RPT方法在Hardy-Weinberg平衡检验中的应用

Hardy-Weinberg平衡定律（Hardy-Weinberg equilibrium,HWE）是群体遗传学的基本法则之一。该法则指出在一个没有发生人为选择、外来物种迁入、基因突变等情况的随机婚配的群体中,经若干代繁殖后各基因型频率将由各等位基因的频率决定。设指定的基因位点具有r种不同的等位基因类型,分别为A1,A2,…,Ar,对应的各等位基因频率分别为p1,p2,…,pr,

两对等位基因群体连锁平衡的遗传分析

对不同程度的连锁对于两对等位基因群体的最大熵原理与Hardy-Weinberg平衡定律的一致性是否有影响,影响程度如何进行了分析。结论是:不论是否存在连锁,最大熵原理与Hardy-Weinberg平衡定律的一致性都成立。连锁只会影响一个不平衡群体在世代交替中趋向于Hardy-Weinberg平衡的速度,而不会影响平衡的结果;或者等价地说,连锁只会影响一个不平衡群体在世代交替中基因型信息熵趋向于最大值的速度,而不会影响基因型信息熵的最大值。

四个奥利亚罗非鱼群体的微卫星分析

应用筛选到的19对微卫星引物,对四个不同来源的奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)群体(奥利亚罗非鱼83系、奥利亚罗非鱼02系、奥利亚罗非鱼05系和红色奥利亚罗非鱼)的基因组DNA进行PCR扩增,分析其群体遗传结构和亲缘关系。根据几个群体在19个位点上的PCR扩增图谱,统计计算各群体的遗传多样性指数。四个群体的平均观测遗传杂合度值在0.154—0.391间;平均预期杂合度在0.181-0.428间;平均多态信息含量值在0.1513—0.3882间,说明它们的遗传多样性水平较低。遗传偏离指数D的评估结果显示这4个群体有多个位点存在不同程度的Hardy-Weinberg遗传平衡偏离。运用MicroChecker软件进行零等位基因预测,结果显示除红色奥利亚罗非鱼群体外,其他3个群体中均可能存在零等位基因位点。各群体零等位基因的位点数分别为:83系1个,02系3个,05系7个,红奥群体为0。零等位基因位点的存在可能是导致位点发生Hardy-Weinberg遗传平衡偏离的原因之一。4个群体中,05系群体与83系群体间的遗传相似性系数最高(0.9422),遗传距离最小(0.0596),说明两者亲缘关系最近;83系群体与红奥群体的遗传相似性系数最低(0.6977),遗传距离最大(0.3599),可推断两者亲缘关系最远。根据群体间的遗传距离采用UPGMA法进行聚类,结果表明:83系首先与05系聚类为一支,然后与02系群体聚类,最后与红奥群体聚类。聚类结果说明红奥群体与其他三个群体亲缘关系最远;83系群体与05系群体亲缘关系最近,与02系群体次之。

不同交配方式下遗传平衡的信息学分析

阐述了二倍体生物群体多基因座整体达到最大信息熵时的配子频率分布和基因型频率分布与Hardy-Weinberg平衡分布的一致性.从信息学角度证明了不论是否存在连锁,随机交配下多基因座的配子平衡分布与基因型平衡分布总一致.与随机交配下的Hardy-Weinberg平衡相比,如果从交配方式上对群体施以其他的外部强制,群体发展的结果是最终会达到一个不随时间变化的状态,这个状态不是平衡态而是非平衡定态,此时配子信息熵和基因型信息熵具有极小值,这种非平衡定态是一种远离无外部强制作用下Hardy-Weinberg平衡状态的状态,与群体遗传学传统观点有所不同.

中药群体指纹图谱信息量和一次投料量数学模型的建立及对大黄和鱼腥草实验研究

目的建立中药材群体指纹图谱信息量及一次投料量数学模型并进行实验验证。方法运用信息熵及遗传统计学原理,建立数学模型,以大黄醇提物及鱼腥草挥发油进行验证。结果建立了中药群体指纹图谱信息量及制剂稳态质量控制的一次投料量数学模型。大黄醇提物采用HPLC测定,在4.189μg进样量时指纹图谱的绝对和相对信息量较大,指纹图谱绝对信息量为1.535×109μV.s,RSD为37.23%,相对信息量为5.360×108μV.s.μg-1,RSD为19.42%;稳态质量控制一次投料量共需80 836 g。鱼腥草挥发油采用GC测定,指纹图谱的绝对信息量为2.472×107 mV.s,RSD为90.46%,相对信息量为5.353×106 mV.s.μg-1,RSD为80.96%;稳态质量控制一次投料量共需43 600 g(合9 544株)。结论中药的质量受中药遗传多态性影响,体现Hardy-weiberg群体平衡质量。大黄、鱼腥草平衡质量(一次投料量)远大于中国药典规定,其斗谱给药不能反映其遗传多态性要求。

MHC-DRB3．2基因在牛亚科3个群体中的PCR-RFLP多态性分析

采用限制性内切酶HaeⅢ、BstY Ⅰ分别对鲁西黄牛、渤海黑牛和山区水牛MHC-DRB3．2基因的Semi-Nest PCR 产物进行酶切。结果表明:3个群体均在HaeⅢ酶切位点上表现多碱基突变,山区水牛等位基因数少于前2个群体;鲁西黄牛和渤海黑牛在BstY Ⅰ酶切位点上表现多碱基突变,而山区水牛未检测到突变;X2适合性检验表明,3个群体在 HaeⅢ酶切位点上碱基突变均未达到Hardy-Weinberg平衡状态,而鲁西黄牛和渤海黑牛在BstY Ⅰ酶切位点碱基突变已达到或基本接近Hardy-Weinberg平衡。结果提示:用牛的PCR-RFLP体系可进行水牛的MHC-DRB3．2基因的研究;群体规模的急剧下降导致基因频率的失衡;山区水牛MHC-DRB3．2基因的突变率低于黄牛。

基因多态性与疾病关联研究中Hardy—Weinberg平衡的影响因素分析

目的根据炎性基因多态性与胃癌易感性家系比较研究的数据，分析基因多态性与疾病关联研究中Hardy—Weinberg（H—W）平衡的影响因素，揭示群体中等位基因频率在逐代传递中平衡偏离的原因。方法对胃癌风险因素的各种基因型的状态进行H—W平衡检验、连锁不平衡分析、Cochran—Armitage趋势检验和分析。结果（1）单位点IL-1B-31、IL-1B-511、IL-1RN和TNF-A-308的病例组和对照组均显著背离H—W平衡（P〈0．01），MIF-173趋于平衡。（2）双位点统计分析，各位点组合的H—Wχτ^2检验均偏离表型组合概率的期望值（P〈0．01）。（3）Cochran—Armitage趋势检验不同组IL-1B-511和IL-1RN位点分布的差异有统计学意义（P〈0．05），表明群体中可能存在群体分层。结论（1）受连锁不平衡相结合的频率依赖性选择、突变及其共同作用的影响，IL-1B-31、IL-1B-511、IL-1RN和TNF-A-308位点的基因型频率在群体中分布偏离H-W平衡。（2）双位点遗传平衡检验模式更能反映表型组合适合度的差异。（3）群体分层是H-W平衡偏离的另一影响因素。

稳态提取工艺中平衡群体的研究及对鱼腥草的实验验证

目的:建立中药材稳态提取工艺中平衡群体的数学模型并进行实验验证。方法:运用信息熵及遗传统计学原理,以同一GAP产地鱼腥草植株间挥发油GC指纹图谱信息量变异系数为枢纽,建立中药稳态提取工艺中平衡群体的数学模型,并进行实验验证。结果:建立了适宜中药及制剂稳态提取工艺中平衡群体的数学模型;以同一产地鱼腥草为模型药物获得该产地的遗传平衡群体为29 683株(约118.7 kg)。结论:在GAP质控模式下,进一步用鱼腥草的株间Hardy-Weinberg平衡群体来控制其质量稳定性,为中药稳态提取工艺的建立及质控奠定新的理论与实验基础。

陕西汉族人群12号染色体上7个STR基因座的遗传多态性分析

分析了中国汉族人群中12号染色体上7个短串联重复序列(short tandem repeat,STR)基因座的多态性。采用荧光标记基因扫描对12号染色体上D12S1718、D12S1675、D12S358、D12S367、D12S1638、D12S1646和D12S1682基因座在80名陕西咸阳、榆林汉族人中的遗传多态性进行分析。结果在中国汉族人群中,D12S1718、D12S1675、D12S358、D12S367、D12S1638、D12S1646和D12S1682基因座分别检出7、10、8、8、6、9和11个等位基因,10、17、18、18、14、18和26个基因型,杂合度分别为44.28%、66.10%、78.89%、77.89%、73.69%、74.55%和82.39%。表明这7个STR基因座在中国人群中有较好的多态性,其基因型分布均符合Hard-Weinberg平衡(P>0.05)。

陕西汉族人群2号和11号染色体15个STR基因座的遗传多态性

目的：分析陕西汉族人群2号和11号染色体上15个短串联重复序列（shorttandem repeat，STR）住点的多态性。方法：采用荧光标记基因扫描技术对15个STR基因座在175例无血缘关系的陕西汉族人中的遗传多态性进行分析。结果：D2S335，D2S396，D2S338，D2S2382．D2S305．D25151，D2S2368，D2S391，D115912，D11S4090，D11S4147，D1154190，D11S4149．D11S4126．D11S4094分别检出11，11，11，10，8，8，9，12，7，11，8，10，5，5，6个等位基因，各位点等位基因型分布符合Hardy—Weinberg平衡，杂和度（heterozygosity，H）为0．4216～0．8517，个体识别力（power of discrimination，DP）为0．6568～0．9598，多态信息量（polymorphism information content，PIC）为0．4078～0．8366，非父排除率（probability of paternity exclusion，EPP）为0．3135～0，8537。结论：15个STR基因座在陕西汉族人群中具有较好的多态性，表明了陕西汉族人群15个STR基因座结构特征，为人类学、法医学研究提供了数据。

东北汉族人群7p14-15区域内9个STR位点的遗传多态分析

目的:分析东北汉族人群中7p14-15区域内9个短串联重复序列(STR)位点的遗传多态性。方法:采用荧光标记PCR扩增技术和毛细管电泳方法,对7p14-15区域内9个STR多态位点在100名随机选取的无血缘关系的东北汉族人群中的遗传多态性进行分析。结果:在东北汉族人群中,7p14-15区域的D7S526、D7S690、D7S2252、D7S817、D7S683、D7S656、D7S484、D7S2250、D7S2251位点分别检测出6、6、8、6、4、6、7、8和7个等位基因,17、19、29、17、10、17、24、27和22种基因型,杂合度分别为84%、85%、79%、82%、79%、85%、89%、88%和83%。结论:7p14-15区域的9个STR位点的基因频率和基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡,并在东北汉族人群中呈现较好的遗传多态性。

中国汉族人群2号染色体上11个STR位点的遗传多态性分析

目的:探讨2号染色体上11个STR位点在中国汉族人群中的遗传多态性。方法:利用PCR结合变性聚丙烯酰胺凝胶电泳方法,对100名无血缘关系的中国汉族个体进行基因型分析。结果:在100名汉族人群中,D2S1780、D2S1360、D2S1788、D2S441、D2S436、D2S1328、D2S1326、D2S1353、D2S1364、D2S1363和D2S427分别观察到6、6、12、8、8、7、9、9、6、6和5个等位基因,杂合度分别为0.65、0.61、0.85、0.77、0.65、0.69、0.86、0.87、0.75、0.70和0.78。结论:本研究所分析的2号染色体上11个STR位点均具有较强的遗传多态性,是进行连锁分析等分析工作的理想位点。

双体型-同源染色体中配对的单体型对–在基因-疾病中的关联分析中的应用(英文)

等位基因,基因型和单体型(等位基因组合)已被广泛应用于基因-疾病的关联研究。最近,使用双体型(同源染色体单体型对)的关联研究已经越来越普遍。本文综述了四种关联分析类型的基本原理,并探讨了为什么以双体型为基础的关联分析比其他类型的关联分析更高效。单体型关联分析比基于等位基因的关联分析更高效,以双体型为基础的关联分析比基于基因型的关联分析更高效。在标记之间没有交互作用并且符合Hardy-Weinberg平衡(HWE)标准的情况下,以等位基因和单体型为基础的关联分析样本量较大、自由度较小,使它们分别比基因型和双体型为基础的关联分析更高效。然而,在某些情况下以双体型为基础的关联分析比单体型关联分析更高效。

稽留流产患者血液和绒毛中雌激素受体a基因多态性的表达

目的通过研究绒毛与血清中雌激素受体a（ERa）基因多态性在稽留流产患者和正常妊娠者间分布的差异，分析ERa基因多态性与稽留流产病因之间的关系。方法选择100例稽留流产患者作为实验组，以同时期自愿选择人工流产术终止妊娠的正常早孕妇女102例作为对照组，取受试者空腹外周全血2ml及无菌条件下取得的绒毛组织。采用聚合酶链式反应一限制性片段长度多态性（PCR—RFLP）方法研究ERa基因的PvuⅡ和XbaI酶切多态性。并通过数据分析探讨ERa基因多态性分布与稽留流产之间的关系。结果血液、绒毛ERa基因PvuⅡ酶切等位基因P、P频率实验组与对照组比较差异有统计学意义（血液）（2=5．542，P〈0．05）（绒毛X。=7．559，P〈0．01），血液0R值：1．742；绒毛OR值：1．948。血液、绒毛ERa基因XbaI酶切等位基因X，X频率实验组与对照组比较差异有统计学意义（血液）（2=15．205，P〈0．01）（绒毛x2=13．750，P〈0．01），血液OR值：2．519，绒毛OR值：2．499。Kappa相关分析实验组P基因和X基因在血液和绒毛中表达均呈正相关。结论ERa基因多态性与稽留流产病因之间有关系，P、X等位基因可能是其发病易感基因。同时基因在血液和绒毛中表达的相关分析得出为正相关，基因检测可以用血液代替绒毛组织。