血流感染样本宏基因组检测平台评估与流程优化研究

目的比较MGISEQ-2000、Illumina NextSeq 2000和Ion GeneStudio S5 Plus三种宏基因组测序平台之间的性能差异。同时,针对血流感染样本微生物浓度低的问题,对痕量样本测序流程进行优化。方法采用上述3种测序平台对DNA标准品和模拟样本进行高通量测序,通过分析原始数据质量、对微生物的检出能力等,比较3种平台之间存在的系统差异。同时通过在建库过程中加入外源核酸的方法,优化痕量样本的测序准确性及可靠性。结果在单批次数据量产出、碱基质量方面,MGISEQ-2000高于其它两种平台。在重复reads比例方面,Illumina NextSeq 2000最低,Ion GeneStudio S5 Plus最高,各平台间均有统计学差异(P<0.001)。在测序均一性方面,MGISEQ-2000高于Illumina NextSeq 2000,两者均高于Ion GeneStudio S5 Plus。在微生物检出能力方面,MGISEQ-2000表现出显著优势(P<0.001)。随着菌液浓度降低,差异逐渐减小。在单批次运行时间方面,Ion GeneStudio S5 Plus最短。此外,针对DNA含量≤0.05 ng的痕量样本,实验组(加入外源核酸)比对到的reads数高于对照组(不加外源核酸),倍数为11.09±8.03。结论不同测序平台各有优缺点,实验者可根据不同需求选择合适的测序平台。同时,加入外源核酸,可有效提高微生物的检出效率,为后续结果评估和临床诊断提供更佳支持。