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贵州地方鸡IL8RB基因多态性及其对肉品质的影响
被引量:
3
1
作者
吴磊
覃媛钰
+5 位作者
谭光辉
李杰章
张依裕
蒋会梅
杨远清
向程举
《福建农林大学学报(自然科学版)》
CSCD
北大核心
2020年第4期512-518,共7页
为了挖掘IL8RB基因的单核苷酸多态性(SNP)位点,以长顺绿壳蛋鸡、黔画乌鸡和威宁鸡为材料,采用PCR产物直接测序法对IL8RB基因进行SNP筛查,对突变前后序列进行生物信息学分析.结果表明:在3个鸡群体IL8RB基因中共检测到2个错义突变位点,g.2...
为了挖掘IL8RB基因的单核苷酸多态性(SNP)位点,以长顺绿壳蛋鸡、黔画乌鸡和威宁鸡为材料,采用PCR产物直接测序法对IL8RB基因进行SNP筛查,对突变前后序列进行生物信息学分析.结果表明:在3个鸡群体IL8RB基因中共检测到2个错义突变位点,g.22589443 C>T突变共产生3种基因型,为中度多态,引起亮氨酸变成丝氨酸;g.22589512 C>T突变共产生2种基因型,为低度多态,引起苏氨酸变成甲硫氨酸.卡方(χ^2)检测结果表明:g.22589443 C>T位点在长顺绿壳蛋鸡群体的基因型分布极显著偏离了Hardy-Weinberg平衡(P<0.01),在黔画乌鸡和威宁鸡群体基因型分布显著偏离了Hardy-Weinberg平衡(P<0.05);g.22589512 C>T突变位点在3个鸡群体基因型分布未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05).连锁不平衡分析结果显示:3个鸡群体IL8RB基因2个SNP位点间不存在强连锁不平衡;2个SNP位点联合共产生3种单倍型和4种双倍型,单倍型H1和双倍型H1H1出现的频率最高,单倍型H3和双倍型H2H2出现的频率最低.生物信息学分析表明:3种单倍型自由能为:TC>CC>CT,稳定性为:CT>CC>TC;2个SNP位点引起氨基酸变化但未引起蛋白质二级结构和三级结构变化.IL8RB基因变异与黔画乌鸡肉品质关联性分析发现,双倍型H1H1个体的肉色指标显著高于H1H3个体(P<0.05),其他各SNP位点及双倍型在各指标之间的差异未达到显著水平(P>0.05).所检测到的这2个SNP位点或许可作为改善鸡肉品质遗传标记,为今后深入研究提供数据参考和理论支持.
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关键词
il8rb基因
长顺绿壳蛋鸡
黔画乌鸡
威宁鸡
单核苷酸多态性
生物信息学
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职称材料
‘黔画乌鸡’IL8RB基因外显子2变异对胸肌常规肌肉品质的影响
2
作者
向程举
蒋会梅
+8 位作者
张依裕
杨远清
吴学树
周艳
杨丹
张贵强
沈杰
刘若余
吴磊
《甘肃农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第2期40-45,53,共7页
【目的】探研肉鸡IL8RB基因变异对肉质性状的遗传效应.【方法】采用PCR产物直接测序和结合序列比对软件筛查鉴定IL8RB基因外显子2遗传变异,分析其与‘黔画乌鸡’肉质性状的相关性.【结果】在‘黔画乌鸡’IL8RB基因外显子2中发现4个中度...
【目的】探研肉鸡IL8RB基因变异对肉质性状的遗传效应.【方法】采用PCR产物直接测序和结合序列比对软件筛查鉴定IL8RB基因外显子2遗传变异,分析其与‘黔画乌鸡’肉质性状的相关性.【结果】在‘黔画乌鸡’IL8RB基因外显子2中发现4个中度多态的同义突变位点g.22589317 C>T、g.22589423 C>T、g.22589485 C>T和g.22589476 T>C,4个SNP位点均产生3种基因型,基因型分布均未偏离Hardy-Weinberg平衡;g.22589317 C>T位点对嫩度的影响达到显著水平(P<0.05),基因型TT个体的嫩度值显著高于基因型CC个体(P<0.05);g.22589423 C>T和g.22589476 T>C位点均对粗脂肪含量的影响达到显著水平(P<0.05),g.22589423 C>T位点的基因型TT个体显著高于基因型CT个体(P<0.05),g.22589476 T>C位点的基因型CC个体显著高于基因型CT和TT个体(P<0.05).【结论】综合各基因型各指标之间的差异,揭示g.22589317C>T位点的CC基因型、g.22589423 C>T位点的TT基因型和g.22589476 T>C位点的CC基因型是改善肉质的有利基因型,可能作为提高肉鸡肌肉品质的分子遗传标记.
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关键词
il8rb基因
SNPs鉴定
肌肉品质
黔画乌鸡
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职称材料
长顺绿壳蛋鸡IL8RB基因多态性检测
3
作者
吴磊
罗华伦
+1 位作者
张依裕
覃媛钰
《黑龙江畜牧兽医》
CAS
北大核心
2019年第6期53-55,170,共4页
为了提升家禽抗逆性,为生产安全优质禽产品提供参考依据,试验选择长顺绿壳蛋鸡对其IL8RB基因多态性进行检测并采用混合基因池进行PCR扩增,结合直接测序法对IL8RB基因进行单核苷酸多态性(SNP)筛查。结果表明:在长顺绿壳蛋鸡IL8RB基因启...
为了提升家禽抗逆性,为生产安全优质禽产品提供参考依据,试验选择长顺绿壳蛋鸡对其IL8RB基因多态性进行检测并采用混合基因池进行PCR扩增,结合直接测序法对IL8RB基因进行单核苷酸多态性(SNP)筛查。结果表明:在长顺绿壳蛋鸡IL8RB基因启动子区g. 22 589 018~g.225 895 571区域检测到5个SNPs位点(g.22 589 318,T<C; g.22 589 424,T<C; g.22 589 468,C>G;g.22 589 477,T<C; g.22 589 486,T<C),基因型CC和等位基因C分别为优势基因型和优势等位基因,其多态信息含量(PIC)只有g.22 589 468一个突变位点呈低度多态,另外4个突变位点呈中度多态,且5个突变位点的等位基因数(Ne)均较为均匀。说明长顺绿壳蛋鸡在自然群体中的遗传多样性较为丰富,应在长顺绿壳蛋鸡的饲养管理、疾病防控、繁殖等方面加强保护,提升其抗逆性。
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关键词
il8rb基因
长顺绿壳蛋鸡
单核苷酸多态性
抗逆性
突变位点
原文传递
题名
贵州地方鸡IL8RB基因多态性及其对肉品质的影响
被引量:
3
1
作者
吴磊
覃媛钰
谭光辉
李杰章
张依裕
蒋会梅
杨远清
向程举
机构
贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室
贵州大学贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室
贵州大学动物科学学院
毕节市畜禽遗传资源管理站
出处
《福建农林大学学报(自然科学版)》
CSCD
北大核心
2020年第4期512-518,共7页
基金
贵州省科技合作计划项目(黔科合LH字[2016]7454号)
贵州省农业农村厅动物育种专项(毕科合字(2017)25号)。
文摘
为了挖掘IL8RB基因的单核苷酸多态性(SNP)位点,以长顺绿壳蛋鸡、黔画乌鸡和威宁鸡为材料,采用PCR产物直接测序法对IL8RB基因进行SNP筛查,对突变前后序列进行生物信息学分析.结果表明:在3个鸡群体IL8RB基因中共检测到2个错义突变位点,g.22589443 C>T突变共产生3种基因型,为中度多态,引起亮氨酸变成丝氨酸;g.22589512 C>T突变共产生2种基因型,为低度多态,引起苏氨酸变成甲硫氨酸.卡方(χ^2)检测结果表明:g.22589443 C>T位点在长顺绿壳蛋鸡群体的基因型分布极显著偏离了Hardy-Weinberg平衡(P<0.01),在黔画乌鸡和威宁鸡群体基因型分布显著偏离了Hardy-Weinberg平衡(P<0.05);g.22589512 C>T突变位点在3个鸡群体基因型分布未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05).连锁不平衡分析结果显示:3个鸡群体IL8RB基因2个SNP位点间不存在强连锁不平衡;2个SNP位点联合共产生3种单倍型和4种双倍型,单倍型H1和双倍型H1H1出现的频率最高,单倍型H3和双倍型H2H2出现的频率最低.生物信息学分析表明:3种单倍型自由能为:TC>CC>CT,稳定性为:CT>CC>TC;2个SNP位点引起氨基酸变化但未引起蛋白质二级结构和三级结构变化.IL8RB基因变异与黔画乌鸡肉品质关联性分析发现,双倍型H1H1个体的肉色指标显著高于H1H3个体(P<0.05),其他各SNP位点及双倍型在各指标之间的差异未达到显著水平(P>0.05).所检测到的这2个SNP位点或许可作为改善鸡肉品质遗传标记,为今后深入研究提供数据参考和理论支持.
关键词
il8rb基因
长顺绿壳蛋鸡
黔画乌鸡
威宁鸡
单核苷酸多态性
生物信息学
Keywords
il
8
rb
gene
Changshun blue-eggshell chicken
Qianhua black-bone chicken
Weining chicken
single nucleotide polymorphism
bioinformatics
分类号
S831.2 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
‘黔画乌鸡’IL8RB基因外显子2变异对胸肌常规肌肉品质的影响
2
作者
向程举
蒋会梅
张依裕
杨远清
吴学树
周艳
杨丹
张贵强
沈杰
刘若余
吴磊
机构
毕节市畜禽遗传资源管理站
贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室
贵州大学家禽研究所
出处
《甘肃农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第2期40-45,53,共7页
基金
贵州省农业动植物育种项目(黔农育专字(2016)024号)
贵州省科技合作计划项目(黔科合LH字[2016]7454号).
文摘
【目的】探研肉鸡IL8RB基因变异对肉质性状的遗传效应.【方法】采用PCR产物直接测序和结合序列比对软件筛查鉴定IL8RB基因外显子2遗传变异,分析其与‘黔画乌鸡’肉质性状的相关性.【结果】在‘黔画乌鸡’IL8RB基因外显子2中发现4个中度多态的同义突变位点g.22589317 C>T、g.22589423 C>T、g.22589485 C>T和g.22589476 T>C,4个SNP位点均产生3种基因型,基因型分布均未偏离Hardy-Weinberg平衡;g.22589317 C>T位点对嫩度的影响达到显著水平(P<0.05),基因型TT个体的嫩度值显著高于基因型CC个体(P<0.05);g.22589423 C>T和g.22589476 T>C位点均对粗脂肪含量的影响达到显著水平(P<0.05),g.22589423 C>T位点的基因型TT个体显著高于基因型CT个体(P<0.05),g.22589476 T>C位点的基因型CC个体显著高于基因型CT和TT个体(P<0.05).【结论】综合各基因型各指标之间的差异,揭示g.22589317C>T位点的CC基因型、g.22589423 C>T位点的TT基因型和g.22589476 T>C位点的CC基因型是改善肉质的有利基因型,可能作为提高肉鸡肌肉品质的分子遗传标记.
关键词
il8rb基因
SNPs鉴定
肌肉品质
黔画乌鸡
Keywords
il
8
rb
gene
SNPs identification
meat quality
Qianhua Black-bone chicken
分类号
S831.2 [农业科学—畜牧学]
下载PDF
职称材料
题名
长顺绿壳蛋鸡IL8RB基因多态性检测
3
作者
吴磊
罗华伦
张依裕
覃媛钰
机构
贵州大学动物科学学院
高原山地动物遗传育种与繁殖省部共建教育部重点实验室
出处
《黑龙江畜牧兽医》
CAS
北大核心
2019年第6期53-55,170,共4页
基金
贵州省科技合作计划项目(黔科合LH字〔2016〕7454号)
文摘
为了提升家禽抗逆性,为生产安全优质禽产品提供参考依据,试验选择长顺绿壳蛋鸡对其IL8RB基因多态性进行检测并采用混合基因池进行PCR扩增,结合直接测序法对IL8RB基因进行单核苷酸多态性(SNP)筛查。结果表明:在长顺绿壳蛋鸡IL8RB基因启动子区g. 22 589 018~g.225 895 571区域检测到5个SNPs位点(g.22 589 318,T<C; g.22 589 424,T<C; g.22 589 468,C>G;g.22 589 477,T<C; g.22 589 486,T<C),基因型CC和等位基因C分别为优势基因型和优势等位基因,其多态信息含量(PIC)只有g.22 589 468一个突变位点呈低度多态,另外4个突变位点呈中度多态,且5个突变位点的等位基因数(Ne)均较为均匀。说明长顺绿壳蛋鸡在自然群体中的遗传多样性较为丰富,应在长顺绿壳蛋鸡的饲养管理、疾病防控、繁殖等方面加强保护,提升其抗逆性。
关键词
il8rb基因
长顺绿壳蛋鸡
单核苷酸多态性
抗逆性
突变位点
分类号
S831.91 [农业科学—畜牧学]
Q786 [生物学—分子生物学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
贵州地方鸡IL8RB基因多态性及其对肉品质的影响
吴磊
覃媛钰
谭光辉
李杰章
张依裕
蒋会梅
杨远清
向程举
《福建农林大学学报(自然科学版)》
CSCD
北大核心
2020
3
下载PDF
职称材料
2
‘黔画乌鸡’IL8RB基因外显子2变异对胸肌常规肌肉品质的影响
向程举
蒋会梅
张依裕
杨远清
吴学树
周艳
杨丹
张贵强
沈杰
刘若余
吴磊
《甘肃农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020
0
下载PDF
职称材料
3
长顺绿壳蛋鸡IL8RB基因多态性检测
吴磊
罗华伦
张依裕
覃媛钰
《黑龙江畜牧兽医》
CAS
北大核心
2019
0
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