头颈部鳞状细胞癌自噬相关LncRNA预后风险模型的建立

目的探讨自噬相关LncRNA在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)患者中的预后作用,并构建HNSCC预后风险模型。方法从癌症基因组图谱数据库下载HNSCC测序数据和临床数据,从HADb数据库下载自噬数据集,采用Person相关性分析确定HNSCC自噬相关LncRNA,采用Cox多因素回归分析确定具有独立预后意义的自噬相关LncRNA。再基于这些自噬相关LncRNA,构建风险模型,将患者分为高危组和低危组,采用Kaplan-Meier法比较两组的生存差异,采用ROC曲线分析及评估模型预后的预测能力,最后通过Cox回归分析风险评分和临床病理特征与HNSCC患者预后的关系。结果共确定9个具有独立预后意义的自噬相关LncRNA(LINC02195、AP003068.1、LINC02560、MIR9-3HG、AC106820.3、AC040977.1、AC005288.1、AC104083.1和AC098487.1),构建HNSCC预后风险模型,其中高危组患者5年总生存率(48.40%,103/219)明显低于低危组患者5年总生存率(70.45%,155/220),差异有统计学意义(P<0.05),多因素Cox回归分析表明风险评分(HR=1.984,95%CI:1.350~2.916)是HNSCC的独立预后危险因素。结论基于9个自噬相关LncRNA构建的预后风险模型可用于预测HNSCC患者预后,这些自噬相关LncRNA可能在HNSCC的生物学中发挥重要作用。

lncRNA BLACAT1在下咽鳞状细胞癌中介导自噬调控肿瘤细胞的化疗敏感性

目的探究长链非编码RNA(lncRNA)膀胱癌相关转录因子1(BLACAT1)对下咽鳞状细胞癌(HSCC)细胞株顺铂(DDP)敏感性的影响及其作用机制。方法采用qRT-PCR检测40例HSCC患者的癌组织、癌旁组织、HSCC细胞株FaDu及DDP耐药细胞株FaDu/DDP中lncRNA BLACAT1的表达水平,CCK-8检测经不同浓度DDP处理后FaDu细胞和FaDu/DDP细胞的存活率。分别转染siRNA-BLACAT1序列和siRNA阴性对照至FaDu/DDP细胞中,记为si-BLACAT1组和si-NC组,以未转染的FaDu/DDP细胞作为对照组,qRT-PCR验证转染效果,CCK-8检测转染后经不同浓度DDP处理的FaDu/DDP细胞存活率,流式细胞术检测细胞凋亡率,透射电子显微镜观察细胞自噬情况,免疫荧光染色测定LC3B荧光斑点的形成情况,Western blot检测细胞自噬相关蛋白的表达。结果HSCC组织中lncRNA BLACAT1 mRNA相对表达量显著高于癌旁组织(P<0.01);FaDu/DDP细胞中lncRNA BLACAT1 mRNA相对表达量高于FaDu细胞(P<0.05)。si-BLACAT1组细胞lncRNA BLACAT1 mRNA相对表达量低于对照组和si-NC组(P<0.05);当DDP作用浓度在6.25μmol/L及以上时,FaDu/DDP细胞存活率高于FaDu细胞(P<0.05),si-BLACAT1+DDP组细胞存活率低于DDP组和si-NC+DDP组(P<0.05)。与对照组比较,DDP组和si-NC+DDP组FaDu/DDP细胞凋亡率升高(P<0.05);与DDP组和si-NC+DDP组比较,si-BLACAT1+DDP组细胞凋亡率也升高(P<0.05)。对照组有一些自噬体和自噬溶酶体形成,DDP组和si-NC+DDP组自噬溶酶体形成较多,而si-BLACAT1+DDP组细胞中未观察到自噬体及自噬溶酶体。DDP组和si-NC+DDP组细胞内LC3B荧光斑点数较对照组增加(P<0.05);si-BLACAT1+DDP组细胞内LC3B荧光斑点数较DDP组和si-NC+DDP组均减少(P<0.05)。与对照组比较,DDP组和si-NC+DDP组FaDu/DDP细胞中LC3-Ⅱ/LC3-Ⅰ水平上调,Beclin-1蛋白表达量上升,p62蛋白表达量下降(P<0.05);与DDP组和si-NC+DDP组比较,si-BLACAT1+DDP组细胞中LC3-Ⅱ/LC3-Ⅰ水平下调,Beclin-1蛋白表达量下降,p62蛋白表达量上升(P<0.05)。结论lncRNA BLACAT1在HSCC组织及DDP耐药细胞株FaDu/DDP中高表达,下调lncRNA BLACAT1能够提高HSCC细胞对DDP的敏感性,其作用机制可能通过抑制自噬水平实现。

lncRNA MALAT1在头颈部鳞状细胞癌中的表达和化疗对其影响分析

目的探讨lncRNA MALAT1在头颈部鳞状细胞癌中的表达和化疗对其影响。方法收集2018年6月至2020年12月遵义医科大学第二附属医院确诊的头颈部鳞状细胞癌患者45例及同期化疗患者30例。分析肿瘤组织中lncRNA MALAT1的表达及在不同临床病理特征的表达情况,并分析化疗对lncRNA MALAT表达的影响。结果lncRNA MALAT1在头颈部鳞状细胞癌肿瘤组织中表达显著增加(P<0.05),且肿瘤>2 cm、TNMⅢ~Ⅳ期、组织分化差以及淋巴结转移患者中的lncRNA MALAT表达增加(P<0.05)。化疗后可显著降低lncRNA MALAT1在头颈部鳞状细胞癌肿瘤组织中表达(P<0.05)。结论lncRNA MALAT1在头颈部鳞状细胞癌肿瘤组织中表达显著增加,且在不同临床病理特征中表达不同,预示较差临床预后;化疗可降低其表达。

识别糖酵解相关LncRNA对头颈鳞状细胞癌的预后价值

目的探究糖酵解相关的长链非编码RNA(lncRNA)在头颈鳞状细胞癌(SCCHN)发生、发展中的作用。方法在TCGA数据库和MSigDB数据库中,获取SCCHN患者的正常组织和癌组织的RNA测序信息和糖酵解基因,通过“limma”包筛选出差异的lncRNA和糖酵解基因,并对差异糖酵解基因进行GO和KEGG功能富集分析;通过Pearson相关分析并筛选出lncRNA后,通过单因素和多因素Cox回归分析构建基于lncRNA表达的风险模型;绘制Kaplan-Meier生存曲线、ROC曲线及决策曲线,通过ESTIMATE估计免疫和基质评分确定SCCHN高/低风险组在信号通路、免疫微环境、免疫检查点、m6A相关基因方面的差异。结果总共筛选出298个GRLs,通过单因素Cox回归分析确定了60个具有显著预后价值的GRLs,并成功构建了GRLs的风险模型,ROC曲线证明了模型的准确性;相较于高风险组,低风险组免疫细胞浸润增加,并且m6A调节因子和免疫检查点表达均升高。结论基于GRLs的预后指标是SCCHN患者预后的独立风险因素,是潜在的生物标志物和治疗靶点。

头颈部鳞癌免疫相关lncRNA的生物信息学分析

基于HNSCC患者的基因表达数据和临床数据,利用单因素Cox回归、Lasso回归和多因素Cox分析确定具有预后价值的免疫相关ln cRNA,构建预后风险评分模型;并使用Kaplan-Meier分析和时间依赖性ROC曲线评估预后模型的性能。结果筛选得到7个关键ln cRNA并构建生存预后模型,通过Kaplan-Meier分析发现高风险组的生存率显著低于低风险组,同时ROC曲线证明了模型具有良好的预测能力。研究结果表明基于7个免疫相关ln cRNA构建的生存预后模型,可以为HNSCC患者提供有效的生存预后预测。

肿瘤相关成纤维细胞对头颈部鳞状细胞癌肿瘤浸润免疫细胞的调控作用及机制探讨

目的:探讨在头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)中肿瘤相关成纤维细胞(cancer-associated fibroblasts,CAFs)对肿瘤浸润免疫细胞的调控作用。方法:通过TCGA数据库及临床肿瘤样本,获取与HNSCC相关的lncRNA MIR99AHG的表达谱及相关临床数据。对CAFs及正常成纤维细胞(normal fibroblasts,NFs)进行原代培养及鉴定。qRT-PCR检测与CAFs或NFs共培养的舌鳞癌细胞中lncRNA MIR99AHG的表达情况。对HNSCC中lncRNA MIR99AHG与肿瘤浸润免疫细胞的相关性进行分析。采用Graph Pad 8.0.2对数据进行统计学分析。结果:lncRNA MIR99AHG在HNSCC中低表达,且基因高表达与预后呈正相关。Western免疫印迹显示,CAFs中α-SMA高表达。qRT-PCR显示,相比阴性对照组,与CAFs共培养的舌鳞癌细胞中lncRNA MIR99AHG的表达显著降低。lncRNA MIR99AHG与T细胞、CD8+T细胞、B细胞、NK细胞等呈正相关,而与Th1、Th2、中性粒细胞、Tgd等呈负相关。结论:CAFs通过抑制HNSCC中lncRNA MIR99AHG的表达,从而调控肿瘤浸润免疫细胞的表达。