基于ITS基因序列的我国东南沿海等边浅蛤遗传多样性及遗传结构研究

为探究我国东南沿海等边浅蛤的遗传多样性以及群体遗传结构特征,基于等边浅蛤核糖体DNA(rDNA)的基因间隔区(ITS)序列,对我国舟山、南麂岛、漳浦、北海4个群体,共81个等边浅蛤个体进行了测序分析,经处理得到长度为420 bp的同源序列,共检测到31个单倍型。研究结果显示4个等边浅蛤群体遗传多样性水平较高,其中单倍型多样性(h)和核苷酸多样性(π)的平均值分别为0.733和0.01863。两群体之间遗传分化系数(Fst)值结果显示,北海群体与其他3个群体之间存在遗传分化,且达到显著水平(P<0.05)。NJ系统进化树和单倍型网络图均显示北海群体与其他3个群体间存在遗传分化,这与Fst值显示的结果一致。分子方差分析(AMOVA)的结果显示68.87%的变异来自于群体内,中性检验结果显示,4个等边浅蛤群体的Tajima′s D值均不显著(P>0.05),Fu′s Fs值总体未达到显著水平。这表明4个等边浅蛤群体符合中性进化,无群体扩张现象发生。

棕囊藻渤海株核糖体18SrDNA和ITS基因结构序列分析

对分离自渤海赤潮发生区的1株棕囊藻进行核糖体18S rDNA及ITS序列克隆测定,获得了长度为1 648bp的18S rDNA序列和长度为890 bp的ITS序列。对获得的基因序列进行同源性分析,结果表明,该棕囊藻的核糖体18S rDNA及ITS序列均与NCBI数据库中登录的球形棕囊藻的相应序列同源性最高;从GenBank中获取不同地理来源的19种棕囊藻的18S rDNA序列及6种棕囊藻的ITS序列,分别以棕囊藻核糖体18S rDNA和ITS为对象构建了棕囊藻属的系统发育树,从分子生物学角度确定了棕囊藻渤海株为球形棕囊藻(Phaeocystis globosa)。

中日产川芎的matK、ITS基因序列及其物种间的亲缘关系

目的 分析中国产川芎LigusticumchuanxiongHort.及日本产川芎CnidiumofficinaleMakino的核基因组ITS和叶绿体基因组matK序列 ,为探讨中日产川芎物种间的亲缘关系提供分子依据。方法 采用PCR直接测序技术测定川芎和日本川芎的ITS基因和matK基因核苷酸序列并作序列变异分析。结果 川芎和日本川芎的matK序列长度均为 12 68bp ,编码 4 2 2个氨基酸。ITS1 5 8S ITS2序列长度均为 699bp ,其中 18SrRNA基因 3′端序列 5 4bp ,ITS1序列 2 15bp ,5 8SrRNA基因序列 162bp ,ITS2序列 2 2 2bp ,2 6SrRNA基因 5′端序列 4 6bp。根据排序比较 ,川芎原植物与其商品药材间的matK基因和ITS基因序列完全相同 ,而川芎与日本川芎间matK基因则仅有 1个变异位点 ,即在上游 95 9nt处 1个转换替代 (T→C) ,反映在氨基酸序列则发生一个非同义取代V(GTG)→A(GCG) ;ITS基因也仅有 1个变异位点 ,即在ITS1上游 5 4nt处 1个转换替代 (T→C)。结论 通过进化速率较快的基因序列同源性分析 ,基本可以认为中日所产川芎基原一致 ,日本川芎学名似应改为LigusticumchuanxiongHort.

ITS基因序列分析在鉴定暗色真菌中的应用

目的：探讨使用ITS基因序列分析对浅部真菌病中分离的15株暗色真菌进行分子生物学鉴定，以了解致病菌株种类及指导临床治疗。方法：对浅部真菌病中分离的暗色真菌采用形态学方法观察菌落形态及显微镜下特征，并基于ITS序列对其进行PCR鉴定。结果：经形态学鉴定为15株暗色真菌的PCR产物经l％琼脂糖凝胶电泳分析，Tanon-3500凝胶成像系统鉴定扩增所得条带在500～700bp之间，测序结果经Blast比对，其中鉴定为链格孢2株，球孢枝孢酶2株，皮炎外瓶霉2株，枝状枝孢霉、新月弯孢霉、微皱篮状菌、Phaeobotryon cupressi、极细枝孢霉、裴氏着色真菌、威尼克外瓶霉、Exophiala oligosperma、Fonsecaea monophora各一株。结论：ITS基因序列分析可有效地鉴定暗色真菌，避免了由于l临床经验不足而导致的漏检和误诊。

牛瑟氏泰勒虫ITS基因PCR诊断方法的建立

本试验根据GenBank上登录的牛瑟氏泰勒虫ITS基因序列(AY661522.1),应用Primer Premier 5.0和Oligo 6.31软件设计合成1对特异性引物,以牛瑟氏泰勒虫DNA为模板,建立了牛瑟氏泰勒虫ITS基因PCR诊断方法。该方法扩增片段大小为1020 bp,与参考序列的同源性为98%;建立的PCR方法与猪附红细胞体、犬新孢子虫和弓形虫均无交叉反应,最低DNA检出量为1.5 pg/μL;通过对60份临床样品的检测,并与血涂片方法进行比较,结果显示PCR方法具有特异、敏感等特点,适用于牛瑟氏泰勒虫的检测。

豌豆白粉菌ITS基因的快速克隆及序列分析

以白粉菌菌株CFSZ5159为材料,通过分子系统分析方法进行种的鉴定,旨在建立一种快速有效克隆白粉菌内转录间隔区(ITS)基因序列的方法。采用Chelex-100法提取白粉菌CFSZS159的基因组DNA,以此为模板对rD-NA内的ITS序列进PCR扩增、克隆及测序测定。结果:CFSZ5159菌株ITS扩增片段大小为629 bp,采用GENETYXVersion7软件对序列进行了分析,结合传统方法鉴定确定其为豌豆白粉菌(Erysiphe pisi)。表明该方法具有经济、简便、快速的特点,适合于白粉菌的分类鉴定。

基于ITS基因分析扩展莫尼茨绦虫种系发育关系

为研究扩展莫尼茨绦虫分离株核糖体ITS序列的遗传变异情况,并利用ITS序列探讨扩展莫尼茨绦虫与其它带科绦虫的种群发育关系,本研究利用PCR对扩展莫尼茨绦虫分离株核糖体ITS序列进行扩增、测序及分析。结果表明:16株扩展莫尼茨绦虫分离株核糖体ITS序列长度一致,为1462~1473bP,且分离株与基因库扩展莫尼茨绦虫位于同一大分支,可以与其它带科绦虫有效鉴别。说明ITS序列种内较为保守,种间差异较大,可以作为扩展莫尼茨绦虫的种间遗传变异研究的分子标记。

基于COXⅠ及ITS基因粪类圆线虫PCR鉴定方法的建立

目的探讨以COXⅠ及ITS基因作为分子标记的PCR技术在粪类圆线虫病诊断中的应用。方法收集粪类圆线虫病患者的粪便作为检验物,离心沉淀法处理粪便,弃去粪渣,浓集、纯化粪便中的粪类圆线虫虫体,光学显微镜下观察虫体做形态学初判。PCR扩增COXⅠ及ITS基因,1%琼脂糖凝胶电泳鉴定目的片段。结果琼脂糖凝胶电泳紫外成像显示,COXⅠ和ITS基因目的条带单一、清晰,大小分别约为1500bp和900bp。COXⅠ基因的退火温度为48℃、ITS退火温度为50℃时有清晰的特异性条带。COX I基因条带与Genebank中其他线虫COX I基因片段大小一致,可作为粪类圆线虫虫种鉴定的分子标记。而在Genebank中检索到不同线虫的ITS基因,分别含有18S、5.8S和28S的部分或完全序列,因此碱基长度变化较大,若以ITS鉴别虫种需进一步做Blast分析。结论基于COXⅠ及ITS基因的粪类圆线虫分子检验方法应用于临床上,可有效提高粪类圆线虫病诊断的特异性和敏感性。

奥尔森派琴虫和北海派琴虫ITS基因测序及同源性分析

通过设计能扩增奥尔森派琴虫和北海派琴虫ITS序列的特异性引物,对我国东南沿海8个地区养殖牡蛎中常见的两种派琴虫相应基因进行扩增、克隆和测序,并进行同源性分析。国内不同地区奥尔森派琴虫ITS序列的同源性超过99.3%,与国外分离株的同源性也在98.8%以上;种间同源性分析发现,奥尔森派琴虫与海水派琴虫和P.honshuensis的同源性较高,分别为94.2%和95.0%,与P.qugwadi的同源性最低,仅62.9%。深圳和三亚分离的北海派琴虫ITS序列有18个碱基存在差异,其中ITS-1有3个碱基差异,ITS-2有15个碱基差异,而5.8S高度保守,没有碱基差异;北海派琴虫与其他种类之间的差异主要表现在ITS-1和ITS-2区域;同源性比较发现,北海派琴虫的同源性在100%-97.9%之间,其中深圳北海派琴虫的同源性较低,为97.9%。种间同源性分析表明,北海派琴虫与奥尔森派琴虫的同源性较高,为89.4%,其次为海水派琴虫和P.honshuensis,与P.qugwadi同源性最低,仅71.9%。

基于ITS基因分析蛇源裂头蚴种系进化关系

为了研究蛇源裂头蚴种系发育关系,本研究对大王蛇裂头蚴湖南株的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)进行扩增与测序,并对其基因序列进行比对后绘制种系进化树,分析蛇源裂头蚴与其它带科绦虫的种群遗传关系。结果显示,12个蛇源裂头蚴分离株ITS基因序列长度差异较小,为1 386 bp^1 404 bp;各分离株之间ITS-1和ITS-2差异分别为0.2%~1.3%和0.4%~2.2%,与Gen Bank中登录的其它带科绦虫相比,同源性均分别低于66.3%和52.1%。表明蛇源裂头蚴ITS基因序列在种内相对保守,种间差异较大,可以作为蛇源裂头蚴的分子遗传标记。分离株系统进化树显示,所有分离株与欧猬迭宫绦虫位于同一大分支,与其他带科绦虫得到了很好的鉴别。本研究为蛇源裂头蚴的鉴别诊断、分子流行病学调查等方面的研究奠定基础。

利用ITS基因研究徐闻滨珊瑚的系统发生关系

分别研究了徐闻3种滨珊瑚的ITS1和ITS2基因的碱基组成和G+C含量,并和已上传至Genbank上的其他9种滨珊瑚的ITS序列进行比较,研究了徐闻3种滨珊瑚的系统发生关系。序列分析结果显示,3种滨珊瑚的ITS1的长度为205 bp～209 bp,G+C含量为37.6%～45.5%,ITS2的长度为192 bp～226 bp,G+C含量为45.1%～50.7%,利用MEGA4.1软件计算滨珊瑚属基于ITS1和ITS2基因的平均遗传距离分别为0.097和0.200。基于ITS1和ITS2的NJ系统进化树都显示出,灰黑滨珊瑚位于进化树的基部,是原始的类群,普格滨珊瑚是进化类群,澄黄滨珊瑚是过渡类群。

基于ITS基因的三七PCR分子鉴定方法

为鉴定食品中的三七源性成分,以内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列作为DNA条形码来进行分析。该研究首先比较十六烷基三甲基溴化铵(cetyltrimethylammonium bromide,CTAB)法、十二烷基硫酸钠(sodium dodecyl sulfate,SDS)法和磁珠法3种常用DNA提取方法提取三七及其他植物样品DNA的效果(浓度、纯度),然后根据三七及其近缘植物ITS序列中的保守区域设计三七的特异性引物,建立一种针对三七鉴定的快速、特异、灵敏的聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)方法。对与三七相似或近缘的植物进行特异性试验,并利用三七与常见相似植物的混合样本进行PCR扩增测试该方法的灵敏度。结果显示:3种提取方法所得DNA扩增后均可检测出清晰条带,CTAB法和磁珠法提取效果良好。利用本研究所设计的特异性引物,能够对三七进行特异性的检测,检测灵敏度为0.5%。

粤西地区5种荔枝nrDNA ITS基因扩增及酶切分析研究

对广东省粤西地区的5个荔枝品种进行核糖体DNA（rDNA）内转录间隔区（ITS）的PCR扩增,并用限制酶HhaI、HaeⅢ、EcoRⅠ、HindⅢ、RsaⅠ对扩增产物进行酶切分析。5种荔枝属植物的ITS基因序列长度为600-800bp,PCR产物经过5种酶切后,5种荔枝属植物的PCR产物均切出位于600-800bp之间的主带,妃子笑的主带与其余4种差异明显;结果表明,荔枝品种中的白糖罂、新兴、糯米糍、尚书怀4种的亲缘性比较近,妃子笑与这4种的亲缘性较远。

孔雀球虫的分子鉴定及其ITS rRNA基因序列分析

为了解云南省昆明市孔雀感染球虫的种类及种属关系,采集昆明市2个动物园孔雀粪便样品及肠道内容物样本进行球虫卵囊的收集,进行形态学鉴定,PCR扩增球虫ITS rRNA基因,测序和序列分析,并利用MEGA6.0软件构建遗传系统进化树。结果显示,扩增的ITS rRNA基因序列长度为492 bp和493 bp,共鉴定出2种球虫,分别为和缓艾美耳球虫(Eimeria mitis)和火鸡和缓艾美耳球虫(E.meleagrimitis),相似度均为100%;进化分析结果表明,孔雀和火鸡之间可能存在球虫的交叉感染风险。该研究结果丰富了野生雉类寄生虫病的资料。

仰口线虫PCR检测方法的建立及应用

为特异性检测羊感染仰口线虫的情况,基于仰口线虫ITS基因序列设计特异性引物,进行退火温度及反应条件的优化,建立其属特异性PCR检测方法。应用该方法对仰口线虫、食道口线虫、毛尾线虫、捻转血矛线虫、细颈线虫、奥斯特线虫、夏伯特线虫、筒线虫、毛圆线虫的DNA样本进行扩增,仅能特异性扩增出仰口线虫的目的条带;该方法成功从仰口线虫中扩增出约500 bp的特异性片段,最低检测浓度为3.6×10^(3)copies/μL;该PCR检测方法对临床奶山羊粪便样品的检测结果显示,羊粪便样品中仰口线虫卵的阳性率为10%,且与显微镜镜检所得的结果一致。结果表明,建立的仰口线虫PCR检测方法敏感性较高且特异性良好,可以应用于临床羊粪便样品中仰口线虫的虫卵检测,为羊仰口线虫病的诊断与防治提供了一种技术支持。

基于ITS基因分析黑斑蛙裂头蚴种系发育关系

为了研究黑斑蛙裂头蚴种系发育关系,本研究利用聚合酶链式反应(PCR)对黑斑蛙裂头蚴湖南株核糖体DNA内转录间隔区(ITS)进行扩增与测序,应用ClustalX 2.0程序对序列进行比对,再利用Mega4.0程序进行NJ法绘制种系发育树,研究黑斑蛙裂头蚴与其他带科绦虫的种群遗传关系。结果显示,湖南省不同地区10个黑斑蛙裂头蚴分离株ITS序列基本一致,为1 362~1 382bp,各分离株之间ITS-1和ITS-2序列的同源性均高于95.4%和94.6%;与基因库中其他带科绦虫ITS-1和ITS-2序列的同源性均低于59.5%和56.9%。通过建立NJ系统发育树,湖南省黑斑蛙裂头蚴分离株与欧猬迭宫绦虫位于同一大分支,得到了很好的鉴定。黑斑蛙ITS序列在种内相对保守,而种间差异较大,因此ITS序列可以作为分子标记研究黑斑蛙裂头蚴种系遗传变异,从而为黑斑蛙裂头蚴的分子流行病学和群体遗传研究奠定基础。

叶绿体5SrDNA ITS和matK基因序列应用于刚竹属植物系统分类的可行性分析

本文应用CTAB法从37种竹类植物中提取基因组DNA,根据在GenBank中发表的5S rDNAITS和matK基因设计引物,通过PCR进行扩增。结果表明:37种竹子5S rDNA ITS序列PCR产物大小约为450bp,在刚竹属内部无长度上的差异,但是舒竹(Phyllostachys shuchengensis)与其他刚竹属植物相比,有一个位点的差异(由A变为C)。因此,5S rDNA ITS在属下水平上无法提供较大的信息量,变异性较低,不适于刚竹属属下水平的系统分类研究。同样,选取37种竹子中3个竹种的matK基因的PCR扩增产物直接进行测序,结果显示matK基因在竹亚科的属间长度上无差异,产物的长度约为1500bp,将测序结果进行同源性比对,在变异位点附近寻找多态性酶切位点,碱基序列上有一个位点的差异(BstNⅠ)。PCR-RFLP结果显示,共有3种竹子在此位点发生变异分别为:浙江淡竹(Phyllostachys meyeri)、安吉金竹(Phyllostachys parvifolia)和黄古竹(Phyllostachys angusta)。刚竹属植物的matK基因序列相当保守,片段中刚竹属间的绝对核苷酸差异不到1个,所提供的信息量不够充分。因此,叶绿体5S rDNA ITS和matK基因序列不适用于刚竹属植物系统分类研究,但其可能适合在属或属以上分类等级竹类植物的系统分类中应用。

基于ITS基因、Actin基因和EF-1α基因序列的新疆向日葵黑茎病菌亲缘关系分析

对不同地理来源的向日葵黑茎病菌的ITS基因、Actin基因和EF基因进行测序,结合GenBank中的同源序列,对这3种基因的序列进行比对分析和系统进化分析,探讨ITS、Actin以及EF基因用于向日葵黑茎病菌的种内鉴定以及其系统进化的可行性。结果表明:ITS序列和Actin序列比较保守,无法作为种内鉴定的依据。EF基因序列其变异几率比较高,不同地理来源的菌株在EF-1α基因序列上表现出了比较大的差异,可以用于种内亲缘关系的研究。

基于ITS基因序列鉴定阿萨希毛孢子菌及体外药敏分析

目的探讨使用ITS基因序列鉴定临床分离的阿萨希毛孢子菌及对常见抗真菌药物的体外敏感性,为临床治疗提供依据。方法对8株临床分离的阿萨希毛孢子菌通过形态学及核糖体r DNA ITS序列分析鉴定到种;使用法国梅里埃ATB FUNGUS 3真菌药敏试剂条测定氟康唑、伏立康唑、伊曲康唑、两性霉素B及5氟胞嘧啶对8株阿萨希毛孢子菌的最低抑菌浓度。结果阿萨希毛孢子菌在沙氏培养基上形成表面有干燥粉状物,奶油色酵母样菌落;转种科玛嘉念珠菌显色培养基背面明显呈蓝色,正面呈浅蓝色;转种米粉培养基后,镜下可见大量的关节孢子。核糖体r DNAITS序列分析结合形态学特点可以将阿萨希毛孢子菌鉴定到种,药敏结果显示8例患者中,有3例对5-氟胞嘧啶耐药,其余均中介;有3例对两性霉素B敏感,其余均耐药;有3例对伊曲康唑敏感,其余均中介;8例均对氟康唑和伏立康唑敏感。结论 ITS序列分析准确快速,可以辅助临床区分难鉴定毛孢子菌。阿萨希毛孢子菌药敏谱不同于临床常见其他酵母菌,5-氟胞嘧啶、两性霉素B和伊曲康唑对其活性差,氟康唑和伏立康唑具有良好的体外抗菌活性。

nrDNA ITS和cpDNA rpl16基因测序法对六种鼠尾草的检测(英文)

为从鼠尾草属植物中鉴别丹参品种,采用基因测序方法,用核糖体核酸内转录间隔区基因(nrDNAITS),编码核蛋白体大亚基多肽L16的基因(rpl16)及叶绿体DNA上包含trnL以及trnL和trnF间隔区的区域基因(trnL-trnF)的序列,检测六种鼠尾草属新鲜植物。由于nrDNAITS和rpl16突变率较高,可以做为6种鼠尾草的基源鉴定标记,依此设计了两对特异引物,从6种鼠尾草中鉴定出丹参(Salvia miltiorrhi-za)和云南鼠尾草(S. yunnanensis)。但trnL-trnF突变率太低,未能用于鉴别。商品干燥中药材因加工和储藏的方式致使DNA降解严重,基因测序法难于应用。