基于网络药理学和分子对接技术探究黄芪-淫羊藿治疗甲状腺功能减退症的机理

目的基于网络药理学和分子对接技术探究黄芪-淫羊藿治疗甲状腺功能减退症的可能机制。方法使用中药系统药理数据库(TCMSP)获取药物有效成分,并且预测靶点。获取2D结构图,并录入Phrammarpper数据库获得成分靶点。使用PharmGKb数据库、GeneCard数据库、DrugBank数据库、Therapeutic Target Database数据库预测疾病靶点。使用R 4.3.3获取药物疾病交集靶点。使用String数据库构建靶点蛋白互作网络(protein-protein interaction netuorks,PPI)。使用R 4.3.3和Cytoscape软件中Citispace获取核心靶点。通过R 4.3.3中BiocManager包和OrgDb包等和R Studio软件进行基因百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)和基因本体(gene ontology,GO)富集分析。使用Cytoscape软件,建立“药物-成分-靶点-通路”网络关系图。结果获得药物核心成分10个,为槲皮素(quercetin)、山柰酚(kaempferol)、木犀草素(luteolin)、白桦脂酸(betulinic acid)等10个核心成分;PPI蛋白互作网络分析得到RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(RAC-alphaserine/threonine-proteinkinase,AKT1)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、肿瘤坏死因子(tumornecrosisfactor,TNF)、白细胞介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)、细胞肿瘤抗原p53(cellular tumor antigen p 53,TP53)等16个淫羊藿-黄芪与甲减的关键靶点。GO富集主要是于质膜外侧、囊泡腔等组分上进行的细胞凋亡与增殖、对氧化应激的反应等过程。KEGG富集主要包括脂质和动脉粥样硬化通路、糖尿病并发症中的糖基化终末产物(advanced glycation end products,AGE)-糖基化终末产物受体(receptor for advanced glycation end products,RAGE)信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶(phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)-蛋白激酶B(protein kinase B,AKT)信号通路等前30个信号通路。通过药物-成分-靶点-通路网络得到了槲皮素、AKT1、脂质与动脉粥样硬化通路3个关键节点。结论黄芪-淫羊藿可能通过多种成分共同作用于多个靶点形成多条信号通路来发挥对甲减的治疗作用,其中槲皮素-PI3K/AKT信号通路可能是其关键途径之一。

淫羊藿、黄芪、葛根治疗阿尔茨海默病分子机制的网络药理学及分子对接研究

目的:通过网络药理学及分子对接技术探讨淫羊藿、黄芪、葛根治疗阿尔茨海默病的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、BATMAN-TCM生物信息学分析工具收集3味中药主要成分及潜在的作用靶点,并将其与阿尔茨海默病(AD)相关基因进行映射,得出3味中药治疗AD的作用靶标,构建蛋白-蛋白相互作用网络并进行可视化。利用DAVID数据库进行KEGG通路富集并构建“重要活性成分-靶标-作用通路”图。将蛋白-蛋白相互作用网络图中排名前5位的靶标及目前已知与AD发病密切相关的四个基因(淀粉样前体蛋白、Tau蛋白、乙酰胆碱酯酶、糖原合成酶激酶-3β)与3味中药主要有效成分进行分子对接,以验证其治疗作用。结果:研究得到77个有效成分,428个靶基因及56个信号通路。分子对接表明3味中药有效成分和靶基因的结合效果与西药去铁胺、盐酸多奈哌齐和靶基因的结合效果相似。系统对接显示中药有效成分与靶基因结合性较好。结论:淫羊藿、黄芪、葛根均有直接治疗AD的作用,且效果与西药类似;治疗的分子机制与钙信号通路、Toll样受体信号通路、mTOR信号通路等相关。