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桑属ITS、trnL-F、rps16序列与进化分析 被引量:18
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作者 陈仁芳 张泽 +3 位作者 唐洲 余茂德 徐立 王茜玲 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期1553-1561,共9页
【目的】分析桑属ITS、trnL-F、rps16序列,探讨系统学价值。【方法】67份桑资源,经DNA提取、PCR扩增、测序,测序结果用软件拼接、比对,并从GenBank下载桑属ITS、trnL-F、rps16序列进行同源性分析,计算其长度、G+C(或A+T)含量、变异位点... 【目的】分析桑属ITS、trnL-F、rps16序列,探讨系统学价值。【方法】67份桑资源,经DNA提取、PCR扩增、测序,测序结果用软件拼接、比对,并从GenBank下载桑属ITS、trnL-F、rps16序列进行同源性分析,计算其长度、G+C(或A+T)含量、变异位点、信息位点,将3个序列合并,以构树、柘树为外类群,采用MP法分析进化关系。【结果】桑ITS(包括5.8S)基本序列长度为576 bp,变异范围为576—590 bp,G+C含量为59.55%—62.25%,40个信息位点;trnL-F(包括tRNA-Leu内含子)基本序列长度为923 bp,变异范围为920—924 bp,A+T含量为65.87%—66.31%,23个信息位点;rps16内含子基本序列长度为929 bp,变异范围为923—929 bp,A+T含量为67.28%—67.49%,17个信息位点。3个序列的最适碱基进化模型分别为(GTR+G)、(GTR)和(GTR+G),可能的分支概率—混合卡方概率值分别为0.000001、0.027175和0.000222,3个片段合并最适碱基进化模型为(GTR+G),基于模型用MP法分析,在2 538个位点中,有80个信息位点。分支图结果表明,首先将黑桑(M.nigra)分出,其它桑种分成2支,第一支包括长穗桑、瑞穗桑、蒙桑、鬼桑、鸡桑、山桑、白桑和广东桑,第二支包括华桑、奶桑和川桑。【结论】桑属trnL-F和rps16序列信息位点有限,单独研究桑属系统学,价值不大,与ITS序列合并研究,则能增加分支图的信息位点,使分支图更近于似然。基于ITS、trnL-F、rps16序列MP分支图,新疆黑桑为最原始类型,乌克兰等栽培种为进化类型。 展开更多
关键词 桑属 its、trnl-f、rps16序列 MP分析法 进化关系
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特色桑品种资源ITS、TrnL-F和rps16序列与亲缘关系分析 被引量:4
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作者 刘玲 张佳钰 +7 位作者 范小敏 陈祥平 柯皓天 黄昊翔 贾庭豪 李天星 付乐章 陈仁芳 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期1074-1079,共6页
为了更好地开发利用特色桑树品种,分析了龙桑、龙须桑等12个特色桑资源ITS、TrnL-F、rps16碱基序列的长度、G+C含量、亲缘关系、遗传距离及信息变异位点。结果表明,ITS间隔区(包括5.8S)全长为576-590 bp,G+C含量59.38%-60.17%;TrnL-... 为了更好地开发利用特色桑树品种,分析了龙桑、龙须桑等12个特色桑资源ITS、TrnL-F、rps16碱基序列的长度、G+C含量、亲缘关系、遗传距离及信息变异位点。结果表明,ITS间隔区(包括5.8S)全长为576-590 bp,G+C含量59.38%-60.17%;TrnL-F间隔区(包括TrnL内含子)全长为920-923 bp,G+C含量为34.02%-34.24%;rps16内含子全长为929-947 bp,G+C含量为32.51%-33.26%。亲缘关系分析显示,分支图首先将外类群—构树分出,紧接着分出的是新疆黑桑。再依次为咸丰长穗桑、钦州长果桑、神农华桑、广东大10、雅安白桑、斯里兰卡1号、湖北蒙桑4号、龙桑、和田白桑,龙须桑、剑持、小冠桑在分支树的最顶层。根据外类群确定法,新疆黑桑为原始类型,龙须桑、剑持、小冠桑为最进化类型。遗传距离分析显示,新疆黑桑、剑持、咸丰长穗桑、钦州长果桑、小冠桑与其他桑属材料的遗传距离分别为1.0-1.3、0.2-0.3、0.1-0.4、0.1-0.2、0-0.3,龙桑、斯里兰卡1号、雅安白桑、和田白桑、广东大10、龙须桑、湖北蒙桑4号与其他桑属材料间遗传距离差异不大。信息变异位点分析显示共有14个信息位点,占总位点数的0.5564%。变异主要发生在外类群—构树和新疆黑桑,且变异大多集中在ITS区域。ITS、TrnL-F和rps16三片段分析桑属的亲缘关系,信息位点不足,有待深入研究。 展开更多
关键词 特色桑资源 its、trnl-f、rps16序列 遗传距离 亲缘关系
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12个特殊桑资源ITS,TrnL-F,rps16序列与亲缘关系分析
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作者 范小敏 陈祥平 +7 位作者 柯皓天 张泽华 孙伟亭 付云 张群才 魏亮 梁燕梅 陈仁芳 《四川蚕业》 2012年第1期7-10,21,共5页
报道了12个特殊桑资源ITS,TrnL-F,rps16序列长度、G+C%、变异位点及亲缘关系,分析了它们的栽培适生范围。ITS序列576-590 bp,G+C%59.45-60.17,27个变异位点。TrnL-F基因间区920-923bp,G+C%34.02-34.24,5个变异位点,rps16内含子929bp,G+C... 报道了12个特殊桑资源ITS,TrnL-F,rps16序列长度、G+C%、变异位点及亲缘关系,分析了它们的栽培适生范围。ITS序列576-590 bp,G+C%59.45-60.17,27个变异位点。TrnL-F基因间区920-923bp,G+C%34.02-34.24,5个变异位点,rps16内含子929bp,G+C%32.51-33.26;19个变异位点。神农架华桑♀与珙县川桑有较近的亲缘关系,宜长江流域栽植。龙桑、龙须桑、新疆白桑、剑持、小官桑与神农鸡桑1号、改良鼠返、乌克兰白桑有较近的亲缘关系,雅安白桑与神农架山桑有较近的亲缘关系,宜长江流域以北栽植。雅周桑与湖北蒙桑4号、四川高海拔鸡桑有较近的亲缘关系,宜在长江流域山区栽植。广东桑"大十"与湖北白桑、越南白桑、印度55有较近的亲缘关系,钦州长果桑与斯里兰卡桑3号有较近的亲缘关系,咸丰长穗桑与利川长穗桑有较近的亲缘关系,宜长江流域以南栽植。 展开更多
关键词 桑属 特殊桑资源 ITS trnl-f rps16序列 亲缘关系 适生区域
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中国不同产地薤白ITS、rps16和trnL-F序列分析及亲缘关系分析
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作者 石甜 莫忠妹 +1 位作者 吴敏 赵财 《植物学研究》 2020年第4期320-327,共8页
本文为探讨不同产地薤白(Allium macrostemon Bunge)的亲缘关系,以40个来自我国不同产地的薤白为材料,分别以ITS、rps16及trnL-F序列进行扩增并测序,分析其序列特征及亲缘关系。结果显示:我国不同产地薤白ITS序列平均长度为590 bp,G + ... 本文为探讨不同产地薤白(Allium macrostemon Bunge)的亲缘关系,以40个来自我国不同产地的薤白为材料,分别以ITS、rps16及trnL-F序列进行扩增并测序,分析其序列特征及亲缘关系。结果显示:我国不同产地薤白ITS序列平均长度为590 bp,G + C平均含量为50.64%;rps16序列平均长度为587 bp,G + C平均含量为29.66%;trnL-F序列平均长度为622 bp,G + C平均含量为38.16%。基于ITS + rps16 + trnL-F联合序列构的最大简约法(maximum parsimony, MP)和贝叶斯(Bayesian inference, BI)系统发育树均表明,薤白为一单系种,总体可划分为位于西南地区的A组、沿海地区的B组和北方及东北的C组。研究表明,亲缘关系较近的居群,地理位置也较近,说明ITS + rps16 + trnL-F联合序列可用于不同产地薤白的亲缘关系研究中,可以提供亲缘关系图谱,为薤白资源的开发、保护、利用及育种提供一定的科学资料。 展开更多
关键词 薤白 ITS rps16 trnl-f 亲缘关系
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基于叶绿体DNA rps16序列的福建泰宁野生铁皮石斛多样性分析 被引量:2
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作者 曹奕鸯 江金兰 +2 位作者 李永清 雷伏贵 叶炜 《福建农业学报》 CAS 北大核心 2016年第8期833-838,共6页
为了解福建泰宁野生铁皮石斛种源的多样性,对75份泰宁野生铁皮石斛及其他石斛属药用植物叶绿体DNArps16序列进行分析。结果表明:75份石斛属药用植物种间平均遗传距离为0.006 6,泰宁野生铁皮石斛种内平均遗传距离为0.00 06。38份泰宁野... 为了解福建泰宁野生铁皮石斛种源的多样性,对75份泰宁野生铁皮石斛及其他石斛属药用植物叶绿体DNArps16序列进行分析。结果表明:75份石斛属药用植物种间平均遗传距离为0.006 6,泰宁野生铁皮石斛种内平均遗传距离为0.00 06。38份泰宁野生铁皮石斛叶绿体DNArps16序列比对后,共得到5个多态性位点,多态性位点数占总数的25%,种内基于K-2P遗传距离最大为0.003 4,表明泰宁野生铁皮石斛叶绿体DNA rps16序列变异较大,多样性较高。此外,在泰宁野生铁皮石斛的5种rps16核苷酸序列中,T2型、T65型、D5型为参比铁皮石斛种质中的独有类型。 展开更多
关键词 铁皮石斛 叶绿体DNA rps16序列
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四川黑熊RPS16亚基基因的克隆与序列分析 被引量:3
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作者 王婷 侯怡铃 +4 位作者 丁祥 孙冰 苏秀兰 李俊 侯万儒 《西华师范大学学报(自然科学版)》 2012年第4期350-355,共6页
根据已报道的部分哺乳动物RPS16基因的相关信息设计引物,运用RT-PCR技术,从四川黑熊的肌肉组织总RNA中对核糖体蛋白亚基RPS16基因的表达序列进行克隆、测序和分析.结果表明:四川黑熊RPS16基因的表达序列全长为481bp,开放阅读框(ORF)为44... 根据已报道的部分哺乳动物RPS16基因的相关信息设计引物,运用RT-PCR技术,从四川黑熊的肌肉组织总RNA中对核糖体蛋白亚基RPS16基因的表达序列进行克隆、测序和分析.结果表明:四川黑熊RPS16基因的表达序列全长为481bp,开放阅读框(ORF)为441bp,编码146个氨基酸,相对分子质量为16.4KDa,pI为10.81.拓扑预测显示含有6个类型的功能位点:1个依赖cAMP和cGMP的蛋白激酶磷酸化位点,3个蛋白激酶C磷酸化位点,1个酪蛋白激酶II磷酸化位点,2个N-糖基化位点,1个乙酰化位点及1个核糖体蛋白S9信号位点.进一步分析发现,四川黑熊RPS16基因与已报道的大熊猫、牛、野猪、人、小家鼠和褐家鼠等6个哺乳动物物种的表达序列及其编码的氨基酸序列有很高的相似性,说明RPS16基因具有高度的遗传稳定性和功能一致性. 展开更多
关键词 四川黑熊(Ursus thibetanus mupinensis) RT—PCR rps16 克隆 序列分析
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基于叶绿体DNA RPS16序列的血叶兰多样性分析 被引量:1
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作者 郑涛 邹龙运 +3 位作者 蔡坤秀 杨俊杰 江莉 陈振东 《福建热作科技》 2022年第2期1-5,共5页
为了解闽南地区血叶兰种质资源的多样性,对8份血叶兰叶绿体DNA RPS16序列进行分析。结果表明,8份血叶兰种质资源的遗传距离范围在0~0.108之间,共136个多态位点,占总数的34%。利用MEGA7.0软件,基于K-2P遗传距离,采用邻接法构建系统进化... 为了解闽南地区血叶兰种质资源的多样性,对8份血叶兰叶绿体DNA RPS16序列进行分析。结果表明,8份血叶兰种质资源的遗传距离范围在0~0.108之间,共136个多态位点,占总数的34%。利用MEGA7.0软件,基于K-2P遗传距离,采用邻接法构建系统进化树模型,将8份叶绿体DNARPS16分两个分支:S6和S1/S2/S3/S4/S5/S7/S8,应用clustalW对两两基因进行序列比对,一致性在78.69%~99.75%之间,表明血叶兰叶绿体DNA RPS16有着较大的变异。 展开更多
关键词 血叶兰 叶绿体DNA rps16序列
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柽柳丛枝植原体鉴定及16S rRNA基因多样性分析
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作者 李丰 赖刚刚 +2 位作者 赵志惠 陈小飞 朱天生 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期2551-2557,共7页
【目的】研究柽柳丛枝病在新疆南疆地区的分布危害、分类、形态特征及病原物16S rRNA基因的遗传多样性,为该病害的检测和鉴定提供理论依据。【方法】调查新疆南疆地区柽柳丛枝病的分布及危害,采用形态学与分子生物学相结合的方法,对柽... 【目的】研究柽柳丛枝病在新疆南疆地区的分布危害、分类、形态特征及病原物16S rRNA基因的遗传多样性,为该病害的检测和鉴定提供理论依据。【方法】调查新疆南疆地区柽柳丛枝病的分布及危害,采用形态学与分子生物学相结合的方法,对柽柳丛枝病病原物进行透射电镜观察、16S rRNA基因和rp基因扩增,研究其形态特征及分类地位,并对新疆南疆不同地区柽柳丛枝病病原物16S rRNA基因遗传多样性。【结果】柽柳丛枝病在新疆南疆地区的平均发病率为9.06%,平均病情指数为5.66;在柽柳丛枝韧皮部组织中观察到有植原体颗粒的存在;16S rRNA基因和rp基因巢式PCR分别获得1219 bp和1174 bp大小的条带,柽柳丛枝病属于植原体病害,在分类地位上属于植原体16SrXXX-A亚组;新疆南疆柽柳丛枝植原体主要可分为4个株系,16S rRNA基因核苷酸相似度在96.5%~99.8%。【结论】柽柳丛枝病在新疆南疆地区主要分布在阿克苏市、温宿县、巴楚县、图木舒克市、阿拉尔市、伽师县,阿拉尔市12团等地,且发生情况和危害程度均较轻,不同地区之间的发病率及病情指数存在显著差异性;柽柳丛枝病存在植原体颗粒并主要在韧皮部组织中,有球形、椭圆形和不规则形态,大小300~600 nm不等。 展开更多
关键词 柽柳丛枝植病 16S rRNA基因 rp基因 透射电镜 序列分析 多样性
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肉苁蓉的生药学研究(3):基于质体rps2基因和rpl16-rpl14基因间隔序列分析列当科植物的生源关系
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作者 鲍雷 《国外医学(中医中药分册)》 2004年第1期61-62,共2页
中国药典中记载药材肉苁蓉的原植物仅为列当科植物Cistanche deserticola,而中药材市场上存在一定数量的生药来自C.salsa和C.tubulosa,难以从形态学和化学特征加以鉴别。本次通过比较其rps2基因和rpl16~rpl14基因间隔区的核苷酸序列... 中国药典中记载药材肉苁蓉的原植物仅为列当科植物Cistanche deserticola,而中药材市场上存在一定数量的生药来自C.salsa和C.tubulosa,难以从形态学和化学特征加以鉴别。本次通过比较其rps2基因和rpl16~rpl14基因间隔区的核苷酸序列,分析这些植物的分类和生源关系。 展开更多
关键词 肉苁蓉 生药学 质体 rps2基因 rpl16 rpl14 基因间隔序列分析 生源关系
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Exploration, Characterization and Phylogenetic Studies in Wild <i>Mangifera indica</i>Relatives 被引量:1
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作者 Makki Ramachandra Dinesh Kundapura Venkataramana Ravishankar +5 位作者 P. Nischita B. S. Sandya B. Padmakar S. Ganeshan R. Chithiraichelvan T. V. R. S. Sharma 《American Journal of Plant Sciences》 2015年第13期2151-2160,共10页
Exploratory surveys were carried out in the Andamans and Nicobar group of islands during 2006 and 2014 to locate wild species viz. Mangifera andamanica King, Mangifera camptosperma Pierre and Mangifera griffithii Hook... Exploratory surveys were carried out in the Andamans and Nicobar group of islands during 2006 and 2014 to locate wild species viz. Mangifera andamanica King, Mangifera camptosperma Pierre and Mangifera griffithii Hook. Not much variation was observed for fruit shape and size for the species Mangifera andamanica, which was endemic to this region. The species M. griffithii has been reported to be only in Mt. Harriet. However, another plant of M. griffithii in the Shoalbay region was found during the second survey. The foliage & fruit characteristics of the two specimens were similar, with a slight difference in the morphological features, which could be attributed to their origin from seeds. The DNA finger printing carried out showed minor changes in the species. The phylogenetic relationships amongst five Mangifera species viz. M. indica, M. griffithii, M. camptosperma, M. odorata and M. andamanica were analyzed by employing chloroplast markers viz., petB-petD intergenic spacer, rps16 gene, trnL-trnF intergenic spacer and nuclear marker—External Transcribed Spacer (ETS). The nuclear markers and chloroplast markers based on phylogenetic analysis showed that the common mango M. indica L. was closely related to M. griffithii and M. camptosperma, which belonged to subgenus Mangifera. However, M. odorata that belonged to subgenus Limus was grouped separately along with M. andamanica. The above results are in congruent with the accepted classification of genus Mangifera reported by Kostermans and Bompard with the exception of M. andamanica, which has been earlier classified under subgenus Mangifera. Results clearly indicated that classification of M. andamanica under subgenus needed to be reconsidered. 展开更多
关键词 CHARACTERIZATION Diversity EXPLORATION ETS Mango petB-D trnl-f rps16 Phylogeny
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海南省木豆丛枝病植原体的分子检测及鉴定 被引量:5
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作者 车海彦 罗大全 +1 位作者 符瑞益 吴云锋 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期113-121,共9页
利用植原体通用引物R16mF2/R16mR1和rp(Ⅱ)F1/rp(Ⅱ)R1对海南木豆丛枝病植原体16S rDNA和部分核糖体蛋白(ribosomal protein,rp)基因序列进行PCR扩增、克隆和测序。获得海南木豆丛枝病植原体16S rDNA基因片段为1430bp,rp基因片段为1170b... 利用植原体通用引物R16mF2/R16mR1和rp(Ⅱ)F1/rp(Ⅱ)R1对海南木豆丛枝病植原体16S rDNA和部分核糖体蛋白(ribosomal protein,rp)基因序列进行PCR扩增、克隆和测序。获得海南木豆丛枝病植原体16S rDNA基因片段为1430bp,rp基因片段为1170bp。核苷酸同源性比较和系统进化树构建表明,引起海南木豆丛枝病的植原体应属于16SrⅡ组中的亚组ⅲ。本研究首次从分子水平确定了引起我国海南木豆丛枝病的病原物为植原体,明确了其分类地位,为该病害流行学研究和防治提供了理论依据。 展开更多
关键词 海南木豆丛枝病 植原体 16S RDNA rp基因 序列分析
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中国鹤虱属(Lappula Moench)分子系统学研究 被引量:1
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作者 黄建峰 张明理 《干旱区研究》 CSCD 北大核心 2012年第5期811-815,共5页
以黄花软紫草(Arnebia guttata Bunge)和双柱紫草(Coldenia procumbens L.)为外类群,用PAUP*4.0对鹤虱属(Lappula Moench)13个代表种的核糖体ITS和叶绿体rpS16序列进行分子系统发育分析。采用最大简约法和最大似然法对获得的序列矩阵进... 以黄花软紫草(Arnebia guttata Bunge)和双柱紫草(Coldenia procumbens L.)为外类群,用PAUP*4.0对鹤虱属(Lappula Moench)13个代表种的核糖体ITS和叶绿体rpS16序列进行分子系统发育分析。采用最大简约法和最大似然法对获得的序列矩阵进行分析,得到一致性进化树。拓扑结构显示,Lappula为单系类群,前人对该属属下阶元的划分带有一定的人为主观性,不能完全真实反映其系统发育关系。结合形态学特征,得出该属植物大致沿着花由小型到大型,果实由同型到异型,小坚果边缘有瘤或刺到具翅这样的路线演化的。 展开更多
关键词 鹤虱属(Lappula) ITS序列 rps16序列 系统发育
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