二化螟Halloween家族基因Cyp302a1和Cyp315a1的克隆与时空表达谱分析

[目的]Halloween家族基因参与合成蜕皮激素,调控昆虫发育、繁殖等重要生命过程。二化螟(Chilo suppressalis)是水稻的重要害虫,明确二化螟Halloween家族基因完整序列及表达谱特征,对后续开展二化螟生长发育等调控机制研究具有重要作用。[方法]利用反转录PCR(RT-PCR)和快速扩增cDNA末端(RACE)技术克隆二化螟Halloween家族基因成员Cyp302a1和Cyp315a1的完整转录本序列;通过多重比对分析序列保守结构特征;利用MEGA 7.0软件构建了分子系统进化树;利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)分析基因的时空表达谱。[结果]克隆获得二化螟Halloween家族2个基因CsCyp302a1和CsCyp315a1的全长cDNA序列。各基因均含有5个序列保守结构域:WxxxR(Helix-C)、GxE/DTT/S(Helix-I)、ExxR(Helix-K)、PxxFxPE/DRF(PERF motif)和PFxxGxRxCxG/A(heme-binding domain),并且与各自的基因家族成员聚为一支。各基因在不同发育时期和不同组织内的表达水平存在差异,其表达模式在不同基因间也存在差异。二化螟Cyp307a1相对表达量最高,Cyp315a1相对表达量最低。Cyp307a1在头部表达量高;Cyp306a1在中肠表达量高;Cyp302a1和Cyp315a1在头部和表皮中表达量高;Cyp314a1在脂肪体和表皮中表达量高。[结论]明确了二化螟Halloween家族2个基因序列特征和全部5个主要基因的时空表达谱特征。

辣椒SAD基因家族的鉴定与表达分析

^(Δ)9-硬脂酰-ACP脱氢酶(^(Δ)stearyl-ACP dehydrogenase,SAD)是不饱和脂肪酸合成代谢的重要限速酶。为明确辣椒SAD基因家族成员的特征及在不同组织、果实发育阶段和低温胁迫中的表达模式,本研究基于全基因组数据鉴定辣椒SAD家族成员,并对其理化性质、系统进化关系、保守基序、基因结构、蛋白质结构、顺式作用元件与表达情况进行分析。结果表明,在辣椒中鉴定出5个CaSADs基因,均包含FA_desaturase_2保守结构域;主要分布在4条染色体上,编码蛋白的氨基酸数量在316~396个之间,基因外显子数量为2~3个;进化树分析表明,辣椒SAD基因家族可以分为3类;顺式作用元件分析表明,CaSADs基因上游启动子广泛存在植物生长发育响应元件;转录组数据分析表明,CaSAD5在果实发育阶段中差异表达;基因表达量分析表明,CaSAD2~CaSAD5基因在果皮与种子中差异表达,并且在低温胁迫响应中发挥了作用。研究结果为CaSADs基因的功能开发与耐寒育种提供理论基础。

珙桐MADS-box基因家族的鉴定、表达及调控分析

为了对珙桐MADS-box基因家族进行全面系统的研究,了解其对珙桐花器官特性和苞片发育的影响,本研究在珙桐全基因组范围内对MADS-box基因家族进行鉴定和分类,并与近缘物种进行同源性分析.通过物种内共线性基因计算珙桐MADS-box基因家族的选择压力.成功鉴定了103个珙桐MADS-box基因家族成员,其中MIKCC类基因受到更为强烈的纯化选择.通过与近缘物种的MADS-box基因家族的同源性分析发现珙桐AGL2/SEP亚家族和SQUA亚家族的MADS-box基因数目存在明显的扩张.利用转录组测序技术以及qRTPCR检测了MADS-box基因家族在3个发育阶段的苞片和叶片中的表达模式,并利用转录因子结合位点对部分关键差异表达基因所编码的转录因子进行了靶基因的初步预测,发现珙桐花瓣状苞片的形成可能是花器官特征决定基因AP1-like、AP3-like和SEP-like的同源基因在苞片中的异位表达所导致.

李PsNAC基因家族鉴定及其在空腔褐变果实中的表达模式分析

【目的】NAC转录因子广泛参与植物生长发育和应对逆境胁迫过程,被认为是植物次生细胞壁生物合成转录调控的一级开关。鉴定李PsNAC转录因子家族,探索其与皇冠李果实空腔褐变的关系。【方法】采用生物信息学方法,分析李PsNAC家族成员、理化性质、系统发育和基因结构等,并通过qRT-PCR技术,分析PsNACs在空腔褐变皇冠李果实中的表达模式。【结果】李PsNACs包含115个成员,不均匀地分布在8条染色体上,可分为17个亚族,与植物次生细胞壁合成相关的OsNAC003和OsNAC7亚族分别含6和10个PsNACs。PsNACs启动子区域含有丰富的激素响应元件和MYB结合位点。10个PsNACs在皇冠李空腔褐变果实中的表达量均高于非空腔褐变果实。【结论】本结果为研究PsNAC家族成员与皇冠李果实空腔褐变的具体关联性奠定了重要基础。

7个家族性腺瘤样息肉病家系的基因变异分析及遗传咨询

目的分析7个家族样腺瘤样息肉病(familial adenomatous polyposis,FAP)家系的临床病理特点及致病性变异,并据此提供遗传咨询。方法收集患者临床信息,采集先证者病变组织及外周血样本,进行遗传性结直肠癌致病基因筛查;同时,采集家系成员外周血样本进行Sanger测序验证。结果在7例先证者中,5例被发现有Ⅰ类致病性变异,分别为APC p.V677Sfs*3、APC p.E1538*(COSM6041693)、APC p.Q1429*(COSM18836)、APC p.S1281*(COSM19212)、APC p.Q1062*(COSM3696862)。结合家系数据的基因型-表型关联分析,鉴定出APC p.V677Sfs*3为新的APC种系突变。在7例FAP先证者根治术标本中,均存在多发性绒毛状管状腺瘤。通过遗传咨询,1例密集型FAP热点突变携带者(APC p.E1538*)选择预防性手术;2例APC p.V677Sfs*3携带者选择内镜下治疗。结论病理检出多发性绒毛状管状腺瘤高度提示FAP。结合遗传性肠癌致病基因筛查和恰当的干预手段,有助于基因突变携带者降低患癌风险。

番茄顺式还原酮加双氧酶基因家族分析及功能鉴定

顺式还原酮加双氧酶(acireductone dioxygenase, ARD)是Cupins蛋白家族的一员,在原核生物和真核生物中广泛存在,主要参与甲硫氨酸代谢途径的催化;另外,植物中甲硫氨酸代谢途径与乙烯和多胺等的合成密切相关,且乙烯和多胺参与了植物生长发育和逆境胁迫响应等多种生物学过程。植物中关于ARD的研究报道有限,尤其是园艺作物。番茄在人们的日常饮食结构中占有重要比例,也是植物研究领域常用的模式植物之一。本研究以番茄(Solanum lycopersicum)为研究对象,鉴定番茄基因组中包含的SlARD成员,并利用生物信息学分析手段、定量PCR技术和亚细胞定位等实验,对番茄SlARD基因家族进行分析及功能鉴定。结果表明,番茄基因组中共包含2个SlARD成员,分别命名为SlARD1和SlARD2,二者均定位于番茄第9号染色体,与拟南芥(Arabidopsis thalina)AtARD家族成员存在一定的系统发育和进化关系;SlARD1/2均只包含1个ARD结构域;番茄SlARD1/2在根、茎、叶中均有表达,能够响应水涝胁迫,定位于细胞质和细胞核。本研究还对结合SlARD1和SlARD2启动子的转录因子和SlARD1/2的互作蛋白网络进行了预测。上述实验结果能够为番茄SlARD的功能和分子机理研究提供理论参考和实验依据。

甜瓜锚定蛋白ANK家族基因生物信息学鉴定分析

ANK(Ankyrin)锚定蛋白家族编码ANK结构域,植物中ANK家族基因参与调控植物对生物与非生物胁迫的响应.基于甜瓜全基因组及转录组测序数据,对甜瓜中ANK家族基因进行鉴定,分析其空间表达模式及胁迫响应表达模式.共鉴定出78个ANK基因,分为11个亚族;系统进化树分析将甜瓜ANK成员分为7大亚簇,种内8对ANK基因存在共线性关系,5个ANK基因与拟南芥、水稻、黄瓜存在种间共线性关系.CmANK家族基因在不同组织差异表达,不同胁迫下表达亦有所不同.CmANK30在非生物和生物胁迫下均呈现明显的上调表达,表明该基因积极参与逆境胁迫响应调控.

普通烟草PYL基因家族成员鉴定及干旱胁迫下基因表达分析

PYR/PYL/RCAR(PYL)蛋白作为脱落酸(ABA)的直接受体,在ABA信号转导途径中发挥着关键调控作用。为探究PYL基因在烟草中的系统发育和表达模式,本研究利用生物信息学手段在普通烟草品种K326全基因组范围内进行了鉴定分析,并利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测了各基因在遭受干旱胁迫0、1、3、6、12、24、36和48 h的基因表达量。结果共鉴定到26个烟草PYL基因,依据系统发育和结构特点可划分为3个亚家族(Ⅰ~Ⅲ),成员数目分别为9、11和6。蛋白理化性质分析结果表明,所有烟草PYL蛋白都呈亲水性,氨基酸长度在173~586 aa之间,相对分子量在16 763.26~65 709.39 Da之间,等电点(pI)在4.73~9.05之间。顺式作用元件分析结果发现,烟草PYL基因启动子区含有MYB、NAC、WARKY、TCP、ZF-HD等逆境胁迫响应相关元件。基因表达结果显示,烟草PYL基因在遭受干旱胁迫后,除NtPYL8、NtPYL9、NtPYL17和NtPYL21基因外、其余基因表达量整体表现为上调趋势,但各亚家族成员间基因表达具有明显差异。其中亚家族Ⅱ中NtPYL1、NtPYL2、NtPYL4基因和亚家族Ⅲ中NtPYL25基因在遭受干旱胁迫6~12 h后基因表达量达到最高,且相对表达量较0 h上升显著,可作为烟草应答干旱胁迫的重要候选基因。本研究为进一步开展烟草候选抗旱PYL基因功能研究及育种利用奠定了基础。

油茶KAS基因家族的鉴定及表达分析

酮脂酰ACP合成酶(beta-ketoacyl-acyl carrier protein synthase,KAS)是植物脂肪酸生物合成过程中的关键酶系。为探究KAS在油茶种子成熟和油脂积累中的作用,本研究通过生物信息学方法对CoKAS基因家族成员进行鉴定,分析其理化性质、染色体定位、亚细胞定位、二级结构、进化关系、保守基序、启动子顺式作用元件,并采用RT-qPCR技术分析油茶果实油脂快速积累期的表达模式。结果表明:鉴定出的14个CoKAS家族成员分布在7条染色体上,相对分子质量在1.13~5.15 kDa之间,且大部分为酸性稳定蛋白。除CoKAS II-2定位于线粒体和叶绿体外,其余均定位于叶绿体。系统发育分析显示CoKAS基因被分为3个亚类,同一亚族成员的基因结构和保守基序具有相似性。CoKAS基因家族成员的启动子区域富含与生长发育、光响应、激素诱导和胁迫应答相关的顺式作用元件。通过表达分析发现,大部分CoKAS基因在油茶种子油脂快速积累期的表达量较高。此外,在油茶果实成熟过程中,CoKAS与CoMYB基因家族间存在有较强相关性的成员。本研究结果为深入解析CoKAS基因在油茶油脂生物合成中的调控机制提供理论基础。

玉米CDC48基因家族鉴定及表达分析

为了揭示玉米CDC48基因功能和机制,采用生物信息学方法在玉米基因组水平鉴定CDC48基因家族成员,并运用实时荧光定量聚合酶链式反应方法分析家族基因逆境和组织表达模式。结果表明:在全基因组水平筛选鉴定出14个ZmCDC48基因;染色体定位分析显示ZmCDC48基因家族成员不均匀地分布在9条染色体上;系统进化分析将14个ZmCDC 48基因分为3组进化分支,各组内基因结构和蛋白序列保守,但各组间差异较大,可能存在功能差异;种内和种间共线性分析结果显示ZmCDC 48基因共有7个重复事件,与水稻Oryza sativa的OsCDC 48有12个同源基因对,与拟南芥Arabidopsis thaliana的AtCDC 48无同源基因对;顺式作用元件、组织和逆境表达模式分析显示ZmCDC 48基因可能参与玉米生长发育和逆境响应过程;互作蛋白预测的结果显示ZmCDC48蛋白可能通过与核蛋白定位蛋白4(NPL4)家族、泛素融合降解(UFD1)家族、含泛素调节X(UBX)结构域蛋白、卵巢肿瘤(OTU)样蛋白等互作,参与玉米生长发育、蛋白质降解和免疫过程。

绿豆R2R3-MYB转录因子家族鉴定及其类黄酮合成调控基因的筛选

R2R3-MYB转录因子家族在植物次生代谢物合成、胁迫应答和生长发育等生命过程起着重要的调控作用。本研究基于生物信息学鉴定了绿豆(Vigna radiata L.)全基因组水平的R2R3-MYB转录因子,并对其理化性质、系统进化、染色体定位、启动子顺式作用元件及基因结构做了预测分析;此外,转录组数据和实时荧光定量PCR(QuantitativeReal-timePCR,RT-PCR)分析该转录因子在不同组织、逆境胁迫下的表达模式;并基于相关分析及蛋白互作网络,筛选到可能参与调控绿豆类黄酮生物合成的R2R3-MYB成员。结果表明,共鉴定到168个R2R3-MYB成员,其中145个分布于11条染色体, 23个成员染色体信息未知;大多数R2R3-MYB含有3个外显子,编码99~1645个氨基酸,均为亲水性蛋白;系统进化将绿豆R2R3-MYB基因家族分为30个亚组(V1~V30),不同亚组成员的基因结构存在差异;共线性分析表明,片段复制事件均进行了纯化选择;启动子顺式作用元件分析表明,绿豆R2R3-MYB基因启动子区含有大量激素响应、胁迫响应及少量的类黄酮合成响应等元件;基因表达分析表明,在叶片、叶柄、下胚轴和籽粒种皮中表达量较高的成员分别占15.5%、16.1%、16.1%和10.7%。RT-PCR分析发现,几乎所有的R2R3-MYB家族成员在低温胁迫下的相对表达量显著下调,不同成员对逆境胁迫有不同的响应模式。蛋白互作与相关性分析可知,VrMYB6、VrMYB77、VrMYB93这3个基因可能参与了绿豆类黄酮生物合成的调控。

百合GARP家族鉴定和鳞片发育的基因克隆与表达

GARP是植物特异性转录因子家族,在植物生长发育和非生物胁迫响应中发挥关键作用。为全面了解百合GARP转录因子提供基础资料,为探索百合鳞片的生长发育机制奠定一定基础,基于二代、三代百合转录组数据,对其GARP家族成员进行鉴定和表达分析。结果表明,在转录组数据中共鉴定出34个GARP蛋白,均为亲水性蛋白,68%为酸性蛋白,94%为不稳定蛋白。系统进化树将百合GARPs分为5个亚家族:ARR-B、GLK、NIGT1/HRS1/HHO、PHR1/PHL1和KAN,进化分析发现,百合GARPs可能参与生长发育、生物钟调节、开花转化、激素运输、非生物胁迫等过程。对鳞片发育具有重要作用的ARR-B亚家族成员进行qRT-PCR分析,结果发现,LhGARP33、LhGARP30和LhGARP3可能对鳞茎发育起重要作用。LhGARP3和LhGARP30被成功克隆,氨基酸序列具有典型的ARR-Bs磷酸受体结构域(REC)及金属和磷酸化结合位点。空间表达分析了ARR-B I亚组在花、叶和鳞片中的表达模式,结果表明,LhGARP5在叶中的表达量最高,而LhGARP31在花中的表达量最高,LhGARP33、LhGARP30和LhGARP3的表达特征基本一致,均在鳞片中高表达,其可能作为关键基因在鳞片发育过程中发挥主要作用。

基于全长转录组测序的金花茶NAC基因家族鉴定及分析

利用生物信息学技术对金花茶(Camellianitidissima)的全长转录组数据进行筛选,获得了35个金花茶NAC转录因子,将其分别命名为CnNAC1~CnNAC35;随后分析了蛋白理化性质、保守结构域以及系统发育关系;利用RNA-seq数据,对金花茶NAC转录因子在根、茎、叶、花等组织中的表达谱进行了研究;并对金花茶不同开花时期的花瓣表达量与关键类黄酮化合物含量进行Pearson相关性分析。结果表明:金花茶NAC基因家族成员编码的蛋白主要为亲水性的不稳定蛋白,大多定位于细胞核或叶绿体中,多数蛋白都含有NAC基因家族所特有的5个亚保守结构域;系统进化分析中,35个金花茶NAC蛋白被分为16个亚家族,而NAC2亚家族所包含的蛋白数量最多;金花茶NAC转录因子在不同组织中的表达量存在差异,其中8个金花茶NAC转录因子在花瓣中的表达量相对较高,且与槲皮素、槲皮素-7-O-葡糖苷的变化量显著相关。

结球甘蓝CBF家族特征分析及低温诱导基因BoCBF1、BoCBF2a和BoCBF3表达分析

转录因子CBF在植物对低温胁迫的响应和增强植物的抗寒性方面发挥着重要作用。为分析结球甘蓝CBF家族成员的氨基酸序列特征,探究其是否受低温诱导表达,本研究利用结球甘蓝923全基因组数据库对其进行蛋白质理化特征、系统发育关系、编码基因结构以及2℃低温胁迫下编码基因表达水平分析。结果表明,共鉴定到7个BoCBF基因,系统发育分析后分成2个亚组(Ⅰ和Ⅱ)。BoCBF蛋白的氨基酸长度为203~283 aa,全部是亲水性蛋白质。在结球甘蓝02-12中,BoCBF1、BoCBF2a和BoCBF3基因在叶、花、芽和角果中基本不表达,在愈伤组织、根和茎中表达量较低。转录组测序和实时荧光定量PCR分析发现,在耐寒结球甘蓝923和不耐寒结球甘蓝D9中,BoCBF2b、BoCBF2c基因不受低温诱导表达,BoCBF2a基因低温诱导表达最为迅速,其次是BoCBF1和BoCBF3基因。BoCBF1、BoCBF2a和BoCBF3基因的相对表达量在低温胁迫3~6 h达到最大值,相对表达量达到最大值后急剧下降,在24 h降至最低。本研究结果为后续开展BoCBF1、BoCBF2a和BoCBF3基因调控结球甘蓝响应低温胁迫机理研究奠定了基础。

油桐ARF基因家族的鉴定及表达分析

植物生长发育由多种激素共同调控,其中生长素是重要的调控激素之一。生长素响应因子(Auxin response factor, ARF)是生长素信号传导过程中的关键因子,它能够特异性地与生长素应答元件结合,进而影响植物体内生长素响应基因的表达。本研究通过生物信息学方法鉴定到17个油桐ARF基因家族成员,分布在9条染色体上,并且各基因间无片段重复现象。理化性质分析结果表明,ARF蛋白长度为587~1 119 aa,均为酸性蛋白质,不稳定系数>40,为不稳定蛋白质,亲水性指数<0,为亲水性蛋白质。根据系统进化分析结果将油桐ARF蛋白家族分为4个亚族,与拟南芥的亚族划分一致。每个成员都具有典型的B3型结构域和Auxin_resp中间结构域。分析ARF基因表达特征发现,ARF基因的表达在油桐不同组织中具有明显的组织特异性。本研究结果为揭示油桐生长发育调控机制提供了理论依据。

高粱LBD基因家族的鉴定及苗期干旱胁迫表达分析

【目的】研究LBD(Lateral organ boundaries domain)基因家族在调控高粱干旱胁迫中的作用,为高粱(Sorghum bicolor)耐旱分子育种提供依据。【方法】利用生物信息学的方法鉴定高粱基因组中的LBD基因家族,对其理化性质、染色体分布、系统进化、基因结构、保守基序、顺式调控元件以及组织表达模式进行分析。【结果】鉴定出32个LBD基因,不均匀地分布在除6号染色体外的9条染色体上;系统发育树分析将其分为Class I和Class II两组,均含有CX2CX6CX3C结构域,其中Class I有25个家族成员,含有相对完整的GAS和LX6LX3LX7L结构域,Class II有7个家族成员,甘氨酸组成的保守序列均为GRA,LX6LX3LX7L结构域不完整。同一组内的成员保守结构域蛋白序列一致性更高,基因结构和保守基序高度相似;系统进化分析发现高粱LBD蛋白与单子叶植物的同源性大于双子叶植物;顺式调控元件分析发现,SbLBD启动子序列中光响应元件G-box、脱落酸响应元件ABRE数量最多,其次是茉莉酸甲酯响应元件CGTCA-motif和厌氧诱导响应元件ARE,另外检测到低温响应元件LTR和干旱诱导元件MBS。表达分析发现,Class II中的7个成员和Class I中的SbLBD24在高粱各生育期和多数组织中表达量均较高。在模拟干旱处理下,高粱幼苗中SbLBD6下调表达,SbLBD26上调表达。【结论】不同组SbLBD基因保守序列存在差异。高粱LBD家族基因可响应低温、干旱、光强和光周期等多种逆境条件,且具有组织表达特异性。SbLBD6和SbLBD26可能在高粱干旱胁迫响应中具有重要作用。

油桐全基因组中RVE基因家族的鉴定与表达分析

油桐(Vernicia fordii)是一种极具经济开发价值的木本油料落叶树种。RVE转录因子的功能与植物生物钟的控制有关,其在胁迫中起重要作用,尤其是冷胁迫。本研究利用生物信息学方法对油桐全基因组中RVE同源基因家族成员的生物学特征进行深入研究,共鉴定出5个油桐RVE同源基因家族成员,并将其分别命名为Vf RVE1、Vf RVE3、Vf RVE6、Vf RVE7和Vf RVE8,这5个基因家族成员编码蛋白均为定位于细胞核内的不稳定亲水性蛋白。经过对其保守基序分析,结果发现Motif1、Motif3和Motif5很可能是油桐RVE同源基因家族的特征结构域。RVE基因在油桐和拟南芥(Arabidopsis thaliana)之间是高度同源的。基因表达分析表明,Vf RVE3在花和种子发育过程中起着重要作用;Vf RVE7与油桐营养组织的发育,Vf RVE1、Vf RVE3和Vf RVE8与两性花的发育,Vf RVE6与种子晚期发育可能有密切联系。本研究揭示了油桐RVE基因家族的生物信息学特征,为探究油桐RVE基因家族的功能与后续油桐低温适应性研究提供了重要参考。

油桐HSP70基因家族的全基因组鉴定与表达分析

为探究油桐HSP70基因的功能和进化关系,本研究对HSP70基因家族成员进行了生物信息学鉴定和分析,包括理化性质、进化关系、基因结构、保守基序及染色体定位。同时分析了HSP70基因家族成员在不同组织中的表达差异。结果表明,油桐HSP70基因家族包含24个家族成员,24个HSP70蛋白的理论等电点为4.57~8.70,且大部分属于稳定的、亲水性蛋白质,系统进化树分析结果表明HSP70家族成员分为5个聚类,油桐与毛果杨亲缘关系较近。24个VfHSP70蛋白氨基酸序列都包含HSP70保守结构域。22条HSP70基因分布在10条染色体上。分析不同时空的VfHSP70基因的表达量发现,VfHSP70-5在开花前30 d、开花前25 d、开花前10 d的花蕾中表达量均较高。VfHSP70-4在油桐根、茎、叶和种子中均有较高表达量。以上结果表明,VfHSP70基因可能在调控油桐生长发育中具有重要作用。

枸杞SWEET基因家族鉴定及其与可溶性糖含量关系

【目的】糖外排转运蛋白(sugars will eventually be exported transporters,SWEETs)在植物生长发育过程中发挥重要作用,解析SWEETs基因在枸杞果实发育过程中对糖积累作用,为进一步揭示SWEETs基因在枸杞果实发育过程中的作用提供参考。【方法】用生物信息学方法对枸杞SWEET基因(LbaSWEETs)进行全基因组鉴定,并用已发表的转录数据分析LbaSWEETs在果实发育时期的基因表达情况。【结果】枸杞SWEET基因家族共有37个成员,随机分布于10条染色体上,分别编码152~621个氨基酸,蛋白质分子质量为16.87~69.97 kD,等电点为4.96~9.86。亚细胞定位预测位于叶绿体或质膜,大多数含有7个跨膜螺旋。系统进化分析发现,37个LbaSWEETs蛋白可分为4个亚群,每个亚群的基因结构和保守基序组成相似。启动子元件分析表明:Lba-SWEETs基因启动子富含大量激素响应、逆境胁迫和生长发育响应元件。转录组数据和qRT-PCR分析表明:LbaSWEET9和LbaSWEET29基因表达量随果实成熟呈现显著增加。相关性分析结果表明,LbaSWEET9和LbaSWEET29基因表达量与果糖含量呈显著正相关。【结论】LbaSWEET9和LbaSWEET29基因是果糖积累的关键基因。

白菜型油菜IPT基因家族鉴定及表达分析

异戊烯基转移酶(isopentenyltransferase,IPT)是细胞分裂素生物合成的第一限速酶,为分析IPT基因家族在白菜型油菜生长中的功能,利用生物信息学方法从其基因组中鉴定出13个BrIPT基因,它们不均匀地分布在7条染色体上。BrIPTs可分为4个亚族,各家族成员均含有8~10个保守基序和1~2个UTR区。BrIPT基因的启动子区域包含众多响应元件。BrIPT基因家族成员受环境因子、生物激素及防御与应激调控。qRTPCR结果显示,tRNA-IPT基因BrIPT4、BrIPT6、BrIPT9在白菜型油菜体内各个部位均有表达。相比于苗期,成熟期白菜型油菜IPT基因的表达量更高,为后续深入研究IPT基因家族成员的生理生化功能提供了理论依据。