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Variations of phyllosphere microorganisms in asymptomatic and tobacco brown spot leaves before and after spraying 12% difenoconazole + fluxapyroxad SC
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作者 LI Tong WANG Hancheng +6 位作者 YE Guo WANG Qing NGANGUEM NZALLE Yranney Brice WANG Feng CAI Liuti FENG Ruichao ZHANG Songbai 《农药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期932-948,共17页
12%difenoconazole+fluxapyroxad SC(commercial name:Jiangong)was first released by BASF in China in 2016.It has been registered to control many diseases,including pear scab,apple Alternaria leaf spot,tomato early blight... 12%difenoconazole+fluxapyroxad SC(commercial name:Jiangong)was first released by BASF in China in 2016.It has been registered to control many diseases,including pear scab,apple Alternaria leaf spot,tomato early blight,cucumber powdery mildew,etc.This study evaluated the bioactivity of Jiangong against Alternaria alternata and explored variations of phyllosphere microorganisms in both asymptomatic and tobacco brown spot leaves at different persistence periods(0,5,10,and 15 days post-fungicide application)using high-throughput sequencing technology.The results indicated that Jiangong effectively inhibited mycelial growth(average EC_(50) value of 0.51μg/mL),conidia germination(average EC_(50) value of 3.47μg/mL),and the carbon metabolism of A.alternata.Both asymptomatic and symptomatic leaves presented complex microbial communities.Higher fungal diversity was noted in asymptomatic leaves,while higher bacterial diversity was found in symptomatic leaves.After application,the diversity and abundance of microbial community structures in both types of leaves changed over time.Fungal microbiome communities showed greater sensitivity than bacterial groups,with the microbiome communities of asymptomatic leaves being more affected than those of symptomatic leaves.Fungal community diversity decreased for both symptomatic and asymptomatic leaves after 5 days of application,while the diversity of fungal community in symptomatic leaves showed an upward trend after 10 days of application.Meanwhile,bacterial community diversity increased in both symptomatic and asymptomatic leaves after 5 days of application but then declined in asymptomatic leaves after 15 days.The abundance of the dominant function group of phyllosphere bacteria(metabolism,genetic information processing,environmental information processing)was not affected by the application of Jiangong.However,the abundance of the dominant function group of phyllosphere fungi(animal pathogen-endophyte-wood saprotroph,endophyte-plant pathogen,plant pathogen-undefined saprotroph)was significantly affected by the application of Jiangong,and high variation was found in symptomatic leaves than that of asymptomatic leaves.The application of Jiangong-induced alterations in the community structure of the tobacco phyllosphere microbiome provides a basis for future tobacco brown spot control strategies based on phyllospheric microecology. 展开更多
关键词 tobacco brown spot DIFENOCONAZOLE fluxapyroxad microorganism communities diversity high-throughput sequencing
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Functions and Applications of Intestinal Symbiotic Microorganisms in Insects
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作者 Cong CHEN Junyu LIN +4 位作者 Zhaoyan LIN Qianrou LI Jingyi HUANG Qijing WU Qianhua JI 《Asian Agricultural Research》 2024年第8期23-28,共6页
Insects represent a diverse group of organisms on earth that carry a vast array of symbiotic microorganisms in their intestines.These microorganisms have established a complex and intimate symbiotic relationship with ... Insects represent a diverse group of organisms on earth that carry a vast array of symbiotic microorganisms in their intestines.These microorganisms have established a complex and intimate symbiotic relationship with their host insects over an extended period of evolutionary adaptation.The population structure of intestinal symbiotic microorganisms in insects exhibits a high degree of diversity,with notable differences among insect species.Conversely,within the same insect species,the population structure of symbiotic microorganisms in specific intestinal sites demonstrates a certain degree of stability and specificity.These symbiotic microorganisms perform various physiological functions in the host insect.Their biological functions encompass nutrient and material metabolism and immune and protective mechanisms,which have significant effects on host insect longevity,development,and reproductive capacity.These microorganisms have diverse applications,including pest control,bioenergy production,the development of insect resources,etc.Recent advancements in high-throughput sequencing technology have revealed a growing diversity and biological properties of these microorganisms.The application of these techniques has significantly contributed to the advancement of research in the field of insect intestinal microbial research,providing researchers with powerful tools for a deeper understanding and utilization of these symbiotic microorganisms.This study reviewed the research progress of insect intestinal microorganisms in three aspects:diversity,biological functions,and applications.The objective was to provide useful references and insights for further research and applications of insect intestinal microorganisms. 展开更多
关键词 SYMBIOTIC microorganisms INTESTINAL FLORA Population structure Diversity high-throughput sequencing
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Gelatin filter capture-based high-throughput sequencing analysis of microbial diversity in haze particulate matter
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作者 Meiqing Sun Zhanlin Ding +4 位作者 Hong Wang Guangping Yu Zhe Feng Bingzhi Li Penghui Li 《The Journal of Biomedical Research》 CAS CSCD 2019年第6期414-421,共8页
Airborne particulate matter(PM),especially PM2.5,can be easily adsorbed by human respiratory system.Their roles in carrying pathogens for spreading epidemic diseases has attracted great concern.Herein,we developed a n... Airborne particulate matter(PM),especially PM2.5,can be easily adsorbed by human respiratory system.Their roles in carrying pathogens for spreading epidemic diseases has attracted great concern.Herein,we developed a novel gelatin filter-based and culture-independent method for investigation of the microbial diversity in PM samples during a haze episode in Tianjin,China.This method involves particle capture by gelatin filters,filter dissolution for DNA extraction,and high-throughput sequencing for analysis of the microbial diversity.A total of 584 operational taxonomic units(OTUs)of bacteria and 370 OTUs of fungi at the genus level were identified during hazy days.The results showed that both bacterial and fungal diversities could be evaluated by this method.This study provides a convenient strategy for investigation of microbial biodiversity in haze,facilitating accurate evaluation of airborne epidemic diseases. 展开更多
关键词 airborne particulate matter gelatin filter pathogen high-throughput sequencing
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病原体宏基因检测在器官捐献患者中的应用
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作者 潘丽 罗颖 +6 位作者 万晓菲 周鑫 叶啟发 潘华勤 徐智高 周威 徐艳 《实用器官移植电子杂志》 2024年第2期114-118,共5页
目的探讨病原体宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)应用于器官捐献者病原微生物的检测,为器官移植后的抗感染药物靶向治疗提供依据。方法回顾性分析了武汉大学中南医院于2021年8月至2023年6月142例器官捐... 目的探讨病原体宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)应用于器官捐献者病原微生物的检测,为器官移植后的抗感染药物靶向治疗提供依据。方法回顾性分析了武汉大学中南医院于2021年8月至2023年6月142例器官捐献者的临床病例,收集捐献者的血液样本的mNGS检测和病原微生物培养检测结果,对其进行分析比较。结果142例捐献者中98例在mNGS中检测到病原微生物,阳性检出率为69.01%。其中,59例(60.20%)为单纯病毒感染,12例(12.24%)为单纯细菌感染,4例(4.08%)为单纯真菌感染,混合感染23例(23.47%)。共检测出病原微生物173株。其中,病毒125株(72.25%),细菌40株(23.12%),真菌8株(4.62%)。对捐献者血液样本送检mNGS同时送检微生物培养检测,142例捐献者中20例(14.08%)血培养检测到病原微生物,共检测出21株病原微生物,其中20例(95.24%)为细菌,1例(4.76%)为真菌。器官保存液中培养出病原微生物2例(1.40%)。结论mNGS对病原微生物的检出率高于微生物血培养检测。mNGS检测和血培养病原微生物检测在细菌的诊断上差异不明显,而在检测真菌及病毒阳性时有统计学意义,且mNGS检测比血培养病原微生物检测能大幅度缩短检验时长。 展开更多
关键词 宏基因组二代测序 病原微生物检测 公民逝世后器官捐献 供者来源性感染
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宏基因组二代测序技术对结核性与非结核性脊柱感染疾病的诊断价值研究 被引量:2
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作者 郭路明 于龙 +7 位作者 李力韬 吴云峰 李大伟 鲍达 罗展鹏 刘宁 杨尚杰 崔旭 《解放军医学院学报》 CAS 2024年第5期457-462,480,共7页
背景结核性脊柱感染是脊柱外科比较棘手的疾病之一,其早期临床症状大多不典型,实验室检查、影像检查及组织病理学检查的特异性不高。病原学诊断是结核性脊柱感染诊断的“金标准”,但病原微生物培养存在周期长、阳性率低的缺点。宏基因... 背景结核性脊柱感染是脊柱外科比较棘手的疾病之一,其早期临床症状大多不典型,实验室检查、影像检查及组织病理学检查的特异性不高。病原学诊断是结核性脊柱感染诊断的“金标准”,但病原微生物培养存在周期长、阳性率低的缺点。宏基因组二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)目前已应用到临床的诊断中,但关于mNGS与其他常见临床检测方法之间比较的研究较少。目的探讨mNGS对结核性脊柱感染疾病的诊断价值。方法收集2021年2月—2023年9月收入解放军总医院第八医学中心脊柱外科的脊柱感染患者的病历信息,提取采集血液、脓液及病灶组织标本进行血清学检测、细菌培养、结核菌培养、病理学检查、X-pert和mNGS检测的结果,以临床诊断(病理学结果)为“金标准”,比较不同检测方式的诊断价值。结果共收集112例脊柱感染患者,男性68例,女性44例,年龄14~87(58.98±13.70)岁。临床诊断结果为非结核性脊柱感染63例,脊柱结核感染49例。mNGS法检出脊柱感染阳性90例(80.4%),微生物培养法检出阳性51例(45.5%)。判断脊柱感染中的结核性感染方面,mNGS阳性检出34例(69.39%);微生物培养阳性检出仅17例(34.69%)。mNGS法检出病原微生物102例,其中细菌70例。在mNGS、微生物培养、T-spot、X-pert对脊柱结核的临床诊断效能分析结果中,mNGS效能最高(AUC=0.839),其诊断的准确度最高,甚至高于目前临床常用的方法。mNGS以及4种方法联合的诊断效能最高,ROC-AUC(95%CI)分别为0.846(0.701~0.971)和0.876(0.773~0.962),显著高于其他3种单独方法,Delong检验P<0.05。结论宏基因二代测序技术能够快速、高效地对脊柱感染性疾病的病原微生物进行检测,并且对于结核性脊柱感染疾病有着较高的检出率、敏感度和特异度。该技术是诊断与鉴别脊柱感染性疾病较好、较快的方法,可为结核性脊柱感染性疾病的诊断提供指导。 展开更多
关键词 脊柱感染 脊柱结核 宏基因二代测序 病原微生物 诊断
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纳米孔测序在病原微生物检测中的应用专家共识
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作者 张述耀 侯铁英 +6 位作者 黎小妍 钟诗龙 伍俊妍 黄彬 中国药理学会治疗药物监测研究专业基层委员会 广东省药学会临床治疗精准用药专家委员会 《纳米孔测序在病原微生物检测中的应用专家共识》编写组 《中国药房》 CAS 北大核心 2024年第14期1673-1682,共10页
目的提高危重症感染性疾病的诊断及救治水平,规范纳米孔测序的临床应用,促进该技术的良性发展。方法由中国药理学会治疗药物监测研究专业基层委员会和广东省药学会临床治疗精准用药专家委员会发起并组织多学科专家,采用名义群体法讨论... 目的提高危重症感染性疾病的诊断及救治水平,规范纳米孔测序的临床应用,促进该技术的良性发展。方法由中国药理学会治疗药物监测研究专业基层委员会和广东省药学会临床治疗精准用药专家委员会发起并组织多学科专家,采用名义群体法讨论确定共识编写大纲,形成共识初稿;采用德尔菲法进行专家咨询,对专家意见进行分析和修订,形成共识。结果与结论最终制定的《纳米孔测序在病原微生物检测中的应用专家共识》涵盖了靶向测序、宏基因组测序和全基因组测序等方向,对纳米孔测序的样本采集与保存、检测过程、生物信息学分析、报告解读等全流程进行了规范,并对其中的关键问题给出了推荐意见。 展开更多
关键词 第三代测序 纳米孔测序 病原微生物 危重症感染 临床检验 微生物学诊断
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单细胞转录组测序在病原微生物肺部感染研究中的应用
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作者 黄佳佳 王楚雯 +3 位作者 刘颖 张莹莹 陈染 钱国清 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期950-955,共6页
肺部感染是指在终末气道、肺泡腔及肺间质中由细菌、真菌和病毒等病原体诱发的炎症,是威胁人类健康的全球十大问题之一。2019年,世界卫生组织数据显示肺部感染致全球近260万死亡,位列第四大死因^([1]),而且,成人肺部感染的发作次数呈上... 肺部感染是指在终末气道、肺泡腔及肺间质中由细菌、真菌和病毒等病原体诱发的炎症,是威胁人类健康的全球十大问题之一。2019年,世界卫生组织数据显示肺部感染致全球近260万死亡,位列第四大死因^([1]),而且,成人肺部感染的发作次数呈上升趋势,特别是≥70岁的男性患者数量增幅最为显著^([2])。病原微生物的感染是病原体与免疫相互作用的结果,不同病原体引起的肺部感染作用机制不同,感染的病原体可激活免疫信号通路和诱导炎症风暴,诱发急性呼吸窘迫综合征(acute respiratory distress syndrome,ARDS)^([3]),导致预后不佳,甚至死亡。 展开更多
关键词 单细胞转录组测序 肺部感染 病原微生物
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奶牛乳房炎病原微生物20联核酸检测试剂盒(PCR-荧光探针法)的临床应用评估
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作者 胡秀花 王子华 +5 位作者 黄鹏成 刘园园 毛君杰 王桂琴 马翀 王少林 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第11期61-69,共9页
为了评估商品化的奶牛乳房炎病原微生物20联核酸检测试剂盒(PCR-荧光探针法)(后文简称为“检测试剂盒”)在临床应用中的适用性,本试验采用传统细菌分离培养、检测试剂盒、16S rRNA基因扩增子测序和药物敏感性试验对宁夏回族自治区9个牧... 为了评估商品化的奶牛乳房炎病原微生物20联核酸检测试剂盒(PCR-荧光探针法)(后文简称为“检测试剂盒”)在临床应用中的适用性,本试验采用传统细菌分离培养、检测试剂盒、16S rRNA基因扩增子测序和药物敏感性试验对宁夏回族自治区9个牧场155份奶牛乳房炎奶样分别进行菌株鉴定和耐药性检测,并将检测试剂盒与其他3种检测结果进行比较和分析。结果显示,检测试剂盒与传统细菌分离培养在病原菌检出情况上基本保持一致,均主要检出了大肠杆菌、芽孢杆菌属和凝固酶阴性葡萄球菌(CNS)等;检测试剂盒与16S rRNA基因扩增子测序结果在菌属组成上一致性较高,均主要检出了假单胞菌属、链球菌属和葡萄球菌属等;药物敏感性试验结果显示,检出率较高的66株病原菌分离株对β-内酰胺类抗菌药物的耐药率普遍偏高;奶样中β-内酰胺酶耐药基因blaZ的检测试剂盒检出结果与同一奶样中分离菌株的药物敏感性试验结果一致率达58%(7/12)。综上所述,该检测试剂盒具有较高的准确度和病原覆盖率,可为牧场奶牛乳房炎主要病原的快速诊断和耐药基因(blaZ)监测提供有效的技术支持,从而降低抗菌药物的使用量,以减少牧场经济损失。 展开更多
关键词 奶牛乳房炎病原微生物20联核酸检测试剂盒(PCR-荧光探针法) 细菌分离培养 16S rRNA基因扩增子测序 药物敏感性试验
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基于宏基因组学的江西桃红岭梅花鹿潜在病原初步调查
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作者 陈璐瑶 黄晓凤 +4 位作者 张壹萱 詹建文 刘武华 刘小洪 张阳 《野生动物学报》 北大核心 2024年第3期504-512,共9页
近些年,江西桃红岭梅花鹿国家级自然保护区植被正向演替明显,大量梅花鹿(Cervus nippon)开始向保护区外围扩散和聚集,调查桃红岭梅花鹿潜在病原携带情况,有利于掌握其种群健康状况,进而制定精确的保护管理对策,因此在该保护区不同区域(... 近些年,江西桃红岭梅花鹿国家级自然保护区植被正向演替明显,大量梅花鹿(Cervus nippon)开始向保护区外围扩散和聚集,调查桃红岭梅花鹿潜在病原携带情况,有利于掌握其种群健康状况,进而制定精确的保护管理对策,因此在该保护区不同区域(核心区、缓冲区和实验区)采集梅花鹿新鲜粪便样品,并基于宏基因组测序技术分析其病原携带情况。结果表明:桃红岭梅花鹿携带病原微生物包括细菌、真菌、放线菌、支原体、衣原体和螺旋体,共34属63种,其中包含大量人兽共患病病原;病原丰度最高的5个属分别是拟梭菌属(Clostridioides)、李斯特菌属(Listeria)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、志贺氏菌属(Shigella)和沙门氏菌属(Salmonella),丰度最高的5个种分别是艰难拟梭菌(Clostridioides difficile)、单核增生李斯特氏菌(Listeria mono⁃cytogenes)、肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)、肠炎沙门氏菌(Salmonella enter⁃itidis)和福氏志贺氏菌(Shigella flexneri);不同研究区域中,核心区梅花鹿携带病原数量显著低于缓冲区和实验区。以上结果表明,桃红岭梅花鹿携带有多种病原,存在一定疫病发生风险。建议在保护区核心区积极开展栖息地矮化工作,同时开展高危病原的持续性监测及预警,并加强对保护区外围扩散梅花鹿种群的保护管理。 展开更多
关键词 梅花鹿 江西桃红岭梅花鹿国家级自然保护区 宏基因组测序 病原微生物
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宏基因组二代测序早期检测脓毒症病原体的临床应用进展
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作者 王黎(综述) 丁艳辉 +2 位作者 曹子鋆 薛建江 王晓亮(审校) 《现代医药卫生》 2024年第18期3197-3201,3206,共6页
脓毒症患者存活率低、死亡率高、预后差,早期识别其病原体尤为关键。宏基因组二代测序(mNGS)能实现无偏倚检测临床样本中的所有微生物,对早期发现脓毒症病原微生物较传统培养技术等更灵敏、准确、高效。随着二代测序技术的不断发展,mNG... 脓毒症患者存活率低、死亡率高、预后差,早期识别其病原体尤为关键。宏基因组二代测序(mNGS)能实现无偏倚检测临床样本中的所有微生物,对早期发现脓毒症病原微生物较传统培养技术等更灵敏、准确、高效。随着二代测序技术的不断发展,mNGS在诊断脓毒症方面的临床应用价值将进一步提高,该文就mNGS在脓毒症早期诊断中的优势、临床应用及进展、挑战与展望进行综述。 展开更多
关键词 宏基因组二代测序 脓毒症 病原微生物 早期检测 综述
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Characteristics of pathogenic microorganisms found in 99 cases of conjunctivitis from the Qinghai Tibetan area 被引量:4
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作者 Benshan Yang Xiuyuan Li +2 位作者 Qingfeng Liang Shaoya Zhang Shijing Deng 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS CSCD 2016年第6期571-572,共2页
Morbidity associated with conjunctivitis is higher in developing countries,particularly among children,because of the poorer standards of living(Azari and Barney,2013;Yetman and Coody,1997).Presently,little is known... Morbidity associated with conjunctivitis is higher in developing countries,particularly among children,because of the poorer standards of living(Azari and Barney,2013;Yetman and Coody,1997).Presently,little is known regarding the microorganisms that cause conjunctivitis in the remote area of Chinese Tibet.In particular,it is difficult to monitor and control the occurrence of conjunctivitis in children from this area. 展开更多
关键词 pathogenic Tibetan children monitor Qinghai lactamase methicillin microorganism schools sequencing
原文传递
肺泡灌洗液二代测序在儿童社区获得性肺炎诊疗中的应用价值 被引量:2
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作者 宁宁 陈强 +2 位作者 王双 江超花 丁国际 《检验医学与临床》 CAS 2023年第9期1282-1286,共5页
目的探讨肺泡灌洗液二代测序(NGS)在儿童社区获得性肺炎(CAP)诊疗中的应用价值。方法选取2021年6月至2022年7月九江市妇幼保健院儿童呼吸科收治的116例CAP并行纤维支气管镜肺泡灌洗的患儿为研究对象,采集患儿肺泡灌洗液行NGS检测,同时... 目的探讨肺泡灌洗液二代测序(NGS)在儿童社区获得性肺炎(CAP)诊疗中的应用价值。方法选取2021年6月至2022年7月九江市妇幼保健院儿童呼吸科收治的116例CAP并行纤维支气管镜肺泡灌洗的患儿为研究对象,采集患儿肺泡灌洗液行NGS检测,同时完善相关的传统病原微生物检测。比较2种方法检测病原体的阳性率、病原学分布情况及检测结果的一致性。结果116例患儿经传统病原微生物检测,共检出阳性94例(81.03%),其中细菌感染4例(3.45%)、病毒感染2例(1.72%)、肺炎支原体感染83例(71.55%)、肺炎衣原体感染5例(4.31%),包含混合感染9例(7.76%);对肺泡灌洗液进行NGS检测,共检出阳性111例(95.69%),其中细菌感染62例(53.45%)、病毒感染58例(50.00%)、肺炎支原体感染99例(85.34%)、真菌感染5例(4.31%),包含混合感染63例(54.31%)。肺泡灌洗液NGS对细菌、病毒与肺炎支原体检出率高于传统病原微生物检测,差异有统计学意义(P<0.05);NGS检测与传统病原学检测检出率一致性不佳(Kappa=-0.079,P=0.017);NGS与临床综合诊断符合率为95.69%(114/116),高于传统病原微生物检测的81.03%(94/116),差异有统计学意义(P<0.05)。结论NGS在CAP病原体检测中应用价值较高,能够提高病原体阳性检出率,可将其作为传统病原微生物检测的有效补充,指导临床调整治疗方案,以期更好地改善患儿预后。 展开更多
关键词 儿童社区获得性肺炎 二代测序检测 肺泡灌洗液 传统病原微生物检测
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纳米孔测序在肿瘤并发感染中的应用
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作者 刘熙 刘馨 +3 位作者 蔡静静 杜亚茜 李鸿生 周永春 《昆明医科大学学报》 CAS 2023年第7期9-15,共7页
目的评估纳米孔测序在肿瘤患者并发感染性疾病中的临床应用价值,为肿瘤患者感染性疾病的快速、灵敏诊断提供新的检测方法。方法收集2022年7月至8月云南省肿瘤医院36例疑似感染的肿瘤患者样本46份,利用纳米孔测序鉴定样本中的病原微生物... 目的评估纳米孔测序在肿瘤患者并发感染性疾病中的临床应用价值,为肿瘤患者感染性疾病的快速、灵敏诊断提供新的检测方法。方法收集2022年7月至8月云南省肿瘤医院36例疑似感染的肿瘤患者样本46份,利用纳米孔测序鉴定样本中的病原微生物。结果纳米孔测序细菌检出率72.22%,真菌检出率31.48%,病毒检出率42.59%。细菌和真菌检出率均较微生物培养法(23.91%和10.87%)明显升高(χ^(2)=23.19,P<0.0001;χ^(2)=13.14,P=0.0003)。纳米孔测序结果与微生物培养结果比较,检出的细菌和真菌种属明显增多。结论纳米孔测序鉴定病原微生物具有检出率高,检测病原菌种属广,诊断快速的优势,在肿瘤并发感染性疾病的诊断中具有潜在的临床应用价值。 展开更多
关键词 纳米孔测序 肿瘤 感染 病原微生物 微生物培养
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基于宏基因组学的二代测序技术在免疫抑制合并重症肺炎诊治中的应用 被引量:3
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作者 尤彦菁 余宗阳 +2 位作者 林建东 卓惠长 柳德灵 《中国中西医结合急救杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期51-55,共5页
目的探讨基于宏基因组学的二代测序技术(mNGS)在免疫抑制合并重症肺炎诊治中的应用价值。方法以联勤保障部队第九〇〇医院2017年10月至2019年4月收治的47例免疫抑制合并重症肺炎患者作为研究对象,根据是否行支气管肺泡灌洗液(BALF)mNGS... 目的探讨基于宏基因组学的二代测序技术(mNGS)在免疫抑制合并重症肺炎诊治中的应用价值。方法以联勤保障部队第九〇〇医院2017年10月至2019年4月收治的47例免疫抑制合并重症肺炎患者作为研究对象,根据是否行支气管肺泡灌洗液(BALF)mNGS检测病原微生物,分为试验组(24例)和对照组(23例)。比较两组病原学检测敏感度、假阴性率、临床采信率及住院天数、住院费用和28 d病死率等的差异。结果试验组mNGS法病原学检测敏感度〔100.0%(24/24)〕和临床采信率〔95.8%(23/24)〕均高于试验组传统法〔分别为66.7%(16/24)和16.7%(4/24)〕和对照组〔分别为78.3%(18/23)和30.4%(7/23)〕,假阴性率低于试验组传统法和对照组〔0%(0/24)比33.3%(8/24)、69.6%(16/23)〕;试验组住院天数(d:14.7±8.0比18.7±8.9)、住院费用(元:57093.3±43585.2比88095.0±61912.0)、28 d病死率〔8.3%(2/24)比39.1%(9/23)〕、90 d病死率〔12.5%(3/24)比43.5%(10/23)〕均明显低于对照组,差异有统计学意义(均P<0.05)。结论对免疫抑制合并重症肺炎患者的BALF行mNGS,可提高病原学检测的敏感度、临床采信率,减少假阴性率、住院天数、住院费用和病死率,改善预后。 展开更多
关键词 宏基因组学二代测序 免疫抑制 肺炎 病原微生物
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病原微生物高通量测序检测确诊耻垢分枝杆菌感染1例 被引量:1
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作者 徐清浪 车媛梅 +4 位作者 钟渊斌 何颖 杨丽霞 朱滢 邬小萍 《新发传染病电子杂志》 2023年第3期68-70,共3页
耻垢分枝杆菌属于Ⅳ型(快速生长型)非结核分枝杆菌,广泛分布于自然环境中,可以在皮肤黏膜正常存在,当机体免疫力下降或正常皮肤黏膜破损时可成为条件致病菌。耻垢分枝杆菌感染相关病例报道甚少,发病率低,临床上容易出现漏诊。应用病原... 耻垢分枝杆菌属于Ⅳ型(快速生长型)非结核分枝杆菌,广泛分布于自然环境中,可以在皮肤黏膜正常存在,当机体免疫力下降或正常皮肤黏膜破损时可成为条件致病菌。耻垢分枝杆菌感染相关病例报道甚少,发病率低,临床上容易出现漏诊。应用病原微生物高通量测序技术(NGS)对感染性疾病的病原体筛查能更早期发现病原体,达到早诊断、早治疗的目的,极大提高了疑难性感染性疾病的诊断率。本文通过血液NGS检测确诊1例耻垢分枝杆菌感染病例进行报道并文献复习,拟提高对耻垢分枝杆菌感染的诊治水平。 展开更多
关键词 发热待查 非结核分枝杆菌 耻垢分枝杆菌 病原微生物高通量测序
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二代测序技术在颅内感染中的应用
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作者 吴佳诺 苏高健 +3 位作者 邓宇航 李欣梦 刘紫薇 黄贤键 《中国实用神经疾病杂志》 2023年第12期1573-1577,共5页
颅内感染是神经外科常见疾病之一,也是神经外科术后严重并发症之一,其进展是由所感染微生物与宿主相互作用所产生。治愈颅内感染的关键问题是尽早、准确地识别感染病原体,并精准使用病原菌有效的抗生素。而仅依靠传统检测方法识别导致... 颅内感染是神经外科常见疾病之一,也是神经外科术后严重并发症之一,其进展是由所感染微生物与宿主相互作用所产生。治愈颅内感染的关键问题是尽早、准确地识别感染病原体,并精准使用病原菌有效的抗生素。而仅依靠传统检测方法识别导致颅内感染的病原体并非易事。近年来二代测序技术(NGS)的迅速发展,使早期确认感染病原体成为可能,此技术可以高通量、快速高效、高精度的检测病原体,同时还能够为临床用药提供指导。NGS作为一种新的病原检测手段,自问世以来就受到了极大的关注,本文将其在不同病原体所致颅内感染的应用做综述,以期让广大临床工作者充分了解其优势及劣势,使NGS技术能够在诊断颅内感染中发挥更大作用,从而减轻患者痛苦。 展开更多
关键词 颅内感染 二代测序技术 神经外科 脑脊液 病原微生物
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宏基因组测序技术检测血流感染样本去宿主干扰效应四种预处理方法的比较
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作者 贾适瑜 王飞燕 +5 位作者 杨琳梅 耿洁 李峰 高简 周洲 程军 《现代检验医学杂志》 CAS 2023年第4期154-158,共5页
目的探讨不同去宿主方法对血流感染样本中病原微生物检测的影响。方法以浓度分别为10^(5),10^(3),10^(2)和10CFU/ml的模拟金黄色葡萄球菌血流感染样本为研究对象,将检测分为全血组和血浆组,使用宏基因组测序(metagenomic next generatio... 目的探讨不同去宿主方法对血流感染样本中病原微生物检测的影响。方法以浓度分别为10^(5),10^(3),10^(2)和10CFU/ml的模拟金黄色葡萄球菌血流感染样本为研究对象,将检测分为全血组和血浆组,使用宏基因组测序(metagenomic next generation sequencing,mNGS)比较Saponin法、Wash法、CD45法和MolYsis法四种预处理方法的病原微生物reads检出数和占比,以评估不同方法的去宿主效率。结果血流感染病原微生物初始浓度在10^(3)CFU/ml以下的微生物检出占比小于0.15%。四种去宿主方法中,Saponin法reads检出数最多,病原微生物检出占比最高,血浆组检测结果占比可提升至18%以上;Wash法及CD45法相比直接提取法病原微生物reads检出数均未显著增加,MolYsis法的reads检出数水平有明显增高。血浆组病原微生物reads检出数多于全血组,去宿主方法可明显提高病原微生物的丰度。结论对比四种去宿主方法的mNGS检测结果,Saponin法可明显去除宿主核酸,提高病原微生物的reads检出数,尤其血浆组去宿主效果最好。 展开更多
关键词 血流感染 去宿主方法 病原微生物 宏基因组测序
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多位点测序分型技术在病原微生物分型鉴定中的应用 被引量:19
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作者 刘金华 贺丹 +2 位作者 杨艳秋 张波 王丽 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期1188-1191,共4页
多位点测序分型(Multilocus sequence typing,MLST)技术是一种以核苷酸序列为基础的病原菌分型方法,它是高通量测序技术与成熟的群体遗传学相结合的产物。该方法简单易行,重复性强,可以通过国际互联网对某一致病菌株在全球范围内的传播... 多位点测序分型(Multilocus sequence typing,MLST)技术是一种以核苷酸序列为基础的病原菌分型方法,它是高通量测序技术与成熟的群体遗传学相结合的产物。该方法简单易行,重复性强,可以通过国际互联网对某一致病菌株在全球范围内的传播分布情况进行追踪监控。目前,MLST技术已被广泛应用于原核病原菌及一些真核病原菌(如真菌)的分型鉴定中。主要对MLST技术的原理及其在一些常见病原菌分型鉴定中的应用进行了简要的阐述。 展开更多
关键词 多位点测序分型 病原菌 分型鉴定
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肝移植对胆道闭锁儿童肠道菌群的影响 被引量:3
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作者 宋伟 孙丽莹 +3 位作者 朱志军 魏林 曲伟 曾志贵 《器官移植》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期692-699,共8页
目的研究肝移植对胆道闭锁儿童肠道菌群的影响。方法收集16例胆道闭锁儿童肝移植术前、术后6个月的粪便样本及肝功能指标等临床数据,10名健康儿童作为健康对照组。对粪便样本进行DNA提取和宏基因组测序,采用R语言等软件包进行数据分析... 目的研究肝移植对胆道闭锁儿童肠道菌群的影响。方法收集16例胆道闭锁儿童肝移植术前、术后6个月的粪便样本及肝功能指标等临床数据,10名健康儿童作为健康对照组。对粪便样本进行DNA提取和宏基因组测序,采用R语言等软件包进行数据分析。分析肝移植术后肠道菌群物种结构及功能组成的改变情况,检测胆道闭锁儿童肝移植术后肠道菌群恢复的程度,分析肠道菌群与肝功能指标间的关系。结果肝移植术后,胆道闭锁儿童肠道菌群的物种数量增加。胆道闭锁儿童肝移植术前肠道菌群以机会致病菌为主,移植术后机会致病菌丰度下降,产短链脂肪酸菌丰度升高(均为P<0.05)。肝移植术后,脂代谢、氨基酸代谢、碳水化合物代谢、能量代谢、辅助因子和维生素代谢等代谢通路增强,而细菌感染、免疫系统疾病、药物抵抗等相关代谢通路减弱。与健康对照组比较,肝移植术后组肠道菌群多样性和菌群结构差异均无统计学意义,但两组间仍存在差异物种。胆道闭锁儿童肝移植术后肝功能指标均呈下降趋势(均为P<0.0001)。肠道有益菌的丰度与肝功能指标呈负相关,而机会致病菌丰度与肝功能指标呈正相关(均为P<0.05)。结论肝移植在一定程度上可以显著改善胆道闭锁儿童肠道菌群的结构及功能组成。 展开更多
关键词 胆道闭锁 肝移植 肠道菌群 宏基因组 基因测序 病原微生物 代谢通路 肝功能
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高通量测序技术在食源性病原体快速检测中的应用进展 被引量:4
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作者 付博菲 朱晓龙 邱斌 《食品研究与开发》 CAS 北大核心 2019年第3期200-205,共6页
探讨高通量测序技术在食源性致病病原体早期检测方面的应用,以充分显示高通量测序技术在食品快速检测、预防食源性疾病传播、疫情调查及作为精细化食品安全管理手段等方面的巨大潜力。评价该技术的优势及缺陷,同时对其在食源性病原体快... 探讨高通量测序技术在食源性致病病原体早期检测方面的应用,以充分显示高通量测序技术在食品快速检测、预防食源性疾病传播、疫情调查及作为精细化食品安全管理手段等方面的巨大潜力。评价该技术的优势及缺陷,同时对其在食源性病原体快速检测的应用前景进行展望,以期推动、完善高通量技术在食品安全领域的应用。 展开更多
关键词 食品微生物 食源性病原体 高通量测序技术 快速检测
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