能量与蛋白质水平对静原鸡生长性能、屠宰性能、血液生化指标及代谢组的影响

【目的】研究不同能量和蛋白质水平对育成期静原鸡生长性能、屠宰性能、血液生化及代谢组的影响,为确定育成期静原鸡适宜日粮能量、蛋白质水平提供依据。【方法】选取7周龄静原鸡公鸡540只,随机分为9组,每组6个重复,每个重复10只鸡。采用2因子×3水平试验设计,因子1为日粮能量水平,设有低、中、高能量组,分别为11.28、11.70、12.12 MJ/kg,因子2为日粮蛋白质水平,设有低、中、高蛋白质组,分别为14.00%、15.50%、17.00%,试验期77 d。【结果】①日粮能量、蛋白质水平及交互作用显著影响末重、平均日增重、平均日采食量和料重比(P<0.05,下同),中能量-中蛋白质组(ME-MP组)末重、平均日增重最高,料重比最低;低能量-高蛋白质组(LE-HP组)平均日采食量最低。②日粮能量水平显著影响胸肌率、腿肌率,中能量组胸肌率、腿肌率最高。日粮能量、蛋白质交互作用对屠体率、半净膛率有显著影响,中能量-中蛋白质组(ME-MP组)屠体率、胸肌率、腿肌率最高。③日粮能量水平显著影响尿素含量,中能量组尿素含量最低。日粮蛋白质水平显著影响血糖,高蛋白质组血糖含量最高。日粮能量、蛋白质交互作用显著影响血清总蛋白、白蛋白及游离脂肪酸,中能量-中蛋白质组(ME-MP组)血清总蛋白含量最高、高能量-高蛋白质组(HE-HP组)血清白蛋白含量最高、中能量-高蛋白质组(ME-HP组)游离脂肪酸含量最高。④通过血液代谢组学分析共筛选出16种显著差异代谢物,主要富集在β-丙氨酸代谢、花生四烯酸新陈代谢通路、苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸生物合成、初级胆汁酸生物合成、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸降解等通路。【结论】日粮能量、蛋白质水平可显著影响育成期静原鸡公鸡生长性能、屠宰性能,这可能与其通过影响血清生化指标及代谢通路调控有关,能量、蛋白质需要量综合表明中能量-中蛋白质水平适宜于育成期静原鸡公鸡营养需要,其推荐水平分别为11.70 MJ/kg,蛋白质水平为15.50%。

BPGM下调对静原鸡成肌细胞生长发育的影响

旨在探讨二磷酸甘油酸变位酶(BPGM)对鸡成肌细胞生长发育的影响。对宁夏大学动物科技学院张娟课题组前期转录组学和蛋白组学数据进行联合分析,筛选出可能影响生长发育的差异表达基因,探究其对成肌细胞增殖、凋亡和相关标志基因表达水平的影响,并对糖酵解通路上下游基因的表达进行定量分析。ELISA检测肌苷酸(IMP)含量;比色法检测腺苷三磷酸(ATP)含量,深入揭示关键候选基因对静原鸡肌肉发育和肉质风味的重要作用。结果表明,静原鸡胸肌与腿肌间共鉴定到差异表达基因/蛋白139个,其中在转录组和蛋白组同时上调的差异基因/蛋白75个,在转录组和蛋白组同时下调的差异基因/蛋白45个,在转录组上调蛋白组下调的差异基因/蛋白13个,在蛋白组上调转录组下调的差异基因/蛋白6个;从糖酵解/糖异生通路筛选出7个差异表达基因,分别是BPGM、磷酸甘油酸激酶1基因(PGK1)、葡萄糖-6-磷酸异构酶基因(GPI)、磷酸甘油酸变位酶基因(PGAM1)、乳酸脱氢酶A基因(LDHA)、乳酸脱氢酶B基因(LDHB)、磷酸丙糖异构酶1基因(TPI1),结合KEGG通路富集分析和蛋白网络互作分析筛选出差异表达基因BPGM。BPGM在静原鸡母鸡组织中均有表达,在胸肌中的表达量最高,且在成肌细胞分化过程中呈上调趋势。用分离培养的原代成肌细胞进行细胞转染,干扰BPGM抑制了成肌细胞的增殖而促进细胞凋亡,并调控糖酵解通路上下游基因的表达,同时抑制了IMP和ATP的生物合成。综上所述,下调BPGM可以抑制成肌细胞的生长发育及IMP和ATP的生物合成。

静原鸡miR-2954的靶基因预测及生物信息学分析

为了预测静原鸡miR-2954的靶基因,并分析miR-2954在静原鸡不同组织的表达差异,探索其在静原鸡肌肉组织生长发育中的调控机制,试验采用生物信息学方法对比miR-2954成熟序列,并分析其保守性,使用TargetScan、miRDB、miRmap在线工具预测其靶基因,对靶基因集合进行GO功能注释和KEGG信号通路富集分析,并采用实时荧光定量PCR方法对miR-2954的组织表达水平进行研究。结果表明:miR-2954序列在鸟类间高度保守,靶基因GO功能条目主要集中在RNA聚合酶Ⅱ对转录的正向调节、信号转导、RNA聚合酶Ⅱ对转录的负向调节、氧化-还原过程、免疫反应和G-蛋白偶联受体信号转导途径等,存在于细胞核、胞浆、外泌体等多个组分中,在ATP结合、锌离子结合、金属离子结合、蛋白质结合等分子功能中也发挥作用。靶基因主要富集于细胞因子-细胞因子受体的相互作用、肌动蛋白细胞骨架的调节、细胞黏附分子、AGE-RAGE信号通路在糖尿病并发症中的作用、胰岛素信号传递途径与脂肪细胞因子信号传递途径等信号通路。miR-2954在静原鸡公鸡肺脏、肝脏中的相对表达量极显著高于其他组织(P<0.01),在静原鸡母鸡肺脏、肾脏、胸肌、腿肌中的相对表达量极显著高于其他器官(P<0.01)。说明miR-2954可通过调节其靶向基因影响静原鸡的生长发育。

全基因组关联分析与转录组学联合分析静原鸡蛋壳颜色的调控机制

【目的】利用全基因组关联分析与转录组学联合分析筛选调控静原鸡蛋壳颜色的候选基因,探究静原鸡蛋壳颜色调控机制。【方法】选择180日龄产绿壳蛋和产粉壳蛋静原鸡母鸡各50只,采集血液并进行简化基因组测序,通过全基因组关联分析筛选候选基因;采集300日龄产绿壳蛋和产粉壳蛋母鸡的蛋壳腺组织进行转录组测序,筛选差异表达基因并进行GO功能与KEGG通路富集分析;通过全基因组和转录组学联合分析,筛选调控蛋壳颜色相关基因并进行蛋白互作网络分析。【结果】简化基因组测序结果显示,从产粉壳蛋和产绿壳蛋静原鸡中分别筛选到232465和241008个SNPs标记,利用全基因组关联分析共筛选出溶质载体有机阴离子转运蛋白家族成员1A2(SLCO1A2)、SLCO 1 C 1和磷脂酰肌醇-4-磷酸3-激酶催化亚基2型γ(PIK3C2G)等54个与蛋壳颜色相关的候选基因。转录组测序筛选到277个差异表达基因,其中85个上调,192个下调。GO功能和KEGG通路富集分析发现,差异表达基因主要在亚油酸新陈代谢、亚麻酸代谢和花生四烯酸代谢、酪氨酸代谢、黑色素生成、黏着斑以及钙信号等相关通路中显著富集。全基因组和转录组学联合分析鉴定到内皮素3(EDN3)和锌指蛋白831(ZNF831)2个与蛋壳颜色显著相关的基因。【结论】通过全基因组关联分析与转录组学联合分析发现EDN 3、ZNF 831基因可能是调控蛋壳颜色的候选基因。研究结果为蛋壳颜色调控机制研究提供理论基础,为静原鸡蛋壳颜色选育提供分子遗传标记。

静原鸡DERA基因生物信息学分析及组织表达研究

【目的】分析2-脱氧-D-核糖-5-磷酸醛缩酶(2-deoxyriboaldolase,DERA)CDS区序列特征及其在静原鸡不同组织和不同生长发育时期的表达水平,为进一步研究DERA基因在静原鸡肌肉中的调控机制提供参考。【方法】以42日龄静原鸡胸肌cDNA为模板,克隆DERA基因完整CDS区,测序并进行生物信息学分析。利用实时荧光定量PCR技术检测DERA基因在静原鸡不同生长发育阶段(7、42、126、180日龄)胸肌、腿肌和42日龄不同组织(心脏、脾脏、肝脏、肾脏、肺脏、胸肌和腿肌)中的表达水平。【结果】静原鸡DERA基因CDS区全长699 bp,编码232个氨基酸,与环颈雉的相似性最高,为99.1%,表明DERA蛋白氨基酸序列在进化过程中保守性较高。DERA属于稳定蛋白,平均亲水系数为0.175,属于疏水性蛋白;存在跨膜结构,没有信号肽,属于跨膜蛋白。蛋白结构域是一种deoC/LacD家族醛缩酶域,二级结构包含α-螺旋、延伸链和无规则卷曲。蛋白互作网络分析表明,DERA蛋白与PGM2、TPI1、TKT等蛋白存在互作关系。DERA基因在静原鸡肾脏、胸肌、腿肌、心脏、肝脏、肺脏、脾脏中均有表达,其中在肾脏和胸肌中的表达量较高,均显著高于其他组织(P<0.05);在肺脏和脾脏中的表达量较低,均显著低于其他组织(P<0.05);DERA基因在7日龄胸肌和腿肌组织中的表达量均显著高于42、126和180日龄(P<0.05)。【结论】试验成功获得静原鸡DERA基因完整CDS区序列,该基因在静原鸡不同生长发育阶段胸肌和腿肌中的表达量以7日龄最高,且在42日龄静原鸡不同组织中以肾脏和胸肌中的表达量较高。结果为进一步研究DERA基因在静原鸡肌肉发育中的作用机制提供参考。

静原鸡ELOVL5基因遗传多样性研究

为确定静原鸡ELOVL5基因遗传变异位点,探讨其遗传特性,本研究利用单链构象多态性分析(PCR-SSCP)及DNA测序技术对静原鸡ELOVL5基因进行多态性检测。结果表明,静原鸡ELOVL5基因exon2和ex-on5均无多态性;在intron2扩增片段上共检测到1个SNP位点(g. 88620433+1683G> A),其表现为2种基因型(AA、AG)。其中AA为优势基因型,基因型频率为0. 84,A为优势等位基因,基因频率为0. 92。在248个静原鸡群体中未发现纯合GG型个体。群体遗传学分析表明,该位点纯合度较高(0. 84),PIC为0. 14(PIC <0. 25),呈低度多态。卡方适合性检验结果表明,静原鸡ELOVL5基因intron2突变未偏离Hardy-Weinberg平衡(P> 0. 05)。综上,静原鸡ELOVL5基因intron2多态性较低,exon2和exon5未发生变异。

静原鸡AK1基因序列分析及真核表达载体的构建

【目的】探究宁夏地方品种静原鸡前期转录组测序筛选出的AK1基因编码蛋白的结构与功能,构建其真核表达载体。【方法】根据GenBank上已公布的原鸡AK1基因序列,针对其CDS区设计特异性引物,通过克隆测序对AK1基因CDS区SNPs进行快速筛查,构建AK1基因的真核表达载体,并进行编码区生物信息学功能分析。【结果】AK1基因编码区全长585 bp,编码194个氨基酸;AK1蛋白无跨膜结构域,存在2个CpG岛,18个磷酸化位点,10个抗原表位,为稳定的水溶性蛋白,空间结构以α–螺旋和无规则卷曲为主。亚细胞定位结果显示,AK1蛋白主要位于细胞质内;GO富集分析发现,AK1基因同样富集在细胞质中,与亚细胞定位结果一致。基因共表达分析发现,在与AK1互作的基因中,AK1与AMPD1、PKM2基因存在共表达,共表达系数分别为0.116和0.063。成功构建出AK1-pEGFP-N1载体。【结论】该研究结果为后续AK1蛋白功能以及AK1作为肌苷酸相关基因的深入研究提供了科学依据。

静原鸡屠宰性能研究

为保护甘肃省静原鸡种质资源和遗传多样性,研究其肉用价值,本试验对静原鸡的屠宰性能进行了测定。结果表明,静原鸡180日龄公鸡平均宰前重为2.85 kg,母鸡2.22 kg,差异显著(P<0.01)。180日龄母鸡的腹脂率高于公鸡,而宰前重、半净膛重、全净膛重、胸肌重、腿肌重、屠宰率、全净膛率、腿肌率等性状公鸡优于母鸡,差异均达显著水平(P<0.01)。总之,静原鸡具有较好肉用性能,有较大开发价值和发展前景。

甘肃静原鸡初生和56日龄体尺体重测定

为保护甘肃省静原鸡种质资源和遗传多样性,本试验对静原鸡的生长发育性能进行了测定。结果表明,静原鸡初生重(公母混合)平均为黑黑组36.61g、麻黑组35.69g、白黑组37.33g、白白组37.63g;56日龄公鸡依次为2.88、2.70、2.76、2.55 kg,母鸡依次为2.23、1.97、2.24、2.11 kg。各组之间不同阶段的体尺体重之间互有差异。表明静原鸡的生长发育性能好,具有广阔的市场开发潜力和推广前景。

甘肃静原鸡孵化性能测定

对静原鸡孵化性能进行了测定,静原鸡种蛋的受精率平均为94.36%,无精蛋率为5.64%,死胚率为7.51%,孵化率为87.27%,受精蛋孵化率为92.49%。与同类测定资料相比,静原鸡的孵化性能居于中上水平,说明静原鸡孵化性能良好,具有广阔的市场开发潜力。

静原鸡ELOVL2和ELOVL5基因表达的组织特异性研究

采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术对宁夏地方优良品种静原鸡的肝脏、肌肉、心脏、睾丸、卵巢、腹脂6个组织中ELOVL2和ELOVL5基因的表达量进行了测定,并通过SAS8.2软件进行分析统计。结果表明,ELOVL2和ELOVL5基因在静原鸡6个不同组织中均有表达。其中ELOVL2基因在肝脏中的相对表达量最高,为71.52±0.41,显著高于其他组织(P<0.05);其次是卵巢、睾丸、腹脂、心脏及肌肉,在另外5个组织中表达量虽有差异,但均差异不显著(P>0.05)。ELOVL5基因在静原鸡不同组织中的相对表达量依次为:肝脏>腹脂>卵巢>睾丸>心脏>肌肉,同样在肝脏中的表达量最高,为110.94±0.02,显著高于其他组织(P<0.05),在腹脂中的表达量显著高于卵巢、睾丸、心脏和肌肉(P<0.05)。另外在心脏和肌肉中的表达量均差异不显著(P>0.05)。对ELOVL2和ELOVL5基因分别在不同组织中的表达差异进行分析比较,发现两个基因在腹脂中的表达量差异显著(P<0.05),ELOVL5基因在腹脂中的表达量较高。研究结果说明,ELOVL2和ELOVL5基因在静原鸡6种组织中的表达存在差异,并以肝脏组织最为明显,这为地方品种的开发与利用、种质资源遗传评定及地方品种分子育种技术平台的构建奠定了一定的理论基础。

静原鸡屠宰性能研究

为保护甘肃省静原鸡种质资源和遗传多样性,研究其肉用价值,本试验对静原鸡的屠宰性能进行了测定。结果表明,静原鸡180日龄公鸡平均宰前重为2.85kg,母鸡2.22kg,差异显著(P<0.01)。180日龄母鸡的腹脂率高于公鸡,而宰前重、半净膛重、全净膛重、胸肌重、腿肌重、屠宰率、全净膛率、腿肌率等性状公鸡优于母鸡,差异均达显著水平(P<0.01)。总之,静原鸡具有较好肉用性能,有较大开发价值和发展前景。

基于RAD-seq静原鸡保种群体的遗传变异分析

旨在分析静原鸡白羽、麻羽、黑羽保种群之间的遗传变异,挖掘调控特征性状的关键候选基因。本研究利用RAD-seq技术对180日龄特征明显、发育正常且健康的白羽、麻羽、黑羽静原鸡(每个羽色选取60个个体,40只母鸡,20只公鸡)进行测序,基于SNP标记计算观察杂合度(Ho)、群体内核酸多态性(Pi)、群体的平均近交系数(Fis)等指标,分析静原鸡3个类群的遗传多样性和群体结构,并通过选择性清除分析和全基因组关联分析(GWAS)筛选出候选基因,利用KOBAS对候选基因进行KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集,最终筛选出调控静原鸡羽色的候选基因。测序结果表明,静原鸡180个样品共产生198.83 Gb Clean Data,Q30达到93%以上。遗传多样性分析表明,白羽、麻羽、黑羽静原鸡分别鉴定出238533、233562和240820个SNPs标记,Ho、Pi和Fis分别在0.2732~0.2782、0.3049~0.3096和0.0961~0.1098之间。群体结构分析表明,静原鸡根据不同羽色分为不同类群。通过选择性清除分析和全基因组关联分析共筛选出11个(FZD4、WNT16、EDNRB、TYR、KRAS、CTNNB1、DDC、MC1R、CAMK2A、PRKCB、PRKCA)与静原鸡羽色相关的候选基因,富集结果显示这些基因主要与黑色素生成、酪氨酸代谢和Wnt信号传导等通路相关。综上所述,本研究利用SNPs标记信息可以全面地评价静原鸡的保种现状,为静原鸡的遗传资源保护奠定理论基础。同时,筛选出了与静原鸡羽色性状相关的候选基因,为静原鸡不同羽色的品系化培育提供新的遗传标记和基因靶点。

静原鸡ELOVL2基因遗传多态性研究

为了探讨静原鸡极长链脂肪酸延伸酶蛋白2(elongation of very-long-chain fatty acids 2,ELOVL2)基因的遗传特性,确定核苷酸的变异位点,本研究采用PCR-SSCP及DNA测序技术对静原鸡ELOVL2基因进行多态性检测。结果显示,静原鸡ELOVL2基因外显子6无多态性,内含子2和6呈中度多态。在ELOVL2基因内含子2扩增片段上共检测到5种基因型:A_2A_2、B_2B_2、C2C2、D2D2和A_2C2,4种等位基因:A_2、B_2、C2和D2,其中A_2为优势等位基因(0.62),A_2A_2基因型为优势基因型(0.54);3个SNPs位点:g.63372228+4918G>A的转换、g.63372228+5024T>C的转换和g.63372228+4928C>A的颠换。在E2e6I6扩增片段上共检测到3种基因型:A_1A_1、B_1B_1和A_1B_1,2种等位基因:A_1和B_1,其中A_1为优势等位基因(0.67),A_1A_1基因型为优势基因型(0.54),等位基因B_1存在g.63388000+748G>C的颠换。群体遗传学分析发现,静原鸡ELOVL2基因内含子2、6遗传纯合度均较高,且偏离了Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)。本研究结果表明,静原鸡ELOVL2基因内含子2和6序列突变较高,且呈中度多态,表现出纯合子优势,外显子6上无突变。

转录组数据揭示AMPD1调控静原鸡肌肉组织中肌苷酸的特异性沉积

本文旨在探究AMPD1基因对静原鸡胸肌和腿肌肌肉组织中肌苷酸(IMP)的调控水平,为进一步探究静原鸡AMPD1基因的生物学功能奠定基础。本研究选择静原鸡高肌苷酸含量的胸肌和低肌苷酸含量的腿肌进行转录组测序分析,筛选出胸肌和腿肌组织差异表达的关键基因AMPD1,并进行GO注释和蛋白互作网络分析。利用RT-qPCR检测静原鸡肌肉组织中AMPD1基因的mRNA表达水平。从测序结果中筛选参与嘌呤代谢通路的关键基因AMPD1,注释结果显示AMPD1参与6个生物学过程,包括AMP脱氨酶活性、IMP的生物合成过程等。蛋白互作发现AMPD1与嘌呤核苷酸合成和代谢过程中的重要调控酶共享功能。实时荧光定量结果表明,静原鸡肌肉组织中AMPD1基因的表达量腿肌显著低于胸肌。综上所述,AMPD1基因可能是影响鸡肉IMP沉积的主效基因。研究结果可为进一步研究静原鸡IMP特异性沉积的AMPD1基因调控机制提供分子理论基础,同时为后续静原鸡AMPD1功能验证提供重要的科学依据和参考。

静原鸡肌肉组织肌苷酸特异性沉积相关LNC_003828-gga-miR-107-3p-MINPP1的关联分析

【目的】探究静原鸡肌肉组织肌苷酸沉积过程中关键调控因子的调节作用,利用lncRNA-miRNA-mRNA关联分析鉴定与肌苷酸特异性沉积相关的LNC_003828、gga-miR-107-3p和MINPP1,其作为肉质研究的候选基因,为分子辅助育种提高肌肉品质提供理论基础。【方法】测定15只静原鸡胸肌和腿肌的肌苷酸含量,筛选高肌苷酸含量的胸肌和低肌苷酸含量的腿肌各3个样本提取总RNA,质量检测合格后构建cDNA文库、PCR扩增,利用Agilent 2100对文库质量进行评价,库检合格后送Illumina-Hiseq平台进行转录组测序。利用生物信息学方法筛选出静原鸡肌肉组织不同部位差异表达的MINPP1、gga-miR-107-3p和LNC_003828,进行GO注释和蛋白互作网络分析MINPP1的功能。采用qRT-PCR方法检测LNC_003828、gga-miR-107-3p和MINPP1在静原鸡胸肌和腿肌组织中的表达情况,并分析其与肌苷酸含量的相关性。【结果】测序样品间基因表达水平相关性R2>0.9,即试验样本之间基因表达可用于后续的差异基因分析。参与肌苷酸合成和代谢的糖酵解/糖异生途径中检测出3个差异表达基因MINPP1、PKM和ALDH9A1。互作分析发现lncRNA-miRNA-mRNA网络图中共有17个miRNA(9个上调,8个下调)、44个mRNA(16个上调,28个下调)和155个lncRNA(68个上调、87个下调),核心节点gga-miR-107-3p互作的靶基因有MINPP1、靶lncRNA有LNC_003828。GO富集分析发现MINPP1基因具有磷酸酶活性、双磷酸甘油酸酯磷酸酶活性等功能;蛋白互作网络中MINPP1基因与参与糖酵解/糖异生和氨基酸生物合成通路中的PGAM1、ENO1、BPGM基因均有互作关系。qRT-PCR结果表明,静原鸡胸肌LNC_003828和gga-miR-107-3p的相对表达量低于腿肌,但差异不显著;胸肌MINPP1的相对表达量显著低于腿肌(P<0.05)。静原鸡胸肌和腿肌组织中gga-miR-107-3p的表达量与LNC_003828表达量均呈正相关,与MINPP1的表达量均呈负相关。胸肌和腿肌组织中LNC_003828、gga-miR-107-3p的表达量与肌苷酸含量均呈正相关,且差异均不显著;胸肌MINPP1表达量与肌苷酸含量呈负相关,腿肌MINPP1表达量与肌苷酸含量呈显著负相关(P<0.05)。综上所述,推测静原鸡肌肉组织中gga-miR-107-3p作为核心调节因子吸附LNC_003828,影响MINPP1基因调控肌肉肌苷酸特异性沉积,从而改善肉质。【结论】筛选出LNC_003828、gga-miR-107-3p和MINPP1为影响肌苷酸特异性沉积的候选调控因子。

不同羽色静原鸡鸡肉营养成分的测定分析

为了研究不同羽色(白羽、麻羽、黑羽)静原鸡鸡肉的营养成分及其存在的差异性,以第5世代核心群的3个羽色(白羽、麻羽、黑羽)静原鸡为研究对象,采用直接干燥法、索氏抽提法、微量凯氏定氮法和国家标准GB5009.124—2016中氨基酸的测定方法分别对其胸肌、腿肌的初水分、脂肪、蛋白质、氨基酸含量进行了测定,并对其结果进行比较及分析。结果表明,白羽、麻羽、黑羽3个群体的静原鸡胸肌、腿肌的初水分含量分别为71.10%、70.35%、70.69%和72.14%、70.13%、72.08%,差异均不显著(P>0.05)。黑羽静原鸡的胸肌、腿肌脂肪含量分别为2.19%和3.12%,为三组最高,白羽静原鸡为最低。3个群体间麻羽静原鸡胸肌蛋白质含量(24.30%)最高,白羽静原鸡次之,黑羽静原鸡最低;3个群体间腿肌蛋白质含量差异均不显著(P>0.05)。3个群体鸡肉中氨基酸含量差异均不显著(P>0.05)。胸肌和腿肌中谷氨酸含量最高,天冬氨酸、赖氨酸、亮氨酸、精氨酸等含量次之。胸肌必需氨基酸、总氨基酸含量均是麻羽最高;腿肌必需氨基酸麻羽最高、总氨基酸含量白羽最高。该试验结果可为消费者购买静原鸡时的不同消费倾向提供参考。

180日龄静原鸡体重体尺测定与分析

为研究静原鸡种质资源和遗传多样性,本试验测定了白白、白黑、麻黑、黑黑4个品系180日龄静原鸡生长发育性能。结果表明,各品系公鸡体重依次为2.14 kg、2.41 kg、2.28 kg、2.48 kg,母鸡依次为2.09 kg、2.08 kg、2.08 kg、2.06 kg。各组体重、体尺互有差异,公鸡略有差异,母鸡差异很小。体型外貌已经全部得到表达,与56日龄相比,表型趋于一致,品系特征更加明显。

静原鸡miR-107的靶基因预测及生物信息学分析

为探究miR-107在静原鸡肌肉组织肌苷酸特异性沉积过程中的调控机制,本研究利用相关生物信息学软件和数据库对静原鸡miR-107进行了靶基因预测与生物信息学分析。通过转录组测序获取静原鸡miR-107序列,进行序列比对和保守性分析;通过TargetScan、miRDB和PicTar预测结果的交集并结合miRTarbase中已证实的靶基因集合,取二者并集,采用OmicShare工具对基因集合进行GO功能富集和信号通路富集分析,并讨论HMED数据库中miR-107在不同组织和疾病中的表达水平。结果显示,miR-107序列在各物种间高度保守,miR-107调控的靶基因GO功能富集主要包括细胞过程、生物调节、代谢过程、刺激反应等生物学过程和结合、催化活性、转录调节活性等分子功能;靶基因存在于细胞的多个组分中,包括细胞器、细胞膜、含蛋白质复合物。信号转导通路显著富集于癌症中的microRNAs途径(microRNAs in cancer)、人乳头瘤病毒感染(human papillomavirus infection)、癌症中途径(pathways in cancer)、PI3K-Akt信号通路(PI3K-Akt signaling pathway)中(P<0.05)。miRNA-靶基因互作分析发现,miR-107主要通过与靶基因mRNA的非翻译区靶向结合抑制靶基因的表达。根据HMED数据库中miR-107在不同组织和疾病中的表达数据,发现miR-107在黑素瘤(melanoma)中的表达水平最高,在扁桃体(tonsil)和肌肉(muscle)等组织中表达水平较低。通过对静原鸡miR-107靶基因的生物信息学分析,为miR-107功能及调控机制的深入研究提供参考依据,也为进一步研究miR-107在静原鸡肌肉发育中的作用奠定基础。

静原鸡let-7a-5p的靶基因预测及组织表达分析

【目的】了解let-7a-5p的生物学信息,初步探索其在静原鸡肌肉组织中的功能作用。【方法】利用生物信息学方法对转录组测序获得的静原鸡let-7a-5p的成熟序列进行保守性分析,使用miRDB、TargetScan和miRanda在线软件预测let-7a-5p的靶基因,取其交集进行GO功能和KEGG通路富集分析,并利用实时荧光定量PCR检测let-7a-5p在静原鸡公鸡和母鸡各组织中的表达水平。【结果】let-7a-5p的成熟序列在各物种间高度保守,共预测得到38个基因集合。在生物过程、细胞组分和分子功能中靶基因富集较多的GO条目有细胞过程、生物调节、细胞、结合和催化活性;靶基因显著富集于聚酮糖单元生物合成、AGE-RAGE信号通路在糖尿病并发症中的作用、泛素介导的蛋白水解、TGF-β信号通路和加压素调节的水重吸收信号通路,且富集最多的是代谢途径、AGE-RAGE信号通路在糖尿病并发症中的作用、泛素介导的蛋白水解和MAPK信号通路。let-7a-5p-靶基因互作主要通过作用于靶mRNA的3′-UTR抑制表达或使其降解。组织表达发现,let-7a-5p在静原鸡公、母鸡的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胸肌和腿肌组织中均有表达,且在胸肌和腿肌中表达量均较高。【结论】let-7a-5p可能靶向调节靶基因的表达,从而参与静原鸡肌肉生长发育,为进一步探究let-7a-5p的功能和作用机制提供理论依据。