The Establishment of Fluorescent PCR Detection Method for Avian Infectious Bronchitis Virus

[ Objective] The aim was to to establish a kind of peculiar, sensitive and quick fluorescent PCR detection method. [Method] A peculiar, sensitive and quick method of fluorescent PCR detection for avian infectious bronchitis virus was established, the standard curve was built, specific primers, susceptibility and repeatability was detected. [ Result] This method diagnosed avian infectious bronchitis virus peculiarly, sensitively and quickly, simple and easy to use, time short, suitable for clinical testing. [ Conclusion] This research laid the foundation to diagnose avian infectious bronchitis virus.

鸡传染性喉气管炎病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用

鸡传染性喉气管炎病毒(Infectious laryngotracheitis virus,ILTV)以往多感染蛋鸡,近年来在蛋种鸡、商品肉鸡中连续多发,表明该病毒感染谱有扩大风险,因此有必要加强对ILTV的监测。为建立高效、灵敏的ILTV检测方法,本研究以ILTV的TK基因为靶基因设计引物,扩增并构建pMD18-T-TK质粒标准品,建立SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法和标准曲线,对其特异性、敏感性和重复性进行验证,并对临床疑似病例进行检测。结果发现,该检测方法特异性良好,与其他常见症状相似病原无交叉反应;最低检测浓度为1.55拷贝/μL,灵敏度是普通PCR方法的10倍;重复性好,批内、批间变异系数在0.79%~1.83%之间。表明本研究建立的ILTV实时荧光定量PCR方法特异性强、灵敏度高,可为ILTV的临床诊断和流行病学研究等提供有效的检测方法。

鸡传染性贫血病毒荧光定量PCR检测方法的建立

根据鸡传染性贫血病毒基因组保守区域设计1对扩增片段为164 bp的特异性引物,应用SYBR GreenⅠ染料建立了鸡传染性贫血病毒(CIAV)荧光定量PCR检测方法。以本室构建的阳性重组质粒作为模板,制定标准曲线,对CIAV阳性样品进行了敏感性、特异性和重复性、稳定性试验,并应用于临床检测。结果表明引物最佳终浓度为0.2μmol/L,制作的标准曲线定量浓度范围宽,最低可检测到每个反应相当于10个拷贝的标准品DNA;与IBDV、ARV、MG都不反应;重复性、稳定性试验的变异系数都较小。对保存的25份疑似CIAV样品进行荧光定量PCR检测,结果检出9份阳性。本研究建立的荧光定量PCR具有特异、敏感、快速、定量、重复性好等优点,可用于临床上鸡感染CIAV的检测。

鸡传染性贫血病毒荧光定量PCR检测方法的建立及其在疫苗污染检测中的应用

为了更快速而灵敏地检测禽弱毒疫苗中鸡传染性贫血病毒(CIAV)的污染,根据CIAV基因组保守序列设计合成了引物及TaqMan探针,通过优化反应条件建立了快速检测CIAV的实时荧光定量PCR检测方法。结果显示,建立的检测方法灵敏度可达10拷贝·μL^(-1),比常规PCR灵敏度高100倍。该方法与禽白血病病毒、禽网状内皮组织增生症病毒以及马立克病病毒等病毒基因均无交叉反应,具有很好的特异性;批内重复和批间重复显示变异系数均小于2%,呈现良好的可重复性。在模拟试验中,该方法能够检测到1 000羽份弱毒疫苗中1个EID50的低剂量污染,应用该方法从送检的39种(批)商品化禽用弱毒疫苗中检测到2份为CIAV阳性。上述结果表明,本研究建立的荧光定量PCR检测方法灵敏度高,特异性强,重复性好,可用于检测疫苗中CIAV低剂量的污染。

应用PCR方法检测鸡传染性贫血病毒

根据鸡传染性贫血病毒(CIAV)基因组序列,设计一对引物扩增基因组上nt358-nt1042之间684 bp DNA片段。在CIAV感染MDCC-MSB1细胞系中提取核酸为模板可扩增出相应DNA片段,且以感染细胞核酸为模板反应敏感性可达1 fg,而以其他病原核酸为模板扩增结果均为阴性。应用该PCR方法对实验感染鸡肝脏、脾脏、胸腺、肾脏、法氏囊、骨髓、白细胞、泄殖腔棉拭子等不同样品进行检测,均可扩增出相应DNA片段。证明我们建立的PCR方法敏感性特异性强,可用于临床感染不同组织CIAV的检测。

利用Real-time PCR对外周血白细胞中EIAV前病毒及血浆中病毒RNA含量的测定

利用Real_timePCR和Real_timeRT_PCR方法对马传染性贫血病(EIA)驴白细胞弱毒疫苗(DLA_EIAV)、DLA_EIAV感染性分子克隆衍生毒(vOK8226)、强弱毒嵌合病毒(vOKVltr)以及EIA强毒接种马后不同时期外周血白细胞中前病毒含量及血浆中病毒含量进行了监测,结果发现直接攻击强毒的2匹马及1匹接种vOK8226后再用强毒攻击的马血浆中病毒含量快速升高,伴随着明显的临床反应,最后均以死亡结束。其它免疫接种马在攻击强毒后均获得保护,没有发病,马血浆中有低水平病毒存在,攻毒后3个月血浆中检测不到病毒,说明感染马体内病毒的大量增殖与疾病的进程有着直接的关系。而外周血白细胞中前病毒的含量在各试验马各时期均能检测到,说明EIAV以前病毒的形式潜伏在感染马体内,疫苗的免疫只能控制发病,而不能清除感染的病毒。

ISAV实时荧光RT-PCR检测方法的建立

为建立ISAV(传染性鲑鱼贫血症病毒)实时荧光定量PCR检测方法,针对ISAV基因序列保守区域设计一对特异性引物和一条特异性的探针,建立实时荧光RT-PCR探针检测法,并进行特异性、敏感性、重复性检测。结果表明:所建立的ISAV实时荧光RE-PCR探针检测法,引物和探针特异性良好,组内组间重复性良好,检出ISAV最小拷贝数为13拷贝。

鸡传染性贫血病病毒TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立

根据鸡传染性贫血病病毒(chicken infectious anemia virus,CAV)基因组保守区域设计1对特异性引物和探针,通过优化反应条件,建立了一种快速检测CAV的TaqMan实时荧光定量PCR方法,同时验证其特异性、灵敏性和重复性。本试验建立的TaqMan实时荧光定量PCR方法灵敏度可达1.8×101拷贝/μL,远高于常规PCR方法;并与禽类其他病毒性疾病无交叉反应,具有高特异性。用分离的病毒人工感染1日龄SPF雏鸡,14日龄剖检,对感染鸡体内各器官的病毒分布及载量进行检测,结果表明,在脑、心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胸腺、法氏囊和血清中均可检测到病毒,肝脏、胸腺病毒载量明显高于其他组织。本研究建立的TaqMan实时荧光定量PCR方法特异性强、灵敏度高、重复性好,可同时检测大量临床样品,适用于CAV的诊断与流行病学分析。

荧光定量RT-PCR鉴别IBDV超强毒株与经典疫苗毒株

鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV)超强毒株的出现给该病的防控带来了新的困难,有效鉴别IBDV超强毒株对IBD的防控有着积极意义。根据IBDV VP4基因的保守序列,设计了一对通用引物RPa/RPb,特异性扩增IBDV VP4基因720bp的目的片段。根据超强毒株和经典毒株VP4基因序列的差异,分别合成了FAM标记的超强毒荧光探针和JOE标记的经典毒荧光探针,建立了实时荧光RT-PCR鉴别IBDV超强毒株与经典疫苗毒株的方法。检测超强毒和经典毒的敏感性分别可达420和320个拷贝数。建立的实时荧光RT-PCR方法敏感性高、特异性强,可用于临床样品中IBDV超强毒和经典毒的鉴别诊断。

SYBR-GreenⅠ实时荧光PCR检测传染性鲑鱼贫血病

[目的]利用SYBR-GreenI实时荧光PCR检测传染性鲑鱼贫血病。[方法]根据传染性鲑鱼贫血病毒(ISAV)Y10404的序列合成部分基因片段,将其插入到T载体中,构建阳性质控品;并设计合成一对特异性引物。利用阳性质控品建立SYBR-GreenⅠ实时荧光PCR方法,对反应体系进行优化,进行特异性和敏感性分析,并制作标准曲线。[结果]最佳引物终浓度为0.5μmol/L。所建立的SYBR-GreenⅠ实时荧光PCR方法能够特异地检出ISAV;最低检出浓度为9.5×10-8μg/μL,其灵敏度比传统PCR高1000倍;能够从阳性样品中检出ISAV,Tm值为82.5℃。建立了标准曲线,其r2>0.99。

牛传染性鼻气管炎病毒实时荧光PCR检测方法的建立

[目的]针对牛传染性鼻气管炎病毒建立快速、准确而敏感的分子生物学检测方法,为进出口牛及其遗传物质的IBR检疫把关提供新的技术手段。[方法]采用新型实时荧光PCR技术原理,自行设计荧光标记引物建立检测方法,对不同牛传染性鼻气管炎病毒样品进行敏感性、特异性等检测试验,并与常规PCR检测方法进行比较。[结果]该方法能特异检测IBR病毒,检测时间包括核酸样品制备仅需2h,敏感性比常规PCR检测方法提高达103-104。[结论]本方法适用于在牛及其遗传物质的进出口检疫中进行牛传染性鼻气管炎快速病原鉴定。

Taqman-MGB探针荧光定量PCR方法检测对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒的研究

本文根据GenBank中对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)基因组上的保守序列,采用Taqman-MGB荧光定量PCR方法,设计了一组特异性引物和探针.利用阳性标准模板进行了定量PCR条件的优化研究.结果显示,在101～108拷贝范围内标准曲线的线性关系为R=0.999 4,检测灵敏度达到10拷贝,重复检测的变异系数均小于2%.利用上述建立的方法和条件,测定39份不同来源的对虾样品中IHHNV,检出率为49%.因此所建立的荧光定量PCR具有较高的灵敏度、特异性和重复性,可作为IHHNV快速的定量检测方法.

实时荧光定量PCR技术在SPF鸡四种垂直传播疾病监测中的应用

目的探讨荧光定量PCR检测技术对SPF鸡四种垂直传播病毒的检测应用。方法采集60份SPF鸡及70份普通鸡群蛋清、泄殖腔试子样品,提取样品核酸,分别进行ARV、REV、CAV、ALV四种病毒实时荧光定量PCR检测,根据标准曲线及溶解曲线分析判读样品病毒拷贝数。结果 SPF鸡ALV 2份阳性,检出率3.3%,其余病毒检测均为阴性;普通鸡样品REV检测2份阳性,检出率2.9%,ALV 10份阳性,检出率14.3%。结论荧光定量PCR检测方法最低可检测到100个拷贝核酸,检测灵敏度较高,有望应用于SPF鸡临床样品的病原检测。

传染性支气管炎病毒实时荧光PCR检测方法的建立

建立特异、敏感、快速的传染性支气管炎病毒(IBV)实时荧光定量PCR检测方法。针对IBV基因序列保守区域设计一对特异性引物和一条特异性的探针,建立实时荧光定量PCR检测方法,并进行特异性、敏感性、重复性检测。结果表明所建立的IBV实时荧光定量PCR检测方法,引物和探针特异性良好,组间组内重复性良好,检出IBV DNA最小拷贝数为5拷贝。因此,本研究建立IBV特异、敏感、快速的实时荧光PCR检测方法,为IBV的诊断奠定基础。

鸡传染性贫血病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立鸡传染性贫血病毒(chicken infectious anemia virus,CIAV)的实时荧光定量PCR检测方法,本试验通过CIAV基因组保守区域设计1对扩增片段大小为180bp的特异性引物,构建pGM-T-CIAV重组质粒,制备阳性标准品,建立SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR标准曲线,并进行敏感性试验、特异性试验和重复性试验。结果显示,CIAV的Ct阈值与标准品浓度在5.33×108至5.33×103拷贝/μL间呈良好的线性关系,相关系数R2=0.998,斜率为-3.443,产物Tm值在86℃左右。该方法与网状内皮组织增生病病毒(REV)、禽白血病病毒(ALV)J亚型、马立克氏病病毒(MDV)、传染性法氏囊病病毒(IBDV)基因组均无交叉反应,敏感性为5.33拷贝/μL,比普通PCR高1 000倍,批内和批间重复试验变异系数均小于3%。结果表明,本试验建立的CIAV SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法可实现对鸡传染性贫血病的早期诊断及感染程度的定量分析的检测。

鸡传染性贫血病毒SYBR Green Ⅰ法荧光定量PCR检测方法的建立及其在疫苗污染检测中的应用

为了更快速而灵敏地检测禽弱毒疫苗中可能存在的鸡传染性贫血病毒(Chicken infectious anemia virus,CIAV)污染,根据CIAV基因组保守区域VP2部分基因设计和合成了1对特异性引物,通过优化反应条件建立了快速检测CIAV的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法。结果显示,建立的检测方法灵敏度可达6.36 copies/μL,是常规PCR灵敏度的1000倍。该方法与禽网状内皮组织增生病病毒(Reticuloendotheliosis virus,REV)、禽白血病病毒(Avian leukemia virus,ALV)、鸡马立克氏病病毒(Mareks disease virus,MDV)等均无交叉反应,特异性良好;批内和批间重复试验显示变异系数均小于2.5%,呈现良好的可重复性。在模拟试验中,建立的SYBR Green I荧光定量PCR能够检测到1000羽份弱毒疫苗中1个EID50的低剂量污染,应用该方法从送检的14种(批)商品化禽用弱毒疫苗中检测到2份为CIAV阳性,阳性样品按照经典的SPF鸡检查法进行检测也为CIAV阳性。因此,本研究建立的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法灵敏度高,特异性强,重复性好,适合用于疫苗中CIAV污染的检验。

牛传染性鼻气管炎gB基因TaqMan探针及SYBR Green 1荧光定量PCR方法的建立与比较

为建立牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)荧光定量PCR检测方法,本研究利用IBRV g B基因序列设计引物及相应探针,分别建立Taq Man探针与SYBR Green 1荧光定量PCR方法,并对两种方法的敏感性等综合比较。结果显示,SYBR Green 1荧光定量PCR方法的相关系数(R2)为0.998,扩增效率(E)为95.7%;Taq Man探针荧光定量PCR方法的R2为0.999,E为108.3%;两种方法的敏感性均为0.2 TCID50,变异系数均小于3%。综合结果显示,两种检测方法无显著差异。最后,本研究成功建立了检测IBRV的荧光定量PCR,将为IBRV的临床检测提供方法。

传染性单核细胞增多症患儿外周血单个核细胞EB病毒负荷的荧光定量PCR检测及临床价值

目的研究传染性单核细胞增多症(IM)患儿外周血单个核细胞(PBMC)EBV-DNA负荷及其与临床特征的相关性。方法实验组为华西第二医院收治的80例IM患儿临床诊断病例,对照组为40例健康儿童,均采用荧光定量PCR方法检测研究对象PBMC EBV-BALF5基因拷贝数,分析其与ALT、AST、LDH、WBC和变异淋巴细胞比例的相关性。结果实验组80例患儿中73例检测出EBV-BALF5基因(91.25%),拷贝数介于10~3~10~5 copies/ml,中位数约2.4×10~4 copies/ml。对照组40例儿童中2例检出(5.00%),结果表明IM患儿EBV-BALF5拷贝数显著高于对照组(P<0.001)。以拷贝数1×10~4copies/ml为界,又将实验组分为较高拷贝组(拷贝数≥1×10~4copies/ml)和低拷贝组(拷贝数<1×10~4copies/ml),发现较高拷贝组ALT和AST升高的概率高于低拷贝组(P<0.05)。ALT、AST、LDH与EBV-BALF5拷贝数呈正相关关系(P<0.05)。结论采用荧光定量PCR可有效检测出IM患儿PBMC EBV-BALF5,EBV-BALF5拷贝数与IM患儿肝功损害的发生相关,拷贝数越高,ALT、AST和LDH等肝功酶学指标升高更明显。

禽传染性支气管炎病毒荧光PCR检测方法的建立

为给禽传染性支气管炎病毒(IBV)的诊断奠定基础,对特异、敏感、快速的荧光PCR检测方法的建立进行了试验研究。结果表明,该荧光PCR检测方法具有灵敏度高、特异性强、所需时间短(从核酸提取至检测完成,仅需3h左右),且该方法实行完全闭管式操作,从根本上杜绝了常规PCR扩增产物污染和假阳性的问题,该方法适用于实验室快速检测。

鸡传染性贫血病毒套式PCR检测方法的建立

本试验根据GenBank中登录的禽传染性贫血病毒(CAV)基因序列,设计合成2对引物,外引物的扩增片段大小为485bp,内引物的扩增片段大小为297bp,建立了适合CAV快速检测的套式PCR方法(nested PCR),并采用该方法对CAV阳性毒株及临床病料进行了检测。结果显示,该方法能扩增到297bp的条带,禽流感病毒(H9亚型)、新城疫病毒、传染性法氏囊病病毒、禽网状内皮增生病病毒、减蛋综合征病毒、禽呼肠孤病毒、马立克氏病病毒的扩增结果均为阴性。该方法第1步扩增的敏感性是100pg,第2步PCR扩增的敏感性是1fg,敏感性提高了105倍。本研究建立的CAV套式PCR方法具有敏感性高、重复性好、特异性强等优点,可用于CAV的临床诊断和分子流行病学调查等。