基于生物信息学数据库分析IER2在肿瘤中高表达及其作用机制

人即刻早期反应基因2(immediate early response 2,IER2)可能参与肿瘤的发生发展,但它在此过程中的作用及表达调控的机制仍不清楚。本研究通过在线数据库GEPIA2与Kaplan-Meier Plotter分析发现:TNF和IER2基因在食管癌组织和宫颈癌组织中高表达。而且IER2基因高表达的食管癌病人的预后显著较差。通过UCSC基因组数据库分析发现,在宫颈癌细胞和淋巴细胞内,TNFα(由TNF基因编码)诱导激活NF-κB结合IER2基因区。qRT-PCR检测证明,在食管癌和宫颈癌等细胞内,TNFα诱导NF-κB在转录水平上调IER2基因的表达。本文据此提出,TNFα诱导NF-κB上调IER2基因的表达可能是其在食管癌和宫颈癌等肿瘤中高表达的调控机制。本研究还通过在线数据库GeneMANIA和String分析发现11个与IER2具有关联性的基因。通过在线数据库Oncomine分析发现了88个基因在食管癌细胞内与IER2基因共表达。其中,包含7个与IER2具有关联性的基因ATF3、DUSP1、EGR1、EGR2、FOSB、JUN、NR4A1。本研究通过Oncomine数据库分析证明,在前列腺癌组织细胞内,这7个基因也与IER2共表达。并通过qRT-PCR检测验证这7个基因在食管癌细胞内与IER2基因共表达。GO注释表明,IER2可能通过与ATF3、EGR1、JUN相互作用,协同参与细胞增殖等生物学过程。CCK8检测证明,IER2基因过表达促进食管癌细胞生长增殖。总之,本研究初步揭示了IER2在食管癌和宫颈癌中高表达的调控机制及其作用,为深入研究该基因功能提供了线索。

NF-κB通过调控早期反应基因-2参与小鼠肝再生启动

目的结合基因芯片技术、生物信息学分析和染色质免疫共沉淀技术分析小鼠肝再生启动阶段的差异表达基因,并探讨其调控方式。方法采用小鼠全基因组基因表达谱芯片检测并验证肝再生启动阶段2组差异表达基因;应用基于TRANSFAC数据库的PAINT对差异表达基因进行转录调控分析;最后运用染色质免疫共沉淀技术验证NF-κB的潜在靶基因。结果肝切后4 h小鼠差异表达基因共332个(上调127个,下调205个),其中早期反应基因-2(immediate earlyresponse 2,IER2)上调约5倍;对所有差异表达基因进行PAINT分析,预测到多个转录因子如Stat家族和NF-κB均参与差异表达基因调控网络;免疫共沉淀技术证实IER2受NF-κB调控。结论NF-κB可能通过调控IER2参与肝再生启动。

ER、PR和HER2联合检测对乳腺癌脑转移瘤发生的预测价值

目的探讨ER、PR和HER2联合检测对乳腺癌脑转移瘤发生的预测价值。方法选取135例乳腺癌患者作为观察对象,其中24例出现脑转移瘤患者为转移组,111例非脑转移瘤者为非转移组。采用免疫组化法(IHC),检测转移组和非转移组乳腺癌组织中ER、PR和HER2表达水平。结果转移组ER阳性率为29.2%,显著低于非转移组的56.8%(P<0.05);转移组PR阳性率为25.0%,显著低于非转移组的54.9%(P<0.05);转移组HER2阳性率为62.5%,显著高于非转移组的18.9%(P<0.05);ER(-)、PR(-)和HER2(+)联合检测乳腺癌脑转移的灵敏度为64.00%,特异性为87.27%、准确性为82.96%。结论乳腺癌脑转移瘤患者乳腺癌组织中ER、PR和HER2表达水平发生变化,其中ER、PR的表达缺失及HER2的过表达可能参与脑转移瘤的发生发展,ER、PR阴性表达与HER2蛋白阳性表达联合检测乳腺癌脑转移的准确性良好,可为临床应用提供参考依据。