64份白辣椒种质资源的遗传多样性分析

白辣椒是浙江省最具区域特色的辣椒类型,了解其遗传多样性是推动白辣椒新品种选育的重要依据。该研究利用Hyper-seq简化基因组测序对国内外收集的64份白辣椒高代自交系进行简化基因组测序,并进行主成分分析、聚类分析及群体结构分析。研究结果发现,在辣椒12条染色体上,共获得3511122个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点和922513个插入缺失标记(insertion-deletion,InDel),平均每条染色体的SNP和InDel变异数量分别为292593.5和76876.0。注释结果表明,SNP和InDel主要发生在基因间隔区,数量多达4000310,其次为内含子区域,数量为226301。基于SNPs多样性的聚类分析和群体结构分析均揭示64份地方白辣椒材料可分为2个类群,一个类群包含36份鲜食型白辣椒和1份观赏型白辣椒,另一个类群包含27份观赏型白辣椒。主成分分析中,两个类群分别聚类于PC1和PC2两个不同区域。研究结果揭示了白辣椒种质资源的群体结构和遗传多样性,为今后的白辣椒种质开发和利用奠定基础。