抗体信息数据库

抗体是介导体液免疫的重要效应分子。近年来,随着治疗性抗体药物不断上市及其临床应用范围不断拓宽,治疗性抗体已成为生物制药的产业支柱。另一方面,随着抗体相关的基础研究日益深入和抗体序列、结构、功能表位等相关数据大量涌现,作为抗体数据管理、搜索与利用的重要工具,抗体资源库也层出不穷并得到长足发展,在相关的研究、开发、生产与销售中发挥日益重要的作用。本文对包括Kabat、IMGT、ab Ysis等在内抗体信息数据库进行介绍。

T细胞受体(TCR)库及其高通量测序常用分析工具

T细胞受体(TCR)是T细胞识别抗原的关键部分,个体中所有的TCR总和称为TCR库。研究机体健康或患病状态下TCR库的组成及特征有助于我们更好地理解适应性免疫。目前已有大量针对高通量数据的分析工具,分析内容包括基本组成分析和下游功能分析等。抗原特异性T细胞数据库的建立为临床研究提供基础,对TCR库功能特征的分析是重点与难点,但现阶段已发布的下游分析工具还有待更多的实践与验证。我们总结了几种常用的TCR库分析工具,为非生物信息专业的科研人员选择分析工具提供参考。

人免疫球蛋白重链可变区基因的特征分析

目的:分析五类免疫球蛋白重链可变区基因的特征.方法:收集IMGT/LIGM-DB数据库中人类五类Ig重链可变区的基因序列,利用IMGT/HighV-QUEST分析其基因取用、V区AA变化、CDR3氨基酸长度和构成以及连接多样性.结果:IgM、IgG和IgE均较多地取用IGHJ4、IGHV1-69和IGHV5-51,且在IgM、IgG、IgA与IgE中可观察到几个相似的优势V-J配对.IgD具有较高的V区突变,主要体现在FR3区的高突变(AA变化值为7.2±2.4),而IgM的每个结构域的突变均明显低于其他类Ig.此外,IgD具有较高P插入发生率和插入核苷酸数明显多于其他四类Ig.结论:本研究从基因特征上描绘了人类五类Ig相互间的相似性与差异性,这些结果可为抗体工程领域提供重要参考数据.