胃癌中IRX1的表达与启动子区甲基化的相关性

目的探讨胃癌中同源盒基因IRX1的表达与启动子区甲基化修饰之间的关系。方法生物信息学软件分析IRX1基因启动子区;RT-PCR检测胃癌细胞株及手术切除胃癌组织IRX1基因mRNA表达水平;MSP及BSP法检测启动子区甲基化状态;检测去甲基化试剂5-杂氮-2’-脱氧胞苷的干预对胃癌细胞IRX1基因表达的逆转效应。结果经生物信息学预测IRX1基因转录起始点上游启动子区富含CpG岛;胃癌细胞株及胃癌组织IRX1基因表达有不同程度下调;MSP及BSP检测显示所有胃癌细胞株启动子区呈高甲基化状态;经5-Aza-CdR处理的细胞株IRX1基因的表达有不同程度上调。结论胃癌中IRX1基因的表达下调与启动子区甲基化修饰有一定关系,为探讨IRX1基因作为去甲基化治疗靶点的可能性提供了实验数据。

胃癌中IRX1基因的表达及生物信息学功能预测

目的:研究胃癌中同源盒基因IRX1的表达并分析该基因的结构与功能特征。方法:从NCBI基因数据库中提取IRX1基因(NM-024337)编码序列及5'端转录起始点上、下游各3,000bp,利用生物信息学程序进行基因结构与蛋白同源性分析;对7株人胃癌体外培养细胞株及57例胃癌采用半定量RT-PCR方法检测IRX1基因mRNA表达。结果:IRX1基因转录起始点上游富含CpG岛;基因编码蛋白质含有HOX与IRO两个模序,3'端第400～450氨基酸为富含脯氨酸区域;IRX1～IRX6为高度同源性蛋白。7株胃癌细胞株中4株IRX1表达消失,3株表达降低。57例正常胃粘膜有IRX1mRNA表达,但对应的胃癌组织中20例(35.09%)mRNA表达下降,其中肠型胃癌占65%。结论:IRX1基因在胃癌中呈不同程度的表达下调,并与胃癌的形态学表型,尤其是肠型胃癌明显相关。IRX1基因转录起始点上游存在高甲基化结构基础。

猫叫综合征患儿1例并文献复习

本文报道1例5号染色体短臂末端微缺失导致的猫叫综合征患儿的临床表现、辅助检查、实验室检测及基因检测结果,并进行文献复习为疾病诊疗提供参考依据。患儿,女,6月龄,因“猫样哭声、生长迟缓、喂养困难”入院,经全外显子高通量测序确认染色体5p15.31-5p15.33上存在约6.29 Mb的拷贝数缺失。文献复习提示新发突变为该病发生的主要原因,基因型与表型相关分析表明,TERT、IRX1基因的缺失与患儿生长发育迟缓和神经发育迟缓密切相关。

IRX1基因在肝癌中的表达及其临床意义

目的探讨易洛魁家族同源盒基因IRX1(Iroquois homebox gene)在肝癌中的表达及其临床意义。方法收集82份肝癌组织(高分化26份,Edmondson分级Ⅰ级;中分化25份,Edmondson分级Ⅰ-Ⅱ和Ⅱ级;低分化31份,Edmondson分级Ⅱ-Ⅲ和Ⅲ级)和11份正常或良性疾病非癌组织标本,采用实时荧光定量PCR(Q-PCR)和Western blot检测各组肝脏组织中IRX1的表达,免疫组织化学法检测IRX1在肝脏组织中的定位及临床特征。结果肝癌组织中IRX1基因和蛋白的表达均明显高于非癌对照组(P<0.05),且其表达量与肿瘤的分化程度相关,肿瘤分化程度越低,其表达量越高(P<0.05)。IRX1在肝癌组织中的阳性表达率明显高于非癌对照组(P<0.05),且伴随着肿瘤分期增加和分化程度的降低,IRX1阳性率越高,但IRX1阳性率与HBV感染以及伴随肝硬化情况无明显相关性(P>0.05)。IRX1染色阳性的高分化肝癌组织中,68.2%定位于细胞质,18.2%定位于细胞核,13.6%胞质和胞核均阳性;IRX1染色阳性的低分化肝癌组织中,胞质胞核均阳性的增加至65.5%。结论IRX1可能参与调控肝癌的发生发展过程,IRX1的表达与肝癌的分化程度有关,提示IRX1可作为判断肝癌预后、分化程度以及肿瘤靶向分子治疗的指标。

易洛魁家族同源盒基因IRX1在胶质瘤中的表达研究

目的:探讨易洛魁家族同源盒基因IRX1(Iroquois homeobox gene)在胶质瘤中的表达及其临床意义。方法:收集4位胶质瘤患者的胶质瘤组织和癌旁/正常组织各1例,收集54例胶质瘤组织(WHO Ⅰ级5例,Ⅱ级16例,Ⅲ级14例,Ⅳ级19例),采用PCR方法检测IRX1基因在胶质瘤细胞(U87、U373、LN229和T98G)中的表达,Western Blot检测4组同一患者来源的胶质瘤组织中IRX1的表达,免疫组织化学法(IHC)检测IRX1在胶质瘤组织中的表达及临床特征。结果:PCR结果表明以正常脑组织为对照,IRX1基因在多种胶质瘤细胞中均有表达(P<0.05);Western Blot结果显示IRX1蛋白在胶质瘤组织中的表达显著高于癌旁组织或正常组织(P<0.05);IHC结果显示IRX1蛋白在良性胶质瘤组织中主要定位于胞浆,而在恶性胶质瘤组织中定位于细胞核,且其表达量与胶质瘤的恶性程度相关,恶性程度越高,其在细胞核中的表达量越高(P<0.05)。结论:IRX1可能参与调控恶性胶质瘤的发生发展过程,IRX1的表达与胶质瘤的恶性程度有关,暗示了IRX1可作为判断胶质瘤预后以及肿瘤靶向分子治疗的指标。

酵母单杂交体系筛选胃cDNA文库中IRX1的核心启动子结合蛋白

目的 以IRX1基因启动子为诱饵,在胃cDNA文库内钓取与之相互作用的蛋白质.方法 构建IRX1启动子诱饵报告基因质粒并转化酵母单杂交（Y1H）Gold酵母获得诱饵基因酵母菌;抽提人胃组织总RNA,逆转得到cDNA文库,文库片段为0.3～2.5 Kb,作为猎物与线性化pGADT7-Rec文库质粒共转染诱饵酵母菌.结果 对胃cDNA文库的筛选效率达到3×106,从人胃组织cDNA文库共钓取到8个阳性克隆,测序分析获得3个具有完整开放读码框（ORF）的基因,其编码蛋白均含锌指结构域.结论 以酵母单杂交筛选文库方法得到与IRXI基因启动子序列相互作用蛋白质,为探讨IRX1基因的转录调控机制奠定了基础.