SPF鸡不同生长阶段粪便菌群组成及多样性研究

目的提供SPF鸡不同生长阶段肠道菌群的组成及多样性数据。方法采集10日龄、12周龄、23周龄和52周龄SPF鸡粪便,利用Illumina HiSeq 2500高通量测序方法,对样品16S rRNA的两个高变区(V3-V4)进行测序分析,并进行了α-多样性指数、β-多样性指数和粪便群落特征分析。结果四个生长阶段粪便样品菌群具有相似的较高的丰富度和良好的均匀度,物种多样性无显著差异(P>0.05);厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度占95%以上;乳杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)、拟杆菌属(Bacteroides)、肠球菌属(Enterococcus)为优势菌属,不同时期丰度差异达显著水平(P<0.05)。结论四个生长阶段菌群组成多样,且优势菌群主要为有益菌。该实验结果能够为SPF鸡品质评定、健康监测和安全性评价提供依据。

见血封喉(Antiaris toxicaria)叶绿体基因组研究

利用Illumina平台对见血封喉的完整叶绿体基因组进行测序。结果表明,见血封喉叶绿体基因组呈环状双链,存在2个反向重复序列(IR),即IRA和IRB,分别由大、小单拷贝区(LSC和SSC)分离;质体总长度为161699 bp,总GC含量为35.85%;该质粒编码162个基因,包括108个蛋白质编码基因(PCG)、46个tRNA基因和8个核糖体RNA基因。本研究为见血封喉的系统进化、物种鉴定、标记开发、核质互作、细胞器基因工程等研究提供数据支撑。

多杀性巴氏杆菌脂多糖刺激羊支气管上皮细胞后的转录组测序与分析

脂多糖(LPS)是多杀性巴氏杆菌(Pm)关键的毒力因子,在其致病机制中发挥重要作用。为了探究不同血清型Pm LPS对宿主细胞的致病机制,本实验将从D型和A型Pm中提取的LPS(D-LPS和A-LPS)分别以1μg/mL刺激羊支气管上皮细胞6 h后裂解各组细胞,采用Illumina HiSeq测序平台进行转录组测序,将测序数据处理后获得转录水平差异基因,利用GO和KEGG数据库对转录差异基因进行GO功能注释与KEGG富集分析,并利用RTqPCR对转录组测序中的转录差异基因进行验证。结果显示:D-LPS组筛选出转录水平上调的基因62个,下调的基因24个,A-LPS组筛选出转录水平上调的基因27个,下调的基因29个,两组相同转录差异基因6个;转录差异基因的GO功能注释结果显示,D-LPS组中共显著富集到243个GO term,包括146个生物学过程(BP)、44个细胞组分(CC)、53个生物学功能(MF),且显著富集的生物学过程有ATP生物合成过程、NADH脱氢酶活性和RAGE受体结合等;A-LPS组中共显著富集到167个GO term,包括109个BP、19个CC、39个MF,且显著富集的生物学过程有IL-11受体结合、GTP酶活性、磷脂酶A2活性和尿嘧啶分解代谢过程等;KEGG富集分析结果显示,D-LPS组中的转录差异基因显著富集到氧化磷酸化、产热以及ECM-受体相互作用途径等通路,A-LPS组中的转录差异基因显著富集到Ras信号通路以及泛酸和辅酶A生物合成等通路。从上述两组中随机选取13个转录差异基因进行RT-qPCR验证,结果与测序结果基本一致。本研究首次分析了两种不同血清型Pm LPS刺激羊支气管上皮细胞后转录组测序数据的变化,结果表明两种Pm LPS均主要影响羊支气管上皮细胞免疫、细胞增殖分化、能量产生及代谢等信号通路,为研究LPS在Pm对宿主致病机制中的作用奠定了基础,同时也为Pm LPS疫苗的研发提供参考依据。