产蛋间隔前期鸽卵泡转录组比较分析揭示卵泡发育相关基因

旨在对产蛋间隔前期母鸽卵泡颗粒细胞(GC)层进行高通量测序,筛选出与鸽卵泡发育和选择相关的关键基因。本研究选择了80对12月龄产蛋规律、体重相近的白羽王鸽为研究对象,在产蛋间隔第1天(LI1)和第3天(LI3)分别选择3只母鸽,采集F1和SF1卵泡GC层,并利用RNA-seq进行转录组分析,筛选L1F1/L1SF1、L3F1/L3SF1、L1F1/L3F1和L1SF1/L3SF1组,4组间差异表达基因(DEGs),对DEGs进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,通过STRING数据库进行蛋白质互作(PPI)网络分析并使用Cytoscape软件进行可视化处理筛选关键基因,各组随机选择5个DEGs进行RT-qPCR验证转录组的可靠性。在4组比对中分别获得77、2736、5698和3864个DEGs。GO分析显示,4组DEGs都主要富集的GO条目为细胞过程、细胞解剖实体和连接。KEGG通路富集分析显示,L1F1/L1SF1组和L3F1/L3SF1组DEGs均显著富集在类固醇激素生物合成和卵巢类固醇合成等信号通路,L1F1/L3F1组和L1SF1/L3SF1组DEGs均显著富集在糖胺聚糖降解、突触囊泡周期和氧化磷酸化等信号通路。进一步地,进行PPI网络分析并筛选与卵泡发育和选择密切相关的DEGs。各组随机选择5个DEGs进行RT-qPCR验证,表达趋势与测序结果一致。本研究利用RNA-seq技术筛选到与鸽卵泡发育和选择相关的关键基因——EEF2、DDX5、PLK2、IGF 2R、LHCGR、HSD 3B1、CYP 19A1和StAR,为进一步探究鸽卵泡发育和选择的分子调控机制提供了理论依据。

免疫检查点T细胞激活抑制物免疫球蛋白可变区结构域、人内源性逆转录病毒-H长端重复相关蛋白2在子宫内膜癌中的表达及临床意义

目的分析免疫检查点T细胞激活抑制物免疫球蛋白可变区结构域(VISTA)、人内源性逆转录病毒-H长端重复相关蛋白2(HHLA2)在子宫内膜癌(EC)中的表达及临床意义。方法选取2017年9月至2019年10月唐山市妇幼保健院收治的120例的EC患者作为研究对象,收集其的EC组织和癌旁正常组织。检测EC组织和癌旁正常组织VISTA、HHLA2的表达;采用Spearman分析免疫检查点VISTA、HHLA2的相关性;Kaplan-Meier分析VISTA、HHLA2与预后的关系;Cox回归分析影响EC患者预后的危险因素。结果EC组织中VISTA、HHLA2阳性表达率显著高于正常癌旁组织(P<0.05)。Spearman相关性结果显示EC组织中VISTA与HHLA2表达呈正相关性(r=0.587,P<0.05)。EC组织中VISTA、HHLA2表达与临床病理特征有关(P<0.05)。Kaplan-Meier曲线结果显示VISTA阳性表达患者3年生存率低于阴性表达患者(χ^(2)=11.864,P<0.05),HHLA2阳性表达患者3年生存率低于阴性表达患者(χ^(2)=4.975,P<0.05)。Cox回归分析结果显示VISTA和HHLA2是影响EC患者预后的危险因素(P<0.05)。结论免疫检查点VISTA、HHLA2在EC中高表达,其是影响EC预后的危险因素,二者可能是有价值的预后标志物。

硒都黑猪NT5C1A基因核心启动子区鉴定及转录因子预测

本研究旨在探究猪胞质5'核苷酸酶1A基因(Cytosolic 5'-Nucleotidase1A,NT5C1A)启动子区序列的结构特性,确定其核心启动子区并分析其关键转录因子结合位点,为探究其表达调控机制提供理论依据。对NT5C1A互作蛋白进行预测,在线生物信息学分析软件预测猪NT5C1A基因核心启动子区,根据预测结果设计7对启动子缺失片段引物,以硒都黑猪血液基因组DNA为模板,通过PCR扩增和Sanger测序方法获得NT5C1A基因5'端7个启动子缺失片段并克隆至pGL3-Basic载体,以双荧光素酶报告基因检测试验对缺失片段进行荧光素酶活性检测,并通过转录因子在线预测软件预测核心启动子区潜在的转录因子。结果表明,NT5C1A基因核心启动子位于转录起始位点-290~+109bp的位置(ATG作为+1),该区域含有MYOD1、MYOG、MYF5和SP1等肌肉发育相关的转录因子结合位点。本试验为研究NT5C1A基因调控猪肌肉发育的分子机制提供了理论依据。

基于变间隔空间平均的等动量区分布研究

湍流边界层(TBL)中的相干结构是导致雷诺应力和湍动能产生的关键因素,深入研究和理解其发展演化特性是有效控制湍流边界层的基础.等动量区(UMZs)是湍流边界层中的典型大尺度相干结构,其空间分布特性与湍流边界层中的其他相干结构之间的联系尚缺少有效认识和实验依据.文章根据水洞实验中平板湍流边界层流法向平面中的大视场粒子图像测速仪(PIV)数据,使用正负流向速度梯度下的变间隔空间平均(VISA)方法检测大尺度相干结构,并研究其对等动量区空间分布的影响.研究结果表明,两种判定依据下的VISA检测所得流场中发卡涡头强度增大导致周围等动量区数量的增加,且基于正流向速度梯度的VISA检测结果中等动量区数量显著大于基于负流向速度梯度的检测结果.此外,VISA检测得到的低速结构附近等动量区的数量始终大于高速流体附近的等动量区数量,且该规律与VISA检测过程中的流向速度梯度无关.

血管性血友病因子裂解酶间隔区结构域突变对酶生物学功能的影响

目的:探讨血管性血友病因子裂解酶ADAM金属肽酶含血小板反应蛋白1型13(ADAMTS13)间隔区结构域在血管性血友病因子(vWF)裂解过程中的生物学功能,阐明ADAMTS13在血栓性血小板减少性紫癜(TTP)发病机制中的作用。方法:将ADAMTS13间隔区结构域中的氨基酸残基TEDRLPR以点突变技术逐个基因突变(突变体M1~M7),将构建的ADAMTS13与其突变体质粒转染至人胚肾HEK293细胞,稳定表达后提纯重组蛋白。观察野生型和突变型ADAMTS13在变性条件、剪切应力作用和ADAMTS13抗体处理后裂解vWF的能力。结果:荧光共振能量转移(FRET)实验,与野生型ADAMTS13比较,ADAMTS13突变体M4(R635A)和突变体M7(R638A)对FRET-vWF73剪切能力降低(P<0.05)。变性条件下,野生型ADAMTS13可以将vWF多聚体裂解,与野生型ADAMTS13比较,ADAMTS13突变体M4(R635A)和突变体M7(R638A)的裂解活性明显降低(P<0.01)。在体外剪切应力作用下,与野生型ADAMTS13比较,ADAMTS13突变体M4(R635A)和突变体M7(R638A)裂解vWF多聚体的能力明显降低(P<0.01)。与野生型ADAMTS13比较,ADAMTS13突变体M4(R635A)和突变体M7(R638A)与vWF之间的结合力差异无统计学意义(P>0.05),表明ADAMTS13的C末端与vWF之间存在多个结合位点。ADAMTS13抗体处理可在一定程度上抑制野生型和突变型ADAMTS13裂解vWF的能力。结论:间隔区突变后ADAMTS13的活性降低。ADAMTS13突变体M4(R635A)和突变体M7(R638A)可能是ADAMTS13在底物识别时的重要作用位点。

不同地域犬小孢子菌转录间隔区遗传特性分析

为探究不同国家地区犬小孢子菌遗传特点及系统进化关系,对7个不同国家地区11条犬小孢子菌“ITS1-5.8S-ITS2”基因序列进行同源比对,单倍型分析及系统进化分析。结果显示,来自7个不同国家的11条犬小孢子菌有5个多态性位点,分别为86、87、89、487、650,单倍型(h)分析将其分为3个单倍型(h),其中h1和h3各含有1条基因序列,剩余序列均属于h2。同源性分析发现,11条犬小孢子菌同源性为99.75%。系统进化结果显示,中国、埃及和伊拉克3个地区的犬小孢子菌亲缘关系较近,新疆地区的犬小孢子菌呈现单独分支,表明其与其他地区的犬小孢子菌亲缘关系较远。该研究7个不同国家地区的犬小孢子菌遗传特点和系统进化进行分析,旨在为后续的相关研究提供理论参考。

新颖栽培丹参材料的rDNA内外转录间隔区(ITS和ETS)分子标记鉴定

本研究对前期发现的2个新颖多年生大紫花单株(V-HNYZ-bV-1和W-SXXA-bV-1)和1个二年生白花丹参(Salvia miltiorrhiza)栽培居群(W-SCHY-W-1)材料,进行了基于其rDNA内、外转录间隔区(ITS和ETS)的分子标记鉴定。结果表明:W-SXXA-bV-1和V-HNYZ-bV-1的ITS的GC含量均较高,W-SCHY-W-1的ITS和ETS的GC含量最低;新颖材料W-SXXA-bV-1和V-HNYZ-bV-1的ITS序列变异率较高,均高于W-SCHY-W-1,而对于ETS序列,W-SXXA-bV-1和V-HNYZ-bV-1接近(7.1%~6.5%),但低于W-SCHY-W-1(8.2%);W-SXXA-bV-1与V-HNYZ-bV-1亲缘关系较近,W-SXXA-bV-1、V-HNYZ-bV-1和W-SCHY-W-1均与Q-DZH-V-4亲缘关系较远,V-HNYZ-V-1与Q-DZH-V-4亲缘关系很近。上述结果与栽培形态观察结果都高度一致表明:W-SXXA-V-1和V-HNYZ-V-1是康定或甘西鼠尾草,新颖单株材料W-SXXA-bV-1可能为W-SXXA-V-1的突变体,V-HNYZ-V-1和Q-DZH-V-4同为荔枝草,V-HNYZ-bV-1可能为混杂在V-HNYZ-V-1中的康定或西藏鼠尾草,与W-SXXA-bV-1非常相似。W-SCHY-W-1为粘毛鼠尾草。

金荞麦内转录间隔区(ITS)的扩增及序列分析

以2份金荞麦为材料，对其内转录间隔区ITS区序列进行PCR扩增，均获得长约700bp的特异性产物。测序结果表明，金荞麦1号样品包含ITS序列660bp，金荞麦2号样品包含ITS序列646bp，在Genebank中的登录号分别为DQ780602和DQ780600。对现有金荞麦ITS的序列比对表明，其同源率为80．2％～93．1％，变异位点主要在ITS1，表现出较丰富的遗传多样性。采用邻接法构建了金荞麦的系统进化树。

帘蛤科贝类rDNA内转录间隔区序列的研究(英文)

根据18SrDNA、5.8SrDNA和28SrDNA保守序列设计引物,应用聚合酶链式反应(PCR)扩增了文蛤(MeretrixmeretrixL.)、青蛤(CyclinasinensisG.)、硬壳蛤(MercenariamercenariaL.)和江户布目蛤(ProtothacajedoensisL.)4种帘蛤科贝类的第一内转录间隔区(ITS1)和第二内转录间隔区(ITS2)序列,并进行了测序。结果表明,文蛤、青蛤、硬壳蛤和江户布目蛤的ITS1扩增产物大小分别为978bp、663bp、757bp和942bp,GC含量分别为61.55%、60.78%、62.48%和64.86%～64.97%,其中ITS1序列长度分别为900bp、585bp、679bp和864bp,是迄今已报道双壳贝类中变化范围最大的,GC含量分别为61.67%、61.03%、63.03%和65.51%～65.62%,江户布目蛤种内ITS1序列有个体差异;ITS2扩增产物大小分别为644bp、618～620bp、593bp和513～514bp,GC含量分别为61.18%、61.29%～61.81%、62.73%和61.48%～61.60%,其中ITS2序列长度分别为412bp、386～388bp、361bp和281～282bp,GC含量分别为65.29%、65.21%～66.06%、67.87%和67.38%～67.62%,青蛤和江户布目蛤种内ITS2序列有个体差异。4种蛤ITS1和ITS2序列种间差异很大,有明显的长度多态性,ITS2种间序列相似度73.0%～89.1%,与ITS1的种间序列相似度48.7%～81.5%相比略高。此外,在4种蛤ITS1和ITS2序列中各发现2个与rRNA加工有关的保守区。通过对ITS1和ITS2序列的组装获得了4种蛤5.8SrRNA基因完整序列,序列长度都是157bp,GC含量57.96%～58.60%,4种蛤5.8SrRNA基因相对保守,种间序列差异度0-6.0%,共有10个变异位点,其中转换4处,颠换6处,硬壳蛤和江户布目蛤5.8SrRNA基因序列完全相同。以ITS2序列(包含5.8SrRNA和28SrRNA基因部分序列)为标记,调用北极蛤科的Arcticaislandica相应序列数据作外群,构建了帘蛤科贝类的系统发育树,其拓扑结构显示江户布目蛤与硬壳蛤亲缘关系最近,青蛤与其他3物种的亲缘关系最远。

核糖体DNA的内转录间隔区序列标记在真菌分类鉴定中的应用

传统的真菌分类主要根据真菌菌株的形态特征、生长特性与生理生化指标进行,而分子生物学技术的发展提升了真菌分类鉴定研究的手段。真菌核糖体DNA内转录间隔区(ITS)在进化上比编码区快,种内的不同菌株之间高度保守,但在种间变化极大,故可为真菌学的研究提供丰富的遗传信息。简要综述了ITS序列分析技术在真菌分类鉴定中的应用现状、相关问题及前景。

小秦艽rRNA基因内转录间隔区测序鉴定的初步研究

目的 :对小秦艽种籽中提取的DNA中rRNA基因内转录间隔区进行碱基序列测定 ,以期从分子水平建立对秦艽种籽的鉴定标准。方法 :常规提取小秦艽种籽DNA ,利用合成的特异性引物对其DNA中rRNA基因内转录间隔区进行套式PCR扩增 ,将扩增产物以四色荧光标记的双脱氧末端终止循环法进行碱基序列测定。结果 :经琼脂糖凝胶电泳证实rRNA基因内转录间隔区PCR扩增产物存在 ,测序后得到了小秦艽种籽rRNA基因内转录间隔区的碱基序列。结论

柞蚕微孢子核糖体基因和转录间隔区的序列及系统进化分析

目的研究柞蚕微孢子(Nosemaantheraeae)的核糖体基因,转录间隔区(ITS)以及它们的排列顺序,为柞蚕微孢子的分类和系统进化分析提供分子生物学方面的依据。方法采用特异引物进行PCR扩增,克隆和测序。用DNAStar软件,用ClustalW的比对方法得到遗传距离和系统进化树。结果得到柞蚕微孢子的核糖体小亚基rRNA(SSUrRNA),转录间隔区(ITS),5SrRNA的全长,得到核糖体大亚基rRNA(LSUrRNA)的部分序列。结论柞蚕微孢子的核糖体基因排列顺序为LSU-ITS1-SSU-ITS2-5S与Nosemabombycis相同,是一种比较特殊的排列方式。将微孢子SSUrRNA基因和ITS结合起来分析微孢子的亲缘关系是一个新的尝试。

米氏凯伦藻18SrDNA和转录间隔区序列分析

对赤潮多发藻米氏凯伦藻（Karenia mikimotoi）核糖体18SrDNA及其转录间隔（ITS）区序列PCR扩增并测序，获得18SrDNA和ITS基因序列长度分别为1690bp和654bp。结合12种甲藻和1种硅藻作序列比较分析，分别在ITS1、ITS2序列寻找到适宜设计特异性引物探针区域，并用邻接法构建系统进化树，研究各藻种间亲缘关系。遗传距离分析结果显示米氏凯伦藻与短凯伦藻（Karena brevis）、微小卡罗藻（Karlodinium micrum）等分类学上较近的藻种18SrDNA序列相似度为97％～99％，远大于微小原甲藻（Prorocentrum minimum）、海洋原甲藻（P．micans）、塔玛亚历山大藻（Alexandrium tamarense）等在分类学上相距较远的藻种，各藻种间的ITS序列平均相似度明显低于18SrDNA序列。以18SrDNA与ITS序列构建的进化树拓扑结构相一致，18SrDNA序列相对保守，适合进行属以上关系的系统进化分析，而ITS序列变异较大，适合种属间鉴别分析，且ITS1和ITS2是变异很大的区域，适合种间的分子特异性鉴定，这为快速鉴别赤潮多发藻米氏凯伦藻提供了依据，进而为治理赤潮提供帮助。

奥利亚罗非鱼与尼罗罗非鱼rDNA内转录间隔区序列特征

核糖体DNA内转录间隔区(internal transcribed spacers,ITS)是经常被用作种和种群水平系统研究的分子序列。本文分离了奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)、尼罗罗非鱼(O.niloticus)内转录间隔区,包括部分18S序列,ITS1、5.8S、ITS2全序列及部分28S序列。4尾奥利亚罗非鱼的10个克隆序列分析表明,其存在长度不同的a、b两种类型ITS1。a型长为536 bp,GC含量为69.96%;b型长为520 bp,GC含量为69.04%～69.42%。4尾尼罗罗非鱼的10个克隆序列分析表明,其只存在a型ITS1,长为536～540 bp,GC含量为69.42%～70.19%。与b型ITS1相比,a型ITS1在16～31 nt有16 bp片段(GGCCCGCCTGCGGCGC)的插入。奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼共20条ITS序列中,5.8S长度均为157 bp,GC含量为56.69%～57.96%;ITS2为408 bp,GC含量为72.79%～74.26%。奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼ITS区序列相似性高达98.2%,表明这两种罗非鱼亲缘关系很近。此外,本文对14尾奥利亚罗非鱼、15尾尼罗罗非鱼以及15尾奥尼罗非鱼[O.aureus(♂)×O.niloticus(♀)]ITS1的扩增结果显示,奥利亚罗非鱼均有a、b两种类型ITS1;15尾尼罗罗非鱼中1尾为a、b两类型ITS1,14尾为a型ITS1;15尾奥尼罗非鱼中则有6尾具有a、b两类型ITS1,9尾为单一的a型ITS1。分析表明,奥利亚罗非鱼在ITS1这个位点一致性高,但尼罗罗非鱼中有1尾混杂了奥利亚罗非鱼的基因,同时也说明分子生物学手段应用于种质鉴定比形态学手段更为精确。

微小按蚊rDNA内转录间隔2区序列差异

目的 :比较不同地株微小按蚊核糖体DNA(rDNA)内转录间隔 2区 (ITS2 )序列差异。方法 :通过对PCR扩增rDNAITS2片段测序 ,比较其不同地株差异。结果 :对 6株微小按蚊测序比较 ,存在有微小按蚊A和C型。结论 :rDNAITS2序列差异可用于建立A。

用内转录间隔区通用引物的聚合酶链反应快速测定念珠菌菌种

目的:应用内转录间隔区(ITS)通用引物建立一种较为快速、简便的检测和鉴定念珠菌的聚合酶链反应(PCR)方法。方法:采用两对ITS通用引物ITS1、ITS4和ITS86、ITS4对7种(8株)念珠菌菌悬液进行PCR扩增。结果:两对引物3.5h内对7种念珠菌的菌悬液扩增出种特异的DNA条带,而第2对引物其种特异性更强。结论:采用ITS通用引物结合快速PCR检测法,可快速、简便、特异、敏感地检测出念珠菌,并能同时鉴定到种,这将在今后念珠菌病的早期诊断和治疗上有潜在的应用价值。

一株赤潮甲藻转录单元内间隔区(ITS)和5.8S rDNA序列的克隆

为解决分子生物学方法中因纯化的新鲜材料不足而限制实验进展的情况,采用改进的克隆方法将目的DNA片断保存在菌株中。首先应用改进的DNA提取方法从赤潮甲藻塔玛亚历山大藻(Alexandriumtamarense)中提取总核酸,以提取的DNA为模板,优化PCR扩增条件,获得转录单元内间隔区(ITS)片段。将获得的ITS片段经SalI和PstI双酶切后与同样经过双酶切后的质粒载体pBluscriptSK+连接,转化受体菌XL1-Blue,克隆该DNA片段。该克隆方法简单易行,克隆效率完全可以满足一般实验要求。该克隆技术的应用为随时获得目的DNA提供一条途径。

兔痒螨和水牛痒螨第二转录间隔区(ITS-2)基因序列分析

为了探讨水牛痒螨株和兔痒螨株的分类地位,采用PCR技术扩增了四川水牛痒螨株和四川兔痒螨株的第二内部转录间隔区(ITS-2)基因,并与GenBank中注册的5个国外痒螨株的同源基因进行了比较。序列分析发现:兔痒螨株和水牛痒螨株的序列长度分别为277bp和281bp,两序列间存在多处转换、颠换和缺失。四川水牛痒螨株同四川兔痒螨株间及国外痒螨分离株间的ITS-2基因同源性较低(87.1%～88.0%);而四川兔痒螨株与国外痒螨分离株的同源性较高(95.5%～100.0%)。用痒螨ITS-2基因构建的MP,NJ,ME及UPGM树中,兔痒螨株和水牛痒螨株在不同的系统树中其位置比较固定,且两者相距均较远。根据痒螨ITS-2基因同源性分析和系统树构建结果以及其他已报道的相关证据,作者认为:兔痒螨株和水牛痒螨株可能为痒螨属Psoroptes中两个不同的种,兔痒螨分离株为马痒螨P.equi;而水牛痒螨株与来自兔、山羊、绵羊和黄牛等痒螨株亲缘关系较远,可能为痒螨属中的另一个独立有效种。

福木假尾孢菌Pseudocercospora elaeodendri的转录间隔区序列分析

PCR扩增福木假尾孢菌的转录间隔区序列(ITS)并测序,获得的基因序列长度为581bp,相似性分析发现其与假尾孢属不同种之间的ITS序列相似度极高。进一步对相似度高的不同种、属菌的ITS序列采用Neighbor-joining法构建系统进化树。遗传距离分析结果发现,试验菌株仅与同源性为100%的未知种名的假尾孢菌聚为一类。比较不同种的ITS碱基序列,结果表明,试验菌株与其它种之间的差异碱基分布于ITS1和ITS2区域,说明ITS能够体现假尾孢属的种间变异。

我国尖音库蚊复合组蚊虫核糖体DNA第2内转录间隔区序列测定与分析

通过对我国尖音库蚊复合组蚊虫及三带喙库蚊核糖体DNA第二内转录间隔区 (rDNA ITS2 )的序列测定 ,表明rDNA ITS2序列在我国尖音库蚊复合组种内亚种间和亚种内的变异存在有重叠现象。分子系统关系分析没有发现与形态学亚种阶元分类地位的一致性 ,但在种间差异明显。