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利用Bayesian-MC MC方法进行畜禽远交群多家系离散性状QTL连锁检测
被引量:
1
1
作者
刘剑锋
王立贤
+1 位作者
张沅
张勤
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2005年第8期773-777,共5页
利用Bayesian-MCMC方法对不同家系结构的畜禽远交群体的二级离散性状进行QTL连锁检测,在分析中,基于IBD方差组分的随机模型的定位策略,同时利用MCMC的3种不同抽样技术(Gibbs抽样、Metropolis抽样和ReversiblejumpMCMC抽样)产生相应QTL...
利用Bayesian-MCMC方法对不同家系结构的畜禽远交群体的二级离散性状进行QTL连锁检测,在分析中,基于IBD方差组分的随机模型的定位策略,同时利用MCMC的3种不同抽样技术(Gibbs抽样、Metropolis抽样和ReversiblejumpMCMC抽样)产生相应QTL参数的后验样本,在此基础上进行目标参数的Bayesian统计推断。结果表明:Bayesian-MCMC方法能够对QTL数目进行准确估计,并且在不同家系结构下得到较为理想的参数估计结果。
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关键词
复杂离散性状
QTL定位
Bayesian—MCMC方法
远交群
ibd方差组分随机模型
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职称材料
利用Bayesian-MCMC方法进行畜禽复杂离散性状QTL定位
被引量:
2
2
作者
刘剑锋
张沅
+2 位作者
张勤
王立贤
张纪刚
《中国科学(C辑)》
CSCD
北大核心
2006年第3期240-246,共7页
复杂离散性状由于表型数据呈离散分布并且提供信息量过小,因此很难用常规的统计方法对此类性状的QTL进行定位研究.Bayesian-MCMC方法是复杂离散性状QTL定位的重要手段,该方法通过所有先验信息来推导QTL参数的后验分布并利用Markov Chai...
复杂离散性状由于表型数据呈离散分布并且提供信息量过小,因此很难用常规的统计方法对此类性状的QTL进行定位研究.Bayesian-MCMC方法是复杂离散性状QTL定位的重要手段,该方法通过所有先验信息来推导QTL参数的后验分布并利用Markov Chain随机过程进行抽样的方法对目标参数进行统计推断.利用Monte Carlo方法,针对畜禽远交群体模拟产生多个全同胞家系的2级分类复杂离散性状,然后基于IBD方差组分的随机模型的定位策略,同时利用MCMC的3种不同抽样技术(Gibbs抽样、Metropolis抽样和Reversible Jump MCMC抽样)产生相应QTL参数的后验样本,并进行了目标参数的Bayesian统计推断.结果表明:Bayesian-MCMC方法能够对不同家系结构和QTL效应水平下复杂离散性状QTL进行有效检测;当家系含量增加时, QTL定位的精确性和准确性提高,并可适用于效应更小QTL的检测.
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关键词
复杂离散性状
QTL定位
Bayesian-MCMC方法
远交群体
ibd方差组分随机模型
原文传递
题名
利用Bayesian-MC MC方法进行畜禽远交群多家系离散性状QTL连锁检测
被引量:
1
1
作者
刘剑锋
王立贤
张沅
张勤
机构
中国农业大学动物科学技术学院
中国农业科学院畜牧研究所
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2005年第8期773-777,共5页
基金
国家自然科学基金重点项目(30430500)
"863"项目(2003AA243030)
文摘
利用Bayesian-MCMC方法对不同家系结构的畜禽远交群体的二级离散性状进行QTL连锁检测,在分析中,基于IBD方差组分的随机模型的定位策略,同时利用MCMC的3种不同抽样技术(Gibbs抽样、Metropolis抽样和ReversiblejumpMCMC抽样)产生相应QTL参数的后验样本,在此基础上进行目标参数的Bayesian统计推断。结果表明:Bayesian-MCMC方法能够对QTL数目进行准确估计,并且在不同家系结构下得到较为理想的参数估计结果。
关键词
复杂离散性状
QTL定位
Bayesian—MCMC方法
远交群
ibd方差组分随机模型
Keywords
complex binary trait
QTL mapping
Bayesian-MCMC approach
outbred
ibd
-Based variance component random model
分类号
Q953 [生物学—动物学]
S813.1 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
利用Bayesian-MCMC方法进行畜禽复杂离散性状QTL定位
被引量:
2
2
作者
刘剑锋
张沅
张勤
王立贤
张纪刚
机构
中国农业大学动物科技学院
中国农业科学院畜牧研究所
出处
《中国科学(C辑)》
CSCD
北大核心
2006年第3期240-246,共7页
基金
国家自然科学基金重点资助项目(批准号:30430500)
文摘
复杂离散性状由于表型数据呈离散分布并且提供信息量过小,因此很难用常规的统计方法对此类性状的QTL进行定位研究.Bayesian-MCMC方法是复杂离散性状QTL定位的重要手段,该方法通过所有先验信息来推导QTL参数的后验分布并利用Markov Chain随机过程进行抽样的方法对目标参数进行统计推断.利用Monte Carlo方法,针对畜禽远交群体模拟产生多个全同胞家系的2级分类复杂离散性状,然后基于IBD方差组分的随机模型的定位策略,同时利用MCMC的3种不同抽样技术(Gibbs抽样、Metropolis抽样和Reversible Jump MCMC抽样)产生相应QTL参数的后验样本,并进行了目标参数的Bayesian统计推断.结果表明:Bayesian-MCMC方法能够对不同家系结构和QTL效应水平下复杂离散性状QTL进行有效检测;当家系含量增加时, QTL定位的精确性和准确性提高,并可适用于效应更小QTL的检测.
关键词
复杂离散性状
QTL定位
Bayesian-MCMC方法
远交群体
ibd方差组分随机模型
分类号
S813.1 [农业科学—畜牧学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
利用Bayesian-MC MC方法进行畜禽远交群多家系离散性状QTL连锁检测
刘剑锋
王立贤
张沅
张勤
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2005
1
下载PDF
职称材料
2
利用Bayesian-MCMC方法进行畜禽复杂离散性状QTL定位
刘剑锋
张沅
张勤
王立贤
张纪刚
《中国科学(C辑)》
CSCD
北大核心
2006
2
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