TB AccuProbe、INNO-LIPA^(TM)RIF.TB探针和rpoβDNA测序三种方法鉴定结核分枝杆菌的研究

目的用 3种先进的技术 -TBAccuProbeDNA杂交法、INNO LIPATMRIF TB(LiPA)探针试验和rpoβDNA基因序列测定的前瞻性研究 ,以鉴定结核分枝杆菌复合物 (MTBC)和非结核分枝杆菌(NTM)及其成本效益。方法在BactecMGIT 96 0培养系统中将获得的 10 5例阳性培养物筛选出 70例MTBC和 35例NTM ,用 3种技术鉴定并检测其rpoβ基因序列突变位点。 结果TBAccuProbe杂交阳性率是 95 7% (6 7/70 ) ,LiPADNA探针阳性率是 98 6 % (6 9/70 ) ,rpoβDNA序列测定阳性率是 97 1% (6 8/70 )。 3种方法两两比较差异在统计学上均无显著意义 (P >0 0 5 )。每份阳性培养物花费时间 :TBAc cuProbe杂交法和LiPADNA探针法在 2 4小时内完成 ,全部完成需 6～ 37天 ,平均为 15天 ;rpoβ基因序列测定需 4～ 5天完成 ,全部完成需 8～ 4 0天 ,平均 17天。比传统的 4～ 8周鉴定时间减少了很多。每份标本所需费用 3种方法各为 12 0、194和 96元。在 35例NTM中 ,3种方法均为MTBC阴性 ,同时rpoβDNA序列测定鉴定了NTM的种类。结论TBAccuProbe杂交和LiPADNA探针操作简便 ,所需时间短 ,只能鉴定MTBC和NTM。但LiPADNA探针还能鉴定rpoβ基因位点突变 ;rpoβ基因序列测定所需时间稍长 ,要有特定仪器和专门人员 ,但所需费用较低 ,除能鉴定MTBC外 。

采用Inno-Lipa HBV DR测定法在非活动性HBV携带者中检测到YMDD变异株

背景：HBV聚合酶突变尤其是出现在高保守性YMDD区域是与拉米夫定耐药性有关的。尽管第二次使用拉米夫定会经常出现这些突变，但也可能是自然发生的突变。本研究目的是测定非活动性HBV携带者中自然发生YMDD变异株的发生率。

内蒙古地区蒙古族妇女子宫颈鳞癌组织中人乳头瘤病毒的基因分型

目的回顾性分析内蒙古地区蒙古族妇女子宫颈鳞癌标本中人乳头瘤病毒(HPV)感染率与型别分布,为蒙古族妇女子宫颈癌的预防提供相关信息。方法运用线形探针反向杂交技术检测标本中的HPV基因型别。结果63例蒙古族子宫颈癌患者的子宫颈鳞癌蜡块组织标本中HPV总感染率为93·7%,HPV阳性率在不同临床分期与不同病理组织学分级的子宫颈鳞癌组织间差异无显著性(P>0·05),HPV16亚型在不同年龄分组中的感染率差异无显著性(P>0·05)。感染率居前5位的是:HPV16(69·8%)、HPV18(4·8%)、HPV31(4·8%)、HPV39(4·8%)和HPV52(3·2%)。结论HPV感染与蒙古族妇女患子宫颈鳞癌密切相关,HPV16型是蒙古族妇女子宫颈鳞癌的主要感染型别,HPV18、31、39型位居其后。HPV感染对蒙古族妇女子宫颈鳞癌的进展以及组织分化无影响。

DNA测序与线性反向探针杂交法检测HBV P基因耐药突变的比较

目的建立和优化扩增慢性乙型肝炎患者血清HBV P基因的PCR方法,比较DNA测序法与线性反向探针杂交法检测HBV基因突变情况,并对耐药相关基因突变及其意义进行分析。方法采用巢式PCR法扩增93例慢性乙型肝炎患者血清HBV P基因反转录酶区,对PCR产物进行DNA测序,采用Bioedit6.0.5、SeqmanTMⅡ、EditSeq TM和Me-gAlign软件分析结果;同时随机抽取40份血清进行线性反向探针杂交,比较两者的检测结果,并对11个已知耐药相关突变位点进行分析。结果在93份标本中DNA序列测定法检测到碱基突变113个,其中与LAM相关突变50份(53.78%),与ADV相关突变6份(6.46%),与LdT相关突变3份(3.23%),与ETV相关突变3份(3.23%);在40份血清中与线性反向探针杂交检测结果一致的突变为87.5%(35/40),氨基酸位点一致为98.0%(431/440)。此外,还检测到V84I、S85C、A181S、L229W、N238T等与耐药相关的突变位点。结论应用线性反向探针杂交检测虽然比较快捷,但其价格昂贵且只能检测已知常见的变异位点;建立在巢式PCR基础上的DNA序列测定法敏感性与线性反向探针杂交法相当,两者检测结果有较高的符合率,但似可检出更多的耐药相关突变。

特异性引物聚合酶链反应乙型肝炎病毒基因分型法的建立及应用

目的应用型特异性引物聚合酶链反应法(PCR)进行乙型肝炎病毒基因分型并分析该法的可靠性。方法应用型特异性引物PCR和INNO-LiPA分别对深圳、长春、北京152份HBV DNA阳性慢性乙型肝炎患者的血清标本进行了基因型分型,对该两种分型法不一致的血清标本再进行S区基因测序分型,以确定该两法的可靠性。结果型特异性引物PCR和INNO-LiPA的总符合率为86．8％(132／152),不一致率为13．2％(20／152)。型特异性引物PCR检测到81份(53．3％)B型;58份(38．2％)C型;13份(8．5％)B+C型混合感染,未检出其他基因型或混合感染的基因型。INNO-LiPA检测到74份(48．7％)B型;61份(40．1％)C型;5份(3．3％)B+C型混合感染;另检出3份(2．0％)A +B型混合感染;1份(0．7％)B+E型混合感染;1份(0．7％)C型与D型,1份(0．7％)D型感染,3份(2．0％)B／C／D型及3份未能分型。20份两法分型不一致的标本中,6份无剩余血清,对其余14份进行了S区基因测序分型,结果型特异性引物PCR与S区基因测序分型法的符合率为71．4％(10/14),而INNO-LiPA与S区测序法的符合率仅为7．1％(1／14),前者明显高于后者(P<0．05)。结论型特异性引物PCR和INNO-LiPA均可鉴定HBV基因型,但前者较为简便和可靠,且费用较低,可用于临床标本的检测和流行病学调查。

两种不同人乳头瘤病毒核酸检测试剂的性能比较

目的评价Cobas4800和INNO-LiPA两种人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)核酸检测试剂检测宫颈脱落细胞样本中14种高危型HPV(high-risk HPV,HR-HPV)的一致性。方法采用Cobas4800和INNO-LiPA两种HPV核酸检测试剂,分别对收集的489份宫颈脱落细胞样本进行一对一检测。通过计算κ值和配对χ~2检验比较2种试剂检测14种HR-HPV的特异性、灵敏度和一致率。结果Cobas4800和INNO-LiPA两种核酸检测试剂,检测HPV16和HPV18的一致性较好,总符合率为94.4%和97.3%(κ>0.8,P>0.1);检测其他12种HR-HPV的一致性为83.44%(κ=0.670,P<0.001)。进一步分析检测结果不一致样本,发现INNO-LiPA试剂比Cobas4800试剂检出更多的HR-HPV型别(HPV52、HPV58和HPV68)。结论Cobas4800和INNO-LiPA两种HPV核酸检测试剂,检测HPV16和HPV18的一致性较高。在检测其他12种HR-HPV型别上,INNO-LiPA的灵敏度优于Cobas4800。