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Effects of Heterologously Overexpressing PIP5K-Family Genes in Arabidopsis on Inflorescence Development
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作者 Mingda Yin Rui Luo +8 位作者 Tana Liang Qi Wen Xiaotian Liang Yanpeng Wen Xuemei Hu Zhiyan Wang Chang Gao Wenjing Ren Fenglan Huang 《Phyton-International Journal of Experimental Botany》 SCIE 2024年第1期97-117,共21页
Castor is one of the top 10 oil crops in the world and has extremely valuable uses.Castor inflorescences directly affect yield,so the study of inflorescence development is very important in increasing castor yield.Our... Castor is one of the top 10 oil crops in the world and has extremely valuable uses.Castor inflorescences directly affect yield,so the study of inflorescence development is very important in increasing castor yield.Our previous studies have shown that the PIP5K gene family(PIP5Ks)is associated with inflorescence development.In this study,to determine the function of each PIP5K gene in castor,a female Lm-type castor line,aLmAB2,was used to determine the relative expression levels of the PIP5Ks in castor inflorescences.Six PIP5K genes were heterologously overexpressed in Arabidopsis thaliana,the relative expression of each gene and the effect on plants was determined in A.thaliana,and the relationships among the PIP5Ks in castor were inferred.The expression levels of the PIP5Ks in the female Lm-type castor line aLmAB2 were analyzed.The relative expression levels of the PIP5K9 and PIP5K11 genes were high(p<0.05)in isofemale inflorescences,and those of PIP5K1,PIP5K2,PIP5K6,and PIP5K8 were high(p<0.05)in female inflorescences but low(p<0.05)in bisexual inflorescences.The PIP5Ks were heterologously overexpressed in A.thaliana,and T3-generation plants with stable genetic resistance,i.e.,AT-PIP5K^(+)plants(AT-PIP5K1^(+),AT-PIP5K2^(+),AT-PIP5K6^(+),AT-PIP5K8^(+),AT-PIP5K9^(+),and ATPIP5K11^(+) plants),were obtained.Biological tests of the AT-PIP5K+plants showed that the growth of the main stem was significantly delayed in AT-PIP5K+plants compared with Columbia wild-type(WT)A.thaliana plants;the PIP5K1 and PIP5K2 genes promoted lateral stem growth and flower and silique development;and the PIP5K6,PIP5K8,PIP5K9 and PIP5K11 genes inhibited lateral stem growth and flower and silique development.The correlations among PIP5Ks in castor suggest that there may be a synergistic relationship among PIP5K1,PIP5K2,and PIP5K6 in castor inflorescences,and PIP5K8,PIP5K9,and PIP5K11 are complementary to the other three genes. 展开更多
关键词 CASTOR inflorescence development PIP5k gene family gene overexpression
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J、K亚群禽白血病病毒的分离和囊膜蛋白(gp85)基因序列分析
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作者 周钊灿 游广炬 +4 位作者 杨金易 苏晓娜 高丽 王永强 郑世军 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第4期1-10,共10页
为了解现阶段我国禽白血病病毒(ALV)的流行特征和演化趋势,本试验于2021—2022年从国内某鸡场采集蛋清ALV衣壳蛋白(p27)抗原阳性的鸡血浆,接种鸡胚成纤维细胞(DF-1)分离病毒并进行亚群鉴定;采用聚合酶链式反应(PCR)技术扩增分离株的囊... 为了解现阶段我国禽白血病病毒(ALV)的流行特征和演化趋势,本试验于2021—2022年从国内某鸡场采集蛋清ALV衣壳蛋白(p27)抗原阳性的鸡血浆,接种鸡胚成纤维细胞(DF-1)分离病毒并进行亚群鉴定;采用聚合酶链式反应(PCR)技术扩增分离株的囊膜蛋白(gp85)基因片段,并对其进行测序,将基因序列与ALV不同亚群毒株进行比对和遗传进化分析;选取氨基酸变化差异较大的分离毒株进行间接免疫荧光鉴定。结果显示,共分离到7株ALV毒株(3株J亚群,4株K亚群),ALV-J分离毒株CAU4932、CAU4860和CAU2259的gp 85基因片段长度为918 bp,编码306个氨基酸,分离毒株之间gp 85基因核苷酸同源性为90.5%~95.2%,gp85蛋白氨基酸同源性为95.1%~99.3%;ALV-K分离毒株CAU7049、CAU5006、CAU7176和CAU7168的gp 85基因片段长度为1008 bp,编码336个氨基酸,分离毒株之间gp 85基因核苷酸同源性为89.4%~92.3%,gp85蛋白氨基酸同源性为94.0%~99.7%。gp85蛋白氨基酸序列同源性比对发现,分离株gp85蛋白氨基酸序列均会发生突变,但高变区hr1和hr2所占比例较多,证实了gp85的高变性。在gp85蛋白B细胞抗原表位中存在部分位点的氨基酸突变,可能导致gp85蛋白抗原性发生变化。间接免疫荧光鉴定结果显示,5株分离毒株均可在DF-1细胞内复制并存在可被抗体识别的p27抗原表位。结果表明,本试验分离的7株ALV毒株是国内ALV-J和ALV-K流行毒株的突变株,不仅丰富了ALV基因组库资源,且为后续研究ALV的遗传变异特征和流行趋势等提供参考依据。 展开更多
关键词 禽白血病病毒 J亚群 k亚群 gp 85基因 序列比较
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普通烟草外向整流Shaker K^(+)通道NtSKOR1的组织表达分析
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作者 农童嘉 徐方正 +8 位作者 袁佳苹 向海英 王学瑛 袁光 OLUWASEYI Setonji Hunpatin 崔萌萌 宁扬 王倩 戴培刚 《中国烟草科学》 CSCD 北大核心 2024年第2期90-98,共9页
外向整流Shaker K^(+)通道SKOR(Stelar K^(+)outward rectifier)是一类定位于植物根部中柱细胞质膜的外向整流Shaker K^(+)通道。为探究普通烟草NtSKOR1的启动子活性和不同时期组织表达情况,克隆该基因上游2439 bp的启动子序列,创制启... 外向整流Shaker K^(+)通道SKOR(Stelar K^(+)outward rectifier)是一类定位于植物根部中柱细胞质膜的外向整流Shaker K^(+)通道。为探究普通烟草NtSKOR1的启动子活性和不同时期组织表达情况,克隆该基因上游2439 bp的启动子序列,创制启动子驱动β-葡萄糖苷酸酶基因(GUS)的烟草材料并进行组织化学染色,通过RT-qPCR验证该基因的表达。结果表明NtSKOR1启动子含有光响应、逆境胁迫和激素等相关的顺式作用元件;转ProNtSKOR1::GUS烟草的组织化学染色试验表明:萌发期至子叶展平期未检测到GUS活性;小十字期,在真叶叶脉和茎尖分生组织开始检测到GUS活性;生根期,除茎和叶脉的维管组织外,在根部维管组织也开始检测到明显GUS活性,且活性随烟株生长而逐渐增强;盛花期,主要在烟草的根、茎和叶脉维管组织检测到活性,且上部叶叶脉中的GUS活性高于下部叶叶脉。RT-qPCR与GUS活性检测结果基本一致。综上可知,NtSKOR1主要在烟草小十字期及后续发育阶段的根、茎、叶的维管组织中表达,烟草进入盛花期后,该基因在光合作用较强的上部叶中的表达高于下部叶,推测该基因可能参与烟草K^(+)转运和同化产物协同运输。 展开更多
关键词 NtSkOR1 Shaker k^(+)通道 GUS活性 烟草 基因表达
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基于K-modes聚类算法的山东省传统村落空间风貌类型及区划研究
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作者 范勇 李玄 肖文杰 《小城镇建设》 2024年第5期100-107,共8页
传统村落的类型解析及空间区划是开展传统村落整体性保护和区域性发展的基础前提,本文在对山东省传统村落调查的基础上,基于空间基因理论视角,从地景、聚落、建筑、文化4个层次构建起13个指标的传统村落空间风貌分类指标体系,并采用K-mo... 传统村落的类型解析及空间区划是开展传统村落整体性保护和区域性发展的基础前提,本文在对山东省传统村落调查的基础上,基于空间基因理论视角,从地景、聚落、建筑、文化4个层次构建起13个指标的传统村落空间风貌分类指标体系,并采用K-modes聚类算法对山东省177个传统村落进行聚类分析,得到八大空间风貌类型,进一步结合区域文化、地理特点及行政区划,划分出山东省5个传统村落风貌区,从宏观视角分析了山东省传统村落空间风貌特征及其形成与发展的内在逻辑和地理分布规律,为更加整体全面地认识山东省传统村落特点、开展区域性传统村落集中连片保护利用等工作提供科学参考。 展开更多
关键词 传统村落 空间基因 k-modes聚类算法 空间区划 山东省
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双能CT联合血清PIVKA-Ⅱ、NDRG4诊断卵巢癌效能
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作者 梁俊明 黄健威 符立辉 《中国计划生育学杂志》 2024年第2期337-342,共6页
目的:探究双能CT联合血清拮抗剂-Ⅱ诱导的蛋白质(PIVKA-Ⅱ)、抑癌基因N-myc下游调节因子4(NDRG4)检测在诊断卵巢癌中的应用价值。方法:2020年2月-2023年5月本院接受治疗的卵巢癌患者105例为卵巢癌组,同期收治的良性卵巢肿瘤患者100例为... 目的:探究双能CT联合血清拮抗剂-Ⅱ诱导的蛋白质(PIVKA-Ⅱ)、抑癌基因N-myc下游调节因子4(NDRG4)检测在诊断卵巢癌中的应用价值。方法:2020年2月-2023年5月本院接受治疗的卵巢癌患者105例为卵巢癌组,同期收治的良性卵巢肿瘤患者100例为良性组,健康体检者90例为对照组。所有受试者均行双能CT检查,测量双能CT参数标准化碘浓度(NIC)和能谱曲线斜率(k)值,检测血清PIVKA-Ⅱ、NDRG4水平。采用受试者工作特征(ROC)曲线分析双能CT参数联合血清PIVKA-Ⅱ、NDRG4的诊断卵巢癌价值;Pearson法分析血清PIVKA-Ⅱ、NDRG4与双能CT参数的相关性。结果:对照组、良性组、卵巢癌组NIC、k值、血清PIVKA-Ⅱ水平依次升高,NDRG4依次降低;双能CT参数NIC、k及血清PIVKA-Ⅱ、NDRG4诊断卵巢癌的曲线下面积(AUC)分别为0.785、0.696、0.832、0.799,4项联合诊断卵巢癌的AUC(0.937)显著提高(均P<0.05)。卵巢癌患者血清PIVKA-Ⅱ水平与NIC、k呈正相关,血清NDRG4水平与NIC、k呈负相关;双能CT参数NIC、k、血清PIVKA-Ⅱ、NDRG4水平与患者FIGO分期、淋巴结转移、分化程度有关(均P<0.05)。结论:双能CT、血清PIVKA-Ⅱ、NDRG4对卵巢癌诊断具有一定价值,且联合诊断价值更高。 展开更多
关键词 卵巢癌 拮抗剂-Ⅱ诱导的蛋白质 抑癌基因N-myc下游调节因子4 双能CT 诊断
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Detection of K88 Fimbriae Gene of Escherichia coli from Mink 被引量:2
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作者 ZHANG Yan-ying GAO Gui-sheng +1 位作者 GAO Guang-ping SHI Qiu-mei 《Animal Husbandry and Feed Science》 CAS 2012年第5期206-208,211,共4页
[Objective] This paper aimed to study the mechanism of diarrhea of mink caused by Escherichia coil [Method] Through the detection of K88 fimbriae gene of E. coli, cloning of gene fragments and identification, then PCR... [Objective] This paper aimed to study the mechanism of diarrhea of mink caused by Escherichia coil [Method] Through the detection of K88 fimbriae gene of E. coli, cloning of gene fragments and identification, then PCR amplification was used to detect adhesion factor K88 gene, which was connected to T-vector and transformed into competent cells, and positive clones were selected. [ Results] E. coli 078, 029 and 038 were isolated from organs and feces of mink died of diarrhea in 3 mink farms, respectively, the 3 serotypes of E. coliwere detected in carrying K88 fimbriae gene and 3 positive clones were screened, respectively. [ Conclusion] The E. coli causing mink diarrhea carry K88 fimbriae gene. 展开更多
关键词 MINk DIARRHEA k88 fimbriae gene CLONE
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K-Ras、BRAF、PIK3CA基因突变与直肠癌新辅助放化疗疗效及预后的关系 被引量:2
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作者 张馨元 付永峰 +3 位作者 白立立 杨森 毛羽 董立新 《现代肿瘤医学》 CAS 北大核心 2023年第16期3051-3055,共5页
目的:探讨K-Ras、BRAF、PIK3CA基因突变与直肠癌新辅助放化疗(nCRT)疗效及预后的关系。方法:选取2015年03月至2020年03月于医院接受nCRT并行根治手术的直肠癌患者182例作为研究对象。所有患者术前接受卡培他滨化疗,同时采用长程分割疗... 目的:探讨K-Ras、BRAF、PIK3CA基因突变与直肠癌新辅助放化疗(nCRT)疗效及预后的关系。方法:选取2015年03月至2020年03月于医院接受nCRT并行根治手术的直肠癌患者182例作为研究对象。所有患者术前接受卡培他滨化疗,同时采用长程分割疗法进行放疗,共治疗5周,nCRT结束后5~12周,根据肿瘤位置及nCRT情况行手术治疗,出院后进行为期1年的随访。以肿瘤退缩分级(TRG)评价直肠癌nCRT疗效,TRG 1-3级纳入nCRT有效组,TRG 4-5级纳入nCRT无效组。nCRT前经肠镜取肿瘤组织,检测K-Ras、BRAF、PIK3CA基因突变状态,分析K-Ras、BRAF、PIK3CA基因突变与直肠癌nCRT疗效及预后的关系。结果:在182例直肠癌患者中,K-Ras、BRAF、PIK3CA基因突变率分别为34.07%、6.59%、13.19%,nCRT治疗有效率为60.44%。nCRT有效组K-Ras、BRAF及PIK3CA基因突变率显著低于nCRT无效组(P<0.05)。K-Ras、BRAF、PIK3CA基因突变状态预测直肠癌nCRT疗效的敏感度分别为68.45%、65.38%、57.76%,特异度分别为72.39%、69.23%、63.12%,AUC分别为0.626、0.573、0.532。Logistic回归分析结果显示K-Ras、BRAF、PIK3CA基因突变与直肠癌nCRT疗效显著相关(P<0.05)。K-Ras、BRAF、PIK3CA基因突变患者平均生存时间均分别短于K-Ras、BRAF、PIK3CA无突变者,差异有统计学意义(P<0.05)。多变量COX回归分析结果显示K-Ras、BRAF及PIK3CA基因突变患者死亡风险分别是K-Ras、BRAF、PIK3CA无突变者的1.639倍、1.811倍、1.432倍(P<0.05)。结论:K-Ras、BRAF、PIK3CA基因突变与直肠癌患者nCRT疗效和预后相关,可作为nCRT疗效和预后的预测指标。 展开更多
关键词 直肠癌 新辅助放化疗 k-RAS BRAF PIk3CA 基因突变 疗效评估 预后
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In Vitro Anti-tumor Immune Response Induced by Dendritic Cells Transfected with Recombinant Adenovirus Carrying Mutant K-ras Genes 被引量:1
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作者 赵峰 周清华 +4 位作者 陆燕蓉 覃扬 张洁 李劲松 王建军 《Journal of Huazhong University of Science and Technology(Medical Sciences)》 SCIE CAS 2005年第4期378-381,共4页
Summary: The specific anti-tumor immune response induced by mouse bone marrow dendritic cells (DCs) lransfected with recombinant adenovirus carrying mutant k-ras genes was investighted. DCs were generated from mous... Summary: The specific anti-tumor immune response induced by mouse bone marrow dendritic cells (DCs) lransfected with recombinant adenovirus carrying mutant k-ras genes was investighted. DCs were generated from mouse bone marrow in the presence of rmGM-CSF (3.3 ng/mL) and rmIL-4 (1.3 ng/mL) and detected by FACS, and then transfecled with the recombinant adenovirus encoding mutant k ras gene. The efficacy of transfection and T cell stimulating activity of DCs were detected. CTL activity of the mice vaccinated with DCs was observed. The resuhs showed thai DCs had dendritic veiled morphology. BmDCs highly expressed B7-1(80%), B7-2(77%), MHC Ⅱ (70%), CDllc (65%), CD40 (70%) and CD54 (96%) with FACS, and no significant difference in the expression was observed before and after the transfection (P〈0.05). The DCs transfeeled by mutant k-ras gene could significantly stimulate lymphoeytes proliferation as compared with those transfeeted by Ad e or non-modified DCs (P〈0.05). DC vaccine transfected by mutant k-ras gene could induce CTL activity against Lewis lung cancer, but not against B16. The specific eytotoxicity against Lewis lung cancer in Ad-k-ras/12-transdueed DC group was signifieantly higher than those in the control, vector and non transfeeted DCs groups (P〈0.05). It was concluded that special antitumor response could be induced by DCs transfected with recombinant adenovirus carrying mutant k-ras genes. 展开更多
关键词 adenovirus vector mutant k-ras gene dendritic cell T lymphocyte
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Rapid Detection ofK-ras Gene Point Mutation at Codon 12 by PCR-SSPin Pancreatic Adenocarcinom a
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作者 Liu Xunliang (刘训良) Dai Cuncai (戴存才) Du Jinghui (杜竞辉) Miao Yi (苗 毅) Zhang Zhaosong (张兆松) 1 Cheng Shuzhen (陈淑贞) 1 Wang Xiang (王 翔) 1 Department of General Surgery, the First Affiliated Hospital of Nanjing Medical University, Nanjing 210029, P.R. China 1Molecular Biology Research Center, Nanjing Medical University, Nanjing 210029, P.R. China 《The Journal of Biomedical Research》 CAS 1999年第2期78-80,共3页
To evaluate the feasibility and clinical significance of the PCR SSP technique in detecting K ras gene mutation at codon 12 in pancreatic adenocarcinoma tissues. 80 specimens of surgical resection or biopsy samples ... To evaluate the feasibility and clinical significance of the PCR SSP technique in detecting K ras gene mutation at codon 12 in pancreatic adenocarcinoma tissues. 80 specimens of surgical resection or biopsy samples were tested at our hospital from January 1994 to September 1995. Three different special sequence primers (SSP) synthesized according to mutation styles of CGT, GTT, GAT were respectively prepared. Three amplification reactions were performed for each sample. The amplification products were analyzed by conventional polyacrylamide gel electrophoresis, stained with ethidium bromide and observed under UV transillumination. Results: All of the 34 pancreatic adenocarcinoma samples had positive PCR results with the mutation rate 100%. 7 cases were CGT mutation, 18 GGT and 17 GAT mutation, in which 2 types of mutation existed in 8 cases. No mutation appeared in 13 normal pancreatic tissues, 6 insulinomas, 6 chronic pancreatitis, 5 benign pancreatic cysts, 7 bile duct carcinoma, 5 ampulla carcinoma and 4 carcinomas of duodenal papilla. Conclusion: Pancreatic adenocarcinoma is one of the commonly encounted tumors and is still very difficult to diagnose at the early stage and to distinguish from other lesions preoperatively. Our study indicates that PCR SSP is an ideal assay in comparison with other methods to detect K ras gene mutation. It is simple, rapid, specific, sensitive and easily generalized for clinical application on preoperative diagnosis. 展开更多
关键词 pancreatic adenocarcinoma RCP SSP k ras gene point mutation
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萝卜HAK/KUP/KT基因家族鉴定与表达特性分析
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作者 程瑞 汪国莲 +5 位作者 孙玉东 王林闯 罗德旭 王玮 仲秀娟 赵建锋 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第3期777-787,共11页
钾元素是植物生长发育过程中必需的主要矿质营养元素之一,对作物的产量和品质有决定性影响,细胞内K+含量水平在很大程度上受K+转运蛋白控制。通过生物信息学方法从全基因组水平鉴定出萝卜K^(+)转运蛋白HAK/KUP/KT基因家族成员,并对其基... 钾元素是植物生长发育过程中必需的主要矿质营养元素之一,对作物的产量和品质有决定性影响,细胞内K+含量水平在很大程度上受K+转运蛋白控制。通过生物信息学方法从全基因组水平鉴定出萝卜K^(+)转运蛋白HAK/KUP/KT基因家族成员,并对其基因结构、蛋白质特性、保守基序、染色体定位、启动子顺式作用元件、系统进化及表达特性等进行分析。结果表明,鉴定出的17个萝卜HAK/KUP/KT基因不均等地分布在萝卜6条染色体及Scaffold00840上,根据与拟南芥的同源关系将其命名为RsHAK1~RsHAK17;RsHAKs基因结构、保守基序、蛋白质理化特性等均具有高度保守性,启动子区域存在大量与环境因素、植物激素、逆境胁迫应答等有关的顺式作用元件;系统进化分析结果显示,17个RsHAKs基因聚为4个亚家族,全基因组复制事件是RsHAKs基因扩张的主要驱动力。转录组和qRT-PCR表达分析结果表明,除RsHAK5仅在萝卜根部表达外,其他RsHAKs在萝卜各器官及发育过程中均有特异性表达,且在高钾渗透胁迫下在叶片中相对表达量显著上调,RsHAK3、RsHAK9、RsHAK11和RsHAK12在根部呈现明显的缺钾诱导表达模式。研究结果为进一步全面解析HAK/KUP/KT基因在萝卜中的生物学功能以及提高萝卜栽培品质提供了一定理论依据。 展开更多
关键词 萝卜 钾转运蛋白 基因家族 k^(+) 表达分析
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Study of mutations of p53, APC and K-ras genes in 47 cases of intestinalmetaplasia of gastric mucosa
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作者 王东旭 房殿春 刘为纹 《Journal of Medical Colleges of PLA(China)》 CAS 2000年第3期178-181,共4页
Objective:To study the role of the mutations of p53, APC and K-ras genes in 47 cases of 3 types of intestinal metaplasia (IM) of gastric mucosa. Methods:In 47 cases of IM, exons 5- 8 of p53 and exons 15 of APC were ex... Objective:To study the role of the mutations of p53, APC and K-ras genes in 47 cases of 3 types of intestinal metaplasia (IM) of gastric mucosa. Methods:In 47 cases of IM, exons 5- 8 of p53 and exons 15 of APC were examined with PCR-SSCP and codon 12 of K-ras with PCR-RFLP to detect the existence of any mutations of these structures. Results:Muta- tions of p53, APC and K-ras were found in 29.8% (14/47),6.4% (3/47) and 6.4% (3/47) respectively in our series of patients who consisted of 33 with types I and II and 14 with type III of IM. The mutation rate of p53 was far higher in patients with type III IM (57.1%,8/14) than in those with types I and II IM(18.2%,6/33)(P <0.05). Though the mutation rate of APC and K-ras was also higher in the patients with type III IM than in those with types I and II IM, it was of no statistical significance (P >0.05). In one case of type III IM, mutation of both p53 and K-ras was found. Conclusion: The molecular changes of 3 types of IM are different. The mutation of p53 may be closely related to carcinogenesis in cases of type III IM and it serve as a sign for the early diagnosis of gastric carcinoma. 展开更多
关键词 intestinal METAPLASIA mutation P53 APC gene k-RAS gene
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缢蛏(Sinonovacula constricta)耐氨氮关联SNP验证及相关基因NKA在氨氮胁迫下的表达特征分析
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作者 胡晨馨 吕丽媛 +3 位作者 孙改改 姚韩韩 林志华 董迎辉 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1413-1423,共11页
为筛查和验证缢蛏(Sinonovacula constricta)耐氨氮相关单核苷酸多态性(SNP)和基因,为分子标记辅助育种提供参考,通过竞争性等位基因特异性PCR(KASP)对位于缢蛏NKA基因(Sc-NKA)下游的SNP(g.21062868T>A)进行验证,采用实时荧光定量PCR... 为筛查和验证缢蛏(Sinonovacula constricta)耐氨氮相关单核苷酸多态性(SNP)和基因,为分子标记辅助育种提供参考,通过竞争性等位基因特异性PCR(KASP)对位于缢蛏NKA基因(Sc-NKA)下游的SNP(g.21062868T>A)进行验证,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)和蛋白免疫印迹(WB)检测高氨氮胁迫下Sc-NKA基因的表达水平,用免疫荧光技术对Sc-NKA蛋白进行组织细胞定位,通过RNA干扰探究Sc-NKA基因在氨氮排泄中的作用。结果显示,SNP位点(g.21062868T>A)与氨氮耐受性状显著相关(P<0.05);Sc-NKA基因在氨氮胁迫后的mRNA和蛋白表达量均显著增加(P<0.05);缢蛏鳃中的柱状细胞和扁平细胞是Sc-NKA蛋白分泌的主要部位,且在氨氮胁迫后细胞中的蛋白丰度增加;干扰Sc-NKA基因6~48 h后,缢蛏血淋巴中氨含量显著升高(P<0.05),且Na^(+)-K^(+)-2Cl共转运蛋白1(NKCC1)的mRNA表达水平显著降低(P<0.05)。这些研究结果表明,Sc-NKA参与氨氮的排泄过程,且与NKCC1在氨氮转运中具有协同作用。 展开更多
关键词 缢蛏 Na^(+)/k^(+)-ATPase 氨氮排泄 基因表达 RNA干扰
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Detection of K-ras Gene Point Mutation's Style in Human Pancreatic Cancer Cell Line PANC-1 by PCR-SSP
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作者 WANG Wei WANG Chunyou +3 位作者 DONG Jihua ZHAO Gang CHEN Xiong ZHANG Min 《The Chinese-German Journal of Clinical Oncology》 CAS 2006年第1期45-48,共4页
客观:在人的胰腺的癌症房间线 PANC-1 检测 K 地岬基因点变化的风格;确定地岬目标位置的 bp 顺序由 RNA 介入了。方法:为关于变化式样的聚合酶链反应(PCR ) 的三种特殊顺序教材(SSP )(GAT,法国总工会;GGT ) 在 12 K 地岬上的鳕鱼... 客观:在人的胰腺的癌症房间线 PANC-1 检测 K 地岬基因点变化的风格;确定地岬目标位置的 bp 顺序由 RNA 介入了。方法:为关于变化式样的聚合酶链反应(PCR ) 的三种特殊顺序教材(SSP )(GAT,法国总工会;GGT ) 在 12 K 地岬上的鳕鱼被用来学习人的胰腺的癌症房间线 PANC-1。扩大产品与 polyacrylamine 胶化电气泳动被学习检测点变化的风格。结果:在 12 上的鳕鱼的 K 地岬基因点变化的风格是在人的胰腺的癌症房间线的 GAT。结论:PCR-SSP 是快速的,方便;高特定。结果为胰腺的癌症由 RNA 干扰为进一步的基因治疗提供一个基础。 展开更多
关键词 基因突变 胰腺癌 PANC-1 病理机制
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人恶性胸膜间皮瘤组织中K-ras基因点突变的研究
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作者 刘如爱 杨雪倩 +3 位作者 王播勇 梅雯 周静华 熊伟 《大理大学学报》 2023年第4期43-49,共7页
目的:探究云南省大姚县青石棉污染区恶性胸膜间皮瘤(MPM)患者组织K-ras基因点突变。方法:应用聚合酶链式反应(PCR)-单链构象多态性分析和PCR-DNA测序技术联合检测59例MPM患者和13例非MPM患者胸膜间皮组织中K-ras基因密码子12、13和61的... 目的:探究云南省大姚县青石棉污染区恶性胸膜间皮瘤(MPM)患者组织K-ras基因点突变。方法:应用聚合酶链式反应(PCR)-单链构象多态性分析和PCR-DNA测序技术联合检测59例MPM患者和13例非MPM患者胸膜间皮组织中K-ras基因密码子12、13和61的点突变情况。结果:59例MPM患者和13例非MPM患者胸膜间皮组织中均没有发生K-ras基因点突变,K-ras基因点突变的检出率为0.0%。结论:云南省大姚县青石棉污染区MPM患者组织K-ras基因突变型的比例较低,提示K-ras原癌基因点突变在此地区MPM的诱导发生中并不发挥关键作用。 展开更多
关键词 恶性胸膜间皮瘤 k-RAS基因 点突变 聚合酶链式反应-单链构象多态性
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基于机器学习的茶树DNA聚类算法
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作者 杨小平 倪萍 +4 位作者 诸葛天秋 罗跃新 郭春雨 庞月兰 吴雨婷 《广西大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2024年第2期386-399,共14页
为了研究茶树基因序列的聚类问题,设计一种基于累计方差贡献率进行改进的核主成分分析(KPCA)与k均值(k-means)++聚类算法相结合的降维聚类算法(KPCA-k-means++)。将基因库数据集筛选分组后,利用k-mers算法提取基因数据的数据特征,根据... 为了研究茶树基因序列的聚类问题,设计一种基于累计方差贡献率进行改进的核主成分分析(KPCA)与k均值(k-means)++聚类算法相结合的降维聚类算法(KPCA-k-means++)。将基因库数据集筛选分组后,利用k-mers算法提取基因数据的数据特征,根据累计方差贡献率的占比大于85%的标准确定降维主元个数对KPCA进行降维改进并采用k-means++算法对降维后数据聚类,通过CH(Calinski-Harabaze Index)指标和响应时间分析聚类结果。结果表明:在单独聚类、KPCA聚类、改进PCA聚类、改进KPCA聚类4种处理方式中,改进KPCA-k-means++算法在不同处理方式和不同样本数的对比下,CH指标均为最高,与未改进时相比平均高出33%。在响应时间方面,改进KPCA-k-means++算法与同样改进PCA-k-means++算法在不同聚类数和样本数的对比下响应时间均较短。改进KPCA-k-means++算法能够保证对于茶树的基因序列的聚类准确率和聚类速度,表现出极好的聚类稳定性。 展开更多
关键词 核主成分分析 累计方差贡献率 k均值聚类算法 基因聚类
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含笑亚族及其近缘植物matK基因序列分析 被引量:18
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作者 金虹 施苏华 +2 位作者 潘恒昶 黄椰林 张宏达 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 1999年第1期93-97,共5页
测定了木兰科等14种植物的叶绿体matK基因的一段长1039碱基对的序列.最大同源性分析构建的系统树图建议:①与一般的分类系统的结果一致,含笑属的3个种间具有极高的同源性;②合果木属、观光木属与含笑属之间的同源性也很... 测定了木兰科等14种植物的叶绿体matK基因的一段长1039碱基对的序列.最大同源性分析构建的系统树图建议:①与一般的分类系统的结果一致,含笑属的3个种间具有极高的同源性;②合果木属、观光木属与含笑属之间的同源性也很高,建议它们有可能可以归为同一亚族,甚至归为同一属;③与一般分类系统相反,长蕊木兰属与木兰属的关系较远而与含笑属极接近,故有可能归入含笑亚族. 展开更多
关键词 系统发育 木兰科 MATk基因 含笑亚族 序列分析
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中日产川芎的matK、ITS基因序列及其物种间的亲缘关系 被引量:32
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作者 刘玉萍 曹晖 +2 位作者 韩桂茹 伏见裕利 小松かつ子 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第1期63-68,共6页
目的 分析中国产川芎LigusticumchuanxiongHort.及日本产川芎CnidiumofficinaleMakino的核基因组ITS和叶绿体基因组matK序列 ,为探讨中日产川芎物种间的亲缘关系提供分子依据。方法 采用PCR直接测序技术测定川芎和日本川芎的ITS基因和... 目的 分析中国产川芎LigusticumchuanxiongHort.及日本产川芎CnidiumofficinaleMakino的核基因组ITS和叶绿体基因组matK序列 ,为探讨中日产川芎物种间的亲缘关系提供分子依据。方法 采用PCR直接测序技术测定川芎和日本川芎的ITS基因和matK基因核苷酸序列并作序列变异分析。结果 川芎和日本川芎的matK序列长度均为 12 68bp ,编码 4 2 2个氨基酸。ITS1 5 8S ITS2序列长度均为 699bp ,其中 18SrRNA基因 3′端序列 5 4bp ,ITS1序列 2 15bp ,5 8SrRNA基因序列 162bp ,ITS2序列 2 2 2bp ,2 6SrRNA基因 5′端序列 4 6bp。根据排序比较 ,川芎原植物与其商品药材间的matK基因和ITS基因序列完全相同 ,而川芎与日本川芎间matK基因则仅有 1个变异位点 ,即在上游 95 9nt处 1个转换替代 (T→C) ,反映在氨基酸序列则发生一个非同义取代V(GTG)→A(GCG) ;ITS基因也仅有 1个变异位点 ,即在ITS1上游 5 4nt处 1个转换替代 (T→C)。结论 通过进化速率较快的基因序列同源性分析 ,基本可以认为中日所产川芎基原一致 ,日本川芎学名似应改为LigusticumchuanxiongHort. 展开更多
关键词 川芎 日本川芎 MATk基因 ITS基因 核苷酸测序
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基于matK序列的木犀属植物系统发育初步研究 被引量:8
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作者 杨绪勤 邓传良 +3 位作者 刘丽盈 沙涛 于美玲 卢龙斗 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期9-14,共6页
以流苏树属的流苏树,女贞属的女贞和木犀榄属的木犀榄作为外类群,利用叶绿体matK基因序列,对木犀属19个种进行种间亲缘关系及系统分类学研究。结果表明:①木犀属植物叶绿体matK基因序列较为保守,特别表现在3′端;②木犀属植物是一单系类... 以流苏树属的流苏树,女贞属的女贞和木犀榄属的木犀榄作为外类群,利用叶绿体matK基因序列,对木犀属19个种进行种间亲缘关系及系统分类学研究。结果表明:①木犀属植物叶绿体matK基因序列较为保守,特别表现在3′端;②木犀属植物是一单系类群;③19种木犀属植物可以分为3个分支:香花木犀和华东木犀各单独聚为一个分支;其余聚为一个分支;其中美洲木犀、牛矢果和厚边木犀聚为一个亚分支,都属于圆锥花序组;木犀组的红柄木犀、毛木犀、石山桂、狭叶木犀和管花木犀组的山桂花5种植物聚为一个亚分支;其余的9种木犀组植物聚为一个亚分支;④经典的基于形态学的P.S.Green分类系统没有得到分子数据的支持,圆锥花序组聚在一起,而木犀组和管花木犀组之间的亲缘关系是交叉的。因此作者认为matK序列需要结合其他分子序列以及形态学指标进行综合分析,才能获得科学合理的木犀属分类系统。 展开更多
关键词 木犀属 MATk基因 系统发育分析
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拟单性木兰属近缘植物matK基因的序列分析 被引量:5
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作者 潘恒昶 施苏华 +2 位作者 金虹 黄椰林 张宏达 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 1999年第3期63-67,共5页
测定了木兰科(Magnoliaceae)拟单性木兰属(Parakmeria)等10种(11个样)植物的叶绿体DNAmatK基因部分序列(1039碱基对).最大同源性分析构建的系统树图建议:①拟单性木兰属与单性木兰属(... 测定了木兰科(Magnoliaceae)拟单性木兰属(Parakmeria)等10种(11个样)植物的叶绿体DNAmatK基因部分序列(1039碱基对).最大同源性分析构建的系统树图建议:①拟单性木兰属与单性木兰属(Kmeria)有极近的同源关系;②木兰属(Magnolia)的玉兰亚属(SubgenusYulania)与拟单性木兰属和单性木兰属关系亦很近,并形成1个单系分支;而木兰属的2个亚属,木兰亚属(SubgenusMagnolia)与玉兰亚属之间的关系却较远,木兰属内呈并系演化特征;③木兰亚属,木莲属(Manglietia)以及玉兰亚属、拟单性木兰属和单性木兰属所组成的分支形成一个单系分支.拟单性栏属、单性木兰属的系统位置。 展开更多
关键词 拟单性木兰属 木兰科 叶绿体 DNA MATk基因
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结直肠癌中K-ras基因突变的检测及其临床病理学意义 被引量:20
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作者 王璇 王建东 +3 位作者 罗春英 马恒辉 时姗姗 周晓军 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2013年第1期19-22,共4页
目的 K-ras基因在结直肠癌发生、发展中均有重要作用。K-ras野生型的患者对西妥昔单抗(Cetuximab,C225)敏感,而突变型者不敏感。文中探讨结直肠癌中K-ras基因突变情况及其临床病理学意义。方法从结直肠癌石蜡标本中提取基因组DNA,采用... 目的 K-ras基因在结直肠癌发生、发展中均有重要作用。K-ras野生型的患者对西妥昔单抗(Cetuximab,C225)敏感,而突变型者不敏感。文中探讨结直肠癌中K-ras基因突变情况及其临床病理学意义。方法从结直肠癌石蜡标本中提取基因组DNA,采用焦磷酸测序(pyrosequencing)法检测67例结直肠癌中K-ras基因的突变情况。结果 K-ras基因突变率为38.8%(26/67),发现6种突变类型,即第12密码子(GGT→GAT、GGT→GTT、GGT→TGT、GGT→AGT、GGT→GCT)突变和第13密码子(GGC→GAC)突变。K-ras基因突变57.7%发生在第12密码子的第2位碱基,最多见突变类型为(GGT→GAT)。女性患者K-ras基因突变率(57.7%)高于男性患者(26.8%),差异有统计学意义(P<0.05)。有淋巴结转移组K-ras基因突变率(58.8%)高于无淋巴结转移组(32.0%),差异有统计学意义(P<0.05)。K-ras基因突变与患者年龄、肿瘤位置、浸润深度、组织学类型及Dukes'分期无显著相关性(P>0.05)。结论焦磷酸测序可用于K-ras基因突变的快速检测;K-ras基因突变在女性结直肠癌患者及有淋巴结转移的患者中多见,可望成为判断结直肠癌预后的重要指标。 展开更多
关键词 焦磷酸测序 结直肠癌 k-RAS基因 突变
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