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柑橘3种病毒类病原多重RT-PCR检测技术的建立及应用
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作者 袁琳凯 马崇欢 +5 位作者 李丁山 陈志炜 江宵烽 丁新伦 张洁 吴祖建 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期339-344,共6页
【目的】建立柑橘黄化脉明病毒(citrus yellow vein clearing virus,CYVCV)、柑橘衰退病毒(citrus tristeza virus,CTV)和啤酒花矮化类病毒(hop stunt viroid,HSVd)的多重RT-PCR检测体系。【方法】设计多重RT-PCR引物,分析其特异性,确... 【目的】建立柑橘黄化脉明病毒(citrus yellow vein clearing virus,CYVCV)、柑橘衰退病毒(citrus tristeza virus,CTV)和啤酒花矮化类病毒(hop stunt viroid,HSVd)的多重RT-PCR检测体系。【方法】设计多重RT-PCR引物,分析其特异性,确定其最佳浓度比、最适退火温度及灵敏度,在此基础上对福建地区的柑橘样品进行检测。【结果】确定了CYVCV-F/R、CTV-F/R和HSVd-F/R等3对引物的最佳浓度比例为1∶1∶2,最适退火温度为52.9℃,灵敏度结果显示该体系可检测模板稀释到10^(-2)的阳性样品。应用该体系对采自福建部分地区的157份柑橘样品进行检测,结果发现,CYVCV、CTV和HSVd的检出率分别为47.1%、56.7%和22.9%。【结论】成功建立了柑橘CYVCV、CTV和HSVd病原的多重RT-PCR检测方法,为该类病害的检测提供准确、快速的检测方法。 展开更多
关键词 柑橘黄化脉明病毒 柑橘衰退病毒 啤酒花矮化类病毒 多重RT-PCR
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柑桔木质陷孔病类病毒贵州分离物的分子鉴定
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作者 王雪峰 唐科志 +3 位作者 李中安 周彦 兰建强 周常勇 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期181-184,共4页
从采自贵州感染了啤酒花矮化类病毒(Hopstunt viroid,HSVd)的柑桔植株中抽提总核酸,通过一对鉴别引物,经RT-PCR扩增初步筛选出柑桔木质陷孔病类病毒(Citrus cachexia viroid,CCaVd)。扩增该类病毒的全长核苷酸片段,通过克隆和测序,结果... 从采自贵州感染了啤酒花矮化类病毒(Hopstunt viroid,HSVd)的柑桔植株中抽提总核酸,通过一对鉴别引物,经RT-PCR扩增初步筛选出柑桔木质陷孔病类病毒(Citrus cachexia viroid,CCaVd)。扩增该类病毒的全长核苷酸片段,通过克隆和测序,结果发现,该片段全长298 bp,与GenBank中报道的木质陷孔病类病毒分离物同源性达到96%以上。这是中国发生的木质陷孔病类病毒的分子生物学特征的首次报道。 展开更多
关键词 柑桔木质陷孔病类病毒 啤酒花矮化类病毒 RT—PCR 分子生物学特征
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杏和李树啤酒花矮化类病毒的检测与序列分析 被引量:8
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作者 杨元爱 李世访 +1 位作者 成卓敏 王红清 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期1193-1198,共6页
从无明显症状表现的24个杏样品,37个李样品的1年生枝条表皮中抽提低分子RNA进行DIG-cDNA斑点杂交、RT-PCR、正反向聚丙烯酰胺凝胶电泳(Return-PAGE)和生物学检测。结果表明:杏有3个样品,李有6个样品带有啤酒花矮化类病毒(Hop stunt viro... 从无明显症状表现的24个杏样品,37个李样品的1年生枝条表皮中抽提低分子RNA进行DIG-cDNA斑点杂交、RT-PCR、正反向聚丙烯酰胺凝胶电泳(Return-PAGE)和生物学检测。结果表明:杏有3个样品,李有6个样品带有啤酒花矮化类病毒(Hop stunt viroid,HSVd)。从这9个样品中选a5、a17、p6、p16进行克隆和测序分析。所得序列与GenBank中已报道的HSVd序列同源性达99.0%~99.7%,且序列变异与地域、寄主等无明显相关性,说明HSVd的序列是比较保守的。 展开更多
关键词 啤酒花矮化类病毒 检测
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山西省枣树上啤酒花矮化类病毒的检测及序列分析 被引量:3
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作者 张本利 李世访 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期39-42,62,共5页
[目的] 从枣树样品中分离鉴定啤酒花矮化类病毒(HSVd)。[方法] 从山西省农业科学院果树研究所国家枣种质资源圃采集70份枣树叶片样品,提取小分子RNA后通过Northern杂交、RTPCR进行检测,并对阳性样品中的类病毒进行克隆测序,... [目的] 从枣树样品中分离鉴定啤酒花矮化类病毒(HSVd)。[方法] 从山西省农业科学院果树研究所国家枣种质资源圃采集70份枣树叶片样品,提取小分子RNA后通过Northern杂交、RTPCR进行检测,并对阳性样品中的类病毒进行克隆测序,利用生物学软件对所得序列进行分析。 [结果] 70份枣树样品中有1份样品感染HSVd,克隆测序后,共获得13条HSVd序列,它们与GenBank上首次报道的HSVd序列相似性为92.6%~92.8% 。[结论] 本研究首次在国内报道了枣树上分离得到的HSVd序列,HSVd枣树分离物与已报道的HSVd分离物差异较大。 展开更多
关键词 枣树 啤酒花矮化类病毒 分子检测 序列分析
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啤酒花矮化类病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用 被引量:11
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作者 赵晓丽 周琦 +1 位作者 孙宁 邓丛良 《植物保护学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期309-314,共6页
为建立一种快速、灵敏、特异的定量检测啤酒花矮化类病毒(Hop stunt viroid,HSVd)的实时荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)方法,设计了2对引物及特异探针,体外转录制备了RNA标准品,绘制标准曲线,并对该方法的特异性、灵敏度和重复性进行评估。建... 为建立一种快速、灵敏、特异的定量检测啤酒花矮化类病毒(Hop stunt viroid,HSVd)的实时荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)方法,设计了2对引物及特异探针,体外转录制备了RNA标准品,绘制标准曲线,并对该方法的特异性、灵敏度和重复性进行评估。建立的定量标准曲线C t值与模板拷贝数对数之间呈良好的线性关系,相关系数R2为0.9988,扩增效率为95%;该方法的特异性好,与啤酒花潜隐类病毒(HLVd)、葡萄黄斑类病毒1(GYSVd-1)、葡萄黄斑类病毒2(GYSVd-2)和桃潜隐花叶类病毒(PLMVd)均无交叉反应;灵敏度为1.0×102拷贝/μL,比普通RT-PCR高10倍;试验内及试验间重复性试验的变异系数均小于3%。研究表明该方法适用于实际样品中HSVd的快速定量检测。 展开更多
关键词 啤酒花矮化类病毒 定量 检测 实时荧光定量RT—PCR
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法国进境葡萄砧木中啤酒花矮化类病毒的检测与序列分析 被引量:1
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作者 甘琴华 王英超 +3 位作者 魏晓棠 邵秀玲 刘彩霞 厉艳 《植物保护学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期346-351,共6页
为检测法国进境葡萄砧木中啤酒花矮化类病毒(Hop stunt viroid,HSVd),对其进行了RTPCR检测及序列测定,并构建系统进化树比较了不同地域来源HSVd间的分子差异性。结果表明基于HSVd基因序列设计合成的1对引物能够扩增出302 bp大小的目标片... 为检测法国进境葡萄砧木中啤酒花矮化类病毒(Hop stunt viroid,HSVd),对其进行了RTPCR检测及序列测定,并构建系统进化树比较了不同地域来源HSVd间的分子差异性。结果表明基于HSVd基因序列设计合成的1对引物能够扩增出302 bp大小的目标片段,而健康植株无此扩增产物。法国葡萄砧木中检出的HSVd分离物,与国内外已报道毒株的核酸序列同源性达90%~97%,与已报道的HSVd全基因组序列间差异较小,表明HSVd的序列变异与地域、寄主等无明显相关性。 展开更多
关键词 啤酒花矮化类病毒 法国进境葡萄砧木 RT-PCR检测 序列分析
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