大鳍鳠IgL2型基因cDNA的克隆及表达分析

应用RT和RACE-PCR方法获得大鳍鳠(Mystus macropterus Bleeker)免疫球蛋白轻链(IgL)2型基因cDNA序列,分析了该基因在组织中的表达。该基因cDNA全长为929 bp,包含5'非编码区43 bp,3'非编码区159 bp,开放阅读框720 bp,编码239个氨基酸。编码的氨基酸序列分为可变区(VL)和恒定区(CL)。系统进化树分析显示,大鳍鳠IgL蛋白质序列与斑点叉尾IgL 2型(G型)合为一支,与其它硬骨鱼类IgL2型聚为一簇。组织分布研究表明,大鳍鳠IgL2基因表达量在脾脏最高,其次是鳃和头肾,这明显与大鳍鳠IgL3型基因表达方式不同。注射嗜水气单胞菌后,大鳍鳠IgL2基因转录表达量在脾脏、鳃和头肾都随时间发生变化。IgL2基因转录表达量在脾脏4 d就到达高峰,在鳃1 d就达到峰值。这些应答规律与IgL3基因差异显著,推测,IgL2的表达主要参与鳃、肠和皮肤主导的粘膜免疫。

香蕉果实SMART cDNA文库的构建及利用PCR方法筛选香蕉Actin2基因

利用SMART(switching mechanismat5’end of RNA transcript)技术,提取果实少量总RNA,经15-25轮LD-PCR扩增获得全长ds-cDNA,构建了海南主栽的食用香蕉巴西蕉(Musa AAA Group Cavendish)果实的cDNA文库。所构建的文库容量为5×106Pfuml-1,重组率93%。利用此cDNA文库,采用96孔板PCR法筛选香蕉Actin2基因,测序结果显示,序列全长1723bp,编码区长1134bp,编码378个氨基酸,与蝴蝶兰Actin2基因序列同源率达83%,已递交GenBank,接受号692696。

α粒子诱发BEP2D细胞转化过程中肺癌相关基因表达的cDNA Microarray研究

目的：探讨辐射诱发人支气管上皮细胞(BEP2D)转化过程中肺癌相关基因的表达。方法：用Cartesian PixSys5500 cDNA Microarray点样仪将60个肺癌相关基因以微阵列形式点布于醛基化的玻璃片上。提取α离子辐射前BEP2D细胞（原代）和α粒子辐射后20代、35代细胞总RNA，经长片段反转录和线性扩增标记成荧光探针后与微阵列中cDNA进行杂交。结果：原代细胞中检测到40个基因表达；20代检测到47个基因表达；35代检测到20个基因表达。所检测的基因中，抑癌基因的mRNA丰度在原代和20代后细胞中急剧下降；大多数癌基因的表达丰度在20代以后细胞中仅轻微下降；生长因子类基因大都在20代细胞表达。结论：在辐射诱发的人支气管上皮转化细胞中，抑癌基因的失活可能与细胞恶化有关；癌基因及生长因子类基因可能促进了细胞的转化。

玉米果糖-6-磷酸,2-激酶/果糖-2,6-二磷酸酶基因的全长cDNA克隆及表达

以来自“掖单 4号”的玉米果糖 6 磷酸 ,2 激酶 果糖 2 ,6 二磷酸酶 (F2KP)基因cDNA片段 (AF0 0 75 82 )为基础 ,运用RT PCR和RACE技术 ,从“紫玉糯 1号”中获得了 1个 2 4 6 9bp的玉米F2KP基因cDNA克隆 ,命名为mF2KP ,GenBank登录号为AF33414 3。该cDNA包含 1个 2 2 2 6bp的开放阅读框 ,编码 74 1个氨基酸。序列分析表明 ,两个玉米品种的F2KP基因存在一定差异 :mF2KP基因的 3′端非编码区比AF0 0 75 82序列短 38bp ;在mF2KP的15 92、15 93和 16 0 5位置上 ,分别比AF0 0 75 82序列多出了 1个碱基 ,导致阅读框在一个小范围内发生了移位。North ern杂交表明 :不同玉米组织中mF2KP的表达差异明显。在茎中mF2KP的表达水平比叶片、苞叶以及雄花序中的表达水平低 ,但比未成熟种子中的表达水平高。在未成熟种子中 。

传染性法氏囊病病毒CJ－801bkf毒株VP2 cDNA基因结构的分析

以传染性法氏囊病病毒（ＩＢＤＮ）中国毒株ＣＪ－８０１ｂｋｆ的基因组Ａ片段ｄｓＲＭＡ为模板，经反向转录和ＰＣＲ扩增，克隆了保护性抗原ＶＰ２ｃＤＮＡ基因。经Ｓａｎｇｅｒ法测序，确定了ＶＰ２ｃＤＮＡ基因有１４８４个核苷酸，推测了ＶＰ２氨基酸的顺序，与已报导的６株ＩＢＤＶ毒株ＣｕＩ、ＰＢＧ９８、５２／７０、００２－７３、ＳＴＣ和ＶａｒｉａｎｔＥ的ＶＰ２区做了比较，证明：克隆的ＣＪ－８０１ｂｋｆＶＰ２ｃＤＮＡ基因是全长的，含有正确的起始密码子ＡＴＧ；ＣＪ－８０１ｂｋｆ与毒株Ｃｕｌ和ｐＢＧ９８同源性最高；ＣＪ－８０１ｂｋｆＶＰ２高可变区内两个亲水区的氨基酸顺序与ＣｕＩ、ＰＢＧ９８、５２／７０、００２－７３和ＳＴＣ完全相同；７肽区内第三个丝氨酸残基则变异为精氨酸。这些结果提示，中国ＣＪ－８０１ｂｋｆ毒株应属标准血清Ｉ型ＩＢＤＶ弱毒株。

利用交错延伸剪接PCR技术扩增油菜花粉育性基因MS2 Bnap全长cDNA序列

交错延伸剪接PCR是一种用于分子进化研究的DNA改组技术。本实验利用其原理 ,将已获得的油菜花粉育性基因MS2Bnap有部分序列重叠的三段PCR产物作为模板进行扩增 ,获得了花粉育性基因MS2Bnap的全长cD NA序列。

以cDNA为内参标RT-PCR定量检测心肌细胞内p53和Bcl-2基因mRNA表达量的方法研究

目的 :探讨 p5 3和 Bcl 2基因在急性心肌梗死时心肌细胞中 m RNA表达量的检测方法。方法 :用以c DNA为内参标的逆转录聚合酶链反应 (RT PCR)方法检测 p5 3和 Bcl 2基因的 m RNA表达量。结果 :p5 3基因 m RNA表达量〔m RNA/总 RNA(ng/ g)〕依次为 :冠脉结扎后 4小时组 (5 76 4 8.78± 19776 .96 ) ng/ g>结扎后 6小时组 (339.0 6± 10 4 .11) ng/ g>结扎后 3小时组 (16 5 .4 4± 33.36 ) ng/ g>结扎后 2小时组 (88.2 5±16 .6 5 ) ng/ g>未结扎 (0 )组 (3.16± 0 .6 9) ng/ g和结扎后 1小时组 (16 .37± 2 .73) ng/ g、8小时组 (2 3.13±7.0 3) ng/ g、 12小时组 (6 .75± 2 .86 ) ng/ g,P均 <0 .0 5 ;Bcl 2基因 m RNA表达量〔m RNA/ g总 RNA(ng/ g)〕:冠脉结扎后 3小时组 (4.5 3± 1.5 9) ng/ g、 4小时组 (0 .0 2± 0 .0 1) ng/ g和 6小时组 (3.4 6±0 .39) ng/ g<结扎后 2小时组 (5 2 .4 8± 14 .18) ng/ g、8小时组 (5 9.2 4± 2 .91) ng/ g<结扎后 1小时组 (77.2 0±12 .4 8) ng/ g和未结扎 (0小时 )组 (81.77± 9.6 2 ) ng/ g<结扎后 12小时组 (99.6 0± 4 .71) ng/ g,P均 <0 .0 5。该种方法能对不同的样本检出不同量的 m RNA含量 ,其特异性强 ,且能检出 0 .0 2 ng/ g的 m RNA含量 ,敏感性高。

鸡IL-2基因cDNA输卵管组织特异性表达载体的构建与表达

将克隆并测序的鸡卵清蛋白基因5′端调控序列和鸡IL-2基因cDNA,以串联方式置于真核表达载体pcDNA3的CM V启动子下游,构建了鸡输卵管定位表达载体pcDNA3-OVP-IL 2。将真核表达载体pcDNA3-IL 2和构建的输卵管定位表达载体pcDNA3-OVP-IL 2分别转染鸡输卵管上皮细胞,激素诱导72 h后,用淋巴细胞转化试验检测细胞培养液中IL-2的表达水平及生物学活性。结果显示,转染细胞均可表达IL-2,且所表达的IL-2有促进T淋巴细胞转化和淋巴母细胞成熟的活性;转染pcDNA3-OVP-IL 2的输卵管上皮细胞表达产物在1∶256稀释水平下仍具有促进T淋巴细胞转化和淋巴母细胞成熟的活性。转染pcDNA3-IL 2载体的输卵管上皮细胞虽有IL-2表达,但水平较低。

酵母双杂交技术筛选白细胞cDNA文库中新基因NS2TP蛋白结合蛋白基因

目的:筛选HCV非结构蛋白2(NS2)反式调节蛋白(NS2TP)的结合蛋白,探讨HCV的致病机制及新蛋白NS2TP的生物学功能. 方法:应用酵母双杂交系统3,将PCR法扩增的NS2TP 基因连接入酵母表达载体pGBKT7中构建诱饵质粒, 转化单倍体酵母细胞AH109并在其内表达,然后与转化了人白细胞文库质粒pACT2的单倍体酵母细胞Y187进行配合,在营养缺陷型培养基和X-α-半乳糖(C-α-gal)上进行双重筛选,提取阳性酵母茵落的质粒转化大肠杆茵氨苄青霉素-LB平板上选择并测序,结果在GenBank中进行生物信息学分析. 结果:筛选出与NS2TP结合的蛋白基因25个,其中包括细胞色素p450 2E1、核心蛋白聚糖、p68、β2微球蛋白、羧肽酶N2等已知功能基因及3个未知功能序列. 结论:为阐明新蛋白NS2TP的分子生物学功能及HCV 的致病机制提供了新的思路.

蒙古绵羊Bcl-2基因3’端cDNA的克隆及序列分析

为扩增蒙古绵羊Bcl-2基因3’端,根据GenBank上已公布的牛的序列,设计了2条引物。从蒙古绵羊脾中提取总RNA,采用RT-PCR技术扩增出Bcl-2的cDNA,并重组到PMD18-T载体,经限制性内切酶谱分析和DNA序列测定,证实所克隆的cDNA为Bcl-2,因为该cDNA包含由261个碱基组成的开放读码框(ORF),该ORF编码83个氨基酸。经比对,与牛的核苷酸序列的同源性为95.8%。

大鼠神经元Arnt2基因cDNA序列的分析

目的克隆并分析神经元凋亡差异表达5号EST全长cDNA。方法以大鼠大脑MarathonReadycDNA为模板,采用SMARTRACE技术克隆神经元凋亡差异表达5号EST全长cDNA,产物亚克隆到pGEM-Teasy质粒载体后进行序列测定以及同源性分析。结果经过3次5′RACE扩增,得到的5号ESTcDNA长度为5663bp,其中包含1个2136bp的完整的开放读码框序列,与已知大鼠基因芳香烃受体核转位因子(2Arylhydrocarbonreceptornucleartranslocator2,Arnt2)完全同源;该cDNA3′端非编码区长达3323bp,包含3个AATAAA加尾信号和1个由12个腺嘌呤核苷酸组成的polyA序列。结论5号EST目标基因为大鼠基因Arnt2,该基因3′端完整的非编码区cDNA序列为首次报道。神经元凋亡差异表达基因Arnt2的克隆鉴定为深入研究小脑颗粒神经元低钾性凋亡机制奠定了基础。

C57BL/6小鼠感染猪链球菌2型后脾脏消减cDNA文库的构建及差异基因分析

探讨C57BL/6品系小鼠体内猪链球菌2型感染后的差异表达基因,以期为进一步研究猪链球菌的致病机制和抗病性研究提供重要的参考依据。利用抑制性消减杂交技术构建了8周龄C57BL/6小鼠感染猪链球菌2型后的脾脏消减cDNA文库。对获得的237个阳性克隆进行测序,利用GenBank BLAST分析核酸和蛋白质同源性,共获得159条差异表达序列标签(ESTs)。试验结果证实,正向文库有34个、反向文库有30个不同的基因与ESTs具有高度的同源性,它们分别是免疫性能、细胞组分、细胞信号分子、转录因子等的重要功能基因产物。经抑制消减杂交筛选出的差异表达基因主要有免疫球蛋白IgM重链-6、胸腺素4-beta、磷酸酶张力结合蛋白、转磷酸胆碱酶、肽酰-脯氨酰-顺反式异构酶、磷脂酰丝氨酸脱羧酶、胰岛素样生长因子结合蛋白-3等基因。筛选到较多EST与抗病性相关的重要基因具有很高的同源性,且这些基因在猪链球菌2型感染后的表达具有显著差异,提示这些基因在猪链球菌2型感染过程中发挥着重要功能。

S100 A2基因cDNA克隆及其在肝癌细胞中的表达

目的 克隆S10 0A2cDNA、构建S10 0A2重组表达载体并在肝癌细胞QGY770 1中进行表达 .方法 应用RT-PCR和DNA重组技术构建绿色荧光蛋白 (EGFP) -S10 0A2融合蛋白表达载体 ,经脂质体导入QGY770 1细胞中进行表达 .应用荧光显微镜直接观察EGFP -S10 0A2融合蛋白的表达情况 ,G4 18筛选阳性细胞克隆 .结果 构建了带有EGFP的S10 0A2重组表达载体命名为EGFP -C2 -A2 ,并在肝癌细胞QGY770 1中获得了表达 .荧光显微镜下可见EGFP-S10 0A2融合蛋白定位于胞浆及胞核 ,而pEGFP载体对照之EGFP只定位在胞浆中 .结论 EGFP -S10 0A2融合蛋白能够在肝癌细胞QGY770 1中获得表达 ,各自在细胞中的定位互不受影响 ,推断此融合蛋白具有各自的生物学活性 .

虹鳟Ndufb2基因全长cDNA序列的克隆与分析

从虹鳟鱼(Oncorhynchus mykiss)的脑组织中提取RNA,经逆转录-聚合酶链反应及cDNA末端快速扩增技术克隆出Ndufb2基因全长cDNA序列(GenBank登录号:FJ534641),并对其序列进行分析.扩增结果表明:Ndufb2基因的cDNA序列全长899bp,其中5′端非翻译区长152bp,3′端非翻译区长441bp,开放阅读框长306bp,编码101个氨基酸;其N端前50个氨基酸为线粒体靶序列.将翻译的虹鳟Ndufb2蛋白序列与大西洋鲑(Salmo salar)的Ndufb2蛋白序列比对发现,其同源性高达98%,且虹鳟Ndufb2蛋白序列与已报道的哺乳动物的Ndufb2蛋白序列同源性均在55%以上.表明Ndufb2基因在进化过程中是高度保守的,推测其在线粒体呼吸链组成中发挥着重要作用.

rhBMP-2 cDNA转染的NIH-3T3细胞对小鼠急性放射损伤的基因治疗作用与机理

探讨重组人骨形成蛋白-2（rhBMP-2）cDNA转染的NIH-3T3细胞对小鼠经6．5Gy，7．0Gyγ射线全身照射引起的放射损伤的基因治疗作用及其机理．方法：小鼠照射后1d和3d于腹腔内移植转染的细胞各1次，每次细胞量为1×107．观察动物的30d活存情况及几种造血指标．结果：治疗组的30d活存率、平均活存时间、CFU-GM集落形成数、骨髓细胞DNA含量、骨髓有核细胞数、脾结节形成数、脾体比及外周血白细胞数均较阴性对照组增加，差别非常显著（P＜0．01）．结论：rhBMP-2cDNA转染的NIH-3T3细胞对小鼠的放射损伤有治疗作用，其机理同它分泌rhBMP-2，诱导造血因子释放．改善造血微环境和促进造血功能恢复有关．

猪FGL2基因cDNA末端序列检测及结构分析

检测猪FGL2基因cDNA末端序列并对该基因结构初步分析。α 32PdCTP放射性同位素标记cDNA探针筛选猪基因组DNA文库;cDNA末端快速扩增(rapidamplificationofcDNAend,RACE)。以猪正常小肠及心脏组织提取新鲜总RNA,反转录后作为模板,设计基因特异性引物,采用Advantage2聚合酶混合物进行PCR扩增;依据猪与人FGL2基因3′端已知同源序列设计PCR上游引物,以人FGL2基因3′末端序列设计下游引物,以猪基因组DNA为模板采用Advantage2聚合酶混合物进行PCR反应;PCR载体重组质粒DNA亚克隆扩增。同位素探针未能筛选到特异阳性克隆,RACE反应检测到特异性转录起始位置及第一个转录终止位置,但仍未检测到第二个转录终止位置。猪基因组DNA行PCR扩增成功检测到猪FGL2基因3′末端未知序列及第二个转录终止位置。

采用cDNA芯片检测Krüppel样因子4过表达对C_2C_(12)细胞基因表达谱的影响

目的采用cDNA芯片检测Krüppel样因子4过表达对C2C12细胞中基因表达谱的影响。方法用cDNA芯片检测Krüppel样因子4过表达的C2C12细胞中基因表达谱的改变(以空载体细胞为对照);用MEDLINE、Genomatix等生物信息学数据库和分析软件对在Krüppel样因子4过表达的C2C12细胞中表达发生改变的已命名基因进行功能和细胞信号通路分析。结果采用cDNA芯片筛选到在Krüppel样因子4过表达的C2C12细胞中表达发生改变的基因605个;其中下调的基因为250个,已命名基因为155个;上调的基因为355个,已命名基因为255个;其中包含多个炎症相关基因和凋亡相关基因。上述炎症相关基因属于13条细胞信号通路,凋亡相关基因属于9条细胞信号通路。结论Krüppel样因子4过表达能够引起C2C12细胞中多个下游基因表达发生改变。

大鲵皮肤cDNA文库ESTs分析及Dynll 2基因的分离与表达

以本实验室构建的大鲵皮肤cDNA文库为材料,通过文库质量检测、随机测序、ESTs拼接、COG软件进行基因注释等对文库进行了分析,并从中分离获得了大鲵胞质动力蛋白轻链2(dynein light chain,LC8-type 2,Dynll 2)基因的cDNA序列,对Dynll 2基因进行了生物信息学分析及组织表达研究。结果表明,本实验室构建的大鲵cDNA文库初级库容为1.50×106 cfu,文库重组率为94.8%,插入片段平均长度约为1 kb。400个随机克隆测序共获得343个有效ESTs,其中214条ESTs序列E-值<10-6,经COG软件归为9大类,其中与分泌蛋白、细胞代谢、细胞骨架以及信号转导相关的基因表达量最高,分别为31.3%、14.0%、13.0%和12.6%。表明大鲵皮肤分泌活动强烈,代谢旺盛,这和大鲵皮肤发挥免疫、呼吸以及渗透压平衡等生理功能相一致。获得的大鲵Dynll 2基因全长为682 bp,其中5'-UTR为57 bp,3'-UTR为313 bp,生物信息学分析表明,该基因编码104个氨基酸,分子量为12.03 ku,等电点pI值为7.05。Dynll 2蛋白在88～104处有由里向外和由外向里的2个跨膜螺旋区,且二级结构以α—螺旋为主;在69～87处有典型的"ZnF-C2H2"结构模体;经比较,其三级结构与鼠Dynll 2蛋白相似。Dynll 2蛋白的进化分析表明,大鲵与无尾两栖类相比,更接近陆生动物。荧光定量实验表明,大鲵Dynll 2基因在肌肉中高表达,在其他组织中低度表达。

一个新的C2H2型锌指蛋白cDNA基因的克隆

目的 :从K5 6 2细胞中克隆新的锌指蛋白cDNA基因片段。方法 :提取K5 6 2细胞中总RNA ,逆转录后 ,用CX2C和H -CLink引物进行加端PCR ,扩增产物经限制性内切酶酶切后 ,重组至 pGEMTZf(+ )载体 ,用末端终止法测定插入片段的序列。结果 :测出五个插入片段的序列。与GenBank核酸数据库中的已知序列进行同源性比较分析 ,发现一个序列为新的cDNA基因片段。该基因编码产物至少含有五个C2H2型锌指结构。结论 :从K5 6 2细胞中克隆出一个新的C2H2型锌指蛋白cDNA基因片段 ,为测定该基因的全序列和功能研究奠定了基础。

赤桉FAD2基因全长cDNA的克隆与生物信息学分析

桉树是世界上重要的多功能树种,从桉叶中提取的桉叶油含有不饱和脂肪酸,对于桉叶油的药用活性和桉树的抗逆性具有重要的作用。为深入了解桉树的不饱和脂肪酸的生物合成途径和分子调控机理,本研究根据FAD2基因的保守区段设计兼并引物,从赤桉嫩叶中获得了一条FAD2基因的片段,并进一步利用RACE技术得到了此基因的全长cDNA,将其命名为EC-FAD2基因。通过生物信息学分析发现,该基因全长cDNA为1 472 bp,编码389个氨基酸,并且具有FAD2蛋白特有的保守序列和相关特征。经过比对分析,发现赤桉的FAD2蛋白与其他植物的FAD2蛋白具有较高的相似性。