以ITS-1+序列鉴定牛源环孢子虫

根据GenBank上已发表的环孢子虫(Cyclospora)rDNA序列设计并合成1对引物,利用PCR技术对首次在牛体内发现的形态学特征与人环孢子虫(Cyclospora cayetanensis)极为相似的牛源环孢子虫的ITS-1+序列进行了扩增。将PCR扩增出的片段纯化后,克隆至pGEM-TEasy载体后进行序列测定,并利用NCBI在线BLAST程序对测序结果进行了同源性比较和序列分析。分析结果显示,扩增的ITS-1+大小为865bp的片段,包含18S部分序列(371bp)、ITS-1全序列(385bp)和5.8S部分序列(109bp)。序列同源性分析表明,该牛源环孢子虫为艾美尔科原虫,但不同于目前已知的各种艾美尔科原虫,可能是一种新发现的原虫。

魁蚶4个地理群体ITS序列变异及系统发生分析

为充分了解我国魁蚶种质资源状况,准确定位魁蚶的养殖育种模式,本研究采用聚合酶链式反应(PCR)对采自山东蓬莱(PL)、山东黄岛(HD)、江苏前三岛(QSD)及韩国统营(KTY)4个地理群体魁蚶样本的核糖体RNA两个内转录间隔区域(ITS-1和ITS-2)进行扩增,经测序比对后分别获得长度为468bp和541bp(包含引物、插入/缺失位点)的序列。序列比对结果表明,ITS区序列变异相对较高,但4个群体的碱基组成基本一致;4个群体的ITS区序列均表现出丰富的遗传多样性,HD群体最为丰富,该群体在ITS区序列上的变异位点数也最多,HD和QSD群体共同变异位点多且集中。对不同个体间的遗传距离和分子系统树分析结果表明,ITS序列在魁蚶不同地理群体间甚至个体间存在差异,且ITS-1和ITS-2的变异频率是不一样的,4个群体合计55个个体基于ITS-1序列没有发生明显聚类现象,这4个群体合计56个个体基于ITS-2序列明显聚为PL/KTY、HD/QSD两大类,基于ITS-2序列进行系统发生分析的结果同于课题组之前基于形态度量学分析和分子标记分析的结果;HD群体遗传多样性丰富,而KTY群体遗传变异相对较少,各群体之间存在一定的遗传差异,综合考虑不同群体相对优良的生物学特征,可开展选择或杂交培育良种的研究。