褐苞薯蓣ISSR-PCR反应体系的建立与优化

通过单因素考察结合正交试验的方法,基于反应体系中Taq DNA聚合酶量、DNA模板用量、dNTPs浓度、引物浓度、Mg^(2+)浓度等因素对简单重复序列间扩增(ISSR)反应体系进行优化。结果表明,褐苞薯蓣ISSR-PCR的20μL最佳反应体系为Taq DNA聚合酶1. 875 U,DNA模板量52. 5 ng,d NTPs浓度0. 25 mmol/L,引物浓度0. 437 5μmol/L,Mg^(2+)浓度1. 5 mmol/L,10×Taq Buffer 2. 0μL,其余用dd H_2O补齐。

基于ISSR分子标记的黄花倒水莲遗传多样性分析

旨在揭示黄花倒水莲资源的遗传多样性,分析其遗传差异,为黄花倒水莲的良种选育提供理论基础。以荷包山桂花居群为外类群,利用简单重复序列间扩增(Inter simple sequence repeat,ISSR)分子标记对来源于10个地区的黄花倒水莲自然居群进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果显示,用11条引物共扩增得到132条条带,其中91条为多态性条带(PPB),多态性条带比例为68.94%。在物种水平上,黄花倒水莲10个居群的Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon多样性指数(I)分别为0.1637、0.2501,表现出较高的遗传多样性,而在居群水平上,H、I的均值分别为0.0634、0.0988,表现出偏低的遗传多样性。Nei’s遗传多样性和分子方差分析(AMOVA)结果表明,黄花倒水莲的遗传变异主要发生在居群间,遗传分化程度较高(基因分化系数=0.6109,基因流=0.3185)。遗传一致度及聚类分析结果显示,黄花倒水莲各居群间的亲缘关系较近(遗传距离为0.032~0.182),与荷包山桂花居群的亲缘关系较远(遗传距离为0.428~0.536),在遗传一致度为0.630处可以将黄花倒水莲与荷包山桂花区分开,在遗传一致度为0.867处可以将10个黄花倒水莲居群分为3类。由于黄花倒水莲居群水平上的遗传多样性水平较低,今后应对黄花倒水莲野生资源进行合理利用与保护。

应用ISSR分子标记评价我国丝瓜种质资源遗传多样性

应用简单重复序列间扩增(ISSR)对73份丝瓜种质资源进行遗传多样性分析,从60条ISSR引物中筛选获得多态性引物15条,共扩增出99条DNA条带,平均每条引物扩增6.6条,多态性条带92条,非多态性条带7条,多态性比例在66.67%~100%,平均多态性比例为92.90%,种质间具有较高的遗传多样性,种质间遗传相似系数在0.4545~0.9596。通过UPGMA聚类分析可知,0.59为阈值时,分为2类,有棱丝瓜和普通丝瓜;0.66为阈值时,分为4类,分别是常山花斑普通丝瓜、绿色或淡绿色普通丝瓜、来源于浙西地区的短棍棒有棱丝瓜和来自两广地区的长棍棒有棱丝瓜。

白及种质资源遗传多样性分析

【目的】采用简单重复序列间扩增(ISSR)和相关序列扩增多态性(SRAP)等2种标记技术分析不同种源白及Bletilla striata样本的遗传多样性水平和遗传关系,为白及种质的鉴定、分类、保护和开发提供理论依据。【方法】从100个ISSR引物和238对SRAP引物组合中筛选出多态性高、扩增条带清晰、重复性好的引物进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,用Popgene 32.0计算来自浙江、云南、贵州和四川等省32个不同种源白及的遗传多样性参数和遗传距离,用NTSYS-pc 2.10e进行聚类分析。【结果】从100个ISSR引物中筛选出11个多态性较好的引物,共扩增出188个条带,平均每个引物扩增出17.09个条带,其中多态性位点174个,占总扩增片段的92.20%;从238对SRAP引物组合中筛选出11对多态性较好的引物组合,共扩增出216个条带,平均每个引物扩增出19.64个条带,其中多态性位点202个,占总扩增片段的93.52%。综合ISSR和SRAP的标记结果发现:四川白及种源的遗传多样性水平最高,贵州最低;非加权组平均法(UPGMA聚类)和主坐标分析(PCoA分析)结果显示:聚为一类的白及种源大多来自同一省份,云南省与四川省白及种源的遗传距离较近,浙江省和贵州省白及种源的遗传距离较近,说明遗传距离与地理距离存在一定的重合,但并不呈正相关。【结论】本研究所选白及种源间具有较高的遗传多样性,ISSR和SRAP标记技术均可有效揭示白及的遗传多样性和亲缘关系。

荒漠刺叶墙藓DNA的提取及PCR扩增反应条件

采用改进CTAB法、NaOH法和直接PCR法（direct PCR amplification）提取藓类生物结皮中刺叶墙藓（Tortula desertorum Broth．）基因组DNA，比较其分离效果以及ISSR扩增效果。结果表明：改进CTAB法提取的基因组DNA质量好、纯度高，ISSR扩增反应效果好。直接PCR法一旦体系建立，则是最简易快速、经济高效的模板制备方法，适于植株矮小、生物量很小的荒漠藓类植物个体模板DNA的制备。利用改进CTAB法获得的基因组DNA作为模板。对ISSR反应组分浓度及反应程序中的一些重要参数进行摸索和优化实验，建立了刺叶墙藓最优ISSR反应体系。反应总体积为20μL，各反应组分终浓度为：2μL 10×Buffer，2mM Mg^2＋，0．1mM dNTPs，0．2μM引物，10-40ng模板DNA，1U Taq酶。扩增程序为：94℃ 4min，1个循环；94℃45s，退火温度（Tm）45s，72℃1min，35个循环；72℃7min，1个循环；4℃保存。刺叶墙藓是组成古尔班通古特沙漠藓类生物结皮的优势种，研究结果为进一步开展刺叶墙藓遗传多样性的研究奠定了基础。

晚熟桃优良芽变新品种‘韦端蜜红’的分子标记鉴定

为探究晚熟桃新品种‘韦端蜜红’与‘颐红’间的亲缘关系,采用简单重复序列间扩增(ISSR)、相关序列扩增多态性(SRAP)两种分子标记技术对‘韦端蜜红’和‘颐红’等6份不同产地的桃材料进行分析.17条ISSR引物共检测到18条多态性条带,占比19.78%;非加权组平均法(UPGMA)聚类分析表明,当以相似系数0.92为阈值时,可将‘韦端蜜红’与‘颐红’区分.17对SRAP引物共检测到21条多态性条带,占比24.71%;UPGMA聚类分析表明,当以相似系数0.89为阈值时,‘韦端蜜红’与‘颐红’被分为两个不同类.ISSR、SRAP联合分析表明,UPGMA聚类分析以相似系数0.90为阈值时,可将‘韦端蜜红’与‘颐红’区分.SRAP、ISSR及其联合分析均显示,‘韦端蜜红’与‘颐红’间有相似的遗传背景,同时在DNA水平上存在差异,说明‘韦端蜜红’是由‘颐红’芽变而来.