bcl-2、CXCL13、PAX8表达情况的关系分析

目的分析乳腺癌患者病理特征与B细胞淋巴瘤/白血病-2基因(Bcl-2)、趋化因子配体13(CXCL13)、配对盒基因8抗体(PAX8)表达情况的关系。方法收集2021年1月至2023年1月该院收治的160例乳腺癌患者临床资料。采用免疫组化法对其癌组织与癌旁组织Bcl-2、CXCL13、PAX8表达情况进行检测,并分析3项指标与患者病理特征的关系。结果与癌旁组织比较,癌组织Bcl-2、CXCL13、PAX8阳性率更高,差异有统计学意义(P<0.05)。与雌激素受体(ER)阴性、肿瘤最大径≥3 cm、孕激素受体(PR)阴性患者比较,ER阳性、肿瘤最大径<3 cm、PR阳性患者中Bcl-2高表达占比更高,差异有统计学意义(P<0.05);与无淋巴结转移、Ⅰ~Ⅱ期患者比较,淋巴结转移、Ⅲ~Ⅳ期患者中CXCL13高表达占比更高,差异有统计学意义(P<0.05);与Ⅰ~Ⅱ期、高/中分化、无淋巴结转移患者比较,Ⅲ~Ⅳ期、低分化、有淋巴结转移患者中PAX8高表达占比更高,差异有统计学意义(P<0.05)。ER、PR表达情况与Bcl-2表达情况呈正相关(P<0.05),肿瘤最大径与Bcl-2表达情况呈负相关(P<0.05);临床分期、淋巴结转移情况与CXCL13、PAX8表达情况呈正相关(P<0.05);分化程度与PAX8表达情况呈负相关(P<0.05)。结论乳腺癌患者Bcl-2、CXCL13、PAX8表达情况对疾病的发生和发展具有明显影响,有望成为评估乳腺癌患者病情严重程度的标志物。

先天性房间隔缺损致病基因KLF13新突变的识别与功能分析

目的:探索房间隔缺损致病基因KLF13新突变。方法:对175例先天性房间隔缺损患儿和217名健康者的KLF13基因进行测序分析以发现新的致病突变。克隆KLF13基因,构建野生型KLF13表达质粒KLF13-pcDNA3.1,通过定位诱变获得突变型KLF13-pcDNA3.1,转染NIH3T3细胞,通过报告基因分析研究突变体的功能特性。结果:在1例散发性先天性房间隔缺损患儿发现KLF13基因新突变,即NM_015995.4:c.85G>T;p.(Glu29*)突变。该突变不存在于217名健康者。生化分析表明突变型KLF13对靶基因ACTC1的转录激活功能丧失。结论:发现KLF13基因功能丧失性新突变可导致先天性房间隔缺损,这对先天性房间隔缺损的个体化医学防治有潜在的临床意义。

马铃薯RPP13基因RNAi载体的构建及遗传转化

RPP13是一种能够通过识别病原物效应子诱发植物免疫反应的典型R基因。植物病毒学实验室前期对马铃薯纺锤块茎类病毒(PSTVd)所侵染的5个马铃薯品种进行了转录组测序分析,发现RPP13基因在5个马铃薯品种中均上调。为了研究该基因在马铃薯中是否与PSTVd抗性相关,应用DNAMAN 8.0软件对转录组测序所得到的RPP13上调基因序列进行序列比对分析,选取其共同的保守区域作为沉默对象,构建了以该保守区域为臂,马铃薯体细胞胚发生激酶类似受体基因(SERK1)(登录号为EF175216)内含子为环的茎环结构反向重复序列RNAi载体pROKⅡ-RPP13,通过冻融法将pROKⅡ-RPP13载体转入农杆菌LBA4404中,应用农杆菌介导的马铃薯遗传转化方法转化马铃薯品种民丰红,以苗龄28 d的健康马铃薯叶片为材料,经过预培养2 d、农杆菌浸染10 min、黑暗条件下共培养2 d,应用抗性筛选培养基诱导生根、生芽,将再生植株进行PCR检测,筛选得到3株阳性转基因植株;以马铃薯的ef1a基因作为内参基因,利用实时荧光定量PCR技术检测马铃薯转化植株中RPP13基因的表达量。结果表明:所获得的3株转基因植株中RPP13基因的表达量与未转基因的对照相比具有显著差异,在所获得的RNAi转基因马铃薯植株中,RPP13基因表达量的降低幅度为35%~60%。

甘蔗ScbHLH13基因的RT-PCR克隆与功能分析

bHLH转录因子是植物体内重要的调节因子,对植物的生长发育、次生代谢以及花青素生物合成等方面具有调节作用。本研究以高粱bHLH13(XM_002440799.2)为探针序列,从甘蔗中通过RT-PCR克隆获得一个ScbHLH13基因,并对其在不同胁迫响应转录组数据中进行表达模式分析,同时对该基因及其所编码蛋白进行了理化性质预测以及系统进化、原生质体亚细胞定位和实时荧光定量PCR表达量分析。结果显示,ScbHLH13所编码蛋白包含586个氨基酸残基,以无规则卷曲和α螺旋为主,亲水且不稳定,呈弱碱性;具有典型核定位信号,无跨膜结构;其序列内包括bHLH-MYC、HLH 2个典型保守结构域,属于bHLH超家族成员。在系统进化中ScbHLH13属于Ⅲ (d+e)类组,与高粱亲缘关系最近。在转录组数据中, ScbHLH13的表达在甘蔗品种ROC22上受低氮胁迫和黑穗病菌侵染抑制,轻微受高粱花叶病毒侵染诱导;而在Badila受低氮、在YC05-179受甘蔗黑穗病菌侵染诱导。亚细胞定位结果显示,在烟草表皮细胞中瞬时表达ScbHLH13定位于细胞核和细胞膜,在甘蔗原生质体瞬时表达ScbHLH13则定位于细胞核。qRT-PCR分析表明,ScbHLH13在甘蔗原生质体中过表达并不能诱导花青素合成代谢通路上主要基因的表达,说明ScbHLH13与甘蔗中花青素合成相关下游基因表达调控相关性较低。本研究借助甘蔗原生质体瞬时表达系统上对ScbHLH13进行了初步的表达调控探究,为进一步研究甘蔗功能基因研究以及bHLH基因家族的结构与功能研究奠定了一定的基础。

ESR和MUC13基因多态性位点与美系大白猪生长性状的关联性分析

为探究雌激素受体(ESR)Pvu II酶切位点和粘蛋白13(MUC13)c.908A>G位点的多态性与美系大白猪生长性状的关联性,本研究应用PCR扩增和Sanger测序检测了399头150日龄美系大白猪的ESR基因PvuII酶切位点和MUC13基因的c.908A>G位点的多态性,并结合生长性状进行关联分析。多态性检测结果显示,大白猪ESR基因Pvu II酶切位点共有3种基因型:AA、AB和BB,优势等位基因型为AB(0.474),优势等位基因为B(0.518);MUC13基因的c.908A>G位点的基因型为:AA、AG和GG,优势等位基因型为AG(0.566),优势等位基因为A(0.551)。群体遗传分析表明,这2个位点在美系大白猪群体中属于中度多态性(0.25AB型>AA型的遗传趋势;MUC13基因c.908A>G位点与大白猪的体重、日增重、背膘厚、眼肌面积和瘦肉率显著相关。体重、日增重和背膘厚总趋势为GG型>AG型>AA型,而AG型的眼肌面积和瘦肉率显著大于GG型。有利于产仔数和抗腹泻的合并基因型BB-GG个体的体重和日增重高于其他基因型。综上,ESR和MUC13基因多态性与大白猪的部分生长性状相关,可为育成综合高产仔、抗腹泻和快速生长为一体的大白猪品系提供重要的参考。

卵形鲳鲹TLR13基因的克隆、表达分析和亚细胞定位研究

Toll样受体(Toll-like receptor,TLR)是一种古老的先天性免疫受体,参与病原体相关分子模式识别,对维持免疫稳态和预防感染至关重要。本研究克隆和鉴定了卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)TLR13基因(命名为ToTLR13),其开放阅读框(ORF)为1269 bp,编码422个氨基酸,等电点为8.13。保守结构域分析显示,ToTLR13含有跨膜结构域(TM)、LRR结构域和TIR结构域,符合TLR家族的典型特征。通过建立TLR13保守域三级结构发现,ToTLR13与小鼠(Mus musculus)和大黄鱼(Larimichthys crocea)TLR13功能结构域的蛋白三级结构具有较高重叠性。多序列比对显示,ToTLR13与其他硬骨鱼TLR13具有较高的相似性,与其他纲物种的序列相似性较低。系统进化树结果显示,To TLR13与硬骨鱼TLR13聚在一起,其中与鞍带石斑鱼(Epinephelus lanceolatus)最为接近,与哺乳动物、两栖类和贝类相分离。实时荧光定量PCR(Real-time fluorescence quantitative PCR,RT-qPCR)分析显示,ToTLR13在健康卵形鲳鲹的心、鳃、肾、头肾、肝、脾、脑和肌肉中普遍表达,其中鳃的表达量最高,其次是脾。ToTLR13在其鳃、脾、肝和肾免疫相关组织中的表达情况呈现出不同程度的上调,提示其经无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)和溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)免疫刺激后可能激活了炎症反应,启动了先天性免疫反应。亚细胞定位显示,ToTLR13定位于A549细胞质。本研究表明,ToTLR13在抵御病原菌免疫应答过程中可能发挥重要的作用,研究结果可为阐明脊椎动物TLRs的功能进化史提供基础资料。

Hoxc13基因多态性与滩羊二毛性状关联研究

试验旨在探究Hoxc13基因与滩羊二毛期羊毛性状相关性,利用PCR和DNA测序方法进行Hoxc13基因多态性与滩羊二毛性状的关联研究。结果显示:Hoxc13基因在滩羊群体中存在3种基因型即CC型、CT型和TT型,群体中CC基因型频率17%,CT基因型频率为38%,TT基因型为45%,等位基因频率为C (64%)、G(36%)。通过Hoxc13基因与二毛性状关联分析可知,基因型CT个体毛长显著高于基因型CC、GG (P<0.05)。研究表明,Hoxc13基因可作为滩羊二毛性状分子标记辅助选育的关键基因,在育种工作中可选择Hoxc13基因CT基因型个体进行滩羊串子花品系选育。

一种新的SLC25A13基因大片段缺失变异的识别:1例希特林缺陷病患者临床和遗传学分析

目的:探讨1例希特林缺陷导致的新生儿肝内胆汁淤积症(NICCD)患儿的临床和分子遗传学特征。方法:整理分析患儿临床资料,提取患儿及其父母外周血DNA标本,采用高通量测序检测致病突变,通过Sanger测序验证阳性发现,并根据ACMG指南和标准,分析新变异的致病性。结果:患儿为1.5月龄女婴,因发现皮肤黄染1月余入院。体检发现皮肤巩膜黄染,肝右肋下1 cm,质软。生化检查示血清总胆汁酸、直接胆红素、γ-谷氨酰转肽酶、甲胎蛋白等水平升高,伴低蛋白血症、凝血功能障碍和贫血。诊断为胆汁淤积症。遗传学分析发现患儿为SLC25A13基因c.852_855del与c.1314-4144_c.1452+3373del7658bp的复合杂合子;前者为母源性致病性变异,后者导致整个外显子14缺失,为父源性新变异,根据ACMG标准判定为致病性变异,病因诊断NICCD。经更换无乳糖并强化中链甘油胆汁的配方奶粉喂养,患儿病情迅速好转。结论:通过分析1例NICCD患儿的临床和分子遗传学特征,识别一个长达7658bp的SLC25A13基因缺失变异,扩展了SLC25A13突变谱,为NICCD确诊和遗传咨询提供了新的分子标记物。