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苹果IRAP反应体系的建立和指纹图谱构建
被引量:
4
1
作者
周军永
孙其宝
+1 位作者
孙俊
王昆
《安徽农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第3期558-563,共6页
利用已获得的苹果Ty1-copia类逆转座子LTRs建立了苹果逆转座子间扩增多态性(IRAP)技术体系,对影响IRAP-PCR扩增结果的若干因子进行了研究。优化的反应体系包含:2.5μL10×buffer,50 ng模板DNA,2.5mmol.L-1Mg2+,0.2 mmol.L-1dNTPs,0....
利用已获得的苹果Ty1-copia类逆转座子LTRs建立了苹果逆转座子间扩增多态性(IRAP)技术体系,对影响IRAP-PCR扩增结果的若干因子进行了研究。优化的反应体系包含:2.5μL10×buffer,50 ng模板DNA,2.5mmol.L-1Mg2+,0.2 mmol.L-1dNTPs,0.4μmol.L-1引物,1 UTaqDNA聚合酶,反应体积为25μL;优化的PCR扩增程序为:94℃2 min;94℃1 min,退火1 min,72℃2 min,循环35次;72℃延伸10 min;退火温度根据引物温度设定。该IRAP体系分别用于‘元帅’和‘富士’的短枝和着色芽变指纹图谱的分析,构建的指纹图谱可以作为芽变鉴定的依据,表明这些突变可能系逆转座子转座插入或逆转座子间重组所致。
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关键词
苹果
逆转座子
irap-pcr
指纹图谱
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职称材料
香菇反转录转座子间扩增多态性(IRAP)PCR反应体系的研究
被引量:
4
2
作者
肖扬
李黎
+1 位作者
刘伟
边银丙
《中国农学通报》
CSCD
北大核心
2009年第7期47-51,共5页
为了开发香菇反转录转座子间扩增多态性标记(IRAP),建立稳定的IRAP-PCR反应体系,对影响IRAP-PCR的主要因素进行了优化筛选。确定了最佳反应体系为:20μl反应体系中,包含30ng模板DNA,0.30μmol/L引物,0.3mmol/L dNTPs,2.0mmol/L Mg2+及0....
为了开发香菇反转录转座子间扩增多态性标记(IRAP),建立稳定的IRAP-PCR反应体系,对影响IRAP-PCR的主要因素进行了优化筛选。确定了最佳反应体系为:20μl反应体系中,包含30ng模板DNA,0.30μmol/L引物,0.3mmol/L dNTPs,2.0mmol/L Mg2+及0.75UTaq酶。梯度PCR试验筛选得到的最佳退火温度为56.1℃。采用上述最佳反应体系和引物LTR1L-MarY1L对香菇18个菌株进行了IRAP-PCR扩增,验证了该体系的可靠性。
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关键词
香菇
反转录转座子
irap-pcr
体系优化
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职称材料
鸡MyD88、TRIF和TIRAP基因荧光定量PCR检测方法的建立
3
作者
周作勇
聂奎
+3 位作者
王芝英
秦波
郭智莉
周雪梅
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第1期66-69,共4页
为对鸡髓样分化因子88(MyD88)、包含TIR结构域的IFN诱导连接蛋白(TRIF)和包含Toll/IL-1的接头蛋白(TIRAP)基因的进行定量检测,本研究参考鸡MyD88、TRIF和TIRAP基因序列,设计并合成特异性引物,以β-actin为内参基因,建立检测对应基因的...
为对鸡髓样分化因子88(MyD88)、包含TIR结构域的IFN诱导连接蛋白(TRIF)和包含Toll/IL-1的接头蛋白(TIRAP)基因的进行定量检测,本研究参考鸡MyD88、TRIF和TIRAP基因序列,设计并合成特异性引物,以β-actin为内参基因,建立检测对应基因的实时荧光定量PCR方法。结果表明,4个基因的扩增效率为96.7%~102%,相关系数均在0.997以上;特异性强,扩增产物均形成单一的特异性熔解峰;敏感性高,可以检测到对应基因达10-13 g/mL;重复性好,变异系数均在1.5%以下。本研究所建立的荧光定量PCR方法可用于鸡MyD88、TRIF和TIRAP基因表达研究。
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关键词
鸡
MYD88
TRIF
TIRAP
实时荧光定量PCR
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职称材料
题名
苹果IRAP反应体系的建立和指纹图谱构建
被引量:
4
1
作者
周军永
孙其宝
孙俊
王昆
机构
安徽农业大学园艺学院
安徽省农业科学院园艺研究所
中国农业科学院果树研究所
出处
《安徽农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第3期558-563,共6页
基金
国家自然科学基金项目(30740034)
安徽农业大学稳定与引进人才科研启动专项基金(wd2006-8)共同资助
文摘
利用已获得的苹果Ty1-copia类逆转座子LTRs建立了苹果逆转座子间扩增多态性(IRAP)技术体系,对影响IRAP-PCR扩增结果的若干因子进行了研究。优化的反应体系包含:2.5μL10×buffer,50 ng模板DNA,2.5mmol.L-1Mg2+,0.2 mmol.L-1dNTPs,0.4μmol.L-1引物,1 UTaqDNA聚合酶,反应体积为25μL;优化的PCR扩增程序为:94℃2 min;94℃1 min,退火1 min,72℃2 min,循环35次;72℃延伸10 min;退火温度根据引物温度设定。该IRAP体系分别用于‘元帅’和‘富士’的短枝和着色芽变指纹图谱的分析,构建的指纹图谱可以作为芽变鉴定的依据,表明这些突变可能系逆转座子转座插入或逆转座子间重组所致。
关键词
苹果
逆转座子
irap-pcr
指纹图谱
Keywords
apple
retrotransposon
irap-pcr
fingerprinting
分类号
S661.1 [农业科学—果树学]
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职称材料
题名
香菇反转录转座子间扩增多态性(IRAP)PCR反应体系的研究
被引量:
4
2
作者
肖扬
李黎
刘伟
边银丙
机构
华中农业大学应用真菌研究所
出处
《中国农学通报》
CSCD
北大核心
2009年第7期47-51,共5页
基金
农业部公益性行业(农业)科研专项项目"食用菌菌种质量评价与菌种信息系统研究与建立"(nyhyzx07-008)
农业部948项目"食用菌优异种质与优质安全生产技术引进与创新"(2006-G11(3)-7)。
文摘
为了开发香菇反转录转座子间扩增多态性标记(IRAP),建立稳定的IRAP-PCR反应体系,对影响IRAP-PCR的主要因素进行了优化筛选。确定了最佳反应体系为:20μl反应体系中,包含30ng模板DNA,0.30μmol/L引物,0.3mmol/L dNTPs,2.0mmol/L Mg2+及0.75UTaq酶。梯度PCR试验筛选得到的最佳退火温度为56.1℃。采用上述最佳反应体系和引物LTR1L-MarY1L对香菇18个菌株进行了IRAP-PCR扩增,验证了该体系的可靠性。
关键词
香菇
反转录转座子
irap-pcr
体系优化
Keywords
Lentinula edodes, retrotransposon,
irap-pcr
, system optimization
分类号
S646.12 [农业科学—蔬菜学]
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职称材料
题名
鸡MyD88、TRIF和TIRAP基因荧光定量PCR检测方法的建立
3
作者
周作勇
聂奎
王芝英
秦波
郭智莉
周雪梅
机构
西南大学荣昌校区动物医学系
西南大学蚕学与系统生物研究所
西南大学动物科技学院
出处
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第1期66-69,共4页
基金
西南大学青年基金资助项目(QNRC200804)
文摘
为对鸡髓样分化因子88(MyD88)、包含TIR结构域的IFN诱导连接蛋白(TRIF)和包含Toll/IL-1的接头蛋白(TIRAP)基因的进行定量检测,本研究参考鸡MyD88、TRIF和TIRAP基因序列,设计并合成特异性引物,以β-actin为内参基因,建立检测对应基因的实时荧光定量PCR方法。结果表明,4个基因的扩增效率为96.7%~102%,相关系数均在0.997以上;特异性强,扩增产物均形成单一的特异性熔解峰;敏感性高,可以检测到对应基因达10-13 g/mL;重复性好,变异系数均在1.5%以下。本研究所建立的荧光定量PCR方法可用于鸡MyD88、TRIF和TIRAP基因表达研究。
关键词
鸡
MYD88
TRIF
TIRAP
实时荧光定量PCR
Keywords
chicken
MyD88
TRIF
IRAP
real-time fluorescent quantitative PCR
分类号
S852.6 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
苹果IRAP反应体系的建立和指纹图谱构建
周军永
孙其宝
孙俊
王昆
《安徽农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010
4
下载PDF
职称材料
2
香菇反转录转座子间扩增多态性(IRAP)PCR反应体系的研究
肖扬
李黎
刘伟
边银丙
《中国农学通报》
CSCD
北大核心
2009
4
下载PDF
职称材料
3
鸡MyD88、TRIF和TIRAP基因荧光定量PCR检测方法的建立
周作勇
聂奎
王芝英
秦波
郭智莉
周雪梅
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011
0
下载PDF
职称材料
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