五龙鹅IFN-α基因的克隆与生物信息学分析

为了研究五龙鹅α干扰素(GoIFN-α)基因与生物信息学特性,试验采用PCR技术扩增五龙鹅肝脏IFN-α基因并进行测序,同时利用相应生物信息学软件分析其理化性质、同源性、保守结构域、信号肽、跨膜区域、糖基化、磷酸化、二级结构及立体结构。结果表明:GoIFN-α基因长度为576 bp,编码191个氨基酸,分子质量为21.655 ku,等电点为7.81;GoIFN-α蛋白与已报道的鹅、鸭IFN-α蛋白序列具有90%以上的同源性;不同品种鸡、鸭、鹅IFN-α蛋白在遗传进化上各处一支,然后汇集成一个大分支,而哺乳动物则汇成另一个大分支;GoIFN-α蛋白和其他品种鹅IFN-α蛋白之间共存在10处差异;GoIFN-α蛋白具有干扰素αβ的匹配区域,同时含有IFNAR-1和IFNAR-2结合位点,预测GoIFN-α蛋白属于干扰素αβ超家族;GoIFN-α蛋白为分泌蛋白,前28个氨基酸为信号肽序列,不存在跨膜结构;GoIFN-α蛋白含有2个潜在的N-糖基化位点、9个潜在的O-糖基化位点和18个潜在的磷酸化位点;GoIFN-α蛋白的二级结构以α-螺旋(53.48%)和无规则卷曲(39.27%)为主,并构建出GoIFN-α蛋白的立体结构模型。说明IFN-α蛋白在进化上虽然高度保守,但存在氨基酸变异,同时具有种属特异性。