济南市两株输入性登革热3型病例病毒基因组全序列测定及分析

目的对济南市两株输入性登革热病例进行血清学和基因检测,获取全基因数据并进行分子特征分析。方法采集济南市2例登革热疑似阳性病例的全血样本,通过Real-time PCR对病毒进行分型检测。离心分离血清,用于胶体金法检测登革病毒NS1抗原、IgM抗体和IgG抗体;同时扩增病毒全基因序列,将序列与国内外分离株序列进行比对,Mega 7.0软件构建进化树,RDP4软件进行基因重组分析。结果2例病例核酸分型检测结果为DENV3型,胶体金检测结果显示NS1抗原均为阳性,IgG抗体结果均为阴性;测序后拼接序列长度分别为10707 nt和10706 nt,两条序列仅在末端有6个核苷酸的差异,经系统进化分析,这两例病毒株属于DENV3型基因1型,与2017年孟加拉国流行株具有高度同源性。结论济南市登革热的防控依旧需要加强输入性病例的监测。

番茄褐色皱纹果病毒分子检测与基因组部分序列分析

为了确定张家口及银川番茄产区是否发生番茄褐色皱纹果病毒病(ToBRFV),探究番茄ToBRFV的遗传信息和演化,为番茄褐色皱纹果病毒的诊断和防治及番茄抗病毒病基因工程提供重要的科学依据,采用张家口和银川两地区疑似病果进行分子检测,并利用相关分子生物学软件对该病毒基因进行序列分析及全基因组的系统进化分析。结果表明,张家口及银川果实病毒分离物与GenBank中大部分ToBRFV分离物的基因组结构相似性在99%以上,确定两地区番茄果实病毒为番茄褐色皱纹果病毒。ToBRFV分离物的地域性很强,中国不同地区的ToBRFV病毒,与来自欧洲和亚洲的多个国家地区都有关联,张家口分离物与中国分离物(MT018320.1)亲缘关系最近,银川分离物与秘鲁分离物聚类到一起,说明银川分离物可能来自南美洲。张家口分离物与中国分离物(MT018320.1)的4个ORF氨基酸相似性最高,而银川分离物与张家口分离物相似性较低。另外,研究结果首次发现,银川分离物CP蛋白的第444位碱基由A突变成G,从而导致CP蛋白的氨基酸第131位由V(缬氨酸)突变为A(丙氨酸),CP蛋白发生了有义突变。综上所述,张家口及银川番茄产区发生了番茄褐色皱纹果病毒病,且两地区的病毒来自不同的地方。

广西苦瓜白粉病菌优势生理小种鉴定及ITS序列分析

【目的】明确广西苦瓜主产区白粉病病原菌种类和生理小种,为苦瓜白粉病防治及抗病育种提供科学依据。【方法】2016—2021年,在广西南宁、柳州、桂林、北海、玉林、贺州、崇左和贵港8个苦瓜产区采集并分离白粉病病原菌246份,通过显微镜观察分生孢子形态及ITS序列分析构建系统进化树明确苦瓜白粉病菌种类,并采用国际通用的13个甜瓜白粉病菌生理小种鉴别寄主和鉴别标准体系对白粉病菌的生理小种进行鉴定;通过调查白粉病菌优势生理小种在广西苦瓜栽培品种桂农科6号、清脆277、翠华和海加仕183上的危害程度和致病力分析,明确广西苦瓜主产区白粉病菌种类及生理小种的分化。【结果】通过形态学与分子生物学相结合的方法确定广西苦瓜白粉病病原菌为单囊壳白粉菌(Sphaerotheca fuliginea),存在小种1和2F两个生理小种,其中,2016—2021年生理小种1的平均分离频率为95.72%,是广西苦瓜白粉病菌的优势小种,生理小种2F仅在贵港苦瓜种植基地发现,平均分离频率为4.29%。苦瓜白粉病菌优势小种致病力测定结果显示,4个广西苦瓜栽培品种的病情指数逐年增加,生理小种1致病力强度呈上升趋势,田间病害发生较严重。【结论】导致广西苦瓜白粉病的病原菌为单囊壳白粉菌,存在小种1和2F两个生理小种,其中生理小种1为广西苦瓜白粉病菌优势小种。广西苦瓜白粉病菌菌株的遗传进化与地域有一定关系,但差异不明显。

1株新型鹅星状病毒的全基因序列分析

为研究新型鹅星状病毒(Novel goose astroviruses,N-GAstV)的遗传进化特征,获得了鹅星状病毒安徽分离株AstV/AHHX的全长基因,为7251 nt。测序分析显示:AstV/AHHX具有典型的新型鹅星状病毒基因组特征。AstV/AHHX与分离株GDZJ37以及山东分离株G538和G576的遗传距离较近;同时与毒株GDZJ37、G538和G576的ORF2氨基酸序列同源性达100%,ORF1a和ORF1b的同源性也有99.6%以上,推测它们由同一毒株演化而来。ORF2氨基酸序列位点分析显示有12高变异位点,分别是第36(Y/S/H)、60(V/I)、224(T/A)、228(A/S/T)、229(P/Q)、289(T/A)、376(T/A)、456(D/E)、540(Q/L)、608(S/T)、610(E/D/G)、614(N/A/T)位氨基酸。其中第224、228、229、608、614位的氨基酸突变可能导致病毒蛋白质的构象及功能发生变化,进而改变病毒的致病能力。

大白菜蜡质缺失突变体YW71的遗传及序列变异分析

以大白菜蜡质突变体YW71为对象,研究其亮绿无蜡粉性状的遗传规律和调控基因。通过遗传分析,表明YW71中的亮绿无蜡粉性状由隐性单基因控制。通过等位基因互补实验证明YW71的亮绿性状是BrWAX2等位突变引起的。序列分析表明,在YW71中BrWAX2基因在第3个外显子末端发生了39 bp的缺失,进而引起转录水平的可变剪切和翻译水平的提前终止。表达模式分析表明,BrWAX2基因在YW71茎和叶中表达量显著下降。此外,研究针对39 bp的变异开发并验证了共显性标记BrWAX2-In Del1。研究结果丰富了白菜类蔬菜蜡质突变遗传资源,将为亮绿无蜡粉品种的分子育种提供理论指导和技术支持。

鸽源禽腺病毒XY20株Hexon全基因克隆与序列分析

为了明确鸽源禽腺病毒主要致病性相关基因的分子特征,试验对Hexon基因分段进行PCR扩增,并在测序后拼接为完整的XY20株Hexon基因,通过DNAStar 7.1软件将其与从GenBank中选择的49株参考毒株的核苷酸和氨基酸进行序列比对,绘制系统进化树,分析氨基酸位点变异情况;通过SOPMA在线软件预测分析Hexon基因编码的Hexon蛋白的二级结构,通过http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/程序预测Hexon蛋白的N-糖基化位点。结果表明:XY20株Hexon基因序列全长为2814 bp,编码937个氨基酸;XY20株属于C群FAdV-4型,与各群代表毒株Hexon基因的核苷酸相似性在71.7%~100%之间,推导氨基酸序列相似性在76.8%~100%之间,与我国近几年禽腺病毒流行毒株GX-1、HB1510、HLJ 160826等的Hexon基因相似性为100%。与国外C群FAdV-4型毒株相比,XY20株的氨基酸中存在31个变异位点。XY20株Hexon蛋白的二级结构及11个N-糖基化位点与FAdV-4型早期毒株ON1相比没有发生明显变化。说明XY20株与早期FAdV-4型毒株Hexon蛋白抗原性一致,且极有可能源自鸡群FAdV-4型流行毒株。

三角鲤线粒体基因组全序列测定及分析

[目的]三角鲤(Cyprinus multitaeniata)是我国具有重要经济价值的鱼类之一,了解三角鲤线粒体基因的结构和特点,为三角鲤的种群遗传多样性研究提供基础资料。[方法]采用26对引物扩增三角鲤的线粒体全基因,通过生物软件识别和分析各基因和非编码序列的位置和特点,并通过与GeneBank数据库已发表鲤科鱼类序列进行比较和构建系统发育树进行分析。[结果]三角鲤线粒体全基因总长度为16 573 bp,碱基含量A为32.2%、T为24.9%、C为27.3%、G为15.6%;包括37个编码基因(编码蛋白基因13个、tRNA基因22个和rRNA基因2个)和2个非编码序列区(OL区和控制区)。13个蛋白编码基因中,COX1的起始密码子为GTG,其他均为ATG;终止密码子包括TAG(ATP8)、TA(COX3、ATP6)、T(ND2、COX2、ND3、ND4、Cty b)和TAA(ND1、COX1、ND4L、ND5、ND6)3种。22个tRNA基因中,除了tRNASer(AGC)外其余都能折叠成典型的三叶草结构;三角鲤控制区序列可以识别出3个典型保守区域;系统发育分析表明,三角鲤与大眼鲤(C.megalophthalmus)亲缘关系较近。[结论]三角鲤线粒体基因组成、长度和排列顺序与典型的脊椎动物相同,在亲缘关系上与大眼鲤最近;线粒体基因组序列适用于三角鲤的系统发育分析。

HIV-1整合酶基因序列分析方法验证

目的 验证实验室自建人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)整合酶基因序列分析方法。该方法可用于评估HIV-1整合酶区段基因型耐药水平。方法 根据世界卫生组织自建基因序列分析方法验证的建议,从20份HIV-1阳性样本中提取RNA,扩增HIV-1整合酶区基因片段,并测序。通过与病毒质量保证(VQA)共识进行比对,评估实验室自建的HIV-1整合酶基因序列分析方案的准确性,通过扩增成功率评估其灵敏度,通过同一样本的重复检测结果评估其精密度和重现性。结果 20份样本与VQA共识的核苷酸一致率均>98%;10个高病毒载量(>10 000拷贝·mL^(-1))样本和5个低病毒载量(1 000~5 000拷贝·mL^(-1))样本的扩增成功率均为100%;4个样本的同批次5复孔和5个样本5次检测的结果均符合90%的样本配对比较核苷酸一致率>98%的要求。结论 该HIV-1整合酶基因序列分析方法的准确性、灵敏度、精密度和重现性均符合要求,适用于HIV-1整合酶基因序列分析。

主余震序列作用下考虑断层距的桥梁风险分析

为了提高震害预测和结构震后性能评估的准确性和合理性,提出了一种考虑断层距衰减的主余震序列构造方法,并使用该方法构造了50组相关场地的地震动;以一座三跨连续梁桥为研究对象,使用OpenSees抗震分析软件进行非线性动力分析,采用改进的Park-Ang损伤指标建立易损性曲线,分析断层距对连续梁桥在不同设防主余震序列下的损伤指数和破坏概率的影响;提出震后危险性分析方法,对比分析了考虑断层距的主余震序列对桥梁结构的震后风险性影响。结果表明:余震的发生导致结构的损伤概率提高了10倍以上;在断层距10 km范围内的结构发生中度及以上破坏的风险性较大;提高设防地震等级能有效避免结构在主余震序列作用下发生严重或倒塌破坏;在震后救援和重建时考虑断层距的影响可以防止造成二次伤害。

青花菜线粒体基因组组装与序列特征分析

为更好地从分子水平了解青花菜,对青花菜进行线粒体基因组组装,并对其序列特征进行分析。青花菜线粒体基因组大小为219964 bp,GC含量为45.25%。线粒体基因组注释到61个基因,包括33个编码蛋白基因,23个tRNA基因,3个rRNA基因和2个假基因。其中8个基因的核苷酸多样性较高;24个基因无核酸多样性。变异数量最多的基因是rrn26、rrn18和atp1,其变异数量分别为326、277和136。密码子偏好性分析结果显示RSCU值>1的密码子有29个,大多以A/U碱基结尾,表明其密码子更偏向于A/U结尾。基因组序列中共检测到345个重复序列,包括170个正向重复序列和175个回文重复序列。青花菜与花椰菜的线粒体基因组具有极好的共线性,且基因的位置基本一致。青花菜线粒体和叶绿体基因组中共检测到22条同源片段。同源片段总长度为13355 bp,平均607bp。

2016—2021年合肥市极端气温与循环系统疾病死亡的时间序列分析

目的探讨合肥市极端气温对居民循环系统疾病死亡的影响及不同人群的敏感性分析。方法收集合肥市2016—2021年逐日气象资料、大气污染物监测资料及循环系统疾病死亡数据。采用基于广义相加模型的分布滞后非线性模型(distributed lag non-linear model,DLNM),评估极端气温对不同性别、年龄人群循环系统疾病死亡影响以及对循环系统主要疾病死亡的滞后效应和累积效应。以日均气温中位数(17.7℃)为对照,计算极端气温的相对危险度(RR)。结果合肥市极端气温对居民循环系统疾病死亡具有显著影响。极端低温对循环系统疾病死亡影响滞后时间长,lag4时达到最大,RR(95%CI)为1.067(1.039,1.095),且不同人群的死亡风险均明显增加。极端高温对循环系统疾病死亡的影响在当天达到最大,RR(95%CI)为1.088(1.020,1.160),持续时间短;≥65岁、女性和脑血管病患者也均在当日效应最大,且效应具有统计学意义,而对其他人群无明显影响。极端气温对不同人群的冷效应均高于热效应,低温对<65岁人群的死亡风险明显高于≥65岁人群,热效应则相反;女性冷效应和热效应均高于男性;脑血管病人群冷效应和热效应也均高于缺血性心脏病人群。结论合肥市极端气温可能增加居民循环系统疾病死亡风险,冷效应影响更大,不同人群对冷热效应的敏感性有差别。

基于频繁序列挖掘的出租车轨迹特性分析

为进一步厘清不同出租车路径选择行为的差异性,采用频繁序列挖掘方法提取了同一个OD对间的频繁路径,构建路径选择集,分别从静态和动态两个角度分析路径集的相似特性。以西安市出租车的轨迹数据为研究对象,通过栅格划分与路网匹配,获得了不同OD对之间的路径集合。重新定义了频繁路径,采用PrefixSpan演变算法,在得到频繁子序列的基础上引入动态阈值和频繁度指标挖掘频繁路径,提取了最短路径和其他路径,完成了3类有效路径集的构建,并分析了路径集的一般属性。其后,将路径上二维时间序列(轨迹)间的相似度表示为动态相似度,将一维有向序列(路段)间的相似度表示为静态相似度,基于改进的最长公共子序列和动态时间规整算法对3类路径进行了相似性分析。结果表明:频繁路径与最短路径的相似度较高,意味着大多数出租车仍然选择具有最低出行时间的路段,但不一定会选择最短路径;时间和距离仍是出行者选择路径时主要考虑的因素,但出行者并不完全追求时间最短或距离最短;试验得到的动态相似度计算结果显著高于静态相似度计算结果,说明路径上的二维时序相似度高于一维形状相似度;两种方法下频繁路径和最短路径的相似度均最高,最短路径和其他路径的相似度均最低,比较结果的一致性说明可以用动态轨迹的相似度来大致度量静态路径的相似度。文中的频繁路径挖掘算法具有一定的可靠性,可为城市交通管理者进行路径推荐、道路规划等提供支持。

主余震序列作用下基于时间维度的连续梁桥易损性分析

为研究连续梁桥在主余震序列作用下基于时间维度的易损性情况,以一座三跨连续梁桥为研究对象,基于OpenSees有限元软件进行非线性动力分析。选取符合区域场地类型的地震动,通过改进的大森定律和区域主余震统计关系,构建基于时间的主余震序列。以改进的Park-Ang损伤指数作为结构的损伤指标,运用直接回归概率线性拟合的方法建立主震后短期内各时间节点桥墩在不同损伤状态下的地震易损性曲线,研究区域时间范围内主余震序列对连续梁桥抗震性能的影响。结果表明:(1)余震会给桥梁结构带来明显的增量损伤;(2)各种损伤状态的超越概率随着PGA的增大和时间的推移而不断增大,且主震造成的损伤状态等级越高,其超越概率越低,余震作用时超越概率增大越明显。超越概率在震后第1日增幅最大,随着时间的推移逐渐减小,第10日趋于平稳,因此在分析地震给桥梁带来的损伤时,要充分考虑主余震序列的时间效应。

基于时间序列分析的港口货物吞吐量预测研究

港口货物吞吐量是衡量企业生产经营活动的重要依据,体现地区的经济活力与国际贸易潜力。为更准确地预测港口货物吞吐量,本文针对上海港2013年至2022年间集装箱吞吐量变化特征进行量化分析,使用时间序列研究方法对上海吞吐量发展趋势作出精准化预测。对时间序列的平稳性与模型合理性进行进一步验证,减少时间序列历史数据非线性、非平稳性特点产生的预测误差,提升港口吞吐量预测的准确性和科学性,为实现生产效率与资金投入的科学化统筹提供基础数据支撑。

信前胡烟草花叶病毒lncRNA测序鉴定、原核蛋白表达及其序列分析

本研究对信前胡烟草花叶病毒进行鉴定、原核蛋白表达和序列分析,为信前胡脱毒苗的培育和鉴定提供理论依据。通过lncRNA测序和RT-PCR鉴定信前胡烟草花叶病毒蛋白基因,利用大肠杆菌重组技术表达信前胡烟草花叶病毒蛋白,并采用生物信息学方法进行序列分析。信前胡烟草花叶病毒蛋白基因包括复制酶(ORF1)、运动蛋白(ORF2)和外壳蛋白(ORF3);信前胡烟草花叶病毒复制酶、运动蛋白和外壳蛋白均可通过RT-PCR检测到,并可实现大肠杆菌重组表达,表明信前胡烟草花叶病毒的lncRNA测序结果准确;信前胡烟草花叶病毒复制酶、运动蛋白和外壳蛋白基因cDNA总长度分别为3351 bp、807 bp和480 bp;信前胡烟草花叶病毒复制酶、运动蛋白和外壳蛋白与烟草花叶病毒的亲缘关系较近,同源性分别为99.64%、98.88%、98.74%。信前胡烟草花叶病毒(Peucedanum praeruptorm tobacco mosaic virus,PpTMV)在江西省上饶市信前胡主产区信州、广信、玉山、广丰、婺源、德兴、弋阳的7个区或县均有发生。这是首次报道在信前胡上检测到PpTMV。

长期护理保险对失能人员医疗服务利用及费用的影响——基于中断时间序列分析

目的:研究长期护理保险政策对长期护理保险待遇享受人员医疗服务利用及费用的影响,探讨长期护理保险实施效果并提出建议。方法:采用卡方检验、中断时间序列分析,综合分析待遇享受人员的医疗服务利用及费用在长期护理保险实施前后的变化情况。结果:研究发现,对不同医疗保险类型、失能等级和年龄的失能人员选择不同的照护方式存在显著差异(P<0.05),待遇享受人员医疗服务利用频次及费用均有降低。结论:医疗保险类型、失能等级和年龄是照护方式选择的影响因素,待遇享受人员的医疗服务利用和费用显著降低,长期护理保险可能减少了“社会性住院”行为。政策建议:缩小城乡待遇差异、促进一体化发展,探索居家照护与机构上门结合、促进护理机构综合发展,健全照护服务体系、减轻家庭压力。

广西地区腹泻仔猪呼肠孤病毒的感染及序列分析

为了解广西地区腹泻仔猪中哺乳动物呼肠孤病毒(MRV)的感染情况及主要流行毒株,应用套式RT-PCR对广西部分地区2020-2022年173份腹泻猪样品进行检测,并选取部分阳性样品进行S 1基因扩增与分析,进一步了解广西地区MRV主要流行毒株的基因特征。结果显示,2020-2022年173份样品MR总阳性率为18%(32/173),各年阳性率分别为29.6%、9.9%和33%。获得1株S 1基因全长序列,序列比对结果发现该序列与其他MRV S 1基因序列的核苷酸同源性为43.4%~97.9%,氨基酸同源性为26.1%~97.8%;遗传进化分析显示,获得的毒株序列为MRV3型,与其他猪源MRV3型毒株ZJ2013、IND/MZ/3013789/reo在同一分支上,同属于谱系Ⅳ。结果表明广西地区猪群存在一定程度的MRV感染,为进一步防控广西腹泻猪群中MRV的流行提供科学依据。

鸡群中鸡传染性贫血病原与抗体检测及分离株VP1基因序列分析

为了解鸡群中鸡传染性贫血病毒(CAV)感染及抗体产生情况,从黑龙江省两个无临床症状鸡群(B群和S群)中,分别采集血清通过ELISA方法进行抗体检测,采集抗凝血并分离淋巴细胞,针对基因组保守序列设计引物,通过PCR方法进行病原检测,并对从B群病原阳性鸡分离到的分离株进行VP1基因序列分析。结果显示,B群和S群CAV抗体阳性率分别为62.7%(79/126)和68.2%(88/129),病原阳性率分别为43.0%(49/114)和62.3%(48/77),其中,B群和S群中抗体和病原双阴性的鸡分别为23.7%(27/114)和15.6%(12/77),而抗体和病原双阳性的鸡分别高达28.1%(32/114)和46.8%(36/77);在双阳性鸡中,B群和S群分别有62.5%(20/32)和58.3%(21/36)抗体滴度在1.0×10^(4)及以上,从B群病原阳性鸡全血中分离到一株CAV(HLJ/2022株),分离株HLJ/2022第394位氨基酸为谷氨酰胺,具有强毒的分子特征;两个鸡群的环境拭子CAV阳性率为10.0%(3/30),存在于消毒前的鸡蛋表面、更衣处和鞋底。研究表明,检测鸡群的CAV抗体阳性率在62.7%以上,病原阳性率在43.0%以上,抗体滴度在1.0×104及以上CAV仍可存在,CAV流行株(HLJ/2022)具有强毒分子特征,鸡群环境中存在CAV污染,结果为CIA防控提供重要的参考意见。

A、B、J亚群禽白血病病毒混合感染的鉴定及gp85基因序列分析

【目的】了解湖北地区禽白血病病毒(Avian leukosis virus, ALV)亚群之间混合感染及其gp85基因遗传变异情况,为进一步研究ALV混合感染的流行病学提供参考。【方法】对来自湖北宜昌疑似感染ALV的一只病死鸡进行病理剖检,无菌采集病变组织接种DF-1细胞进行病毒分离,通过PCR、ELISA及间接免疫荧光试验(IFA)等方法进行亚群鉴定,进一步对分离株gp85基因的相似性和变异情况进行分析。【结果】剖检结果可见病死鸡肾脏、脾脏肿大,肺脏出血,表面可见灰白色肿瘤结节;组织匀浆接种DF-1细胞后,ELISA检测发现细胞上清P27抗原呈阳性;IFA检测发现,感染细胞里有特异性绿色荧光;PCR鉴定能同时扩增出A(692 bp)、B(847 bp)和J(545 bp)亚群的特异性条带。鉴定结果表明,从该病死鸡中分离到A、B和J亚群ALV毒株,分别命名为HBYC2022-A、HBYC2022-B和HBYC2022-J。分离株gp85基因核苷酸相似性分析显示,HBYC2022-A与江苏株JS-A1201相似性最高,为99.6%;HBYC2022-B与江苏株JS-B1204相似性最高,为99.7%;而HBYC2022-J与黑龙江株PK19FA01、广西株GX20YL12 J及安徽株AHaq02相似性均为100%。此外,分离株gp85基因高突变区域(hr1、hr2)氨基酸序列并未出现特殊点突变。【结论】鸡群存在A、B和J不同亚群ALV的混合感染情况,提示国内养禽场需提高警惕并加强针对ALV各亚群的流行病学调查。

基于间断时间序列分析的三明市公立医院DRG改革效果的综合评估

[目的]分析三明市C-DRG和CN-DRG医保支付方式改革对二级、三级公立医院医疗收入、服务效率和患者负担的影响。[方法]采用间断时间序列、灰色关联度和结构变动度分析方法对2015-2019年22家公立医院的医药收入等指标进行回顾性分析。[结果]三明市实施DRG医保支付方式改革后二级医院的医疗收入降低5.2%,对三级医院的医疗收入没有显著影响;二级、三级医院的平均住院天数和病床使用率无显著改变;三级医院的门急诊次均费用增长2%,出院例均费用未受显著影响;二级医院的出院例均费用降低10.8%后增长8.4%。[结论]在三明市的DRG改革下,公立医院情况稳中向好;DRG可以完善临床路径,促进医疗机构的成本管控,未来的医改进程中,应考虑不同等级医院特点,加强改革的监督管理。