基于生物信息学分析HOXC9在神经母细胞瘤中的表达及临床应用

目的研究HOXC9在神经母细胞瘤(Nuroblastoma,NB)中的表达与临床应用。方法筛选来自TARGET数据库的NB基因表达数据集,分析差异表达基因(DEG);再利用DAVID数据库进行富集分析,筛选出NB关键基因并进行预后分析。另收集36例NB患儿术中肿瘤组织,荧光定量PCR法检测HOXC9表达水平,分析HOXC9的表达与NB临床资料的关系。结果筛选出681个DEG,生存分析发现HOXC9低表达水平与不良预后有关。Q-PCR结果发现HOXC9的表达与患儿年龄、肿瘤分期、病理分型、转移情况有关。结论HOXC9与NB的发生和预后相关。

不同品种山羊Hoxc9基因的克隆及序列比较分析

【目的】分析不同山羊品种Hoxc9基因序列及其推导氨基酸的差异性,为探索Hoxc9基因在山羊毛囊生长发育中的作用机制及研究绒山羊绒毛分子调控机理奠定基础。【方法】根据GenBank上已发表的Hoxc9基因序列设计3对引物,利用PCR扩增安哥拉山羊、萨能奶山羊、藏山羊、波尔山羊4个山羊品种的Hoxc9基因序列,然后与前期研究获得的绒山羊Hoxc9基因序列进行对比分析。【结果】利用设计的3对引物均能克隆获得安哥拉山羊、波尔山羊、萨能山羊和藏山羊的Hoxc9基因,与绒山羊Hoxc9基因比较,其5’UTR序列同源性为99.2%~100.0%,3’UTR序列同源性为99.0%~100.0%,cDNA序列同源性为99.5%~100.0%,内含子序列同源性为99.2%~99.7%,推导氨基酸序列同源性为98.8%~100.0%。Hoxc9蛋白质序列比较分析发现,安哥拉山羊和波尔山羊氨基酸的变异未造成Hoxc9蛋白质功能位点改变,但其二级结构有4处不同。【结论】不同山羊品种Hoxc9基因序列的同源性比较高,但也存在差异性。

安哥拉山羊Hoxc9基因克隆与序列分析

根据已报道的Hoxc9基因序列保守区设计3对引物,利用PCR技术从安哥拉山羊血液基因组DNA中扩增Hoxc9基因序列。目的片段纯化后连接到PMD19-T载体上,经鉴定得到重组质粒。测序结果通过与Gen-Bank数据库中序列比对分析,确定该序列为Hoxc9基因,核苷酸序列长3224 bp,包括1个内含子和2个外显子,cDNA序列长783 bp,编码260个氨基酸。与哺乳动物氨基酸序列的同源性非常高,达到99.2%以上,同斑马鱼和日本鳉的同源性较低。

三氧化二砷对维甲酸耐药的神经母细胞瘤细胞SK-N-AS中HoxC9表达的影响

目的本研究通过检测三氧化二砷(ATO)处理前后维甲酸(RA)耐药的SK-N-AS细胞中HoxC9以及EZH2的表达,初步探寻ATO促进RA耐药的NB细胞分化的具体机制。方法用CCK-8试剂盒测定ATO对NB细胞SK-N-AS增殖抑制率,倒置相差显微镜下观察细胞生长情况,并测量神经突触总长度值。利用质谱技术和非标定量蛋白组学方法检测ATO处理后SK-N-AS细胞蛋白信号丰度变化,并对与NB细胞分化相关蛋白进行差异化分析。Western Blot检测HoxC9、HoxD8及EZH2蛋白的表达情况。结果(1)ATO对SK-N-AS细胞的杀伤作用在4~128μM范围内呈浓度依赖性,ATO对SK-N-AS细胞的半抑制浓度IC50=95.36μM。(2)16μM的ATO处理SK-N-AS细胞24h后,神经突触总长度值升高,与对照组相比差异具有统计学意义(P<0.05)。(3)16μM ATO处理24h后,SK-N-AS细胞内共鉴定到6424个表达蛋白,其中与分化相关的蛋白,上调的包括正常神经元分化标记物MAPT、NEFM等;下调的包括神经母细胞成瘤性标记物PHOX2B。(4)Western Blot结果表明,16μM ATO处理SK-N-AS细胞24h后,HoxC9、HoxD8蛋白的表达水平上调,EZH2蛋白表达水平下调。结论(1)ATO可诱导SK-N-AS细胞的神经突触增多,上调SK-N-AS细胞中神经元正常分化相关的标记物HoxC9及HoxD8的表达,下调神经母细胞成瘤性标记物PHOX2B及EZH2。(2)ATO可能通过下调EZH2重新激活HoxC9的表达。

HOXC9对人口腔鳞状细胞癌细胞生物学行为的影响

目的研究HOXC9基因对口腔鳞癌细胞系CAL-27生物学行为的影响。方法构建HOXC9过表达质粒载体,HOXC9过表达质粒转染CAL-27细胞,实时荧光定量聚合酶链反应(RT-PCR)检测转染后细胞中HOXC9 mRNA表达水平,Western blotting检测转染后HOXC9蛋白表达水平,四甲基偶氮唑盐(MTT)法检测过表达HOXC9对细胞增殖能力的影响,克隆形成实验检测过表达HOXC9对细胞克隆形成能力的影响,划痕实验检测过表达HOXC9对细胞迁移能力的影响,Transwell实验检测过表达HOXC9对细胞侵袭能力的影响。结果与空载对照组相比,转染HOXC9过表达质粒后,细胞中HOXC9 mRNA表达水平明显升高(P<0.001)。实验组细胞中HOXC9蛋白表达明显升高,过表达HOXC9对CAL-27细胞的增殖能力无明显影响(P>0.05),过表达HOXC9可以促进CAL-27细胞的克隆形成能力(P<0.05),过表达HOXC9可以促进CAL-27细胞的迁移能力(P<0.05),过表达HOXC9可以促进CAL-27细胞的侵袭能力(P<0.001)。结论HOXC9可以增强人口腔鳞癌细胞克隆形成能力、迁移能力和侵袭能力,在口腔鳞癌中可能起促癌因子的作用。

牛HoxC9基因CDS区克隆及表达谱分析

本研究旨在克隆牛HoxC9基因的CDS区,并分析其生物信息学特征,检测HoxC9在牛7种组织(心、肝、脾、肺、肾、肌肉和背脂)和原代脂肪细胞分化过程(0~10 d)中的表达规律,采用PCR法获得牛HoxC9基因的CDS区,利用ProtPram、TMpred、ProtFun 2.1 Server等在线网站对HoxC9蛋白进行生物信息学分析,qPCR检测HoxC9在牛不同组织以及原代脂肪细胞分化过程中的表达量。结果表明,牛HoxC9基因CDS区全长783 bp,编码260个氨基酸,是能发生核质转位的亲水性蛋白,其氨基酸序列主要由无规卷曲和α-螺旋构成。HoxC9在牛背脂中的表达量相对其他组织(心、肝、脾、肺、肾、肌肉)较高;随着细胞分化时间的推移,以0 d为对照,HoxC9的表达水平在第4天达到最高(P<0.01),第6天开始逐渐降低,在第8天表达水平达到最低。该研究结果为进一步揭示牛HoxC9基因的功能提供基础资料。

内蒙古绒山羊Hoxc9基因克隆与序列分析

根据GenBank上已发表的Hoxc9基因序列和本实验室前期构建绒山羊cDNA文库中Hoxc9基因部分序列设计引物。利用PCR技术从内蒙古绒山羊血液基因组DNA中扩增了Hoxc9基因,目的基因片段纯化后连接到PMD19-T载体,将鉴定的重组质粒进行测序,测序结果通过与GenBank中序列比对分析,确定扩增序列为Hoxc9基因,将该基因DNA序列提交至GenBank,登录号为DQ873298,DNA序列长为3308bp,cDNA序列长783bp,编码260个氨基酸。在此基础上利用生物信息软件对该序列结构特征进行分析。

会理黑山羊Hoxc9基因克隆与分析

为了探索Hoxc9基因在会理黑山羊毛囊生长发育中的机制,试验采用PCR方法从会理黑山羊血液中扩增Hoxc9基因,经克隆、测序、拼接并进行生物信息学分析。结果表明:会理黑山羊Hoxc9基因核苷酸序列长度为3 198 bp,由2个外显子和1个内含子组成,其中外显子分别为1 035 bp、507 bp,内含子为1 656 bp,与哺乳类动物同源性达96%以上。

内蒙古绒山羊Homeoboxc9基因在皮肤毛囊中的表达

试验通过原位杂交检测Homeoboxc9(Hoxc9)基因在皮肤毛囊中的表达情况,结果显示Hoxc9在胚胎期75d的上皮细胞中表达,伴随着毛囊的生长发育,Hoxc9基因分别在初级毛囊的毛母质、毛乳头、内根鞘、外根鞘和毛干几个部位表达;在次级毛囊的内根鞘和绒干表达。在这个过程中毛囊角质化细胞大量增殖,表明在毛囊发育中Hoxc9基因对于角质化细胞的增殖可能起一定作用。

同源盒基因与血管重构的相关研究进展

血管重构是血管壁结构的生理及病理性改变,主要涉及血管内皮细胞、血管平滑肌细胞等的增殖、迁移、凋亡,以及细胞外基质的合成、降解等过程。同源盒基因与胚胎心血管系统形成、成年人血管重构的过程以及血管内皮细胞、血管平滑肌细胞功能失调有关。本文就血管重构及其相关疾病与同源盒基因家族成员的相关研究进展予以综述。