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InsPecT的2种并行优化方案
被引量:
1
1
作者
涂强
郎显宇
+1 位作者
陆忠华
迟学斌
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第6期100-101,104,共3页
InsPecT软件能通过盲搜索对蛋白质翻译后修饰进行鉴定,但其计算时间和复杂度较高。针对该问题分别采用对等模式和主从模式实现2种并行优化方案。比较结果表明,以主从模式并行的InsPecT软件通过动态数据分配和主从处理器间的及时响应,维...
InsPecT软件能通过盲搜索对蛋白质翻译后修饰进行鉴定,但其计算时间和复杂度较高。针对该问题分别采用对等模式和主从模式实现2种并行优化方案。比较结果表明,以主从模式并行的InsPecT软件通过动态数据分配和主从处理器间的及时响应,维持了更优的负载平衡,其加速效果较明显。
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关键词
蛋白质翻译后修饰
inspect软件
盲搜索
对等模式
主从模式
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职称材料
题名
InsPecT的2种并行优化方案
被引量:
1
1
作者
涂强
郎显宇
陆忠华
迟学斌
机构
中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心
出处
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第6期100-101,104,共3页
基金
国家"863"计划基金资助项目"面向科学研究的超级计算服务环境"(2006AA01A116)
国家自然科学基金资助项目"当代并行机的并行算法应用基础研究"(60533020)
+1 种基金
国家自然科学基金资助项目"特征信息发现的并行算法及实现研究"(60673064)
中国科学院知识创新工程基金资助重大项目"面向蛋白质科学的高性能计算研究"(KGGX1-YW-13)
文摘
InsPecT软件能通过盲搜索对蛋白质翻译后修饰进行鉴定,但其计算时间和复杂度较高。针对该问题分别采用对等模式和主从模式实现2种并行优化方案。比较结果表明,以主从模式并行的InsPecT软件通过动态数据分配和主从处理器间的及时响应,维持了更优的负载平衡,其加速效果较明显。
关键词
蛋白质翻译后修饰
inspect软件
盲搜索
对等模式
主从模式
Keywords
protein post-translational modification
inspect
blind search
P2P mode
master-slave mode
分类号
N945.15 [自然科学总论—系统科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
InsPecT的2种并行优化方案
涂强
郎显宇
陆忠华
迟学斌
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2010
1
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