IRF6基因多态性位点与新疆维吾尔族、汉族非综合征性唇腭裂的相关性研究

目的研究干扰素调节因子6(IRF6)基因rs2235371和rs2235375位点单核苷酸多态性(SNP)与新疆维吾尔族、汉族非综合征性唇腭裂的关系,并探讨两位点在维吾尔族、汉族两个民族内和民族间基因型和等位基因型的频率差异。方法在流行病学调查的基础上,按照卫生部《中国妇幼卫生监测工作手册》出生缺陷诊断标准,同时参照国际疾病分类第10次修订本(ICD-10)进行唇腭裂诊断,选取100例非综合征性唇腭裂(NSCL/P)患者作为NSCL/P组(维吾尔族50例,汉族50例),对照组100例(维吾尔族50例,汉族50例),运用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术来分析IRF6基因的多态性,检验基因型分布是否符合哈迪-温伯格平衡(HWE),分析基因型和等位基因型频率及其在两民族内和民族间频率分布的差异性。结果两位点基因型频率分布符合HWE(P>0.05),IRF6基因的rs2235371位点等位基因C和T频率及rs2235375位点GG基因型和等位基因G和C频率在NSCL/P组和对照组比较,分布差异均具有统计学意义(P<0.05)。维、汉两民族内,IRF6基因的rs2235371位点维族中TT基因型和汉族中CC和CT基因型分布差异有统计学意义(P<0.05);IRF6基因的rs2235375位点维族中等位基因G和C和汉族中GG基因型和等位基因G和C分布差异有统计学意义(P<0.05)。维、汉两民族间,IRF6基因型的rs2235371位点,NSCL/P组中维族CC和TT基因型和等位基因C的频率高于汉族,两民族间CT和TT基因型分布差异有统计学意义(P<0.05)。rs2235375位点NSCL/P组中维族CC和等位基因G的频率均高于汉族,维、汉两民族间CC基因型和等位基因G和C的分布差异有统计学意义(P<0.05)。结论新疆维吾尔族、汉族NSCL/P与IRF6基因的rs2235371位点等位基因C及rs2235375位点GG基因型及等位基因G存在相关性。

一个陕西汉族Van der Woude综合征家系IRF6基因的突变筛查

目的 对一个陕西省汉族VanderWoude综合征(VWS)家系进行IRF6基因的突变筛查。方法 在 IRF6(interferonregulatoryfactor6)基因内设计引物,经分段PCR(聚合酶链反应)包括剪切位点的9个外显子后 DNA测序进行突变筛查,运用PIX ProteinIdentification软件对检测结果进行蛋白二级结构分析。结果 在所有患 者IRF6基因的第2密码子发现与表型一致的GCC>GTC(r.268c→tNM214278)的突变,该突变引起IRF6蛋白二 级预测结构的改变。结论 该家系VanderWoude综合征由IRF6基因突变引起,IRF6基因与唇腭、牙齿发育密切 相关。

一个范德伍德综合征家系的IRF6基因突变检测

目的:对收集的1个湖北Van der Woude综合征(VWS)家系进行临床和遗传特点分析,并进行IRF6基因的突变检测。方法:通过先证者及现场家系调查、临床检查和系谱分析收集VWS家系。在IRF6基因的外显子-内含子接头及9个外显子编码区分别设计引物,经聚合酶链式反应扩增并纯化后直接测序。结果:收集的VWS家系符合常染色体显性遗传特征,家系受累患者共3名(1名男性和2名女性),患者表现为典型的下唇瘘管或凹陷,且合并有唇腭裂和先天缺牙。患者表型在同一家系内有明显差异,且呈逐代加重趋势。在所有患者IRF6基因第412位密码子发现与表型一致的CGA>TGA(c.1234C>T)改变,经查证为一个已知的无义突变。结论:该VWS家系疾病表现度极不一致,是由IRF6基因的1个已知无义突变导致,IRF6是参与颌面部发育的重要基因。

中国人群非综合征性唇腭裂患者IRF6基因突变检测

目的:探讨干扰素调节因子6(interferon regulatory factor 6,IRF6)在非综合征性唇腭裂(non-sydromic cleft lip and/or cleft palate,NSCL/P)患者中的突变情况。方法:收集119例NSCL/P患者及288名健康人对照样本的外周血血样并提取DNA。在IRF6基因的全部外显子分别设计引物,PCR扩增其序列,通过测序找出IRF6基因突变,并将这些突变在对照样本中进行验证。结果:共发现5种在正常人中没有的突变,其中4种是新发现的突变。结论:IRF6基因突变在中国人群中参与了非综合征唇腭裂疾病的发生。

外源性TGFβ3细胞因子对培养腭突IRF6基因沉默的拮抗作用

目的研究外源性TGFβ3对IRF6基因表达下调后腭突发育融合的影响,并探讨其分子机制。方法取GD13.5天的胚胎腭突,进行腭突器官培养后进行IRF6基因沉默,并随机分为对照组和实验组。实验组在培养24h后分别添加10 ng/ml、50 ng/ml、80 ng/ml和100ng/ml TGFβ3细胞因子,对照组未添加TGFβ3细胞因子。应用HE染色观察腭突融合,荧光Real-Time PCR检测IRF6 RNA表达的变化,Western blot检测IRF6蛋白的表达变化。结果 RT-PCR和Western blot显示对照组及10ng/mlTGFβ3实验组对IRF6基因表达几乎没有影响,腭突中嵴上皮持续存在,腭突未融合。50ng/ml、80ng/ml及100ng/ml TGFβ3组的IRF6 mRNA及蛋白表达随TGFβ3剂量增加而增加。50、80和100ng/ml TGFβ3实验组腭突中嵴上皮完全消失,两侧腭突融合。结论 TGFβ3与IRF6存在正向调控作用,TGFβ3可逆转IRF6沉默导致的腭裂。

IRF6基因变异所致van der Woude综合征一个家系的遗传学分析

目的探讨1个van der Woude综合征(VWS)家系的遗传学特征,并为其提供生育指导。方法选取2020年5月因"2次唇腭裂儿妊娠史"在南京鼓楼医院就诊的1例先证者及其家系成员为研究对象。应用家系全外显子组测序(trio-WES)对先证者及其父母进行致病变异筛选,针对候选致病变异进行Sanger测序家系验证(4代共8人)和生物信息学分析。对该家系中的胎儿进行染色体微阵列分析(CMA)以排除拷贝数变异。结果Trio-WES发现先证者及其父亲携带IRF6: c.742G>T(p.G248C)杂合变异,其母亲该位点为野生型。该变异为错义变异,位于重要的蛋白质功能结构区,在正常参考人群基因数据库中未见报道,多种软件预测该变异影响蛋白质结构/功能的可能性较大,与该家系中患者特异性表型高度相关,且Sanger测序结果显示家系中8名成员(包括3名患者)的基因型与表型共分离。依据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南,评估为可能致病性变异(PM1+PM2_Supporting+PP1+PP3+PP4)。据此结果对先证者进行植入前遗传学诊断,生育表型正常后代,位点检测及CMA均未见异常。结论本研究明确了IRF6 c.742G>T(p.G248C)杂合变异为该家系的遗传学病因,并为先证者提供了生育指导。

Van der Woude综合征家系IRF6基因突变分析

目的研究Van der Woude综合征(Van der Woude syndrome,VWS)干扰素调节因子6(interferonregulatoryfactor6,IRF6)基因突变。方法提取3个VWS家系成员基因组DNA,聚合酶链反应扩增IRF6基因9个外显子及其侧翼内含子序列,直接测序对患者IRF6基因进行突变的检测。结果在3个家系患者IRF6基因中共发现国际上尚未报道的3个突变无义突变981(T→A)(Cys327X)和1234(C→T)(Arg412X);错义突变1214(T→C)(Met405Thr)。结论IRF6基因突变可能是VWS发病原因。

1例腘窝翼状蹼综合征患儿及家属IRF6基因突变的检测

目的对收集的腘窝翼状蹼综合征(popliteal ptergium syndrome,PPS)患儿及家属进行临床表现分析,并进行IRF6基因的突变检测,提高对该疾病的认识。方法通过对就诊于2015年哈尔滨医科大学附属第二医院的1例PPS患儿及家属进行调查、临床检查和系谱分析,并总结患儿临床资料。在IRF6基因内设计引物扩增编码区及其邻近剪接内含子序列,经分段PCR和DNA测序对比,检测IRF6基因突变情况。结果收集的PPS家系符合常染色体显性遗传特征,先证者及其母亲均患有唇(腭)裂、双侧腘窝赘肉及外阴发育畸形。患儿及其母亲IRF6基因外显子4发现c.251G>A(编码区第251号核苷酸由G变为A)的杂合核苷酸变异,该变异导致第84号氨基酸由Arg变为His(p.Arg84His),为错义变异。结论发现病例及家属IRF6基因存在突变,在第4外显子发现c.251G>A突变,该错义突变可能是PPS的致病因素,可为基因诊断和遗传咨询提供参考依据。

邯郸地区非综合征唇腭裂患儿发生率及其与环境因素和IRF6基因多态性的相关性研究

目的分析邯郸地区非综合征唇腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)患儿发生率及其与环境因素和IRF6基因多态性的相关性。方法对2016年3月-2018年4月产科新生儿22460例临床资料进行回顾性分析,统计唇腭裂发生情况。并采用单因素分析和多因素Logistic回归分析影响新生儿发生唇腭裂的影响因素。结果①在22460例新生儿中,NSCL/P有48例,占比2.13‰,其中,单纯性唇裂15例,占比31.25%,腭裂12例,占比25.00%,唇腭裂21例,占比33.33%。;②所有患儿及其父母与健康组基因型频率分布经检验均符合HW平衡,NSCL/P组中单纯性唇裂与唇腭裂rs642961位点的AA基因频率明显高于健康组,数据间差异具有统计学意义(P<0.05);③父亲吸烟、母亲吸烟、母亲被动吸烟、母亲孕期具有疾病史与服药史、未补充维生素与叶酸等环境因素中新生儿NSCL/P的发病率明显增高(P<0.05);④母亲吸烟、母亲被动吸烟、母亲孕期具有疾病史与服药史、未补充维生素与叶酸等环境因素是影响新生儿发生NSCL/P的独立危险因素(P<0.05)。结论 IRF6基因rs642961位点的变异可诱发NSCL/P的发生,同时,母亲吸烟与被动吸烟、母亲孕期具有疾病史与服药史、未补充维生素与叶酸等环境因素可增加NSCL/P发病的风险。

IRF6、ENPP1基因在新疆维吾尔族、汉族人群中单核苷酸多态性位点的分布特征

目的:研究焦磷酸合成酶1(ENPP1)基因及干扰素调节因子6(IRF6)基因中rs642961、rs6925433及rs7773292位点多态性位点在新疆维吾尔族及汉族人群中的单核苷酸多态性分布特征及是否发生连锁不平衡。方法:通过PCR技术及双脱氧末端终止测序法对样本的3个SNP位点基因型进行测绘分型,并通过SHEsis软件进行维、汉人群间连锁不平衡分型及单倍体型分析。结果:rs642961位点在维吾尔族人群及汉族人群中都以GG型为主,汉族人群中GG型占的比例更高,AA型所占比例更低,差异具有统计学意义(χ~2=13.010,P=0.006);LD分析显示rs6925433与rs7773292位点间存在一定程度的连锁不平衡(D’=0.846,r^2=0.672),3个SNP位点共组成了8种单倍体型,汉族人群单倍体型5的构成比例高于维吾尔人群,维吾尔人群单倍体型1的构成高于汉族族人群,差异均具有统计学意义(P=0.000223/0.000131)。结论:新疆喀什地区维吾尔族人群与乌鲁木齐汉族人群rs642961位点基因多态性分布特征不同,rs6925433与rs7773292位点间存在一定程度的连锁不平衡。

早孕期胎儿唇腭裂的超声筛查及其与干扰素调节因子6基因多态性的相关性研究

目的 探讨超声诊断早孕期胎儿唇腭裂的价值及干扰素调节因子6(IRF6)基因多态性与胎儿唇腭裂的相关性.方法 2017年7月1日至2018年12月31日在广州市番禺区中心医院超声科对1 659例11~13+6周的胎儿行颈项透明层厚度(NT)测量,检查胎儿颜面部结构,利用下颌骨弓横切面头侧偏移法,依次扫查胎儿正中矢状切面,下颌骨弓横切面、上唇斜冠状切面、鼻后三角切面,诊断早孕期胎儿唇腭裂.采用聚合酶链反应?限制性酶切片段长度多态性(PCR?RFLP)方法检测5例唇腭裂的胎儿IRF6基因V274I位点单核苷酸多态性(SNP).结果 1 659例胎儿中4个切面均可显示率为95.0%(1 576/1 659),共发生唇腭裂20例,发病率为1.2%(20/1 659),符合率75%(15/20),漏诊率25% (5/20).PCR?RFLP结果显示,2例唇腭裂的胎儿IRF6基因V274I位点发生变异,突变频率为3.2%.结论 利用下颌骨弓横切面头侧偏移法诊断早孕期胎儿唇腭裂是简单、有效和可行的.胎儿唇腭裂IRF6基因多态性变异的关系有待进一步研究.

一个非综合征型唇腭裂家系的致病基因鉴定

目的对一个非综合征型唇腭裂家系进行分子遗传学研究,探寻其致病原因。方法对该家系成员进行详细的体格检查和既往史调查,排除综合征型唇腭裂。对该家系1例患儿的基因组DNA进行全外显子组测序及生物信息学分析。筛查到候选致病基因突变位点后,采用Sanger测序对该家系成员及100名健康对照个体进行共分离分析和人群验证分析。结果全外显子组测序及疾病共分离分析显示,该家系患者IRF6基因第4外显子存在c.253A>G(p.Cys85Arg)变异,且该突变未在健康对照个体中检出,文献尚未见报道。结论IRF6基因第4外显子c.253A>G错义变异是导致该家系发病的原因。