目的:通过网络药理学构建黄药子治疗甲状腺结节的作用靶点及信号通路,以探究其治疗的作用机制。方法:检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)以及文献报道,获取并筛选黄药子的主要有效成分和相关靶点。通过UniProt数据库检索靶点基...目的:通过网络药理学构建黄药子治疗甲状腺结节的作用靶点及信号通路,以探究其治疗的作用机制。方法:检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)以及文献报道,获取并筛选黄药子的主要有效成分和相关靶点。通过UniProt数据库检索靶点基因名。检索GeneCards数据库,筛选甲状腺结节相关的基因靶点。将药物与疾病的交集靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用分析、基因本体论(GO)功能分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果:筛选后得到黄药子13个活性成分,包含β-谷甾醇、山柰酚、薯蓣皂苷元、槲皮素等化合物。124个疾病交集靶点,核心靶点有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、基质金属蛋白酶1(Matrix Metallopeptidase 1,MMP1)、肿瘤蛋白P53(Tumor Protein P53,TP53)、转录因子活化蛋白-1(Jun Proto-Oncogene,JUN)、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)等。筛选出包含晚期糖基化终末产物(Advanced Glycation End Products,AGE)-糖基化终末产物受体(Receptor For Advanced Glycation End Products,RAGE)信号通路、白细胞介素-17(Interleukin-17,IL-17)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-Activated Protein Kinase,MAPK)信号通路等20条信号通路。结论:黄药子可能通过多种化学成分、多靶点与多途径起到治疗甲状腺结节的作用,为后续研究提供依据。展开更多
目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨黄药子-夏枯草-五味子治疗亚急性甲状腺炎(subacute thyroiditis,SAT)的作用机制。方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and a...目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨黄药子-夏枯草-五味子治疗亚急性甲状腺炎(subacute thyroiditis,SAT)的作用机制。方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)筛选黄药子-夏枯草-五味子的有效成分及作用靶点;利用人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man,OMIM)、人类基因数据库(GeneCards)及DrugBank获取SAT相关靶点;运用venny 2.1.0软件取黄药子-夏枯草-五味子有效成分相关靶点与SAT疾病靶点的交集,即为黄药子-夏枯草-五味子治疗SAT的潜在作用靶点;在STRING数据库中获得潜在靶点蛋白相互作用关系,使用Cytoscape 3.7.2进行可视化,并进行拓扑分析筛选黄药子-夏枯草-五味子治疗SAT的关键靶点;通过Metascape数据库对潜在靶点进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,并利用Cytoscape 3.7.2构建“关键成分-潜在靶点-通路-疾病”网络;选取度值排名前3位的关键靶点和有效成分作为受体蛋白和配体小分子,使用AutoDockTools 1.5.6对配体和受体进行分子对接,并使用Pymol将分子对接结果可视化。结果:共筛选到28个有效成分及220个有效成分相关靶点;获得SAT相关靶点826个,潜在作用靶点103个;拓扑分析发现19种关键成分和42个潜在关键靶点;GO富集分析筛选出6 448个条目,涉及生物过程5 374个,细胞组成407个,分子功能667个;KEGG通路富集分析得到438条通路;分子对接发现受体与配体之间结合良好。结论:黄药子-夏枯草-五味子可能通过多成分、多靶点调节肿瘤坏死因子信号通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路、甲状腺激素信号通路等发挥治疗亚急性甲状腺炎的作用。展开更多
文摘目的:通过网络药理学构建黄药子治疗甲状腺结节的作用靶点及信号通路,以探究其治疗的作用机制。方法:检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)以及文献报道,获取并筛选黄药子的主要有效成分和相关靶点。通过UniProt数据库检索靶点基因名。检索GeneCards数据库,筛选甲状腺结节相关的基因靶点。将药物与疾病的交集靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用分析、基因本体论(GO)功能分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果:筛选后得到黄药子13个活性成分,包含β-谷甾醇、山柰酚、薯蓣皂苷元、槲皮素等化合物。124个疾病交集靶点,核心靶点有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、基质金属蛋白酶1(Matrix Metallopeptidase 1,MMP1)、肿瘤蛋白P53(Tumor Protein P53,TP53)、转录因子活化蛋白-1(Jun Proto-Oncogene,JUN)、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)等。筛选出包含晚期糖基化终末产物(Advanced Glycation End Products,AGE)-糖基化终末产物受体(Receptor For Advanced Glycation End Products,RAGE)信号通路、白细胞介素-17(Interleukin-17,IL-17)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-Activated Protein Kinase,MAPK)信号通路等20条信号通路。结论:黄药子可能通过多种化学成分、多靶点与多途径起到治疗甲状腺结节的作用,为后续研究提供依据。
文摘目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨黄药子-夏枯草-五味子治疗亚急性甲状腺炎(subacute thyroiditis,SAT)的作用机制。方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)筛选黄药子-夏枯草-五味子的有效成分及作用靶点;利用人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man,OMIM)、人类基因数据库(GeneCards)及DrugBank获取SAT相关靶点;运用venny 2.1.0软件取黄药子-夏枯草-五味子有效成分相关靶点与SAT疾病靶点的交集,即为黄药子-夏枯草-五味子治疗SAT的潜在作用靶点;在STRING数据库中获得潜在靶点蛋白相互作用关系,使用Cytoscape 3.7.2进行可视化,并进行拓扑分析筛选黄药子-夏枯草-五味子治疗SAT的关键靶点;通过Metascape数据库对潜在靶点进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,并利用Cytoscape 3.7.2构建“关键成分-潜在靶点-通路-疾病”网络;选取度值排名前3位的关键靶点和有效成分作为受体蛋白和配体小分子,使用AutoDockTools 1.5.6对配体和受体进行分子对接,并使用Pymol将分子对接结果可视化。结果:共筛选到28个有效成分及220个有效成分相关靶点;获得SAT相关靶点826个,潜在作用靶点103个;拓扑分析发现19种关键成分和42个潜在关键靶点;GO富集分析筛选出6 448个条目,涉及生物过程5 374个,细胞组成407个,分子功能667个;KEGG通路富集分析得到438条通路;分子对接发现受体与配体之间结合良好。结论:黄药子-夏枯草-五味子可能通过多成分、多靶点调节肿瘤坏死因子信号通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路、甲状腺激素信号通路等发挥治疗亚急性甲状腺炎的作用。