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融合蛋白ICOSIg的三维结构模建的研究 被引量:1
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作者 许雪青 王丰 +4 位作者 白云 王璞 段文元 姜曼 黎万玲 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期69-77,共9页
目的:利用结构相似性的序列比对来模建ICOSIg的三维结构,分析其可能的结合位点,为 改造ICOSIg的突变体,提高其结合活性提供理论基础。方法:利用生物信息学手段分析ICOS所 属CD28家族各成员分子的结构域,通过基于结构相似的序列比对,以... 目的:利用结构相似性的序列比对来模建ICOSIg的三维结构,分析其可能的结合位点,为 改造ICOSIg的突变体,提高其结合活性提供理论基础。方法:利用生物信息学手段分析ICOS所 属CD28家族各成员分子的结构域,通过基于结构相似的序列比对,以空间结构已经得到解析的 CTLA4为模板,利用同源模建的方法,模建ICOS膜外区的空间结构。进一步地以人IgG2和 CTLA4为模板,模建了ICOSIg全长的空间结构。在此基础上,结合氨基酸特性,分析其可能的功 能位点。结果:FDPPPF及KTKGSGN基序可能是ICOSIg的功能结合位点。结论:模建了ICOSIg 的空间结构,分析了其可能结合位点,为突变ICOSIg提高其亲和力提供了线索。 展开更多
关键词 融合蛋白 CTLA4 空间结构 构模 结合位点 序列比对 结构相似性 生物信息学 三维结构 理论基础 结合活性 CD28 同源模建 IgG2 功能位点 突变体 结构域 氨基酸 亲和力 模板
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胡椒碱分子键合人血清白蛋白位点的表征 被引量:4
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作者 何文英 姚小军 陈光英 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期268-274,共7页
利用荧光光谱法、紫外光谱法并结合计算机模拟技术在分子水平上研究了胡椒碱与人血清白蛋白(human serum albumin HSA)的键合作用.同步荧光及紫外光谱图表明,胡椒碱对HSA微环境有影响.位点竞争试验证明,胡椒碱分子键合在HSA的位点Ⅱ区.... 利用荧光光谱法、紫外光谱法并结合计算机模拟技术在分子水平上研究了胡椒碱与人血清白蛋白(human serum albumin HSA)的键合作用.同步荧光及紫外光谱图表明,胡椒碱对HSA微环境有影响.位点竞争试验证明,胡椒碱分子键合在HSA的位点Ⅱ区.通过荧光光谱滴定数据求得不同温度下(300K 310K和318 K)药物与蛋白相互作用的结合常数及结合位点数.分子模拟的结果显示了胡椒碱与HSA的键合区域和键合模式,表明药物与蛋白有较强的键合作用;维持药物与蛋白质的相互作用力主要是疏水用,兼有氢键(位于氨基酸残基Arg 257,Arg 222及Arg218位).通过实验数据计算得到的热力学参数(ΔH0与ΔS0的值分别为原33.11 kJ·mol-1和原18.90 J·mol原1·K-1)确定了胡椒碱与HSA分子的相互作用力类型主要为氢键兼范德华力. 展开更多
关键词 胡椒碱 人血清白蛋白 键合位点 光谱法 分子模拟
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苦味酸与牛血清蛋白相互作用的光谱研究 被引量:3
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作者 王安萍 曾建忠 +1 位作者 殷帅文 张国文 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2014年第23期68-72,共5页
运用荧光和紫外光谱法并结合分子模拟技术研究了人体生理条件下苦味酸(Picric acid,简称PA)与牛血清白蛋白(BSA)的结合作用。实验结果表明,苦味酸对BSA的荧光猝灭作用较强,该猝灭属于生成复合物的静态猝灭。根据实验结果求得了不同温度... 运用荧光和紫外光谱法并结合分子模拟技术研究了人体生理条件下苦味酸(Picric acid,简称PA)与牛血清白蛋白(BSA)的结合作用。实验结果表明,苦味酸对BSA的荧光猝灭作用较强,该猝灭属于生成复合物的静态猝灭。根据实验结果求得了不同温度下苦味酸与牛血清白蛋白结合作用的结合位点数和结合常数。根据van’t Hoff方程计算出的热力学参数,确定它们之间的相互作用力由以氢键和范德华力为主转变为以疏水作用力为主。根据Foster非辐射能量转移理论,求得苦味酸在距色氨酸残基距离3.14nm的位置与BSA结合。三种探针竞争标记药物实验表明,苦味酸主要结合在BSA上site I位点,分子模拟证实了该结合位点。同步荧光光谱结果表明苦味酸的加入使BSA的构象发生了变化。 展开更多
关键词 苦味酸 牛血清白蛋白 荧光猝灭 结合位点 热力学参数 分子模拟
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Molecular modeling of μ opioid receptor and receptor-ligand interaction 被引量:1
4
作者 戎锁宝 朱友成 +5 位作者 蒋华良 赵善荣 王沁泌 池志强 陈凯先 嵇汝运 《中国药理学报》 CSCD 1997年第4期317-322,共6页
目的:构建μ阿片受体(μOR)的三维结构模型并研究它与芬太尼衍生物的相互作用.方法:以细菌视紫红质为模板,模拟μOR的三维结构;然后,将芬太尼衍生物对接到μOR的七个α螺旋束之内,并计算结合能.结果:(1)得到受体-... 目的:构建μ阿片受体(μOR)的三维结构模型并研究它与芬太尼衍生物的相互作用.方法:以细菌视紫红质为模板,模拟μOR的三维结构;然后,将芬太尼衍生物对接到μOR的七个α螺旋束之内,并计算结合能.结果:(1)得到受体-配基作用模型.(2)模型中,基本结合位点可能是Asp147和His297.Asp147与配基的正电性铵基形成强的静电和氢键相互作用,这种作用在His297和配基的羰基O原子之间较弱.受体、配基间还存在某些π-π相互作用.(3)受体配基结合能与芬太尼衍生物的镇痛活性间有良好的相关性.结论:模型有助于理解受体配基的相互作用和设计新的阿片μ选择性配基. 展开更多
关键词 Μ阿片受体 分子模型 配基 结合位点 芬太尼
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Biophysical studies of the interaction between a triazole derivative and bovine serum albumin by multi-spectroscopic and molecular modeling methods 被引量:2
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作者 FU JiaXin WANG KaiWei +4 位作者 GE YuShu JIANG FengLei SUN XiaoHong LIU Yang LIU Yi 《Science China Chemistry》 SCIE EI CAS 2011年第5期788-796,共9页
The interaction between 3-thiol-4-(2,4-dichlorobenzylideneamino)-5-methyl-4H-1,2,4-triazole (CBTZ) and bovine serum albumin (BSA) under physiological conditions was investigated by fluorescence,UV-vis absorption and c... The interaction between 3-thiol-4-(2,4-dichlorobenzylideneamino)-5-methyl-4H-1,2,4-triazole (CBTZ) and bovine serum albumin (BSA) under physiological conditions was investigated by fluorescence,UV-vis absorption and circular dichroism (CD) spectroscopy as well as molecular modeling methods. The result of fluorescence experiment indicates the static quenching as a result of the formation of the CBTZ-BSA complex. The binding constants (Ka) at different temperatures were calculated according to the modified Stern-Volmer equation. The enthalpy change (-H) and entropy change (-S) were determined based on the van′t Hoff equation. Both negative-H and-S indicated that van der Waals and hydrogen-bonding forces were the dominant intermolecular forces to stabilize the CBTZ-BSA complex. Site marker competitive replacement experiments demonstrated that binding of CBTZ to BSA primarily took place in sub-domain IIA (Sudlow's site I). The binding distance (r = 7.2 nm) between CBTZ and the tryptophan residue of BSA was estimated according to the theory of fluorescence resonance energy transfer (FRET). The conformational studies by circular dichroism (CD) and three-dimensional fluorescence spectroscopy showed that the presence of CBTZ induced minor changes of the secondary structure of BSA. Molecular modeling study further confirmed the binding mode obtained experimentally. 展开更多
关键词 TRIAZOLE bovine serum albumin fluorescence quenching binding site molecular modeling
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光谱法与分子模拟表征2种呫吨酮类化合物键合人血清白蛋白 被引量:2
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作者 何文英 史载锋 +3 位作者 陈光英 莫姗姗 姚小军 任明 《药物分析杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期59-65,共7页
目的:表征2种呫吨酮类化合物(1-hydroxy-7-methoxyxanthone,HM;dehydrocycloguanandin,DC)与人血清白蛋白(human serum albumin,HSA)的键合作用。方法:在模拟生理条件下,应用计算机模拟技术,并结合荧光光谱法和紫外吸收光谱法研究药物... 目的:表征2种呫吨酮类化合物(1-hydroxy-7-methoxyxanthone,HM;dehydrocycloguanandin,DC)与人血清白蛋白(human serum albumin,HSA)的键合作用。方法:在模拟生理条件下,应用计算机模拟技术,并结合荧光光谱法和紫外吸收光谱法研究药物与蛋白的相互作用。结果:分子模拟显示了DC及HM与HSA的键合区域和键合模式,表明维持药物与蛋白质的相互作用力主要是疏水作用,兼有位于不同氨基酸残基的氢键。荧光光谱实验结果表明:这2种呫吨酮类化合物对HSA的荧光在一定的浓度范围内都有猝灭作用,猝灭方式均为静态猝灭。紫外光谱图表明它们对蛋白微环境有影响。根据荧光滴定数据,求出了不同温度下(296,303,310 K)反应的结合常数及反应热力学参数。通过竞争实验确定了这2种药物在蛋白上的不同结合位点。结论:在分子水平上揭示了这2种呫吨酮类化合物与HSA有不同的、较强的键合作用。 展开更多
关键词 呫吨酮类化合物 人血清白蛋白 键合位点 光谱法 分子模拟
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三嗪除草剂与豌豆 D1 蛋白作用的分子模拟研究(英) 被引量:2
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作者 刘华银 沙印林 +1 位作者 杨华铮 来鲁华 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 1999年第5期334-334,共1页
报道了三嗪类化合物与豌豆 D1 蛋白结合的分子模拟研究。结果表明, 三嗪类化合物主要以氢键方式与 D1 蛋白结合, 同时亦发现, S E R268 或 H I S215 是这类化合物与 D1
关键词 分子模拟 三嗪类 除草剂 结合位点 豌豆D1蛋白
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δ阿片受体与异硫氰基3-甲基芬太尼相互作用的分子模拟(英文)
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作者 戎锁宝 蒋华良 +3 位作者 池志强 陈凯先 朱友成 嵇汝运 《中国药理学报》 CSCD 1997年第3期219-224,共6页
目的:构建δ阿片受体(δOR)结构模型并研究它与异硫氰基3-甲基芬太尼(SuperFIT)的相互作用.方法:以细菌视紫红质为模板,模拟δOR的结构,并将SuperFIT对接于其内.结果:得到δOR-(3R,4S)-SuperFIT作用模型;其中,重要结合位点可能是Asp128,... 目的:构建δ阿片受体(δOR)结构模型并研究它与异硫氰基3-甲基芬太尼(SuperFIT)的相互作用.方法:以细菌视紫红质为模板,模拟δOR的结构,并将SuperFIT对接于其内.结果:得到δOR-(3R,4S)-SuperFIT作用模型;其中,重要结合位点可能是Asp128,Ser106,Phe104,Tyr308及Pro315.Asp128与配基哌啶环上质子化氮原子形成强的静电和氢键相互作用;Ser106与配基异硫氰基N原子形成静电作用;Phe104,Tyr308及Pro315与异硫氰基S原子形成疏水作用.结论:Phe104,Tyr308,Pro315及Ser106对配基的δ选择性极重要,这将有利于设计新的δ选择性配基. 展开更多
关键词 阿片 分子模型 配基 芬太尼
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