传染性法氏囊病病毒中国超强毒株Harbin-1基因组A节段全长cDNA的连接

本研究利用单酶切位点 Sal消化传染性法氏囊病病毒中国超强毒株 Harbin-1基因组 A节段的上段和下段克隆 p GEM-T-P1 2和p GEM-T-P3 4,经过去磷酸化以后 ,再用连接酶将上下段连接起来。酶切和测序鉴定结果表明 ,我们得到了全长的 IBDV基因组 A节段编码区c DNA克隆。本研究结果为以后的工作奠定了基础。

利用“黄海芯1号”55K SNP芯片评估凡纳滨对虾选育群体的遗传多样性与基因组近交水平

凡纳滨对虾的主要选育目标分为两个方面:一是培育具有较强抗病、抗逆性的“高抗系”(GK),二是培育具有快速生长特性的“快大系”(KD)。然而,国内缺少针对这两个选育群体的遗传多样性特别是基因组近交水平的调查分析研究。基于液相芯片“黄海芯1号”(55 K SNP)的基因分型数据,首次分析了GK(1064尾个体)和KD(564尾个体)选育群体的遗传结构和遗传多样性,调查了连续性纯合片段(ROH)的基因组分布特征,并重点评估了两个群体的基因组近交水平。PCA及进化树分析表明GK及KD群体可明确分层,亲缘关系热图表明KD群体内个体间的亲缘关系比GK群体更近。GK群体包括的家系数量更多,导致其遗传多样性高于KD群体;两群体间的F_(st)为0.09,存在中等遗传分化。GK和KD群体每个ROH的平均长度分别为(1.70±0.34)Mb和(1.65±0.38)Mb,每个样本ROH的平均数量分别为1.98±1.30和2.07±1.37。GK和KD群体0.8~1.25 Mb长度的ROH占比分别为11.41%和19.17%,表明KD群体的选育历史比GK群体更长。两个群体>2.25 Mb长度的ROH片段占比分别为10.26和9.74%,表明两个群体短期内未发生近亲交配。七种基因组近交系数评估结果表明,KD群体的近交水平高于GK群体。不依赖基础群体等位基因频率的F_(ROH)和F_(HOM)方法可准确地评价育种群体的真实近交水平,而F_(VR1)、F_(YA1)和F_(LH1)等依赖基础群体等位基因频率的方法可以用来比较群体及个体间的相对近交水平。上述结果为准确地评估育种群体的近交水平和优化育种方案提供了重要参考依据。

A型塞内卡谷病毒SDMY-CH-2021的分离鉴定及全基因组序列分析

为了查明山东省某养猪场水疱性传染病的病原体,试验采集了该养猪场猪只的水疱皮病料,并采用RT-PCR、病毒分离纯化、基因测序及分子生物学分析等方法对样品进行了病毒分离、鉴定和全基因组序列测定。结果表明:确诊该养猪场猪只发生水疱性传染病的病因为A型塞内卡谷病毒(SVA)感染,同时排除了猪口蹄疫病毒和猪水疱病病毒混合感染的情况,并成功分离到一株SVA,命名为SDMY-CH-2021株。该分离株在BHK-21细胞中盲传3次可引起明显的致细胞病变效应,噬斑纯化3代测定其TCID_(50)为1×10^(-8.2)/100μL;基因全长为7388 bp,开放阅读框大小为6546 bp,编码2181个氨基酸。与参考毒株相比,该分离株与广州分离株CH-01-2015和武汉分离株HB-CH-2016亲缘关系较近;VP1蛋白氨基酸序列与美国首个分离株SVV-001的VP1蛋白氨基酸序列相似性最低,为92.5%;VP1蛋白存在9个B细胞线性抗原表位,相较于参考毒株VP1蛋白的氨基酸序列存在多处突变及缺失。说明分离株SDMY-CH-2021发生了部分基因变异。

甲基营养型芽胞杆菌NKG-1对番茄灰霉病的防治效果及全基因组分析

为了研究甲基营养型芽胞杆菌NKG-1对番茄灰霉病的防治效果,采用NKG-1发酵液处理番茄灰霉菌,观察番茄灰霉菌菌丝生长状态,测定菌丝干重、抑菌率,调查其对番茄离体叶片、苗期灰霉病防治效果。结果显示甲基营养型芽胞杆菌NKG-1显著抑制番茄灰霉菌菌丝的生长和产孢,对番茄离体叶片灰霉病防治效果达80.00%,对苗期番茄灰霉病的防治效果达73.14%。通过对NKG-1全基因组进行分析预测,发现该菌含有12个次级代谢产物基因簇,其中脂肽类抗生素表面活性素和丰原素具有抑菌作用,且丰原素已被证实具有强烈的抗真菌活性。本研究为甲基营养型芽胞杆菌NKG-1防治番茄灰霉病的应用和解析防病机理提供了重要的理论基础。

水稻品种TN1叶绿体基因组密码子偏好性分析

水稻是我国主要粮食作物之一,叶绿体发育对其生长和产量至关重要。TN1水稻品种的叶绿体基因组分析表明,密码子偏好受到自然选择和碱基突变压力的影响。低GC含量和低ENC值表明基因具有强烈的密码子偏性,且基因表达水平与基因密码子第一位碱基的GC含量密切相关。中性绘图和PR2-plot结果显示自然选择对密码子偏好性的影响,而ENC-plot分析表明突变压力也对密码子偏性有一定影响。此外,最优密码子分析表明叶绿体基因组的密码子偏好以A和U结尾。研究结果为水稻叶绿体基因组密码子使用模式提供了科学依据,对于水稻品种的遗传改良和生产具有重要意义。

三倍体茶树‘西莲1号’叶绿体基因组特征及系统发育分析

三倍体茶树品种‘西莲1号’是桑植白茶产业发展的主推品种,与湖南现有茶树品种相比具有很强的特异性。为揭示‘西莲1号’的分类和演化地位,项目采用叶绿体(Chloroplast,cp)全基因组测序技术进行了‘西莲1号’全基因组测序,并对其所有的SSR标记进行了开发与筛选。结果表明:(1)‘西莲1号’叶绿体基因组全长为157038 bp,GC含量为37.30%,为一个四分体结构,包括1个大的单拷贝(LSC)、一个小的单拷贝(SSC)和一对反向重复序列(IR),长度分别为86612 bp、18282 bp和26072 bp。cpDNA共注释得到132个基因,其中unigenes有114个,包含80个编码基因,30个tRNA基因和4个rRNA基因。(2)共鉴定出245个简单序列重复(SSR),通过筛选有15个SSR具有较高的多态性。获得了cpDNA基因组20个氨基酸的偏好密码子,‘西莲1号’密码子偏好以A/T碱基结尾。(3)基因选择压力分析表明,与茶组其他资源相比,6个基因(accD、ndhC、petB、rpl16、rpoC1、rpoC2)可能处于正选择状态。(4)基于叶绿体基因组序列构建了基于22份茶组植物的系统发育树,聚类结果显示‘西莲1号’与其他栽培型茶树品种(Camellia sinensis var.sinensis)处于系统发育树的末端,属于进化的茶树资源类型。

一株石油降解菌TDYN1基因组测序及分析

从天津市大港油田附近土壤中分离的新型细菌Falsochrobactrum TDYN1。基于lllumina Hiseq 2000平台对TDYN1进行de novo测序分析,用GO、COG、KEGG、NR以及Swiss-Prot数据库进行基因组基本功能注释。结果表明:TDYN1的基因组测序总长度3 076 677 bp,共得到23个Scaffold, GC含量为55.96%,编码基因共3 465个,其中能够注释到GO、COG、KEGG、NR以及Swiss-Prot的基因数目分别为1 689、2 998、1 946、3 197以及2 513个;同时,预测到TDYN1拥有与石油烃代谢相关的代谢通路,该菌株具有能够降解二[口恶]英、多环芳烃、硝基甲苯等的能力。通过对TDYN1的全基因组测序和特异性功能基因分析,为进一步对菌株TDYN1的石油烃降解机制及应用研究奠定理论依据,为生产功能菌提供参考数据。

产γ-氨基丁酸酿酒酵母CLNJ1的鉴定及基因组改组选育研究

该研究采用基因组改组技术对筛选鉴定的产γ-氨基丁酸酵母进行选育,提高γ-氨基丁酸产量,并对改组后的菌株进行了安全性评价。结果表明,筛选出的产γ-氨基丁酸菌株CLNJ1为酿酒酵母Saccharomyces cerevisiae,产量为1.72 g/L。对菌株CLNJ1进行LiCl诱变,得到菌株CLNJ1-Y,γ-氨基丁酸产量为5.96 g/L,比出发菌株CLNJ1的γ-氨基丁酸产量提高247%。对菌株CLNJ1-Y进行基因组改组得到菌株CLNJ1-YC,γ-氨基丁酸产量为12.28 g/L,比出发菌株CLNJ1提高614%。改组菌株进行菌株溶血试验和抗生素敏感性试验,CLNJ1-YC没有溶血环出现,无溶血性,对大多数抗生素均敏感,菌株安全性良好。酿酒酵母CLNJ1通过基因组改组后可以提高γ-氨基丁酸产量,具有较好的应用开发价值,为其作为一种功能因子应用于食品和医药行业奠定理论基础和技术支持。

比较基因组杂交技术分析食管鳞状细胞癌遗传变异及PPFIA1异常表达的临床意义

目的分析食管鳞状细胞癌中基因组的遗传学变异特征,探讨异常扩增基因PPFIA1与临床病理参数及预后的相关性。方法选取2014年3月—2014年7月新疆医科大学第一附属医院食管鳞状细胞癌患者手术切除的6对肿瘤组织及癌旁正常组织。采用比较基因组杂交技术(CGH)检测食管鳞状细胞癌患者基因组遗传学变化,免疫组织化学法检测异常扩增基因PPFIA1在食管鳞状细胞癌中的表达水平,分析PPFIA1基因与食管鳞状细胞癌病理参数及预后的相关性。结果CGH分析结果发现食管鳞状细胞癌患者中5号染色体p15.33和11号染色体的q13.3和q22.1变异较大。食管癌组织PPFIA1阳性表达率高于癌旁组织(P<0.05)。不同临床分期、淋巴结转移食管癌患者的PPFIA1高表达率比较,差异有统计学意义(P<0.05),临床分期越高PPFIA1的阳性表达率也越高,淋巴结有转移的患者PPFIA1的阳性表达率高于无淋巴结转移的患者。而不同性别、年龄、病理分级、分化类型、肿瘤大小、浸润深度食管癌患者的PPFIA1高表达率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。PPFIA1高表达与低表达患者生存曲线比较,差异有统计学意义(P<0.05),PPFIA1高表达患者生存期较短,预后较差。结论食管鳞状细胞癌中11q13.3变异较大,PPFIA1基因可能在食管鳞状细胞癌的转移和预后中起一定作用。

产γ-氨基丁酸贝莱斯芽孢杆菌CLYB1的鉴定及基因组改组选育研究

为了提高γ-氨基丁酸产量,本研究采用紫外诱变和基因组改组技术处理筛选鉴定的产γ-氨基丁酸菌株CLYB1,并对改组后的菌株进行溶血试验和抗生素敏感性试验。结果表明:产γ-氨基丁酸菌株CLYB1为贝莱斯芽孢杆菌Bacillus velezensis,产量为3.95 g/L。对菌株CLYB1进行紫外诱变,得到菌株CLYB1-Y,γ-氨基丁酸产量为10.26 g/L,比出发菌株CLYB1的γ-氨基丁酸产量提高160%。通过基因组改组得到菌株CLYB1-YC,γ-氨基丁酸产量为20.19 g/L,比出发菌株CLYB1提高411%。改组菌株进行菌株溶血试验和抗生素敏感性试验,CLYB1-YC没有溶血环出现,无溶血性,对青霉素、氨苄西林、头孢曲松、庆大霉素、四环素、红霉素、环丙沙星、林可霉素、氯霉素、复方新诺明10种常见抗生素均敏感,菌株安全性良好。贝莱斯芽孢杆菌CLYB1通过基因组改组可以提高γ-氨基丁酸产量,菌株具有更好的应用开发价值。

结直肠癌p53和DNA损伤调节基因1的表达及临床意义

目的 分析p53和DNA损伤调节基因1(p53 and DNA damage regulated gene 1,PDRG1)在结直肠癌中的表达及其临床意义。方法 检索癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中结直肠癌数据集,比较PDRG1 mRNA在结直肠癌组织和正常结直肠组织中的表达差异,分析其表达与临床病理特征及预后的关系。DNA甲基化交互可视化数据库(DNA methylation interactive visualization database,DNMIVD)分析PDRG1基因甲基化与m RNA表达水平的关系。另选取本院2019年2月至2020年5月存档的102例结直肠癌组织及其癌旁正常结直肠组织石蜡标本进行验证,采用免疫组织化学法检测PDRG1蛋白的表达。结果 TCGA数据库分析发现,PDRG1 mRNA在结直肠癌组织(n=284)中的表达较正常结直肠组织(n=41)增高(P<0.01),且结直肠癌PDRG1 mRNA表达与拷贝数变异呈正相关(n=273;r=0.792,P<0.01)。DNMIVD分析显示,PDRG1启动子甲基化β值与基因表达水平呈负相关(r=-0.34,P<0.01)。TCGA数据库分析显示,结直肠癌患者(n=273)PDRG1 mRNA表达在肿瘤位置、TNM分期及远处转移方面比较,差异均具有统计学意义(均P<0.05);对245例结直肠癌患者进行Kaplan-Meier生存分析发现,PDRG1 mRNA高表达患者(以中位数为分界值,大于中位数为高表达)无瘤生存期较短(P=0.019)。免疫组织化学检测显示,结直肠癌组织中PDRG1蛋白表达阳性率高于正常结直肠癌组织[87.3%(89/102) vs32.4%(33/102),P<0.01]。结论 PDRG1在结直肠癌中高表达,且与肿瘤位置、远处转移和无瘤生存期有关,可能成为结直肠癌潜在的生物标志物。

TSC2/PKD1邻接基因综合征的临床特征及遗传学分析:病例系列研究

背景TSC2/PKD1邻接基因综合征(TSC2/PKD1 contiguous deletion syndrome,PKDTS)是TSC2与PKD1基因缺失导致的疾病,国内鲜有报道。目的总结5例TSC2/PKD1邻接基因综合征患儿的临床表型和遗传学特征。方法回顾性分析2015—2023年于解放军总医院儿科就诊的4例PKDTS患儿以及于山东第一医科大学附属省立医院就诊的1例PKDTS患儿病例资料,采集患儿及其父母的外周血样,分别利用不同的分子生物学方法进行基因检测。结果5例PKDTS患者均以癫痫起病,有相似的临床特征,包括皮肤色素脱失斑、颅内结节、多囊肾、肾功能异常、高血压等,伴有不同程度的发育迟缓,兼具结节性硬化(TSC)和常染色体显性多囊肾疾病(autosomal dominant polycystic kidney disease,ADPKD)的表型。雷帕霉素可以辅助控制TSC相关癫痫发作;严重肾囊肿患者需要穿刺抽液+药物凝固治疗来缓解症状。基因检测结果显示5例患儿分别存在TSC2/PKD1基因不同大小和区域的缺失:病例1,chr16:2131595-2264778区域存在133.18 kb的缺失;病例2,TSC2基因31~42号外显子和PKD1基因30~46号外显子缺失,长度17.64 kb;病例3,chr16:g.2114201-2185990区域存在缺失,长度为71.789 kb;病例4,chr16:2125441-2176668区域缺失拷贝数51.22 kb;病例5,16p13.3(16:2099825-2151077)区域缺失,覆盖51.25 kb。结论本研究发现TSC2/PKD1缺失程度与临床症状的严重程度之间没有明确关联。利用全基因组测序可以早期精准诊断PKDTS并进行干预,雷帕霉素联合抗癫痫发作药物可较好控制TSC相关癫痫。

Kidd血型相关SLC14A1基因在肾透明细胞癌中的表达及临床意义

目的探讨Kidd血型溶质载体家族14基因(solute carrier family 14,SLC14A1)在肾透明细胞(kidney renal clear cell carcinoma,KIRC)中的表达及临床意义。方法运用生物信息学分析方法,联合SANGERBOX、GEPIA、UALCAN、STRING等数据库分析和评估SLC 14A1在KIRC中的表达和临床预后价值。结果Kidd血型SLC 14A1基因在4种肿瘤中观察到了显著上调(P<0.05),在22种肿瘤中观察到了显著下调(P<0.05),其中SLC 14A 1在KIRC组织中mRNA表达水平显著低于正常组织(1.35±1.69 vs 3.90±2.47,P=4.7e-36)。生存分析表明,SLC 14A1表达水平与KIRC总体生存率呈显著正相关(P<0.05)。基于单因素Cox和多因素Cox回归结果分析低表达SLC 14A1是KIRC预后危险因素。KEGG富集分析代谢途径通路占主导地位,GO富集分析吞噬体酸化、三价铁运输、转铁蛋白转运占主导地位。结论Kidd血型SLC 14A1基因在多数KIRC中呈现低表达,与KIRC的发生、发展和预后不良相关,有望作为KIRC诊断、预后判断和治疗靶点。

人类参考基因组的过去和将来

人类基因组计划得益于Sanger DNA测序技术的出现,使得人类参考基因组的草图得以产生。随着测序技术的发展和改进,人类参考基因组不断升级和完善,最新版本为GRCh38.p14。端粒到端粒(Telomere-to-Telomere,T2T)联盟使用大规模并行测序和单分子长读长测序技术完成了人类单倍体染色体的测序,这一成果可以作为新的参考依据。中国人完整二倍体基因组(CN1、YAO)的公布标志着参考基因组的进展。本文主要讨论人类参考基因组发展的历史过程、各个参考基因组版本情况与分析比较,并对其未来的发展趋势进行展望。

纤维素产生菌汉氏葡糖醋杆菌HDM1-3全基因组测序分析

为全面了解汉氏葡糖醋杆菌(Komagataeibacter hansenii,K.hansenii)HDM1-3的发酵特性,为提高纤维素产量提供基因组信息,对其基因组数据进行测序分析。采用PacBio RSⅡ平台对该菌株进行全基因组测序,基因组由1个3659612 bp染色体和2个质粒组成,编码3820个蛋白质,含有7个纤维素合成酶基因。基于16S rRNA的系统发育分析表明了K.hansenii HDM1-3相对于醋酸杆菌科菌株的进化地位。在基因组中,共注释到碳水化合物活性酶88个。通过KEGG注释到代谢通路相关基因共3132个,其中碳水化合物代谢相关基因287个。通过基因组测序获得了K.hansenii HDM1-3完整的基因组信息,为改造该菌株提供了基因组学基础。

安格斯牛十字部高性状全基因组关联分析及PSEN1基因对成肌细胞增殖分化的影响

旨在筛选出与宁夏地区安格斯牛十字部高性状显著相关的单核苷酸多态性位点(SNPs)及对应候选基因,并探究干扰候选基因PSEN1对成肌细胞增殖分化的影响。以宁夏地区饲养的211头安格斯牛母牛为研究对象,通过全基因组关联分析,筛选与安格斯牛十字部高性状显著相关SNPs及对应候选基因;利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测候选基因在成肌细胞不同分化时期的表达规律;合成基因PSEN1的特异性干扰片段转染成肌细胞,利用qRT-PCR和EdU染色技术检测干扰PSEN1基因对成肌细胞的影响。结果表明:位于1,3,4,5,7,10,13,15,20,28号染色体的14个位点及相应13个候选基因与十字部高显著相关。在成肌细胞分化过程中,PSEN1基因的表达量呈先上升后下降的趋势,第4天达到最高。与对照组相比,干扰组阳性细胞率极显著低于对照组(P<0.01),肌肉发育标志基因PAX3、MEF2C、IGF2和MYOG的表达量显著降低(P<0.05),PCNA、MEF2B、MYH1、CDK1和MYF5等基因虽然差异不显著,但整体仍呈现下降趋势,表明干扰PSEN1基因后会抑制成肌细胞的增殖和分化。确定了影响安格斯牛十字部高性状的候选基因;PSEN1基因在成肌细胞增殖和分化过程中具有重要作用,可能是影响安格斯牛生长发育的一个潜在候选基因。

1株携带bla_(NDM-1)的临床多重耐药豚鼠气单胞菌的基因组及表型鉴定

目的分析从粪便筛查分离出的产NDM-1型碳青霉烯酶的豚鼠气单胞菌(XX182)的抗菌药物耐药表型和基因组特征,阐明该菌株的抗菌药物耐药机制及其耐药性转移的能力。方法肉汤微量稀释法检测该菌株的抗菌药物敏感性,PCR检测碳青霉烯酶耐药基因亚型(bla_(NDM)、bla_(VIM)、bla_(IMP)、bla_(KPC)),接合试验检测耐药基因的可转移性,通过全基因组测序(WGS)和生物信息学分析明确该菌株的基因组特征。结果该菌株对头孢菌素、碳青霉烯类、环丙沙星和多黏菌素耐药,对替加环素、阿米卡星和氨曲南敏感。该菌株携带多种抗菌药物耐药基因,主要包括bla_(NDM-1)、bla_(MOX-6)、bla_(RSA-1)、bla_(TEM-1)、aac(3)-Ⅱd、cmlA5、arr-2等。毒力因子分析发现其携带有极鞭毛、侧鞭毛、Ⅵ型分泌系统(T6SS)和溶血素A等毒力因子。结论该豚鼠气单胞菌对碳青霉烯类抗菌药物耐药主要由产NDM-1型碳青霉烯酶导致,且bla_(NDM-1)耐药基因位于不可接合质粒上。尽管目前气单胞菌属对碳青霉烯类耐药率较低,但仍应加强对该克隆菌株的监测。

猪细小病毒1型突变株分离鉴定及全基因组进化分析

旨在对猪细小病毒1型(PPV1)突变株生物学特性进行分析。对采自山东不同地区养猪场的67份流产胎儿组织样品进行PPV的分离和培养,经电镜观察和IFA试验进行鉴定,通过Overlap PCR对分离株进行全基因序列扩增,SnapGene V4进行序列拼接和比对,利用DNAMAN V6对基因组末端5′UTR和3′UTR二级结构进行展示和比较,应用MEGA V7进行遗传进化分析,最后利用多步生长曲线绘制对分离株在易感细胞内的增殖能力进行比较。共分离得到3株病毒,均鉴定为PPV1型毒株,分别命名为SDPV1、SDPV2和SDPV3,GenBank登录号分别为ON924737、ON924738和ON924739;3个分离株全基因序列长度基本一致,其中5′-UTR序列高度保守,呈Y型结构;而3′-UTR呈U型结构,个别碱基有所差异;VP2氨基酸序列中有5个非同义突变位点,分别为T20A、R82K、Q226E、D366N和K407N,为国内毒株首次发现。生长曲线显示,突变株生长趋势相对较快,与PPV-QN株相比,最高滴度相差10倍。报道了包含新型变异位点的PPV毒株的基因组特征。

保定市1株新型HIV-1重组毒株的近似全长基因组鉴定分析

目的对保定市新发现的1株pol区不能明确分型的HIV-1毒株(BD226AJ)进行近似全长基因组扩增,并分析其亚型、重组模式和基因特点。方法提取患者血浆中HIV-1RNA并逆转录为cDNA,使用近末端稀释法分2段对其进行近似全长基因组扩增并测序。使用jpHMM和SimPlot 3.5软件对近似全长基因组序列进行重组模式和重组断点分析,采用MEGA 6.0软件分片段构建Neighbor-joining系统进化树进一步确认重组断点的准确性。构建该近似全长基因组序列及各亚型片段Neighbor-joining系统进化树,分析该毒株的亲本来源。结果经过近似全长基因组扩增、测序、序列拼接后,获得1条长度为8830 bp的HIV-1近似全长基因组序列。重组分析结果显示,该序列是由CRF01_AE和B亚型重组形成的,其近似全长基因组序列被3个断点分成了4个亚型片段,分别为ICRF01_AE(HXB2,823—4224 nt)、Ⅱ_(B)(HXB2,4225—5991 nt)、ⅢCRF01_AE(HX B2,5992—9295 nt)、ⅣB(HXB2,9296—9406 nt)。各亚型基因片段的系统进化树分析进一步表明该序列的可能亲本来源为CRF01_AE和B亚型。HIV BLAST的结果显示,该序列与CRF112_01B的相似性为96%,系统进化树分析进一步验证该序列与北京市男男性行为者(men who have sex with men,MSM)中的CRF112_01B序列聚集。结论本研究在保定市MSM人群中发现了1例由CRF01_AE和B亚型重组的新型重组毒株CRF112_01B,提示HIV-1CRF112_01B已通过MSM人群传入河北,并开始在保定市传播,因此加强该亚型或者类似新型毒株的监测,对有关部门采取针对性防控措施和遏制新型重组毒株在本地区的传播和流行具有重要意义。

青海省辣椒隐症病毒1的鉴定与全基因组序列克隆

【目的】明确青海省辣椒病毒病病原种类,获得乐都长辣椒的辣椒隐症病毒1(Pepper cryptic virus 1,PCV1)分离物的全基因组序列。【方法】2021年6月对青海省辣椒病毒病进行调查并采集疑似病样,对采集的样品分别用通用引物和特异性引物进行RT-PCR检测,后续通过克隆的方法得到PCV1的全基因组序列,用NCBI进行序列比对后用MEGA6.0软件最大似然法(maximum likelihood)、自导复制(bootstrap)1000次构建系统进化树,并运用同源性分析和聚类分析方法对PCV1的2条RNA链进行分析。【结果】采自乐都区的15份辣椒病样中,确认检出10份感染PCV1,其RNA1和RNA2的全长分别为1563 bp和1495 bp。NCBI网站序列比对分析结果表明克隆得到的PCV1青海分离物序列与已报道的PCV1其他分离物的核苷酸序列一致性与氨基酸一致性高于95%。系统发育分析表明RNA1和RNA2分别与其他PCV1分离物聚在一支上,与其同属的辣椒隐症病毒2(pepper cryptic virus 2,PCV2)分离物聚在不同的分支上。【结论】青海省辣椒上检测得到的病毒为PCV1,并获其全基因组序列,对今后保护青海省当地特色辣椒品种资源、不同地区的PCV1基因组遗传方式等研究的相关工作奠定理论基础。