一株类猪圆环病毒2型因子P1的全基因组序列测定与分析

【目的】确定猪体内存在与猪圆环病毒2型核苷酸序列高度同源的因子。【方法】首先利用PCR方法对来自临床表现为猪断奶后多系统衰竭综合征的猪血清所抽提的DNA进行扩增,根据获得的序列再设计引物进行反向PCR,拼接得到类猪圆环病毒2型因子P1的全基因组序列,最后根据P1全基因组序列设计引物扩增其全基因组加以验证。【结果】首次完成了类猪圆环病毒2型因子P1的全基因组序列测定。测序结果表明P1因子为环状DNA基因组,全长648个核苷酸,包括3个开放阅读框。除5′端16个核苷酸外,P1因子与国内猪圆环病毒2型BF毒株的核苷酸同源率为98.42%。系统进化分析表明P1与猪圆环病毒有很近的亲缘关系。【结论】猪体内存在类猪圆环病毒2型因子P1。

普通小麦基因组最可能的4个供体的ITS1和ITS2序列及其亲缘关系

对普通小麦（ＴｒｉｔｉｃｕｍａｅｓｔｉｖｕｍＬ．）基因组（ＡＡＢＢＤＤ）最可能的供体———Ｔ．ｕｒａｒｔｕＴｈｕｍ．（ＡＡ）、Ｔ．ｍｏｎｏｃｏｃｕｍｖａｒ．ｂｏｅｏｔｉｃｕｍ（Ｂｏｉｓ．）ＭＫ（ＡＡ）、ＡｅｇｉｌｏｐｓｓｐｅｌｔｏｉｄｅｓＴａｕｓｃｈ．和Ａｅ．ｔａｕｓｃｈｉＣｏｓ．（ＤＤ）的核糖体ＲＮＡ基因ＩＴＳ区进行了ＰＣＲ扩增和克隆，并测定了ＩＴＳ１和ＩＴＳ２的ＤＮＡ序列，讨论和纠正了前人的结论。四个种中，ＩＴＳ１长２２１～２２３ｂｐ，ＩＴＳ２长２１６～２１７ｂｐ。ＩＴＳ１序列的种间分化距离范围为０．０２９０～０．０６４０，ＩＴＳ２的为０．００９３～０．０５８０。根据ＩＴＳ１、ＩＴＳ２以及ＩＴＳ１＋ＩＴＳ２序列都得出相同的一个最大简约树，所揭示的亲缘关系与这些种的形态学和细胞学特征相一致。在每一个分支树中，Ｔ．ｕｒａｒｔｕ和Ｔ．ｍｏｎｏｃｏｃｕｍｖａｒ．ｂｏｅｏｔｉｃｕｍ构成一个单系类群，Ａｅ．ｓｐｅｌｔｏｉｄｅｓ和Ａｅ．ｔａｕｓｃｈｉ构成另一个单系类群，前一分支的ｂｏｏｔｓｔｒａｐ值高于后一分支。

虎源猫泛白细胞减少症病毒VP1、Vp2和NS1基因的克隆与序列分析

根据Genbank上发表的猫泛白细胞减少症基因序列数据，设计了3对引物，并采用PCR方法对从东北虎粪便中分离出的FPV-HLJ的结构蛋白VP1、VP2和非结构蛋白NS1基因进行了扩增，将各片段克隆至pMD18-T载体，经PCR鉴定后进行了序列测定和分析。结果显示：FPV-HU与GenBank上公布的FPV、CPV和MEV毒株相比，核苷酸序列同源率VP1为98.8％-99.8％，VP2为98.1％-99.4％，NS1为98.6％-99.7％。VP1氨基酸同源率为97.6％-99.2％，VP2、NS1氨基酸同源率与其核苷酸同源率相同。并且VP1、VP2和NS1上分别有4、3和9处氨基酸发生变异。

H1N2亚型猪流感病毒HA、NP、NA、M和NS基因的克隆与序列分析

对3株H1N2亚型猪流感病毒（SIV）：Sw／GX／17／05、Sw／HN／I／05和Sw／GX／13／06的血凝素（HA）、核蛋白（NP）、神经氨酸酶（NA）、基质蛋白（M）和非结构蛋白（NS）基因进行克隆和序列分析。结果显示：3株分离毒株HA、NP、NA、M和NS基因之间核苷酸同源性分别为91．3％～98．0％、98．4％～98．8％、97．4％～98．3％、98．8％～99．8％和98．1％～98．4％。遗传进化分析显示：分离毒株与美国分离的三源基因重排HIN2sIV具有较近的亲缘关系；在HA、NP、M和NS基因进化树中，3株分离毒株均位于古典H1N1亚型SIV群，在NA基因进化树中，3株分离毒株则位于人流感病毒群。HA和NA基因推导氨基酸序列分别与代表毒株古典H1N1SIVA／swine／Maryland／23239／1991（H1N1）和人H3N2流感病毒A／BuenosAires／4459／96（H3N2）比较分析显示：HA（95．4％～96．1％）和NA（96．6％～97．2％）具有较高的氨基酸同源性；糖基化位点、抗原位点和受体结合位点（HA）处氨基酸存在一定的差异，这些氨基酸差异对病毒生物学特性的影响有待于进一步研究。

猪乙脑病毒WHe株的PrM-E、NS1、E-NS2A基因的克隆及序列测定

本文通过RT_PCR扩增了猪乙型脑炎病毒WHe株主要抗原基因NS1(约 1.14kb)、prM_E(约 2 .1kb)、E_NS1_NS2A (约 3.0kb) ,并将NS1、E_NS1_NS2A、PrM_E基因克隆、测序。与Genbank发表的JEV基因序列进行序列分析 ,发现WHe株与其他 12种典型的JEV强毒株的同源性在 88.3%～ 99.4 %之间。WHe株与K94P0 5株的同源性最低 (88.3% ) ,与P3株的同源性最高 (99.4 % ) ,可认为WHe株是由P3株衍生而来的。在JEV基因组 5’端 389～ 3910的长 35 2 2nt的决定JEV抗原性的C_prM_E_NS1_NS2A区中 ,WHe株与P3株仅有 2 1个碱基不同 ,其中的 14个单碱基突变为同义突变 ,另外7个为错义突变 ,导致相应的氨基酸序列 (1173个 )中的 6个氨基酸发生了变异 ,其中的 5个氨基酸变异出现在含有各关键的抗体中和决定簇的E蛋白内 ,另一个位于NS1蛋白内。

蓝狐细小病毒VP2基因与NS1基因的克隆与序列分析

根据GenBank上发表的犬细小病毒（Canine parvovirus,CPV）、猫细小病毒（Feline parvovirus,FPV）核酸序列,分别设计扩增VP2基因与NS1基因的特异性引物,采用PCR技术扩增蓝狐细小病毒（Blue fox parvovirus,BF-PV）泰安分离株（BFPV-TA）的VP2基因和NS1基因,将PCR产物克隆入pMD18-T载体,进行测序分析。结果显示,BFPV-TA VP2基因含有1个ORF,全长1 755 bp,共编码584个氨基酸,第219位氨基酸发生I→V（219I→V）改变,300G→P,411E→A;BFPV-TA NS1基因含有1个ORF,全长2 007 bp,共编码668个氨基酸,8个氨基酸残基发生改变,43R→H,135H→Y,172K→R,179A→E,350D→N,409I→V,574I→V,616D→V。BFPV-TA VP2基因与CPV和FPV参照株的同源性在98.4%~99.4%,BFPV-TA NS1基因与CPV和FPV参照株的同源性为98.6%~99.1%。VP2基因系统发生分析,BFPV-TA与FPV的亲源关系较为密切,但NS1基因系统发生分析,BFPV-TA成单独的分支。

两株不同来源的猪圆环病毒1型ORF2基因的克隆与序列分析

根据GenBank中猪圆环病毒1型（PCV1）ORF2基因序列，设计了1对引物，应用PCR方法从PK-15细胞和疑似患断奶仔猪多系统衰竭综合征（PMWS）的仔猪组织病料中分别扩增出了PCV1 ORF2全基因（702bp）。将此基因片段克隆入pMD18-T载体，筛选获得了重组质粒pMD-PCV1-ORF2，并对其进行了测序与分析。结果表明：所克隆的PK-15来源和组织病料来源的ORF2基因的同源性为99．4％，二者与GenBank中登录的PCV1 ORF2基因的同源性为97．3％～99．9％，与PCV2 ORF2基因的同源性为67．9％～68．4％，二者编码的蛋白在几个功能区比较保守。抗原表位预测表明，PCV1 ORF2编码的蛋白具有良好的免疫原性。

安徽IBV地方株AH1-99株S2基因的克隆与序列分析

用RT-PCR技术扩增出IBV AH1-99株的S2基因cDNA,并将其克隆到pMD18-T载体中进行序列测定和分析。结果表明,该分离株S2基因全长共1 881个核苷酸,编码625个氨基酸;与GenBank中登录的IBVS2基因核苷酸的同源性为72.5%~88.9%,氨基酸的同源性为70.3%~88.0%;在895 nt^900 nt处插入了GCG ACT 6个碱基,在1 441 nt^1 446 nt处缺失了AT-TACT 6个碱基。

杭州库蚊复组抗性相关酯酶Est-β1~1、Est-β2基因序列测定与分析

目的了解杭州市库蚊复组抗性相关酯酶Est-β11和Est-β2基因序列,及其与标准抗性系序列的差异及变化情况。方法采集杭州市区库蚊,提取单个蚊虫基因组DNA,采用聚合酶链反应限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法检测酯酶等位基因。然后分别对相应酶型的PCR产物进行纯化、克隆、序列测定及分析。结果PCR扩增出860bp目的条带。用限制性内切酶酶切确定酯酶酶型(Est-β11、Est-β2)。测序结果与标准系之间各自一致性分别为100%和97.8%以上。结论杭州市库蚊复组抗性酯酶Es-β11、Est-β2测序和同源性分析表明它们与标准抗性系比对具有较高的同源性,提示这些酯酶Est-β基因序列高度保守,不易发生变异,有共同的起源。

NS2A序列对日本脑炎病毒NS1基因在原核系统中的体外表达的影响

用RT-PCR扩增并克隆了日本脑炎病毒弱毒株SA14-14-2的NS1、NS1'、NS1-2A的 cDNA片段,分别将其亚克隆到原核表达载体pET-30b(+),构建了重组原核表达质粒pET30b-NS1、pET30b-NS1'、pET30b-NS1-2A,转化大肠杆菌BL-21(DE3),用IPTG诱导培养。结果表明,仅有pET30b-NS1质粒转化的菌株获得表达,而另外2种重组质粒转化的菌株均无表达。表达的融合蛋白分子量约为46kD,约占菌体总蛋白的30.8%,Western blotting分析表明表达产物具有抗原活性。动物试验证实,重组NS1免疫小鼠蛋白可以抵抗强毒的攻击。笔者研究证实NS2A或部分NS2A的存在对于NS1的表达具有不利影响。

北京市同性恋HIV-1感染者的包膜基因C2-V3区序列测定和亚型分析

目的 了解北京市同性恋HIV-1感染者HIV-1的亚型类型及传播来源和流行时间。方法 应用套式聚合酶链式反应（PCR）对12份1993～2001年北京市HIV-1阳性同性恋者外周血单个核细胞（PBMC）的核酸样品进行扩增,并对其包膜区的C2-V3段的306个核酸序列进行测定和分析。结果12份样品全部是B亚型的HIV-1毒株序列,其亚型内的基因离散率为 10.35± 2.06,与国际 A-E亚型共享序列比较后发现其与 A、C、D、E亚型的共享序列的基因离散率均大于 25％,而与国际 B亚型共享序列的基因离散率仅为11.25±3.60。系统树分析显示,12个毒株与B亚型共享序列聚在一起并远离其它国际亚型,并且12个毒株与SF162紧密相连,而与国际B亚型共享序列和泰国B亚型代表株TH14可以分开。对gp120中最重要的中和抗体决定簇V3环序列进行对比分析发现,12毒株在V3环中变化较大,其中4毒株带有GPGR这一欧美B亚型V3环顶端四肽序列特征,占33.33％,1个毒株带有GLGR,占8.33％,而其它7个毒株为GWGR,占58.34％。结论HIV-1在北京市同性恋人群中流行的为B亚型,流行来源为欧美,流行时间10年左右,V3环顶端四肽序列特征以GWGR为主。

猪圆环病毒1型ORF2基因的克隆与序列分析

参照Genbank上公开发表的PCV1 全基因序列设计引物,以质粒pSK PCV为模板扩增出PCV1 ORF2基因,插入pMD18 T载体,对筛选出的阳性质粒进行测序,将测序结果同Genbank上发表的PCV1 基因序列相比较,同源性达97%,再与Genbank 上发表的PCV2 的ORF2 基因序列相比较发现PCV1 ORF2 和PCV2 ORF2的差异表现在两者在核苷酸序列的2个部位互相存在基因缺失现象。将推导出的PCV1 ORF2 的氨基酸序列同PCV2 ORF2进行比较,发现二者在几个功能区相当保守,尤其是N 末端的核定位序列、N 糖基化位点以及酪氨酸磷酸化位点。

H5N1亚型和H3N2亚型禽流感病毒广西株NS基因的克隆和序列分析

目的对3株分离自广西的禽流感病毒的NS基因进行序列分析,试图从分子水平分析和了解广西地区禽流感病毒NS基因的变异特点和进化规律。方法根据GenBank上登录的已知禽流感病毒的NS基因全序列设计引物,对3株2004-2005年分离自广西的禽流感病毒株A/DK/GX/1566/04(H3N2)、A/Goose/GX/737/05(H5N1)、A/Goose/GX/2775/05(H5N1)的cDNA进行PCR扩增NS基因,并将其克隆到pMD-18T载体上,分别获得全长为855bp、834bp、837bp的NS基因全序列。结果2株H5N1亚型禽流感病毒广西株间NS基因序列的同源性为95.3%,而2株H5N1亚型禽流感病毒株与H3N2亚型禽流感病毒株之间NS基因序列的同源性为94.0%～94.1%。H5N1亚型禽流感病毒广西株的NS基因在第238-253位核苷酸处均发生了15个核苷酸缺失,与我国广东、香港、云南、湖南、湖北及东南亚等不同地区的毒株比较,NS基因的核苷酸同源性为70.2%～97.6%。在NS基因系统进化树中,3株禽流感病毒广西株都属于A亚群,但处在不同的分支上,其中A/DK/GX/1566/04(H3N2)与广东、香港2001-2003年分离株处于同一分支;A/Goose/GX/737/05(H5N1)、A/Goose/GX/2775/05(H5N1)与我国华南地区以及韩国、越南、泰国等亚洲东南部国家的2003年以后的分离株有共同起源。结论3株2004-2005年分离自广西的禽流感病毒株NS基因之间的同源性均高于94%,都属于A亚群。

猪圆环病毒1型ORF2基因的克隆与序列分析

根据GenBank中猪圆环病毒1型(PCV1)ORF2基因序列,设计一对引物,应用PCR方法从PK-15细胞和疑似患断奶仔猪多系统衰竭综合症(PMWS)的仔猪组织病料中分别扩增出PCV1ORF2全基因(702bp)。将此基因片段克隆入pMD18-T载体,筛选获得重组质粒pMD-PCV1-ORF2并对其测序,结果表明:所克隆的PK-15来源和组织病料来源的ORF2基因的同源性为99.4%,二者与Genbank上发表的PCV1ORF2基因的同源性介于97.3%～99.9%,与PCV2-ORF2基因同源性介于67.9%～68.4%,二者编码的蛋白在几个功能区域比较保守;抗原表位预测表明PCV1ORF2编码的蛋白具有良好的免疫原性。

黄麻羽肉鸡β-防御素基因AvBD 1和AvBD 2克隆、生物信息学分析及组织表达

【目的】防御素是生物体内产生的具有广谱抗微生物作用的活性肽。深入认识鸡β-防御素AvBD1和AvBD2的基本信息,有助于进一步研究和应用其生物学功能。【方法】采用PCR方法扩增黄麻羽肉鸡AvBD 1和AvBD 2基因并克隆测序,将测序获得的CDS序列推导成氨基酸序列后进行相似性比对,利用在线软件分析所预测蛋白的生物信息学特性,并探究二者在黄麻羽肉鸡不同组织中的表达情况。【结果】黄麻羽肉鸡AvBD 1和AvBD 2基因CDS区大小分别为198和195 bp,可编码65和64个氨基酸,二者CDS区序列相似度为56%,氨基酸序列相似度为36%,可见二者并非同源基因。系统进化树表明,黄麻羽肉鸡与其他几个品种鸡的亲缘关系较近,其中AvBD 1基因与小鼠亲缘关系最远;AvBD 2基因与大山雀亲缘关系最远。生物信息学分析结果显示,AvBD1和AvBD2均为疏水性蛋白,且AvBD1疏水性和稳定性均强于AvBD2,均存在信号肽,但所处氨基酸位点不同,无跨膜结构域,二级结构主要元件分别为α-螺旋和无规则卷曲,但参与形成这2种构象的氨基酸比例差异较大。实时荧光定量PCR分析发现,AvBD 1和AvBD 2基因在黄麻羽肉鸡心脏、肝脏、肺脏、肾脏和十二指肠组织中整体表达趋势相似,均以肺脏中表达量最高,十二指肠中表达量最低。【结论】试验成功克隆了黄麻羽肉鸡AvBD 1和AvBD 2基因CDS区全长序列,分析了AvBD1和AvBD2蛋白的结构和功能,二者在黄麻羽肉鸡内脏组织中的mRNA表达趋势一致,为进一步阐明AvBD1和AvBD2的生物学功能及其在生产中的应用提供参考依据。

人B组轮状病毒WH-1株NSP2基因片段的克隆与序列分析

目的 了解人B组轮状病毒近 2 0年来基因变异情况 ,为轮状病毒疫苗的研制提供依据。方法 利用逆转录 -聚合酶链反应 (RT -PCR)技术 ,扩增人B组轮状病毒WH - 1株NSP2基因 4 89bp的片断 ,并将其克隆到载体 pUCmT ,转化感受态细胞One-shotTop10F’ ,提取转化菌质粒经限制性内切酶PstI酶切分析 ,筛选出阳性菌提取质粒 ,对插入片段进行了测序和核苷酸序列分析。结果 利用GeneBee与其他B组轮状病毒株ADRV(人 )、CAL - 1(人 )及IDIR(鼠 )的NSP2基因进行同源性比较 ,发现毒株WH - 1与ADRV核苷酸序列的同源性达 99 8% ,与CAL - 1达 93 7% ,与IDIR(鼠 )的同源性为80 0 %。使用PredictProtein软件分析WH - 1NSP2的蛋白组成 ,发现其编码的 14 9个氨基酸组成的多肽中 ,含有 1个潜在的N -糖基化位点和多个磷酰化位点。从氨基酸序列的同源性看 ,WH - 1与ADRV的同源性达 99 3% ,与CAL - 1达 98 6 % ,而与IDIR为 86 2 %。结论 WH - 1与ADRV的起源相同 ,且B组轮状病毒NSP2基因保守性很高。对人B组轮状病毒NSP2基因序列分析将有助于B组轮状病毒的流行病学、基因进化以及轮状病毒疫苗的研制都将有重要意义。

庚型肝炎病毒杭州株E_2/NS_1基因区的克隆及序列分析

目的 获得散发性庚型肝炎病毒杭州株E2 /NS1区部分核酸序列。方法 选择 1例浙江杭州散发性庚型肝炎患者 ,从其血清中分离HGVRNA ,通过逆转录套式聚合酶链反应(RT nPCR)法 ,扩增该散发性HGV(HZ 2株 )E2 /NS1区部分cDNA片段 ,然后克隆到质粒 pGEX 4T 3中 ,并进行核苷酸序列分析。结果 HGV杭州株与河北株 (HGVC96 4、美国株 )(HGU44 40 2 )的核苷酸同源性为 92 5 %和 89 8% ,氨基酸同源性为 98 0 %和 93 9%。

新疆锁阳线粒体nad 1基因第2内含子序列居群间变异分析

目的:对分布于新疆的锁阳Cynomorium songaricum 4个居群22个个体进行了线粒体nad1基因第2内含子序列的比较研究,分析序列居群差异。方法:提取锁阳DNA,用通用引物扩增线粒体nad1基因第2内含子序列,Clustal W软件比较分析序列。结果:锁阳22个样本的nad 1基因第2内含子序列变异均表现为插入和缺失,无碱基替换发生,有13个个体序列完全一致,9个个体有变异位点,变异位点为10个;4个居群间分化不明显,其中b居群可能存在一定的分化,有两个个体y4和a19存在较大的变异,可能具有一定的遗传学意义。结论:线粒体nad 1基因第2内含子序列给出的锁阳4个居群分化不明显。