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题名基于结构比对模板库的蛋白质模型评估
被引量:2
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作者
刘冠军
周莉
颜思奇
李娟
方慧生
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机构
中国药科大学生命科学与技术学院
南京市鼓楼医院血液科
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出处
《药物生物技术》
CAS
2015年第2期105-111,共7页
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文摘
蛋白质天然构象预测是计算生物学领域最具有挑战性的课题之一。基于模板的预测方法是目前最为准确的方法,该方法的预测模型的好坏很大程度上在于其模板质量的好坏。从SCOP数据库中筛选了3 867个蛋白质,通过结构比对和统计分析,建立了一个基于结构比对的模板库;接着,利用动态归一化法和Profile-profile的原理,分别编写的搜索和比对程序;最后利用MODELLER的建模程序给出了蛋白质的三级结构模型。测试集由48个蛋白组成,首先,用Profile-profile搜索基于结构比对模板库获得同源模板,以此模板模建出蛋白质三级结构模型,同时用MODELLER中的搜索程序搜索仅有序列构成的序列库,最后同样获得蛋白质的三级模型。从测试结果的正确率看,该方法较MODELLER有了14.59%的提高;通过模型评估,可以看出该方法预测出的模型质量整体上也优于原有的MODELLER方法。因此,认为用profile-profile搜索基于结构比对模板库的方法要优于MODELLER中的搜索的方法。
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关键词
同源模建
结构预测
模型评估
tm-score
rmsd
pssm
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Keywords
homology model,structure prediction,model evaluation,tm-score,rmsd,pssm
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分类号
Q51
[生物学—生物化学]
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