慢性乙型肝炎患者HLADRB1等位基因多态性与干扰素抗病毒治疗应答的相关性研究

探讨HLA-DRB1等位基因对慢性乙型肝炎α-干扰素抗病毒治疗应答的影响。用序列特异型引物多 聚酶链反应测定山东地区126例慢性乙型肝炎患者和76例对照的HLA-DRB1*03、*07、*09、*12、*15等位基 因。慢乙肝组HIA-DRB1*07等位基因阳性率显著高于正常对照组(P<0．025)。α-干扰素治疗无应答组HLA- DRB1*07阳性率明显高于应答组。在慢性乙型肝炎中HLA-DRB1*07高阳性率与α-干扰素治疗低应答率有密 切的关系。

实验用荣昌猪SLA-1等位基因鉴定及分子遗传特征分析

旨在明确实验用荣昌猪SLA遗传背景,深入研究SLA-1分子相关的抗原递呈和免疫应答机制,本研究对27头荣昌猪采集抗凝血,分离外周血淋巴细胞,提取总RNA,设计特异性引物对SLA-1基因进行RT-PCR扩增、克隆和测序,对获得序列的分子特征进行分析。结果显示,荣昌猪中共获得11个SLA-1等位基因,其中,9个为新等位基因,全部获得GenBank登录号和ISAG SLA命名委员会官方命名,SLA-1^(*)24:01等位基因在该群体中频率最高。SLA-1基因编码区全长1086 bp,存在127个核苷酸多态位点,非同义单核苷酸多态性位点数高于同义单核苷酸多态性位点数。核苷酸多样度为0.0449,单倍型多样度为1,平均核苷酸差异数为48.782,G+C含量为64.9%。SLA-1基因编码的361个氨基酸中,有75个氨基酸变异位点;第2和第3外显子编码区多态性最高,且第2外显子区域的氨基酸变异程度高于第3外显子区,组成抗原肽结合槽6个口袋的33个关键氨基酸位点中,11个在人与荣昌猪之间高度保守,与β2-微球蛋白结合的19个关键氨基酸位点中,10个保持一致,CD8分子与MHC结合的关键氨基酸位点中,只有225(Thr/Ser)和228(Thr/Met)位点不同。同源性和系统进化树分析表明,SLA-1^(*)10:03和SLA-1^(*)18:03分别与人HLA-A^(*)02:01和HLA-A^(*)11:01等位基因的同源性最高,荣昌猪与亚洲野猪、巴马小型猪和融水小型猪等亚洲猪种具有较近的亲缘关系。本研究成功获得了中国地方猪种荣昌猪SLA-1基因,发现其具有极为丰富的多态性,为揭示荣昌猪的SLA遗传背景和开展异种移植研究奠定了遗传学基础。

HLA—DQA1等位基因与急性脑梗塞多种中医体质类型的相关性研究

对急性脑梗塞多种中医体质进行HLA—DQA1等位基因分型,分析体质类型的遗传易感性及体质与“证”和治疗的密切关系。采用PCR—SSP技术对观察组急性脑梗塞阴虚质、阳虚质、气虚质、痰湿质、血瘀质共103例及正常质对照组99例进行HLA—DQA1等位基因的基因分型。结果表明,HLA—DQA1*0501基因型在阴虚质明显高于正常质对照组(P<0.01),HLA-DQA1*0301基因型在气虚质、痰湿质、血瘀质均明显高于正常质对照组(P<0.01)。提示急性脑梗塞患者,HLA—DQA1*0501基因与阴虚质相关联;HLA—DQA1*0301基因与气虚质、痰湿质及血瘀质相关联;从分子生物学水平阐明了体质与“证”,体质与“同病异治”的遗传学背景。

应用等位基因特异性PCR和多重差别PCR检测肺癌患者CYP1A1和GSTM1的遗传多态性

本文对等位基因特异性ＰＣＲ（Ａｌｅｌｅｓｐｅｃｉｆｉｃ，ＡＳ）和多重差别（Ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｄｉｆｅｒｅｎｔｉａｌ，ＭＤ）ＰＣＲ技术进行了优化，并用此法联合检测了１０５例江苏地区健康人群及６８例肺癌患者ＣＹＰ１Ａ１、ＧＳＴＭ１的等位基因型。结果表明：ＡＳＰＣＲ及ＭＤＰＣＲ采用的设立双参照扩增体系，可一次同时检测ＣＹＰ１Ａ１和ＧＳＴＭ１的等位基因型。在肺癌患者组中，ＣＹＰ１Ａ１的突变型Ｖａｌ／Ｖａｌ的频率１２／６８（１７．６％）约为健康组９／１０５（８．５７％）的２０５倍，而ＧＳＴＭ１纯合缺失的频率，肺癌组为３９／６８（５７３％），与健康对照组４２／１０５（４０％）相比，亦有显著增加（Ｐ＜０．０５）。

利用PCR技术鉴别普通小麦Glu-1位点的某些等位基因

Glu- 1位点的等位基因变异与普通小麦的烘烤品质有密切的关系 ,本文利用根据 Glu- Dly位点的基因序列设计的一对引物 ,通过 PCR技术 ,可以准确鉴别等位基因的变异 Glu- Dly10和 Glu- Dly12 ,同时还可以初步鉴定 Glu- B1位点的等位基因变异 Glu- Blh(14+15 ) 。

1对复等位基因控制的油菜(Brassica napus L.)显性核不育系609AB的遗传验证

在确认609AB不育系类型的基础上,采用临保系测验法和测交后代可育株自交与回交等方法,有效区分了甘蓝型油菜显性核不育的1对复等位和2对显性基因互作控制的两种遗传模式。不育系类型鉴定结果表明,609AB是纯合型显性核不育系;遗传分析证明所测恢复系的抑制基因均与Ms等位,不育系可育株的抑制基因也与不育基因等位,确认其育性符合1对复等位基因遗传模式,Ms为显性雄性不育基因,Mf为Ms的等位显性抑制位点,ms为正常可育位点,并且Mf>Ms>ms。在这一不育系群体中不育株的基因型为MsMs,可育株的基因型为MsMf,相应的恢复系为MfMf,临保系为msms。探讨了甘蓝型油菜显性核不育遗传的可能模式。

辽宁丹东间日疟原虫裂殖子表面蛋白1等位基因型分析

用套式PCR方法扩增辽宁丹东地区间日疟原虫裂殖子表面蛋白1(MSP-1)基因ICB5-ICB6片段,经PvuⅡ酶切和琼脂糖凝胶电泳,对产物进行序列分析。结果显示,11份镜检确诊的间日疟患者血液标本经套式PCR扩增均出现大小约为470 bp(Sal-1型)或400 bp(Belem型)的特异性片段。经PvuⅡ内切酶消化后,其中5份血样(470 bp),出现120和350 bp酶切片段,为Sal-1型;其余6份血样(400 bp)中,1份出现400 bp片段,为Belem型,1份出现120和280 bp两种酶切片段,为重组Ⅲ型,4份出现120和240 bp两种酶切片段,为朝鲜型。辽宁省丹东地区的间日疟原虫PvMSP-1基因存在3种不同的等位基因型,以Sal-1型和朝鲜型为主,但无不同等位基因型的混合感染。

4082名上海骨髓库汉族无关供者HLA-A、B、DRB1高分辨等位基因及单体型多态性研究

目的了解上海地区汉族人群HLA-A、B、DRB1在高分辨分型水平上的等位基因及单体型频率分布特征。方法采用PCR-测序分型技术(Sequence-based typing,SBT)对4 082名随机、无血缘关系、健康的中华骨髓库上海分库汉族造血干细胞捐献者进行HLA-A、B、DRB1高分辨基因分型,利用计数法和最大似然性原理方法分别计算HLA-A、B、DRB1等位基因及单体型频率。结果 4 082例样本中,共观察到204个HLA等位基因,其中频率>0.1的HLA-A、B、DRB1等位基因分别有A*11∶01、A*24∶02、A*02∶01、B*46∶01、DRB1*09∶01、DRB1*15∶01。841条A-B单体型中,70条单体型呈现显著的连锁不平衡(ALD>0,HF≥3.67×10-4,χ2>3.84),8条表现为强连锁不平衡(RLD>0.40),17条单体型的频率高于0.01;1 027条B-DRB1单体型中,99条单体型呈现显著的连锁不平衡(ALD>0,HF≥3.67×10-4,χ2>3.84),12条表现为强连锁不平衡(RLD>0.40),12条单体型的频率高于0.01;3 344条A-B-DRB1单体型中,681条单体型是"可靠的"(频率≥3.67×10-4),单体型频率高于0.001有135条。结论获得上海地区汉族人群HLA-A、B、DRB1高分辨等位基因频率和单体型分布数据及相关遗传参数,为临床移植供者的选择、中国人群CWD表的制订、骨髓库最适库容的评估及人类遗传学研究提供参考数据。

油菜抗咪唑啉酮类除草剂基因BnALS1R等位基因特异PCR标记的开发与应用

油菜抗咪唑啉酮类除草剂基因BnALS1R是从抗性突变体M9中克隆获得,抗性基因BnALS1R与野生型基因BnALS1存在1处SNP,即乙酰乳酸合酶第638位丝氨酸残基被天冬酰胺酸替代。为获得油菜抗除草剂基因BnALS1R的分子标记,根据该处点突变,结合获得的BnALS3与BnALS1序列,开发30条等位基因特异PCR(allele-specific PCR,AS-PCR)引物,采用筛选出的3条AS-PCR引物在F2、BC1和BC2群体中进行PCR扩增。结果表明,该标记有效检测出群体中存在的3种基因型,其分离比分别为1∶2∶1、1∶1、1∶1,均遵循单基因遗传规律。应用该标记对获得的抗性恢复系进行PCR扩增,结果发现所有抗性恢复系均能扩增出抗性基因BnALS1R目的条带,表明3条标记引物可应用于抗性基因的检测。AS-PCR标记的获得将促进以抗性基因进行油菜抗除草剂分子标记辅助选择育种。

HLA-DRB1等位基因与吉林地区汉族乙肝疫苗免疫应答的关联研究

目的:探讨HLA-DRB1等位基因与吉林地区汉族乙肝疫苗免疫应答的关联性。方法:采用聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)分型技术,对84例乙肝疫苗无或低应答者HLA-DRB1等位基因进行检测,与78例乙肝疫苗中或强应答者人群进行对照。结果:①HLA-DRB1*14等位基因频率在无或低应答组为23.8%,中或强应答组为5.13%,两组之间比较有统计学差异(P<0.05);②HLA-DRB1*12、HLA-DRB1*15等位基因频率分别在无或低应答组为4.76%和7.14%,在中或强应答组为23.1%和24.4%,两组之间比较也存在统计学差异(P<0.05)。③等位基因HLA-DRB1*07(2.38%和5.12%),HLA-DRB1*08(9.52%和8.97%),HLA-DRB1*09(7.14%和10.3%),HLA-DRB1*11(7.14%和7.69%),HLA-DRB1*13(4.76%和6.41%)及HLA-DRB1*16(4.76%和5.13%),在无或低应答组和在中或强应答组之间基因频率分布没有统计学差异(P>0.05)。结论:吉林地区汉族乙肝疫苗接种后,①HLA-DRB1*14等位基因可能与无或低应答相关;②HLA-DRB1*12、15等位基因可能与中或强应答相关;③未检测到HLA-DRB1*07、08、09、11、13、16等位基因与免疫应答水平之间有明显的相关性。

非洲输入性恶性疟病例裂殖子表面蛋白1等位基因型检测

目的了解输入性恶性疟原虫裂殖子表面蛋白1(MSP1)等位基因型特征。方法采集非洲疟疾流行区回国人员中恶性疟现症患者血样,采用巢式PCR方法,用恶性疟原虫MSP1基因特异引物扩增疟原虫虫株MSP1基因第2区与第3区部分片段,并对MSP1等位基因型进行分析。结果 135例输入性恶性疟患者中检出MSP1等位基因117例,检出率为86.7%。117例扩增阳性的患者中,MAD20、K1、RO33、MAD20+K1、MAD20+RO33、K1+RO33和MAD20+K1+RO33型的检出率分别为6.0%(7/117)、36.8%(43/117)、20.5%(24/117)、6.8%(8/117)、3.4%(4/117)、17.1%(20/117)和9.4%(11/117),其中混合型感染占36.8%(43/135),MSP1等位基因多重感染平均数(MOI)为1.46。MAD20型、K1型和RO33型恶性疟患者中重症患者比例差异无统计学意义(P>0.05);74例单一型和43例混合型感染者中重症患者比例分别为25.7%(19/74)和32.6%(14/43),2种感染者回国前在国外停留的平均天数分别为(241±176)d和(285±216)d,两者间差异均无统计学意义(P>0.05)。结论非洲输入性恶性疟患者感染的疟原虫MSP1基因的3种基因型和4种混合型均存在,以K1型和RO33型为优势基因型。

儿童期1型糖尿病与HLA-DQB1等位基因的关联研究

目的 研究哈尔滨市儿童期 1型糖尿病与 HL A- DQB1等位基因的关联关系。方法 选取 49例 0～ 14岁发病的 1型糖尿病患者和 75名健康儿童对照 ,运用 PCR- SSOP技术对部分 HL A- DQB1等位基因进行了分型。结果 发现在 HL A- DQB1位点上 ,病例组的 DQB1* 0 2 0 1、* 0 30 3、* 0 40 1频率显著高于对照组 ,而 DQB1* 0 30 1、DQB1* 0 5 0 1和* 0 6 0 1频率是显著下降的。结论 研究提示 :HL A- DQB1位点的 * 0 2 0 1、* 0 30 3和 * 0 40 1对儿童期 1型糖尿病具有强易感性 ,而 DQB1* 0 30 1、* 0 5 0 1和 * 0 6 0 1具有保护性。但未证实 DQB1* 0 6 0

小麦品种耐寒性与春化VRN-1等位基因的关系研究

以来自11个省份的134个小麦品种为试验材料,于2009-2010年在石家庄种植,调查冻害情况;并利用分子标记鉴定VRN-1等位基因组成,以明确小麦品种春化VRN-1等位基因组成与耐寒性的关系。结果表明:小麦品种的耐寒性与其VRN-1等位基因组成、地理来源和耐旱性等因素有密切关系。当地理来源相同时,品种的耐寒性一般随着VRN-1等位基因控制的春化效应的增强而减弱;当VRN-1等位基因组成相同时,品种的耐寒性一般随着地理来源的纬度降低而减弱。本研究结果为小麦品种的耐寒性改良提供了重要参考。

DNA序列分析鉴定HLA-DRB1新等位基因DRB1 1449

目的鉴定HLADRB1位点新等位基因。方法应用基因克隆和DNA测序技术对1例受检样本HLADRB1基因第2外显子(Exon2)作核苷酸序列分析,与已知等位基因序列比对并作血清学分型。结果基因组DNA和DNA克隆的测序结果一致;DRB1Exon2的核苷酸序列与已知等位基因序列均不相同,与同源性最高的HLADRB11432相比,存在4处碱基的改变;以Exon2的第1位碱基为记数起点,核苷酸71位C→>G,196位G→>A,244位T→>G和245位上G→>T,引起相应编码氨基酸28位上天门冬氨酸(Asp)→>谷氨酸(Glu),70位上精氨酸(Arg)→>谷氨酸盐(Gln),86位上缬氨酸(Val)→>氨基乙酸(Gly)。血清学分型结果表明新等位基因血清学特异性为DR14。结论被检标本HLADRB位点存在新等位基因,2005年2月WHOHLA命名委员会正式将其命名为HLADRB11449。

HLA—DRB1^＊等位基因与肺结核的相关性研究

目的探讨人类白细胞抗原HLA-DRB1*等位基因与肺结核发病相关性,寻找与肺结核发病可能相关的HLA-DR易感基因。方法采用病例-对照的研究方法,用PCR-SSO分型技术对80名肺结核患者和105名健康对照者的HLA-DRB1基因分型,统计分析比较基因频率和相对危险率。结果肺结核病组中的HLA-DRB1*14频率明显高于对照组(10.63%vs3.81%),差异有显著性统计学意义(χ2=6.6955,P<0.05),相对危险率2.91。结论HLA-DRB1*14基因可能与肺结核的易感性相关。

山东地区慢乙肝的预后与HLA-DRB1等位基因相关性研究

探讨山东地区慢乙肝的各种预后与HLA-DRB1等位基因之间的相关性。采用聚合酶链反应/序列特异性引物技术进行HLA-DRB1等位基因的检测,结果发现在慢乙肝组中,HLA-DRB1*0701/*1001出现的频率明显高于正常对照;其乙肝肝硬化组,后者出现的频率与正常对照比较具有统计学上的意义。在乙肝病毒携带组,HLA-DRB1*0701出现的频率明显高于正常对照。

HLA-DRB1等位基因分型与类风湿关节炎相关性研究

目的探讨HLA-DRB1等位基因在皖籍江淮地区类风湿关节炎患者的分布及意义。方法采用SSP(序列特异性引物)多重PCR技术扩增106例RA患者和340例正常对照HLA-DRB1等位基因,先对HLA-DRB1位点进行低分辨率分型,再进一步对低分亚型HLA-DRB1*04,DRB1*10,DRB1*01和DRB1*14做高分辨率分型。计算并比较两组等位基因携带率。结果低分结果共13个亚型,其中HLA-DRB1*04,DRB1*09和DRB1*10在RA组的频率显著高于正常对照组(P=0.005,0.039,0.000)HLA-DRB1*11,DRB1*15和DRB1*07的频率显著低于对照组(P=0.005,0.036,0.001)。HLA-DRB1*01,DRB1*14在两组差别无显著意义(P=0.432和P=0.359)。高分结果HLA-DRB1*0405和DRB1*1001在RA组的频率显著高于正常对照组(P=0.001和P=0.000)。结论 HLA-DRB1位点在皖籍江淮地区类风湿关节炎患者中的分布具有丰富的多态性,共同表位等位基因(SE等位基因)HLA-DRB1*0405、DRB1*1001及非SE等位基因HLA-DRB1*09可能是皖籍江淮地区类风湿关节炎患者的易感基因,HLA-DRB1*11,DRB1*15和DRB1*07可能是保护性等位基因。

胸椎黄韧带骨化与HLA-DQA1等位基因的相关性研究

目的 :分析黄韧带骨化与HLA -DQA1等位基因的相关性。方法 :用聚合酶链式反应 /序列特异引物 (PCR-SSP)法对 3 0例OLF患者、5 1例正常对照进行HLA -DQA1等位基因的基因的分型。结果 :HLA -DQA1 0 40 1同OLF呈显著正相关 (GF =2 0 .0 % ,RR =7.3 2 7,P <0 .0 1) ,DQA1 0 2 0 1与OLF呈显著性负相关 (GF =5 .0 % ,RR =0 .2 0 1,P <0 .0 1) ;且DQA1 0 40 1的病因分数 >DQA1 0 2 0 1的预防分数 (EF/PF =0 .173 /0 .162 )。结论 :HLA -DQA1 0 40 1可能与OLF的疾病易感性相关 ,HLA -DQA1 0 2 0 1可能与OLF的抗性相关 ,在HLA -DQA1位点存在易感和抵抗双重作用 ,等位基因之间的共同作用可能是影响OLF发病的重要因素之一。

肾移植供受者DR4-DRB1等位基因的分型

目的研究HLA DRB1等位基因的分型配合 ,因为相配的肾移植 ,其急性排斥反应的发生率明显降低 ,移植肾的存活时间明显延长。方法我们合成了一对DR4特异性引物 ,对DR4阳性的肾移植供受者的DNA样品进行PCR扩增后 ,将PCR产物分别用限制性核酸内切酶SacII,AvaII ,HinfI,HaeII ,HphI和MnlI进行酶切。结果根据酶切结果及RFLP图型 ,可将DR4进一步分为DR4 DRB1 0401～0411。结论本方法快速、简便、精确 ,可为肾移植中DR4阳性供受者HLA DRB1等位基因的配型提供可靠的方法。