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Host cell protein quantification workflow using optimized standards combined with data-independent acquisition mass spectrometry
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作者 Steve Hessmann Cyrille Chery +2 位作者 Anne-Sophie Sikora Annick Gervais Christine Carapito 《Journal of Pharmaceutical Analysis》 SCIE CAS CSCD 2023年第5期494-502,共9页
Monitoring of host cell proteins(HCPs)during the manufacturing of monoclonal antibodies(mAb)has become a critical requirement to provide effective and safe drug products.Enzyme-linked immunosorbent assays are still th... Monitoring of host cell proteins(HCPs)during the manufacturing of monoclonal antibodies(mAb)has become a critical requirement to provide effective and safe drug products.Enzyme-linked immunosorbent assays are still the gold standard methods for the quantification of protein impurities.However,this technique has several limitations and does,among others,not enable the precise identification of proteins.In this context,mass spectrometry(MS)became an alternative and orthogonal method that delivers qualitative and quantitative information on all identified HCPs.However,in order to be routinely implemented in biopharmaceutical companies,liquid chromatography-MS based methods still need to be standardized to provide highest sensitivity and robust and accurate quantification.Here,we present a promising MS-based analytical workflow coupling the use of an innovative quantification standard,the HCP Profiler solution,with a spectral library-based data-independent acquisition(DIA)method and strict data validation criteria.The performances of the HCP Profiler solution were compared to more conventional standard protein spikes and the DIA approach was benchmarked against a classical datadependent acquisition on a series of samples produced at various stages of the manufacturing process.While we also explored spectral library-free DIA interpretation,the spectral library-based approach still showed highest accuracy and reproducibility(coefficients of variation<10%)with a sensitivity down to the sub-ng/mg mAb level.Thus,this workflow is today mature to be used as a robust and straightforward method to support mAb manufacturing process developments and drug products quality control. 展开更多
关键词 Host cell proteins absolute quantification standards Data-independent acquisition
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Absolute quantitative detection of genetically modified soybean MON87708×MON89788 with stacked traits by digital polymerase chain reaction 被引量:1
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作者 Junyi Xu Xin Li +4 位作者 Jinglian Bai Ying Liu Shaojie Wang Yueting Liu Chunguang Yang 《Oil Crop Science》 CSCD 2022年第4期180-188,共9页
The main advantage of digital PCR(dPCR) is that it facilitates absolute quantification of the target without reference to the standard/calibration curve.Crystal droplet dPCR has a three-color staining detection functi... The main advantage of digital PCR(dPCR) is that it facilitates absolute quantification of the target without reference to the standard/calibration curve.Crystal droplet dPCR has a three-color staining detection function,which enables multiplex PCR reaction.In this study,this technique was used to establish triple dPCR detection for the genetically modified soybean MON87708 × MON89788 with stacked traits.Specific absolute quantitative detection was accomplished for the genomic DNA extracted from the homogenized seeds of GM stack MON87708× MON89788 soybean.Our results can serve as a reference for the absolute quantitative detection of stacked events of genetically modified crops. 展开更多
关键词 absolute quantification Digital PCR Genetically modified soybean MON87708×MON89788 Stacked event
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Quantification of CP4-EPSPS in genetically modified Nicotiana tabacum leaves by LC-MS/MS with ^(18)O-labeling
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作者 张玫 鄯科明 +2 位作者 徐伟 林凡凯 邓玉林 《Journal of Beijing Institute of Technology》 EI CAS 2015年第2期277-284,共8页
The CP4-EPSPS gene is widely used in herbicide-tolerant plants/crops all over the world. In this study, a method was developed by coupling liquid chromatography with high sensitivity to tandem mass spectrometry to qua... The CP4-EPSPS gene is widely used in herbicide-tolerant plants/crops all over the world. In this study, a method was developed by coupling liquid chromatography with high sensitivity to tandem mass spectrometry to quantify the amount of CP4-EPSPS expression in Nicotiana tabacum leaves. The quantification of protein was converted to measure the unique peptide of CP4-EPSPS protein. One peptide unique to CP4-EPSPS was synthesized and labeled with.H2^18O to get 180 stable isotope labeled peptide. The peptide served as the internal standard. The validated method had good specificity and linearity. The intra-and inter-day precisions and accuracy for all samples were satisfactory. The results demonstrated that the novel method was sensitive and selective to quantify CP4- EPSPS in the crude extract without time-consuming pre-separation or.the purification procedures. 展开更多
关键词 CP4-EPSPS absolute quantification ^18O-labeling MRM
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生物炭协同暗管排水对滨海盐碱土壤微生物群落的影响
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作者 田雨雨 李东伟 +3 位作者 曲子良 荆锐 赵青青 周新国 《灌溉排水学报》 CAS CSCD 2024年第4期82-89,共8页
【目的】了解滨海地区盐渍化环境下生物炭协同暗管排水作用与土壤微生物群落的关系,对于减轻土壤盐分过高对土壤生化功能的不利影响至关重要。【方法】本文以黄河三角洲滨海盐碱农田为研究对象,研究单独暗管排水条件下不同暗管间距10 m(... 【目的】了解滨海地区盐渍化环境下生物炭协同暗管排水作用与土壤微生物群落的关系,对于减轻土壤盐分过高对土壤生化功能的不利影响至关重要。【方法】本文以黄河三角洲滨海盐碱农田为研究对象,研究单独暗管排水条件下不同暗管间距10 m(S10)、20 m(S20)、30 m(S30)以及生物炭协同暗管排水条件下不同暗管间距10 m(B-S10)、20 m(B-S20)、30 m(B-S30)对土壤理化性质和土壤微生物群落结构的影响,并阐明生物炭与暗管排水协同作用下微生物群落结构变化的主要驱动因素。【结果】生物炭协同暗管排水改变了滨海盐碱农田的土壤理化性质,且生物炭与暗管间距对含盐量、硝态氮、有机质、土壤全磷的交互作用显著。AccuITSTM和Accu16STM绝对定量测序结果显示,暗管间距及暗管间距和生物炭的交互作用对伞菌纲和Acidobacteria_Gp4有显著影响。冗余分析、皮尔逊相关性分析结果表明,对作物生长有利的伞菌纲和被孢霉的绝对丰度与土壤含盐量和Na^(+)显著负相关,与有机质和硝态氮显著正相关。生物炭协同暗管排水作用下,Na^(+)量是影响土壤细菌和真菌的关键因素。【结论】B-S10既可以改善土壤的养分状况,又可以改善土壤微生物群落结构,本研究可为解决盐碱土地问题以及提高土壤质量和农业可持续性提供了有益的理论参考。 展开更多
关键词 暗管排水 生物炭 滨海盐碱地 微生物群落组成 绝对定量
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CFH蛋白在家系早发冠心病血瘀证中的表达及意义
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作者 张书萌 李杰 +3 位作者 于子璇 陈宇霞 陈杏 陈伶利 《湖南中医药大学学报》 CAS 2024年第1期108-114,共7页
目的筛选家系早发冠心病血瘀证的特异性蛋白,为今后临床早期诊断和预防疾病提供潜在生物标志物。方法通过同位素相对标记与绝对定量技术(isobaric tags for relative and absolute quantification,i TRAQ)分析家系早发冠心病血瘀证患者... 目的筛选家系早发冠心病血瘀证的特异性蛋白,为今后临床早期诊断和预防疾病提供潜在生物标志物。方法通过同位素相对标记与绝对定量技术(isobaric tags for relative and absolute quantification,i TRAQ)分析家系早发冠心病血瘀证患者、家系早发冠心病非血瘀证患者及健康人的血浆蛋白表达,数据分析后得到各组间的差异蛋白表达情况,再经差异蛋白筛选标准初步得到疾病的预测蛋白,并使用Western blot验证预测蛋白。结果通过i TRAQ技术共得到差异蛋白75个,其中家系早发冠心病血瘀证组与健康对照组之间共得到32个差异蛋白,包括22个上调蛋白与10个下调蛋白,共涉及429个生物学过程,其与角质化、皮肤发展、蛋白质激活级联反应等关系最为密切;在代谢途径金黄色葡萄球菌感染、补体和凝血级联、血小板激活等KEGG通路上富集。与健康对照组相比,家系早发冠心病血瘀证组差异蛋白补体因子H(complement factor H,CFH)表达水平差异有统计学意义(P<0.01)。结论经差异蛋白筛选标准得到的CFH蛋白,可作为家系早发冠心病血瘀证早期诊断的潜在生物标志物。 展开更多
关键词 早发冠心病 血瘀证 同位素相对标记与绝对定量技术 补体因子H
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微滴式数字PCR技术在动物疫病检测中的应用研究进展
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作者 冯杰 聂洪波 +3 位作者 曹乾大 朱坤华 敖元富 黎春秀 《中国动物检疫》 CAS 2024年第4期58-63,90,共7页
数字PCR(dPCR)技术是最近发展起来的第三代PCR技术,其中微滴式数字PCR(ddPCR)技术具有敏感性高、耐受性强,准确性和重复性好,可实现不依赖标准曲线即可对样本目标核酸进行绝对定量的优点,得到研究者的广泛关注。ddPCR技术凭借诸多优势,... 数字PCR(dPCR)技术是最近发展起来的第三代PCR技术,其中微滴式数字PCR(ddPCR)技术具有敏感性高、耐受性强,准确性和重复性好,可实现不依赖标准曲线即可对样本目标核酸进行绝对定量的优点,得到研究者的广泛关注。ddPCR技术凭借诸多优势,近年来在动物疫病病原检测领域得到了飞速发展,已被成功应用于病毒、细菌、寄生虫以及支原体、衣原体等多种病原的检测,尤其为低丰度病原调查、实验室检测和病原分型鉴定提供了强有力的技术支撑。本文综述了ddPCR技术的基本原理及其在动物疫病诊断中的应用和发展前景,以期为ddPCR技术在兽医实验室动物疫病诊断方面的推广提供参考。 展开更多
关键词 微滴式数字PCR 绝对定量 兽医实验室 动物疫病诊断
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数字聚合酶链式反应技术在食品安全核酸检测中的研究进展
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作者 桂明明 于武华 +1 位作者 冯露 许建丰 《食品安全导刊》 2024年第32期153-157,161,共6页
数字聚合酶链式反应(Digital Polymerase Chain Reaction,dPCR)技术是一种新兴的核酸绝对定量分析技术,无须标准品和绘制标准曲线,通过极限稀释样品和泊松概率分布原理就可以精准检测样本初始的DNA拷贝数,具有特异性强、灵敏度高和重复... 数字聚合酶链式反应(Digital Polymerase Chain Reaction,dPCR)技术是一种新兴的核酸绝对定量分析技术,无须标准品和绘制标准曲线,通过极限稀释样品和泊松概率分布原理就可以精准检测样本初始的DNA拷贝数,具有特异性强、灵敏度高和重复性好的特性,在食品安全核酸检测领域具有较好的发展潜力。本文介绍了dPCR技术的基本原理和特点,分析了dPCR技术在食品安全核酸检测领域的研究现状,并对其在食品安全中的应用前景进行展望,以期为促进dPCR在食品安全核酸检测领域中的应用提供一定参考。 展开更多
关键词 数字聚合酶链式反应(dPCR) 食品安全 核酸检测 绝对定量
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Absolute quantification of proteins in the fatty acid biosynthetic pathway using protein standard absolute quantification 被引量:1
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作者 Hui Tao Yuchen Zhang +2 位作者 Xiaoying Cao Zixin Deng Tiangang Liu 《Synthetic and Systems Biotechnology》 SCIE 2016年第3期150-157,共8页
With worldwide attention on renewable energy and climate change,metabolic engineering of the fatty acid biosynthetic pathway has become an active area of research,with a view to enhance production of biofuels.Indeed,t... With worldwide attention on renewable energy and climate change,metabolic engineering of the fatty acid biosynthetic pathway has become an active area of research,with a view to enhance production of biofuels.Indeed,this pathway has already been extensively studied in Escherichia coli.Nevertheless,little is known about the absolute abundance of the enzymes involved,information that may be valuable for engineering,such as the optimal molar ratios of different proteins.In this study,we use protein standard absolute quantification(PSAQ)to measure the absolute abundance of proteins that catalyze fatty acid biosynthesis in E.coli.In addition,the changes of protein abundance were analyzed by comparing the differences between high-yield and the background strain.Our work highlights opportunities to enhance fatty acid production by measuring protein molar ratios and identifying catalytic and regulatory bottlenecks.More importantly,our results provide evidence that PSAQ is a generally valuable tool to investigate metabolic pathways. 展开更多
关键词 Fatty acid absolute quantification PROTEOMICS MRM PSAQ
原文传递
iTRAQ技术筛选差异蛋白S100A8在特发性膜性肾病中的表达及意义 被引量:1
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作者 黄宇珊 黄娟 +2 位作者 李斯毅 吴勇 唐凤英 《右江民族医学院学报》 2023年第2期298-303,共6页
目的应用同位素标记相对与绝对定量蛋白组学(isobaric tags for relative and absolute quantification,iTRAQ)技术鉴定和筛选特发性膜性肾病(idiopathic membranous nephropathy,IMN)患者外周血中的差异蛋白,验证IMN患者差异蛋白S100A... 目的应用同位素标记相对与绝对定量蛋白组学(isobaric tags for relative and absolute quantification,iTRAQ)技术鉴定和筛选特发性膜性肾病(idiopathic membranous nephropathy,IMN)患者外周血中的差异蛋白,验证IMN患者差异蛋白S100A8表达水平及其意义。方法收集IMN组、非膜性肾病组(not-idiopathic membranous nephropathy,NIMN)和健康对照组的外周血标本,结合生物信息学分析获得差异表达蛋白。采用蛋白质免疫印迹(Western Blot,WB)及酶联免疫吸附方法(ELISA法)检测S100A8蛋白在3组的表达,分析其表达与IMN的关系。结果①通过iTRAQ方法并结合生物信息学分析筛选出S100A8作为目标蛋白;②S100A8在30例IMN患者中表达增高,与NIMN组差异有统计学意义(P<0.001);③ROC曲线显示S100A8蛋白对IMN有高诊断价值。结论检测S100A8蛋白的表达对诊断IMN具有一定价值,S100A8可能是IMN的候选生物标志物。 展开更多
关键词 肾小球肾炎 膜性 同位素标记相对与绝对定量蛋白组学 S100A8蛋白 生物标志物
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表面等离子体共振技术及其在蛋白质活性浓度绝对定量中的应用 被引量:1
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作者 罗世闻 武利庆 +1 位作者 杨彬 刘亚辉 《计量学报》 CSCD 北大核心 2023年第11期1770-1775,共6页
表面等离子体共振(SPR)是一种由隐失波引发金属表面疏密电子振荡的物理学现象,通过共振角的分析可以了解分子间相互作用的情况。基于SPR的无校准浓度分析技术,通过在传质限制条件下测定蛋白质与其受体或抗体的扩散结合速率,即可在不需... 表面等离子体共振(SPR)是一种由隐失波引发金属表面疏密电子振荡的物理学现象,通过共振角的分析可以了解分子间相互作用的情况。基于SPR的无校准浓度分析技术,通过在传质限制条件下测定蛋白质与其受体或抗体的扩散结合速率,即可在不需要标准品的情况下直接测定出蛋白质的活性浓度,是一种蛋白质活性浓度的绝对测量技术。通过综述表面等离子体共振技术绝对定量蛋白质活性浓度的原理及其在各领域的应用,探讨了该技术的优势以及目前存在的问题,展望了该技术未来发展方向及其在蛋白质计量中的主要应用。 展开更多
关键词 计量学 蛋白质 活性浓度 表面等离子体共振 无校准浓度分析 绝对定量
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苗期水稻和小麦对缺锰胁迫的响应差异及机理
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作者 夏越 沈仁芳 +1 位作者 马建锋 车景 《土壤》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期1207-1215,共9页
为探究水稻和小麦响应缺锰的差异及其机理,采用水培试验比较了苗期水稻和小麦在缺锰和加锰处理条件下的生长及植株各部位的元素含量和分配情况,并采用绝对定量法比较了小麦和水稻根中锰转运基因的表达水平。结果表明:与供锰充足的植株相... 为探究水稻和小麦响应缺锰的差异及其机理,采用水培试验比较了苗期水稻和小麦在缺锰和加锰处理条件下的生长及植株各部位的元素含量和分配情况,并采用绝对定量法比较了小麦和水稻根中锰转运基因的表达水平。结果表明:与供锰充足的植株相比,缺锰21 d严重抑制水稻生长,而小麦生长不受影响;在缺锰条件下,小麦体内锰从根到地上部的转运率比供锰充足时提高了16.4%;相反,水稻体内锰从根到地上部的转运率降低了7.5%;苗期小麦根中TaNRAMP2的绝对表达量是水稻OsNRAMP2的3.8倍~5.1倍。综上可见,小麦比水稻更耐缺锰胁迫,这可能与NRAMP2在小麦中的高表达有关。 展开更多
关键词 水稻 小麦 缺锰胁迫 绝对定量 NRAMP2
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数字PCR技术在国门生物安全保障领域的应用 被引量:1
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作者 王艺凯 齐玮 +7 位作者 杨诣 王占坤 王胜利 陈芊如 孔维恒 芮孝 邱烨 刘鑫 《分析仪器》 CAS 2023年第6期109-116,共8页
数字PCR作为第三代PCR检测技术,无需校准物和绘制标准曲线即可实现对样品初始浓度的绝对定量,具有高灵敏度、高特异性和高精确度的特点;已被广泛应用于遗传病、癌症、传染病的诊断和拷贝数变异、突变检测、转基因检测等方面的研究。本... 数字PCR作为第三代PCR检测技术,无需校准物和绘制标准曲线即可实现对样品初始浓度的绝对定量,具有高灵敏度、高特异性和高精确度的特点;已被广泛应用于遗传病、癌症、传染病的诊断和拷贝数变异、突变检测、转基因检测等方面的研究。本文对数字PCR技术的发展、原理、数据分析做了介绍,并对数字PCR技术在国门生物安全领域的研究进展和应用前景做了介绍和论述。 展开更多
关键词 数字PCR 高灵敏度 绝对定量 国门生物安全
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基于iTRAQ技术的阿司匹林相关胃黏膜病变差异蛋白质组学研究 被引量:1
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作者 郭红伟 程艳丽 《胃肠病学和肝病学杂志》 CAS 2023年第4期361-366,共6页
目的应用同位素相对标记与绝对定量技术(isotope relative labeling and absolute quantification technique,iTRAQ)筛选阿司匹林相关胃黏膜病变的差异蛋白,分析生物信息,探讨阿司匹林导致胃黏膜病变的发病机制。方法分别收集口服阿司匹... 目的应用同位素相对标记与绝对定量技术(isotope relative labeling and absolute quantification technique,iTRAQ)筛选阿司匹林相关胃黏膜病变的差异蛋白,分析生物信息,探讨阿司匹林导致胃黏膜病变的发病机制。方法分别收集口服阿司匹林6个月以上患者的胃黏膜病变(包括胃炎、胃溃疡)标本作为实验组,未口服阿司匹林健康体检者的正常胃黏膜标本作为对照组,采用iTRAQ技术对差异蛋白进行筛选与鉴定。通过检索Gene Ontology数据库,针对细胞组分、生物学过程、分子功能对差异蛋白在功能方面进行富集;通过KEGG的Pathway数据库,定位差异蛋白到相应的生化代谢途径和信号转导途径,将不同的蛋白质富集到共同代谢途径中。结果共鉴定出298个差异蛋白,与对照组相比差异有统计学意义,其中235个蛋白表达上调,63个蛋白表达下调。生物信息学分析发现差异蛋白主要参与了129种细胞组分、733种生物学过程、123种分子功能、55条信号转导通路。差异蛋白的基因分子功能主要包括异源性二聚体蛋白的活性、MAPK级联反应、受体激动剂活性、CCR10趋化因子受体结合、氨甲酰磷酸合成酶活性、CXCR5趋化因子受体结合、H-K交换ATP酶活性等,差异蛋白主要富集在内吞作用、细胞因子-细胞因子受体相互作用信号通路上。结论阿司匹林可能通过上调或下调多种差异蛋白,如下调EGFR参与内吞作用、细胞因子-细胞因子受体相互作用等多种信号途径损伤胃黏膜。为进一步阐明阿司匹林相关胃黏膜致病机制提供了理论依据。 展开更多
关键词 阿司匹林相关胃黏膜病变 同位素相对标记与绝对定量技术 生物信息学
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禽呼肠孤病毒微滴数字PCR检测方法的建立
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作者 万丽军 华俊 +11 位作者 谢芝勋 王盛 任红玉 谢丽基 范晴 罗思思 张艳芳 曾婷婷 黄娇玲 张民秀 谢志勤 邓显文 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2023年第10期80-85,139,共7页
为了建立禽呼肠孤病毒(Avian reovirus,ARV)微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)的检测方法,试验根据ARV S1133毒株S1基因序列(GenBank登录号为L39002.1)的保守区设计特异性标准品引物BQ-F/BQ-R,检测引物ARV-F/ARV-R及特异性探针(AR... 为了建立禽呼肠孤病毒(Avian reovirus,ARV)微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)的检测方法,试验根据ARV S1133毒株S1基因序列(GenBank登录号为L39002.1)的保守区设计特异性标准品引物BQ-F/BQ-R,检测引物ARV-F/ARV-R及特异性探针(ARV-Probe);以ARV S1133毒株反转录的cDNA为模板,使用引物BQ-F/BQ-R进行PCR扩增,构建标准品质粒pMD18-T-ARV;以标准品质粒pMD18-T-ARV为模板,使用引物ARV-F/ARV-R及特异性探针进行ddPCR试验,优化引物、探针反应浓度及退火温度,并考察ddPCR检测方法的敏感性、特异性及重复性。结果表明:筛选得到引物和探针的最佳反应浓度分别为1000 nmol/L和250 nmol/L,最佳退火温度为57.1℃。建立的ARV ddPCR最低能检测到的模板浓度为8 copies/μL;同时检测禽流感病毒(AIV)、新城疫病毒(NDV)、鸡细小病毒(ChPV)、鸡传染性贫血病毒(CIAV)、禽腺病毒(FAdV)及ARV,仅ARV为阳性,其他均为阴性;重复检测试验样品及临床样品3次,变异系数均小于15%。说明ddPCR可用于ARV的临床检测中。 展开更多
关键词 禽呼肠孤病毒 微滴数字PCR 敏感性 特异性 重复性 绝对定量
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稳定同位素标记氨基酸细胞培养联合质谱绝对定量技术在5、7、55型腺病毒鉴定中的应用
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作者 朱文清 李恒 +1 位作者 张妍 徐忠伟 《化学世界》 CAS 2023年第6期445-452,共8页
利用稳定同位素标记肽段的质谱绝对定量(AQUA)技术,实现了对5、7和55型人腺病毒的准确鉴定。采用细胞培养条件下稳定同位素代谢标记(SILAC)技术培养细胞至大肠杆菌生长至对数生长期,1 mmol/L异丙基硫代-β-D-半乳糖苷(IPTG)低温诱导蛋... 利用稳定同位素标记肽段的质谱绝对定量(AQUA)技术,实现了对5、7和55型人腺病毒的准确鉴定。采用细胞培养条件下稳定同位素代谢标记(SILAC)技术培养细胞至大肠杆菌生长至对数生长期,1 mmol/L异丙基硫代-β-D-半乳糖苷(IPTG)低温诱导蛋白表达,提取并利用谷胱甘肽S转移酶(GST)纯化富集相应标记的腺病毒六邻体蛋白。通过胶消化分别消化三种不同标记策略(非标记、中度标记和重度标记)的纯化蛋白,消化肽段等量混合脱盐后经纳流液相色谱-串联质谱(Nano HPLC-MS/MS)进行定量蛋白分析。通过SILAC实现大肠杆菌的完整代谢标记,诱导表达腺病毒六邻体蛋白,通过AQUA技术实现对非标记、中度标记、重度标记六邻体蛋白标志性肽段鉴定。成功实现SILAC三种不同标记策略条件下大肠杆菌中5、7、55型人腺病毒六邻体蛋白的完整标记,为5、7、55型人腺病毒感染的快速分型检测提供了新的鉴定策略。 展开更多
关键词 人腺病毒 质谱绝对定量技术 稳定同位素标记氨基酸细胞培养技术 病原体检测
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一种新颖简便的荧光实时RT-PCR相对定量方法的建立 被引量:129
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作者 张驰宇 徐顺高 黄新祥 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第9期883-888,共6页
为建立一种新颖、简便的荧光实时RT-PCR相对定量方法,根据实时定量标准曲线,推导出相对定量基因表达的公式.公式显示相对表达指数只与CT值和标准曲线的斜率相关.构建标准曲线的标准品需要通过克隆和体外转录获得,实验过程繁琐.当人为成... 为建立一种新颖、简便的荧光实时RT-PCR相对定量方法,根据实时定量标准曲线,推导出相对定量基因表达的公式.公式显示相对表达指数只与CT值和标准曲线的斜率相关.构建标准曲线的标准品需要通过克隆和体外转录获得,实验过程繁琐.当人为成比例增减标准品各个稀释度的具体拷贝数时,标准曲线的斜率并不改变,说明标准曲线斜率与标准品的具体拷贝数无关.因此,新的相对定量方法可以用任何一个待测样品的总RNA(或cDNA),经系列稀释后作为标准品,来构建相对定量标准曲线,获得斜率.与绝对定量法比较,新方法获得了基本相同的斜率和非常一致的定量结果(差异小于4%),而传统的2-#$CT法却表现出较大的定量误差.这些结果表明,新的相对定量方法是一种简便、准确和高效的定量基因表达的方法. 展开更多
关键词 荧光实时定量RT-PCR 相对定量 绝对定量 标准曲线 mRNA定量 斜率
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超声介入无水乙醇治疗肝癌量化的实验研究 被引量:18
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作者 林礼务 高上达 +4 位作者 何以敉 杨发端 叶真 薛恩生 俞丽云 《中国医学影像技术》 CSCD 2003年第2期219-222,共4页
目的 探讨肝癌瘤内无水乙醇注射量、注射时间间隔与疗效以及纤维隔生成关系。方法 取人肝癌SMMC 772 1裸鼠皮下移植 2 4只 ,随机分为乙醇量化短间隔组 (A组 )、乙醇量化长间隔组 (B组 )、乙醇少量长间隔组 (C组 )各 8只 ,全部裸鼠在接... 目的 探讨肝癌瘤内无水乙醇注射量、注射时间间隔与疗效以及纤维隔生成关系。方法 取人肝癌SMMC 772 1裸鼠皮下移植 2 4只 ,随机分为乙醇量化短间隔组 (A组 )、乙醇量化长间隔组 (B组 )、乙醇少量长间隔组 (C组 )各 8只 ,全部裸鼠在接种 10天后瘤内注射无水乙醇 ,每组均共计注射 2次。各组均在末次注射后 5天处死 ,取肿瘤组织分别行病理组织学、电镜检查 ,治疗前后分别采用高频超声测量肿瘤三径并计算肿瘤生长指数。所有实验均在双盲条件下进行。结果 A组与B组肿瘤生长指数 (分别为 0 .0 72± 0 .0 18与 0 .0 94± 0 .0 2 8)均明显低于C组 (1.982± 0 .482 ) (P <0 .0 1) ,A、B二组差异无显著性意义 (P >0 .0 5 )。病理组织学见A组肿瘤坏死变性严重 ,坏死面积大于 80 %的占 87.5 %。C组无一例坏死达 80 %以上。电镜观察A组绝大部分呈凝固性坏死 ,未见残留癌细胞 ,B组于肿瘤周边可见残留癌细胞与少量炎症细胞与纤维组织。C组周边癌细胞生长旺盛 ,并有炎症细胞浸润与纤维束形成。结论 无水乙醇治疗肝癌量化与短时间间隔 (3~ 5天一次 )注射对提高疗效有重要作用。 展开更多
关键词 无水乙醇 量化 治疗 肝癌 超声 时间间隔
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基于数字PCR的单分子DNA定量技术研究进展 被引量:50
18
作者 李亮 隋志伟 +2 位作者 王晶 臧超 余笑波 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第10期1017-1023,共7页
数字PCR是一项针对单分子目标DNA的绝对定量技术.该技术是将含有DNA模板的反应溶液分配到大量独立的反应室中并且发生扩增反应,通过统计反应室中的阳性信号来定量DNA的拷贝数.DNA样品在反应室中随机和独立分布是单分子成功扩增和准确定... 数字PCR是一项针对单分子目标DNA的绝对定量技术.该技术是将含有DNA模板的反应溶液分配到大量独立的反应室中并且发生扩增反应,通过统计反应室中的阳性信号来定量DNA的拷贝数.DNA样品在反应室中随机和独立分布是单分子成功扩增和准确定量DNA拷贝数的关键因素.本文综述了数字PCR的发展历史、数字PCR与实时荧光定量PCR的区别,以及数字PCR在临床诊断、转基因成分定量、单细胞基因表达、环境微生物检测和下一代测序等方面的最新进展,并展望了该技术的应用前景. 展开更多
关键词 数字PCR 绝对定量 实时荧光定量PCR 拷贝数 单分子
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数字聚合酶链式反应技术在食品安全检测领域的研究应用进展 被引量:25
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作者 刘津 刘二龙 +3 位作者 谢力 李志勇 相大鹏 高东微 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第17期275-280,共6页
数字聚合酶链式反应(digital polymerase chain reaction,dPCR)作为一项新兴的基于单分子目标基因扩增的绝对定量技术,促进了现代分子生物学在精准定量检测方面的发展和应用。本文综述了商业化dPCR技术在转基因成分、动物源性成分、食... 数字聚合酶链式反应(digital polymerase chain reaction,dPCR)作为一项新兴的基于单分子目标基因扩增的绝对定量技术,促进了现代分子生物学在精准定量检测方面的发展和应用。本文综述了商业化dPCR技术在转基因成分、动物源性成分、食源性致病微生物定量检测等食品安全领域的研究进展,讨论了dPCR应用中技术难题的解决,并在此基础上展望了该技术在食品安全检测领域的发展前景。 展开更多
关键词 数字聚合酶链式反应 食品安全 绝对定量 检测
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一种可绝对定量核酸的数字PCR微流控芯片 被引量:17
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作者 朱强远 杨文秀 +6 位作者 高一博 于丙文 邱琳 周超 金伟 金钦汉 牟颖 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2013年第3期545-550,共6页
构建了一种新型的可进行核酸单分子扩增和核酸绝对定量的数字聚合酶链式反应(数字PCR)微流控芯片.应用多层软光刻技术,以聚二甲基硅氧烷(PDMS)作为芯片材料,盖玻片作为基底制作了具有3层结构以及微阀控制功能的微流控芯片.芯片的大小与... 构建了一种新型的可进行核酸单分子扩增和核酸绝对定量的数字聚合酶链式反应(数字PCR)微流控芯片.应用多层软光刻技术,以聚二甲基硅氧烷(PDMS)作为芯片材料,盖玻片作为基底制作了具有3层结构以及微阀控制功能的微流控芯片.芯片的大小与载玻片相当,可同时检测4个样品,每个样品通入芯片后平均分配到640个反应小室,每个小室的体积为6 nL.以从肺癌细胞A549中提取的18sRNA为样品检测了该芯片的可行性.将样品稀释数倍后通入芯片,核酸分子随机分布在640个小室中并扩增.核酸分子在芯片中的分布符合泊松分布原理,当样品中待测核酸分子平均拷贝数低于0.5个/小室时,则每个反应小室包含0个或1个分子.经过PCR扩增后,有模板分子的小室检测结果为阳性反应,而无模板分子的小室为阴性反应,最后通过计数阳性反应室的个数,可绝对定量原始待测样品中的目标DNA分子拷贝数.实验结果表明,该数字PCR芯片可实现DNA单分子反应和核酸绝对定量,具有成本低、灵敏度高、节省时间和试剂以及操作简单等优点,为数字PCR方法在普通实验室的应用提供了一种新途径,可用于癌症及感染性疾病的早期诊断、单细胞分析、产前诊断以及各种细菌病毒的核酸检验等研究. 展开更多
关键词 数字聚合酶链式反应 微流控芯片 单分子扩增 核酸定量 绝对定量
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