基于小鼠肝细胞癌全转录组测序的Ighmbp2表达上调的机制

目的探讨免疫球蛋白μ结合蛋白2(Ighmbp2)在小鼠肝细胞癌(HCC)中上调表达的可能机制。方法20只小鼠注射生理盐水,收集其肝组织作为SL组。80只小鼠注射H22肝癌细胞系,分别收集注射3 d的小鼠的肝组织、30 d未成瘤小鼠的肝组织及成瘤小鼠的癌旁组织和瘤组织,分别作为H3L组、H30NL组、H30L组和H30T组。采用全转录组测序和生物信息学分析Ighmbp2基因在各组中的表达,并进一步采用华大基因多组学系统筛选差异表达的Ighmbp2相关基因,构建差异表达相关基因的PPI、Target以及ceRNA网络,分析其功能。结果与SL组相比,H3L组、H30NL组、H30L组和H30T组Ighmbp2基因表达均上调,其中H30T组中表达最高;组间比较显示,仅H30T组与其他四组间Ighmbp2基因的表达差异具有统计学意义(P<0.05)。PPI、Target和ceRNA调控网络显示,与Ighmbp2存在密切关系的转录本有5个、基因编码蛋白有43个,互为竞争性ceRNA的分子有143个,其中miR-107-5p、miR-3064-5p和miR-1968-5p在H30T组中的表达显著低于其他各组,转录本XM_006531702.1大量表达于各组,并且在H30T组的表达远高于其他组。GO和KEGG富集分析发现,Ighmbp2及其相关基因共同参与的功能包括核苷酸结合、ATP结合等,其中部分基因与Ighmbp2基因一样属于核、核仁等细胞组分。结论Ighmbp2基因的上调表达主要是转录本XM_006531702.1的上调表达;miR-107-5p、miR-3064-5p和miR-1968-5p这3种miRNA可能在瘤体组织中低表达从而减弱了抑制效应进而间接促进Ighmbp2在瘤体组织中的上调表达,其中miR-1968-5p可能是影响Ighmbp2表达的关键因素,多种相关分子可能与以上3种miRNA结合形成ceRNA调控机制进而进一步精细调控Ighmbp2的表达。

IGHMBP2过表达促进食管鳞癌细胞的侵袭和迁移

IGHMBP2(Immunoglobulin mu binding protein 2)基因编码一种解旋酶,参与DNA的复制和修复,并且作为转录调节因子在基因转录中发挥重要作用。IGHMBP2基因定位于11q13.2,该染色体区段在食管鳞癌中扩增频率较高。为了探讨IGHMBP2基因在食管鳞癌中的扩增情况及其在食管鳞癌中的作用,文章对本实验室前期报道的59例食管鳞癌原发肿瘤array-CGH数据进行分析,结果显示IGHMBP2基因扩增频率为28.9%(17/59)。进一步利用荧光原位杂交(FISH)和Western blot技术,发现食管鳞癌细胞系KYSE30、KYSE180、KYSE510和KYSE150中存在IGHMBP2基因扩增/增益以及蛋白高表达。敲降IGHMBP2后,KYSE30和KYSE150细胞的侵袭迁移能力明显降低(P<0.001),侵袭迁移相关蛋白E-cadherin的表达水平升高;敲降后转染IGHMBP2质粒,回复其蛋白表达后,细胞的侵袭迁移能力又得以恢复(P<0.01)。上述结果表明,IGHMBP2过表达可能通过降低E-cadherin的表达从而增强食管鳞癌细胞的侵袭迁移能力。

脊髓性肌萎缩伴呼吸窘迫1型二家系的IGHMBP2基因变异分析和产前诊断

目的探究2个脊髓性肌萎缩伴呼吸窘迫1型(SMARD1)家系的遗传学病因,并预防出生缺陷。方法选取2021年8月至11月于南京大学医学院附属鼓楼医院妇产医学中心就诊的2个无亲缘关系的家系为研究对象。运用多重连接依赖探针扩增技术(MLPA)检测先证者及其家系成员SMN1基因第7外显子的拷贝数,通过全外显子组测序(WES)对先证者进行基因检测,并对家系成员行Sanger测序验证分析,对变异位点进行生物信息学分析。依据上述检测与分析结果,对家系中再次妊娠的胎儿行介入性产前诊断。结果基因检测发现2例先证者均携带IGHMBP2基因复合杂合变异,分别遗传自父母。其中变异c.1144C>T、c.866delG和c.1666C>G既往未见报道,根据美国医学遗传学与基因组学学会变异相关指南分别评为致病性变异(PVS1+PM2Supporting+PP3+PP4)、可能致病性变异(PM1+PM2Supporting+PM4+PP3+PP4)和可能致病性变异(PM1+PM2Supporting+PP2+PP3+PP4)。通过胚胎植入前单基因遗传学检测(PGT-M)和介入性产前诊断成功阻断了变异在家系中的传递,有效预防了出生缺陷的发生。结论该2例考虑是由IGHMBP2基因复合杂合变异导致的SMARD1,为SMARD1的鉴别诊断和家系遗传咨询提供重要依据。

IGHMBP2基因新变异所致腓骨肌萎缩症2S型一例临床表型及遗传学分析并文献复习

目的:明确1例腓骨肌萎缩症(CMT)患儿的临床表型及遗传学病因。方法:对1例双下肢无力、双手呈抓物状的患儿行临床和实验室检查分析,并应用全外显子组(WES)测序对患儿行基因变异检测,采用Sanger测序对先证者及父母行家系基因变异验证。结果:先证者存在IGHMBP2基因的复合杂合变异,分别来源母亲c.1633-6T>G和父亲c.608C>A(p.A203E),均为新发变异,诊断为CMT 2S型。根据美国ACMG指南致病性分级,c.1633-6T>G(PM2)、c.608C>A(p.A203E)(PM2+PP3)均为意义不明性变异。结论:新发现的IGHMBP2基因c.1633-6T>G和c.608C>A(p.A203E)复合杂合变异是该CMT患儿肌无力及神经源性电生理损害可能的遗传学病因。

IGHMBP2变异致脊髓性肌萎缩伴呼吸窘迫1型1例并文献复习

脊髓性肌萎缩伴呼吸窘迫1型(SMARDI)临床多累及神经系统、呼吸系统、骨骼和自主神经系统,常在生后3月龄内发病,以远端肢体进行性肌无力和早期出现膈肌麻痹导致的呼吸衰竭为主要特征,较早出现踝关节、手/足指(趾)关节挛缩,易合并自主神经受累。文章总结IGHMBP2变异致SMARD1患儿的临床表现以及基因变异特点并文献复习,提示最常见的临床表现是膈肌麻痹导致的呼吸衰竭,远端肢体进行性肌无力、肌萎缩、关节畸形和自主神经受累症状。血清肌酸激酶水平正常或轻中度升高,胸部X线可见特征性膈肌膨出,肌电图和肌肉病理显示神经源性损害。已报道的IGHMBP2致病性变异以微小变异为主,最常见的变异类型是错义变异和无义变异。发现IGHMBP2致病性变异有助于临床明确诊断及产前诊断。

脊肌萎缩症合并Ⅰ型呼吸衰竭1例临床及家系基因分析

脊肌萎缩症合并Ⅰ型呼吸衰竭（spinal muscular atrophy with respiratory distress type 1，SMARDl）是一种常染色体隐性遗传性疾病，该病非常罕见，至今全世界已报告60余例，而我国仅有1例报告。