舌黏膜癌变基因组甲基化分析

目的研究舌黏膜癌变过程中基因组甲基化特征,探讨舌癌中DNA甲基化的规律。方法用50 mg/L的4-硝基喹啉-1-氧化物(4NQO)饮水诱导C57BL/6J小鼠舌黏膜癌变,分别取第0、12、28周的舌黏膜(分别代表正常、癌前病变和癌变)进行基因芯片检测和甲基化DNA免疫沉淀测序(MeDIP-Seq),在人舌黏膜组织和人舌癌细胞系中,用实时定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)和飞行质谱检测验证转化生长因子贝塔信号蛋白1(SMAD1)的表达和启动子的甲基化。结果28周较12周和0周舌黏膜的胞嘧啶鸟嘌呤岛(CGI)甲基化水平均升高,12周时启动子甲基化水平高于0周。在0、12和28周期间,208个差异表达基因与启动子中的差异甲基化呈负相关。与正常黏膜相比,细胞系中SMAD1的mRNA上调,同时启动子甲基化水平降低。结论舌黏膜癌变中伴随DNA甲基化修饰异常,舌癌中SMAD1高表达伴启动子低甲基化。

基因体甲基化在舌粘膜癌变中的变化

目的了解舌粘膜癌变中基因体甲基化的差异表达基因。方法用浓度50 mg/L的4-硝基喹啉-1-氧化物(4NQO)诱导C57BL/6小鼠舌癌。基因芯片和甲基化DNA免疫沉淀测序(MeDIP-Seq)检测0周、12周、28周(代表正常、癌前、癌变)的舌粘膜的基因表达和基因组DNA甲基化。在人正常舌粘膜和癌前病变组织中用qRT-PCR和飞行质谱检测泛素羧基水解酶CYLD的mRNA表达和基因体甲基化。结果正常、癌前和舌癌3组间基因体MeDIP-score(mean±s)分别是(5.58±14.80)、(5.79±13.35)、(5.83±17.25),差异无统计学意义(H=100.75,P>0.05)。3组间145个差异表达基因伴基因体甲基化改变。CYLD在人癌前病变组织中表达降低伴有基因体甲基化降低(P<0.05)。结论舌粘膜癌变有多个基因体甲基化异常的差异表达基因,CYLD在人癌前病变中低表达可能与基因体甲基化有关。

外周血Septin9基因甲基化检测在结直肠腺瘤中的预测价值

目的探讨外周血Septin9基因甲基化(mSEPT9)检测在结直肠腺瘤诊断中的预测意义。方法收集2020年10月至2022年5月在昆明市第一人民医院病理科诊断为结直肠腺瘤的31名患者作为实验组,21例肠镜阴性受试者(消化科门诊患者)作为对照组。对2组人员进行外周血mSEPT9检测,并收集其相应外周血CEA检测结果,对检测结果采用受试者特征曲线进行统计分析。结果mSEPT9检测对腺瘤的曲线下预测面积(AREA of the ROC:AUC)为0.7205(P<0.05),分界值(CT值)为39.55,此时对应的敏感度为90.91%,特异度为56.67%;CEA检测对腺瘤的AUC为0.5333(P>0.05)。结论外周血mSEPT9检测筛查结直肠腺瘤效果优于外周血CEA肿瘤标记物,具有较好的敏感度及特异度,一定程度上对mSEPT9筛查阳性人群再行侵入性肠镜检查,更易为该类人群接受且可早期筛查结直肠腺瘤。

人类胎盘基因CpG岛甲基化水平与自然流产的相关性

目的探讨人类胎盘基因CpG岛甲基化水平与孕妇自然流产的相关性。方法选取接受常规产前检查的孕妇55例为研究对象,其中25例自然流产(流产组),30例正常分娩(对照组)。收集入组孕妇的临床资料及人类胎盘组织样本。比较2组临床一般资料。分析相关胎盘基因的甲基化水平对孕妇自然流产结局的预测价值。采用Logistic回归分析法分析孕妇自然流产的影响因素。结果2组在孕妇年龄、流产儿/新生儿出生体质量、孕妇妊娠天数和流产儿/新生儿性别方面比较,差异有统计学意义(P<0.05)。MECP2-1、MECP2-4、HSD11B2、MECP2-3和MECP2-2基因甲基化与自然流产相关。流产组的MECP2-1、MECP2-4、HSD11B2和MECP2-3基因甲基化率高于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。MECP2-1、MECP2-4、HSD11B2、MECP2-3和MECP2-2的曲线下面积(AUC)分别为0.773、0.737、0.700、0.663和0.627。Logistic回归分析结果显示,MECP2-1是孕妇发生流产的独立影响因素(P<0.05)。结论MECP2-1、MECP2-4、HSD11B2、MECP2-3和MECP2-2基因甲基化水平和孕妇的自然流产结局有关。MECP2-1基因是自然流产发生的独立影响因素。

血浆Septin9基因甲基化状态与PGR、G-17检测对胃癌患者的诊断价值

目的探讨血浆Septin9基因甲基化状态与胃蛋白酶原Ⅰ与胃蛋白酶原Ⅱ比值(PGR)、胃泌素-17(G-17)检测对胃癌患者的诊断价值。方法在2022年1月至2024年1月本院收治的胃部病变患者100例,其中慢性非萎缩性胃炎组(A组)和萎缩性胃炎组(B组)各30例,胃癌组(C组)40例。对比三组患者Septin9基因甲基化状态、PGR比值以及G-17水平差异,分析其水平对胃癌的早期诊断价值和预后影响。结果PGⅠ、PGR在A组、B组、C组的水平逐渐下降,其中B组的PGⅠ、PGR水平低于A组(P<0.05),C组水平低于A组、B组(P<0.05);PGⅡ、G-17在A组、B组、C组水平逐渐上升,其中B组的PGⅡ、PGR水平高于A组(P<0.05),C组的PGII、PGR水平高于A、B两组(P<0.05);C组mSeptin9阳性检出率47.50%高于A组3.33%、B组6.67%(P<0.05);在胃癌患者中,肠型胃癌、高分化的患者mSeptin9阳性率比较高(P<0.05);ROC曲线结果显示mSeptin9、PGR、G-17单独及联合检测曲线下面积分别为0.704、0.648、0.851、0.988,联合检测曲线面积高于单项指标检测,对胃癌具有良好的预测诊断价值(P<0.05)。结论mSeptin9、PGR、G-17对胃癌的具有一定的诊断价值,联合检测可以提高胃癌的诊断效能。

血清Wnt4基因启动子区的DNA甲基化程度对早产患者预测价值分析

目的 分析血清Wnt4基因启动子区的DNA甲基化程度对早产患者的预测价值。方法 随机选择2019年1-12月在该院产科病区产检的孕产妇480例,其中450例随访至分娩,将其中40例自发性早产的孕产妇作为早产组,410例足月产孕产妇作为健康组。比较健康组、早产组、早产组不同孕周者的血清Wnt4基因启动子区的DNA甲基化水平。分析健康组、早产组的临床数据,采用Logistic回归分析早产的风险因素,绘制受试者工作特征(ROC)曲线分析血清Wnt4基因启动子区的DNA甲基化程度对早产的预测价值。结果 与健康组比较,早产组血清Wnt4基因启动子区的DNA甲基化程度明显增高(P<0.05);与早产组34~<37周妊娠期女性相比,孕周28~<34周妊娠期女性血清Wnt4基因启动子区的DNA甲基化程度明显增高(P<0.05);与健康组比较,早产组产次≥2次、妊娠期被动吸烟、阴道胎儿纤维连接蛋白(fFN)阳性、家庭平均月收入<1 000元的比例明显增加(P<0.05),宫颈长度明显缩短(P<0.05);Logistic回归分析结果显示,产次≥2次、妊娠期被动吸烟、宫颈长度短、阴道fFN阳性、家庭平均月收入<1 000元、血清Wnt4基因启动子区的DNA甲基化程度高均是早产的主要风险因素(P<0.05);ROC曲线分析结果表明,血清Wnt4基因启动子区的DNA甲基化程度预测早产的曲线下面积为0.868(95%CI:0.834~0.898),最佳截断值为51.43%,灵敏度、特异度、准确度分别为82.50%、84.63%、84.44%。结论 血清Wnt4基因启动子区的DNA甲基化程度高对于早产具有一定的临床预测价值。

半胱氨酸双加氧酶1基因启动子甲基化在肿瘤研究中的应用

半胱氨酸双加氧酶1(cysteine dioxygenase 1,CDO1)是一种肿瘤抑制基因(tumor suppressor gene,TSG),参与细胞增殖、分化、凋亡及铁死亡等一系列生理过程。DNA甲基化是人类肿瘤中表观遗传学修饰的主要方式之一,CDO1是一种与恶性肿瘤高度相关的甲基化基因(highly relevant methylation gene,HRMG),在多种人类癌症中被其甲基化启动子所沉默,甲基化的CDO1基因启动子是人类肿瘤中最常见的早期特异性诊断标志物之一。本文就CDO1生物学功能及其启动子DNA的甲基化在肿瘤中的作用及调控作一综述。

GNB4和Riplet基因甲基化检测在原发性肝癌诊断中的价值研究

目的 探讨GNB4和Riplet基因甲基化单独和联合检测在原发性肝癌诊断中的诊断效能和临床价值。方法 选取313例患者,原发性肝癌患者78例,其他消化系统肿瘤患者41例,非消化系统肿瘤患者17例,肝癌术后20例,肝良性疾病患者157例。采用甲基化荧光定量PCR(qMSP)法检测所有患者血浆中GNB4和Riplet基因甲基化水平,直接化学发光法检测血清甲胎蛋白(AFP)水平。结果 AFP检测诊断灵敏度和特异度为51.3%、94.3%;GNB4基因甲基化检测诊断灵敏度和特异度为83.3%、99.4%;Riplet基因甲基化检测诊断灵敏度和特异度为73.1%、99.4%。GNB4和Riplet基因甲基化联合检测诊断的灵敏度和特异度为92.3%、98.7%;AFP、GNB4和Riplet基因甲基化3项指标联合检测诊断的灵敏度和特异度为92.3%、98.7%,纳入年龄和性别后的联合诊断的灵敏度和特异度为93.6%、97.5%。结论 对于原发性肝癌的诊断,AFP灵敏度和特异度存在局限性,而GNB4和Riplet基因甲基化水平较高,两者联合检测的灵敏度和特异度均高于AFP的诊断效能。AFP、GNB4和Riplet基因甲基化联合检测诊断的灵敏度和特异度显著高于AFP、GNB4和Riplet基因甲基化单独检测。

猪MKRN 3基因的印记表达和DNA甲基化状态分析

旨在探讨MKRN 3基因在野生型猪和克隆猪中的印记状态及其DNA甲基化水平。本研究利用西方猪种(杜洛克猪)与本地猪种(巴马猪或荣昌猪)中存在的种间单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),检测MKRN 3基因在3只足月出生0天的野生型杂交猪中的印记状态。利用MethPrimer网站预测MKRN3启动子区附近的CpG岛,并在卵母细胞和精子基因组中验证CpG岛是否为差异甲基化区域(differentially methylated region,DMR)。对3只野生型杂交猪和两只克隆猪基因组DNA进行亚硫酸盐转化后测序,检测MKRN 3-DMR在野生型猪和克隆猪的甲基化状态,并分析其甲基化状态与基因表达的关系。结果表明,在MKRN 3基因的编码区域,西方猪种(杜洛克猪)与本地猪种(巴马猪和荣昌猪)之间存在一个SNP:A/G;RT-PCR测序结果显示,MKRN 3在其中1只野生型个体(杜洛克猪与巴马猪杂交后代:DB2)的心脏组织呈双等位基因表达,在肝脏、脾脏、肺等器官和脑组织中均为单等位基因表达,且均表达父本来源的等位基因。MKRN 3-DMR在精子中表现为低甲基化(0%),在卵母细胞中表现为高甲基化(70.9%)。杂交猪6个组织中的MKRN 3-DMR平均甲基化水平分别为:心脏(43.1%)、肝脏(46.2%)、脾脏(48.4%)、肺(45.6%)、肾脏(48.5%)、脑(44.3%);在新生克隆猪的大部分组织中,MKRN 3表达父本来源等位基因,MKRN 3-DMR甲基化水平与野生型杂交猪相近。而在NT201和NT207脾脏中,其甲基化水平分别为79.0%和80.1%,SNP测序结果也表明在两个克隆猪脾脏中,MKRN 3不再维持印记状态,提示克隆猪脾脏组织中MKRN 3印记异常。综上所述,MKRN 3在野生型猪肝脏、脾脏、肺、肾和脑组织中呈母本印记、父本表达,在心脏为非印记状态;克隆猪部分组织中,MKRN 3印记表达和甲基化状态均为异常;启动子的DMR调控MKRN 3表达。

4个基因在副猪嗜血杆菌感染仔猪脑组织中DNA甲基化与mRNA表达联合验证

【目的】验证候选基因在副猪嗜血杆菌(Glaesserella parasuis,GPS)感染仔猪脑组织中DNA甲基化与mRNA表达之间的联合调控关系,为揭示副猪嗜血杆菌引起仔猪脑膜炎的表观致病机理提供理论依据。【方法】选取6头28日龄断奶仔猪,随机均分为对照组和GPS组,GPS组仔猪腹腔注射1 mL 2×109 CFU/mL副猪嗜血杆菌SH0165菌液,对照组仔猪腹腔注射等量生理盐水,7 d后采集仔猪脑组织提取DNA和RNA。采用实时荧光定量PCR检测4个候选基因(LYPD1、PITPNM1、SYP、ACVR1B)的mRNA表达量,并利用重亚硫酸盐测序(bisulfite sequencing PCR,BSP)、甲基化特异性PCR(methylation-specific PCR,MSP)检测副猪嗜血杆菌感染前后4个基因在仔猪脑组织中的DNA甲基化变化。【结果】本研究成功将MSP方法应用于基因的DNA甲基化测序研究,使其不局限于定点检测甲基化位点。实时荧光定量PCR结果显示,与对照组相比,GPS组仔猪LYPD 1、PITPNM 1、SYP、ACVR 1 B基因mRNA表达均显著或极显著下调(P<0.05;P<0.01)。DNA甲基化测序结果显示,除ACVR 1 B基因外,各基因DNA甲基化均上调。【结论】除ACVR 1 B基因外,LYPD 1、PITPNM 1、SYP 3个基因DNA甲基化与mRNA表达水平呈反向关联调控,副猪嗜血杆菌感染后仔猪脑组织DNA甲基化变化对4个候选基因的表达具有不同的调控模式。

血液系统恶性肿瘤致ABO基因甲基化状态异常的影响及分析

目的检测血液系统恶性肿瘤患者和健康献血员ABO基因启动子区CpG岛甲基化状态,分析ABO基因甲基化与血液系统恶性肿瘤的相关性,初步探讨ABO基因甲基化状态异常在血液系统恶性肿瘤中的临床意义。方法收集2020年7月至2023年3期间送检至血液中心6例血液系统恶性肿瘤患者标本和20例健康献血员标本作为研究对象。应用血型血清学技术检测ABO血型抗原情况,应用亚硫酸氢盐测序法(BSP)检测ABO基因启动子CpG岛甲基化状态。结果血液系统恶性肿瘤患者中有2例出现ABO抗原减弱,而健康对照组均未检测出ABO抗原减弱现象;经亚硫酸氢盐转化测序法检测病例组(n=6)和对照组(n=20)标本ABO基因甲基化状态,发现血液系统恶性肿瘤患者(甲基化率73.08%)ABO基因甲基化率显著高于随机选取的对照组样本(甲基化率38.08%),差异有统计学意义(P<0.001)。结论罹患血液系统恶性肿瘤与ABO血型抗原减弱相关联,且ABO基因启动子区CpG岛甲基化与血液系统恶性肿瘤的发生相关,这为探索血液系统恶性肿瘤ABO血型抗原减弱的分子机理提供了理论依据。

DNA甲基化调控相关基因在糖尿病足溃疡中的研究进展

糖尿病足溃疡(DFU)是一种常见的慢性难愈性溃疡,也是糖尿病患者截肢甚至死亡的主要原因。DFU因迁延难愈,并且容易愈后复发,给患者带来了巨大的经济和心理负担,现已成为亟待解决的社会公共卫生问题。DNA甲基化是表观遗传学领域的一大热点,是目前研究最为深入的表观遗传机制之一,在疾病的发生发展过程中发挥着关键作用。DNA甲基化发生发展过程中的众多关键基因对DFU的调控机制尚不明确。本文综述了5个DNA甲基化调控基因在DFU愈合过程中的作用,旨在为进一步指导DNA甲基化在DFU中的应用提供参考。

粪便SDC2基因甲基化检测在结直肠癌早期诊断中的应用价值

目的 探讨粪便SDC2基因甲基化检测在结直肠癌早期诊断中的应用价值。方法 采用定量甲基化特异性PCR技术检测接受结直肠癌(CRC)筛查的患者粪便样本中SDC2的甲基化(mSDC2),SDC2基因甲基化检测阳性患者进一步行结肠镜检查,患者均通过结肠镜检查或术后病理检查腺癌(CRC)明确诊断,病理区分为结直肠癌、进展型腺瘤、非腺瘤性息肉、炎症。采用Pearson相关法分析SDC2基因甲基化检测结直肠肿瘤阳性预测值(PPV)与年龄的相关性。结果 纳入268例mSDC2阳性患者,其中确诊结直肠癌23例、进展型腺瘤42例、非腺瘤息肉20例、炎症18例,余下患者结肠镜检查未发现明显异常。<60岁结直肠癌患者SDC2基因甲基化检测PPV为7.04%(10/142),≥60岁者为30.23%(13/43);mSDC2在结直肠癌患者中的PPV随着年龄增长而增加,差异有统计学意义(P<0.05)。随年龄增长,mSDC2循环阈值与年龄呈负相关(r=-0.68,P<0.05)。结直肠癌患者mSDC2的Ct值比进展型腺瘤、非腺瘤息肉、炎症病变均低,差异有统计学意义(P均<0.05)。按mSDC2中位数为34.58分为mSDC2高值12例与低值11例,不同mSDC2水平的结肠癌患者,其年龄、性别、临床分期、CEA值差异无统计学意义(P均>0.05)。结论 粪便SDC2基因甲基化检测作为一种非侵入性的检测手段,有助于癌前病变的筛查及结直肠癌早期诊断。

胰腺癌中核心甲基化驱动基因的功能探究

目的 筛选胰腺癌中的核心甲基化驱动基因,探究其生物功能及临床意义。方法 基于TCGA/GEO数据库中胰腺癌的mRNA-seq数据及匹配的临床数据,利用R分析软件相关数据包及部分在线分析工具,分析并获得胰腺癌中甲基化驱动基因;采用Lasso-Cox回归分析筛选核心甲基化驱动基因,并探究其在胰腺癌中的功能特点及临床意义;最后基于核心甲基化驱动基因构建预后模型并进行相关探究。结果 甲基化驱动基因ZSCAN18、FERMT1、LIPH、LAMA3及S100A16对胰腺癌表现出良好的诊断效能,且FERMT1、LIPH、LAMA3及S100A16的表达上调与患者较差的预后相关(P<0.05),ZSCAN18的表达上调则与患者较好的生存预后相关(P<0.05),而基于甲基化驱动基因ZSCAN18、FERMT1、LIPH、LAMA3及S100A16的预后模型表现出良好的预测效能,具有较好的临床应用潜能。结论 甲基化驱动基因ZSCAN18、FERMT1、LIPH、LAMA3及S100A16是胰腺癌的潜在诊断靶点及预后标志物,基于以上基因的预后模型表现出良好的预测效能。

基因组和DNA甲基化组联合分析筛选猪肉质性状关键基因

【背景】猪的肉质性状是重要的经济性状。研究影响各类肉质性状的分子机制,发掘关键基因,从而指导猪的遗传改良,对改善猪肉品质具有重要意义。当前肉质相关的机制研究主要是基于DNA的基因组研究,而对肉质性状的DNA甲基化研究以及结合基因组和甲基化组的综合分析却鲜有报道。【目的】通过基因组和DNA甲基化组联合分析,筛选、鉴定了影响猪肉质的潜在关键基因。为猪肉品质的遗传改良研究提供借鉴。【方法】检测了140头大白猪背最长肌的28个肉质性状,通过表观基因组关联分析(EWAS)与全基因组关联分析(GWAS)筛选了各性状显著关联的CpG和SNP位点。随后以SNP为协变量对GWAS和EWAS重叠的显著关联位点进行条件关联分析,进一步筛选具有独立效应的CpG位点。然后以CpG位点的甲基化水平为因变量,以SNP为自变量进行关联分析从而鉴定甲基化数量性状位点(meQTL)。最后使用顺式甲基化数量性状位点(cis-meQTL)作为工具变量进行孟德尔随机化分析,从而推断cis-meQTL与表型之间的因果关系,同时对位点进行注释,鉴定潜在的关键基因。【结果】(1)在屠宰45 min黄度值(b_(45min))、滴水损失(DL)、二十二碳六烯酸(C22:6n-3)3个肉质性状上,EWAS和GWAS在相同基因组区域鉴定到显著关联位点。(2)b_(45min)的7个CpG位点在条件关联分析后仍保持显著,DL有1个CpG位点在条件关联分析后仍保持显著,而C22:6n-3的3个位点在使用SNP作为协变量分析后不再显著,表明EWAS鉴定的b_(45min)的7个CpG位点和DL的1个CpG位点的显著关联不受附近的显著SNP影响。(3)b_(45min)的7个CpG位点和DL的1个CpG位点共鉴定了10个meQTL,但绝大多数是trans-meQTL,只有一个CpG位点(SSC12:44254675 bp)鉴定到一个cis-meQTL,表明该位点可能受到近距离SNP调控。(4)孟德尔随机化分析显示该CpG位点(SSC12:44254675 bp)与b_(45min)表型存在一定的因果关联。(5)对该位点注释发现,距离CpG位点(SSC12:44254675 bp)和其cis-meQTL最近的基因是NOS2,且CpG位点位于NOS2基因内。【结论】综合DNA甲基化组合基因组数据联合分析结果,可以推测NOS2基因是肉色性状关键候选基因,其DNA甲基化、SNP共同作用调控基因表达,进而影响肉色性状相关基因表达。

PROSER2基因在牛中的印记表达和DNA甲基化分析

为了研究牛PROSER2基因的印记状态和表观遗传修饰机制,本研究首先应用荧光定量RT-PCR方法分析PROSER2基因在牛组织和胎盘中的表达,进而应用基于单核苷酸多态性(SNP)的RT-PCR产物直接测序法分析等位基因表达状态,最后采用亚硫酸盐直接测序法对位于PROSER2基因启动子及第1个外显子区域和位于外显子4区域的2个CpG岛的甲基化状态进行了分析。结果显示,PROSER2基因在所有检测的6个组织(心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、大脑)及胎盘中均广泛表达。PROSER2基因在牛的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、大脑以及胎盘中均为单等位基因表达。根据杂合胎盘父母的基因型,发现PROSER2基因在牛中是父源印记基因,这与其在人中的印记状态一致。对PROSER2基因启动子和第一个外显子处CpG岛区域的甲基化状态进行分析,在牛的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、大脑和胎盘中均发现1个差异甲基化区,说明DNA的甲基化修饰可能参与PROSER2基因在荷斯坦奶牛中的印记表达。本研究结果可为进一步研究PROSER2基因的功能和印记调控机制提供参考依据。

TBX2基因在头颈鳞癌中甲基化相关的预后分析

目的探究TBX2基因与头颈鳞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)的关系,分析甲基化预后的价值。方法综合利用UCSC Xena数据库、基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库、人类蛋白质图谱(Human Protein Atlas,HPA)数据库、UALCAN数据库挖掘TBX2基因的表达、DNA甲基化和临床相关性,利用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)法富集TBX2在HNSCC中所参与的信号通路。结果TBX2基因在HNSCC中高表达,TBX2基因高、低表达组HNSCC患者的总生存率(overall survival,OS)无明显差异,但HNSCC中TBX2基因的表达与临床分级分期有关。TBX2基因某些cg位点的低甲基化水平与较差的OS和无进展生存期(progression free survival,PFS)密切相关。GSEA结果显示,TBX2基因主要参与钙信号通路、黏着斑、蛋白酶体等多条通路。结论TBX2基因可作为HNSCC特异性诊断和预后的生物标志物。

肺癌患者支气管肺泡灌洗液中DAPL1和MLH1基因甲基化水平检测及其临床意义研究

目的检测肺癌患者支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)中凋亡相关蛋白激酶样蛋白1(death-associated protein kinase like 1,DAPL1)和错配修复基因(Mut L homologue l,MLH1)甲基化水平,进一步研究基因甲基化对早期肺癌的诊断价值及其与临床病理特征的关系。方法回顾性选取2022年1月~2024年1月蒙城县第二人民医院收治的疑似早期肺癌患者142例,根据最终病理学结果分为肺癌组(n=82)和肺部良性病变组(n=60)。采用实时定量聚合酶链反应(qRT-PCR)法检测两组BALF样本中DAPL1和MLH1甲基化水平;分析DAPL1和MLH1甲基化对早期肺癌的临床诊断价值及其与肺癌患者临床病理特征的关系。结果肺癌组患者BALF中DAPL1和MLH1基因甲基化水平分别为53.66%(44/82),56.10%(46/82),明显高于良性病变组的11.67%(7/60)和18.33%(11/60),差异具有统计学意义(χ^(2)=56.544,20.565,均P<0.05)。DAPL1和MLH1基因甲基化诊断早期肺癌的敏感度分别为53.66%(44/82)和56.10%(46/82),特异度分别为88.33%(53/60)和81.67%(49/60),准确度分别为68.31%(97/142)和66.90%(95/142);DAPL1甲基化联合MLH1甲基化诊断早期肺癌的敏感度和准确度分别为86.59%(71/82),85.92%(122/142),均高于单一指标(Z=24.411,16.450,均P<0.05)。肺癌患者BALF中DAPL1和MLH1基因甲基化水平与临床分期、吸烟史及淋巴结转移密切相关(χ^(2)=5.493,13.083;8.167,6.946;9.303,4.523,均P<0.05)。Spearman相关性显示,DAPL1和MLH1基因甲基化与肺癌患者临床分期、吸烟史及淋巴结转移均呈正相关(r=0.523,0.602;0.548,0.498;0.630,0.524,均P<0.05)。结论BALF中DAPL1和MLH1基因甲基化检测对于早期肺癌具有较高的临床诊断价值,且两者基因甲基化水平与肺癌患者病情进展及吸烟史有关。

系统性红斑狼疮受DNA甲基化影响的关键基因分析

系统性红斑狼疮(SLE)是一种自身免疫性疾病,表观遗传变异在SLE的发病机制中起重要作用。已有研究证明,异常DNA甲基化发生在SLE发展的各个过程中,调控相关基因表达水平。因此,寻找受影响的关键基因有助于SLE的诊断和治疗。首先,本文从Gene Expression Omnibus (GEO)数据库中下载了基因表达数据和DNA甲基化数据,利用生物信息学的方法,对在外周血单核细胞(PBMC)的基因表达和DNA甲基化数据进行差异分析,甲基化差异表达的基因被记录为差异甲基化基因(DMG)与差异表达基因(DEG)之间的重叠基因。使用DAVID数据库对受甲基化影响基因(mDEG)的功能富集分析。然后使用STRING数据库构建蛋白质–蛋白质相互作用(PPI)网络以获得参与SLE的关键基因。之后,本研究利用受试者工作特征(ROC)曲线评估hub基因,以验证其区分SLE与健康对照组的能力。最后,我们构建了一个hub基因-miRNA网络,并对共享基因进行了功能富集。

杉虎杂交斑5S rRNA基因甲基化分析

核糖体RNA是构成核糖体的重要组成部分,在蛋白质合成过程中起着重要作用。利用雌性棕点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus)与雄性清水石斑鱼(Epinephelus polyphekadion)杂交,获得在生长、肉质等方面具有一定优势的子代——杉虎杂交斑。对杉虎杂交斑及其亲本5S rRNA基因编码区前1 000 bp、编码区以及非转录区的DNA甲基化水平进行测定和比较分析。结果表明,杉虎杂交斑5S rRNA基因整体甲基化水平(0.418)高于棕点石斑鱼(0.379)和清水石斑鱼(0.037),但与母本棕点石斑鱼不具有显著性差异,与父本清水石斑鱼存在显著性差异。对5S rRNA基因编码区和非转录区的甲基化位点进行分析发现,在棕点石斑鱼与杉虎杂交斑中所有甲基化位点是一致的,但在清水石斑鱼中均未发现这些位点,表明杉虎杂交斑的5S rRNA基因甲基化模式与母本棕点石斑鱼一致。结果阐明了杉虎杂交斑5S rRNA基因的DNA甲基化水平和模式,为石斑鱼杂交育种提供理论基础。