Tb^(3+)荧光离子探针检测三链DNA的形成

Tb3 + 本身具有荧光 ,Tb3 + 和DNA结合后仍具有荧光 ,荧光强度不仅与DNA中碱基的种类有关 ,而且还与DNA是单链、双链还是三链有关。文章用Tb3 + 离子作为荧光探针 ,检测了三链DNA的形成。实验结果表明 :polydA和Tb3 + 结合后的荧光强度大于 polydT和Tb3 + 结合后的荧光强度。说明荧光强度和碱基的种类有关。实验结果还显示Tb3 + 在与三链DNA作用后的荧光光谱的谱峰位置与单链及双链DNA的荧光光谱的谱峰位置基本相同 ,但是其强度差异明显。Tb3 + 与单链DNA作用后的荧光强度最大 ,三链次之 ,Tb3 + 与双链DNA作用后的荧光强度最弱。通过测定荧光强度的变化研究了三链DNA的形成和pH、金属离子对形成三链DNA的影响。pH中性和高价阳离子的存在有利于三链DNA的形成。

三链DNA碱基配对的相互作用

本文按照经验的多原子分子间相互作用势研究了在三碱基体(triplet)中,两两碱基间的共平面相互作用。 我们以22个三碱基体的结构为理论模型,分别计算了Watson—Crick氢键碱基配对,Hoogsteen氢键碱基配对和其它形式(包括失配碱基对)的氢键碱基配对的总能量,通过对计算结果的分析,得到了与实验结果一致的结论,这一工作对于进一步从理论上探索多种形式的氢键相互作用的生物学意义将是有益的。

人体端粒中(3＋1)混合结构G-四链体稳定性的分子动力学模拟

利用分子动力学模拟方法,考察了人体端粒中(3+1)混合结构G-四链体的结构及稳定性问题.讨论了配位K+离子、药物分子(端粒抑素)和溶剂水分子对G-四链体的Hoogsteen氢键结构、π-π堆积作用的影响.研究表明,K+离子与鸟嘌呤碱基上O6原子的配位作用减弱了对角鸟嘌呤间O6-O6的静电排斥作用,使得相邻的四个鸟嘌呤能够以Hoogsteen氢键结合的方式形成具有近平面结构的稳定G-四平面.另一方面,G-四平面间、G-四平面与药物分子间的π-π堆积作用降低了G-四链体复合物的总能,有利于其稳定存在.此外,溶剂水分子主要分布在G-四链体的TTA环、骨架和糖环的周围,使其位移涨落增大;然而,在3ns动力学模拟中,由于水分子没有进入到G-四链体的空腔中,溶剂水对G-四平面的结构影响不明显.

pH/退火方式控制DNA纳米笼的选择性组装

通过调控溶液的pH、选择不同速率热退火方式,以四点星DNA分子瓦为建筑模块,根据沃森-克里克碱基互补配对原则和Hoogsteen氢键配对连接,选择性地组装成不同的DNA多面体结构。非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳表征结果表明,在酸性条件(pH 5. 5)及退火时间5. 0 h下,分子瓦自组装成DNA变形四面体(tTET)结构;在中性条件(pH 8. 0)及退火时间24. 0 h下,自组装形成DNA八面体(OCT)结构。在中性条件(pH 8. 0)下,只改变分子瓦黏性末端碱基的数目,直至形成不同数目的碱基对来产生不同强度的作用力,也能类似地组装成不同的DNA多面体结构。该结果也由非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行了表征。