基于Iso-Seq技术的野生马齿苋叶片转录组分析

基于全长转录组测序(isoform sequencing, Iso-Seq)技术对野生马齿苋叶片(对照、干旱和低温胁迫3种处理的叶片)转录组进行测序及其转录组信息分析的结果显示,总共得到641 732条原始片段,质控后得到合格的插入片段26 758 071条,总碱基量为44 Gb,利用CCS软件获得442 760条一致性序列,根据smrtlink软件得到全长的插入片段和全长的去除嵌合体的插入片段分别为391 258条和301 412条,去除冗余得到103 298条转录本,最终得到39 717条unigene,预测出40 952条LncRNA和38 419条CDS序列;并将unigene与Uniprot、Pfam、GO、KEGG、eggNOG、Pathway和Nr等数据库进行同源比对,其中36 381条unigene被注释,从这些unigene里查找到25 898个简单重复序列标记(simple sequence repeats, SSR)位点。利用差异表达分析软件DESeq2筛选不同处理组间的差异表达基因,对照和干旱处理、对照和低温胁迫处理及干旱和低温胁迫处理间分别鉴定出16 194(上调和下调差异基因分别为2 874和13 320)、16 093(上调和下调差异基因分别为6 365和9 728)和25 498(上调和下调差异基因分别为15 163和10 335)个差异表达基因。研究结果可为马齿苋属植物基因研究和SSR开发研究提供参考。