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青霉菌侵染前后哈密瓜转录组的构建及分析
被引量:
3
1
作者
单春会
陈卫
+1 位作者
唐凤仙
姜富耀
《食品与生物技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第8期806-814,共9页
丰富的营养物质容易被青霉菌侵染,从而导致哈密瓜的腐坏变质。利用Illumina测序技术考察青霉病原菌侵染前后哈密瓜基因转录组水平的差异变化。利用Illumina平台测序并分析了哈密瓜的转录组信息。过滤后的Clean Reads包含4 947 555 420 n...
丰富的营养物质容易被青霉菌侵染,从而导致哈密瓜的腐坏变质。利用Illumina测序技术考察青霉病原菌侵染前后哈密瓜基因转录组水平的差异变化。利用Illumina平台测序并分析了哈密瓜的转录组信息。过滤后的Clean Reads包含4 947 555 420 nt的碱基数,对Clean Reads进行组装,获得了50 502条Unigene。在NR数据库中,以E value值10-5为截点进行BLAST比对,共有71.28%的Unigenes比对到该数据库中。但还有10 526条Unigene没有比对到NR、NT和Swiss-Prot数据库,可能是哈密瓜果实区别于其它物种而特有的基因,这需要进一步验证。将本次转录组测序得到的39 976个Unigene比对到KEGG数据库进行Pathway注释,共映射到不同的代谢通路128个。
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关键词
哈密瓜
转录组
测序
组装结果分析
下载PDF
职称材料
题名
青霉菌侵染前后哈密瓜转录组的构建及分析
被引量:
3
1
作者
单春会
陈卫
唐凤仙
姜富耀
机构
江南大学食品学院
石河子大学食品学院
出处
《食品与生物技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第8期806-814,共9页
基金
国家自然科学基金项目(31360412)
文摘
丰富的营养物质容易被青霉菌侵染,从而导致哈密瓜的腐坏变质。利用Illumina测序技术考察青霉病原菌侵染前后哈密瓜基因转录组水平的差异变化。利用Illumina平台测序并分析了哈密瓜的转录组信息。过滤后的Clean Reads包含4 947 555 420 nt的碱基数,对Clean Reads进行组装,获得了50 502条Unigene。在NR数据库中,以E value值10-5为截点进行BLAST比对,共有71.28%的Unigenes比对到该数据库中。但还有10 526条Unigene没有比对到NR、NT和Swiss-Prot数据库,可能是哈密瓜果实区别于其它物种而特有的基因,这需要进一步验证。将本次转录组测序得到的39 976个Unigene比对到KEGG数据库进行Pathway注释,共映射到不同的代谢通路128个。
关键词
哈密瓜
转录组
测序
组装结果分析
Keywords
hami cantaoupe
,
transcriptome
,
denovo
,
assembly analysis
分类号
S436.5 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
青霉菌侵染前后哈密瓜转录组的构建及分析
单春会
陈卫
唐凤仙
姜富耀
《食品与生物技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016
3
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职称材料
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引证文献
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