小孢子链格孢的IGS-RFLP分析

用基因间隔区特异性引物对10个小孢子链格孢种和作为对照的1个大孢子链格孢种(茄链格孢)(Al-ternaria solani)进行扩增,小孢子链格孢种获得约3.0kb片段,而大孢子链格孢种获得约4.0kb片段,大孢子种和小孢子种可通过IGS扩增片段明确区分.分别用限制性核酸内切酶HaeⅢ和MspⅠ对小孢子链格孢的扩增产物进行限制性酶切,可产生不同的酶切图谱.根据酶切图谱可以把细链格孢和细极链格孢区分.IGS扩增产物表现出长度和序列结构上的多态性,是一个良好的遗传标记,对于一个种内的不同菌株具有一定鉴别意义,但是由于利用现有引物一些菌株难以扩增出PCR产物,该方法的利用受到一定限制.

北半球高卢蜜环菌的遗传多样性与分子鉴定

从北美、欧洲和中国收集 2 3个高卢蜜环菌菌株 ,PCR扩增其rDNA的IGS和ITS区域 ,用AluⅠ、HaeⅢ、HinfⅠ和TagⅠ四种限制性内切酶进行酶切 ,同时结合随机扩增微卫星 (RAMS)多态性 ,对北半球的高卢蜜环菌的遗传多样性进行了分析。结果发现了高卢蜜环菌的 6种IGS RFLP图谱类型 ,其中gal(B)和gal(D)是国内外尚无报道的新的IGS RFLP型。RFLP系统树发现该种有明显的大陆之间遗传分化 ,存在中国、欧洲、北美和亚洲 4个亚群体。RAMS分析表明北半球高卢蜜环菌存在亚洲、欧洲、北美 中国和北美 欧洲等 4个高卢蜜环菌发育系 ,而且不同大陆的高卢蜜环菌具有较近的亲缘关系 ,而相同大陆的却具有不同的起源 ,特别是北美的高卢蜜环菌两个发育系异源性很高 ,北美东部的发育系同欧洲的关系比较近 ,而北美西部的同亚洲关系比较近。

同宗配合蜜环菌与欧美异宗配合蜜环菌狭义种的分子系统学关系

从亚洲、欧洲和北美收集18个蜜环菌狭义种菌株,PCR扩增其rDNA的IGS和ITS区域,用AluI、HaeIII、HinfI和TagI四种限制性内切酶进行酶切,同时用随机扩增微卫星(RAMS)多态性,对蜜环菌狭义种的进行了遗传多样性和分子系统学分析。结果蜜环菌狭义种的IGS和ITS-RFLP类型比以前报道的更多,亚洲、欧洲和北美菌株都具有比较明显的特征片段,通过ITS和IGS图谱可将三个大陆的菌株区分开,其中IGS-HinfI图谱能完全区分3个大陆的菌株。RFLP数据的系统学分析表明,该种存在明显的大陆遗传分化,亚、欧、北美的群体分属三个相互独立的进化系,北美群体IGS变异程度较小,ITS变异程度极高;而欧洲群体IGS的变异程度较大,多态性高,ITS变异程度非常小。RAMS系统分析表明,中国、日本和非洲的同宗配合蜜环菌属于一个系统发育系,该发育系同欧洲和北美的异宗配合种的两个发育系分属3个不同的独立进化分支。据此建议欧洲和北美的异宗配合蜜环菌应作为蜜环菌的两个亚种。