基于DNA甲基化的慢性乙型病毒性肝炎脾胃湿热证与肝郁脾虚证的KEGG通路富集分析

目的:观察慢性乙型病毒性肝炎(CHB)脾胃湿热证与肝郁脾虚证DNA甲基化差异位点基因在KEGG通路的富集情况。方法:纳入CHB脾胃湿热证7例,CHB肝郁脾虚证7例,健康对照者6例。采集受试者空腹静脉血5mL,及时分离血清提取DNA,采用Illumina BeadArray TM Infinium 850K甲基化芯片检测,筛选各组间对应KEGG数据库中的差异甲基化基因数及KEGG通路的富集情况。结果:与健康对照者比较,CHB组、CHB脾胃湿热证组、CHB肝郁脾虚证组及CHB两证候组间均有差异甲基化基因及KEGG通路的富集。CHB脾胃湿热证组主要涉及泛素介导的蛋白水解作用、肾脏上皮肾细胞癌等通路;CHB肝郁脾虚证组主要涉及类固醇生物合成、嘌呤代谢等通路。结论:CHB不同中医证候的差异甲基化基因涉及多条KEGG通路,且具有一定的趋向性。

基于通路扰动相似性建模的抗类风湿关节炎药对分子协同组合发现及机制分析

目的类风湿关节炎(Rheumatoid Arthritis,RA)是一种发生在滑膜关节及其他器官系统的慢性进行性自身免疫性疾病,中医药治疗类风湿关节炎历史悠久,积累了丰富的临床应用经验,药对是中医临床遣药组方常用的配伍形式,如何从分子机制角度深入探索和发现药对中的不同成分之间的协同组合机制,目前还没有较为有效的定量研究方法。方法通过GEO差异基因分析筛选RA关键基因,并整合已知RA疾病相关靶点信息,利用STRING构建RA疾病PPI网络;选取两种经典药对:独活-桑寄生、黄柏-苍术,使用TCMID、ETCM数据库收集并整理两种药对的主要化学成分,预测并识别出药对中所有成分作用的潜在RA靶点;同时,提出基于通络扰动相似性的建模方法,挖掘药对中具有协同治疗作用的中药小分子组合,并对所作用靶点集进行GO功能注释与KEGG通路富集分析。结果通过GEO差异基因分析及TTD、DrugBank数据库收集与整理,共得到555个与RA相关的靶点基因;通过靶点预测与识别,获得独活-桑寄生药对53个成分及其作用的52个潜在RA靶点,黄柏-苍术药对得到32个成分及28个靶点;利用基于通路扰动相似性的计算方法,发现了独活-桑寄生中15对、黄柏-苍术中17对具有协同性的小分子组合。结论本文提出的基于通路扰动相似性的计算方法,能够阐明有效中药成分在治疗RA中存在的通路协同组合特征,从一个全新角度揭示了中药药对配伍的内在机制和规律,为后续深入研究打下扎实的基础。

急性缺氧致小鼠脑血管平滑肌功能改变的转录组学分析

目的探讨小鼠脑血管平滑肌细胞(CVSMCs)在低气压缺氧脑损伤中的作用及其可能的发生机制。方法将雄性C57BL/6J小鼠随机分为平原组(Sham组)和高原组(HA组),每组10只。采用HE染色、免疫组织化学法、免疫荧光法、Western blotting观察各组小鼠脑损伤以及脑血管平滑肌功能变化情况。分离培养另20只C57BL/6J小鼠的原代CVSMCs并构建细胞缺氧模型。采用RNA-seq技术对缺氧组(Hypoxia组)和常氧对照组(Control组)的细胞进行转录组测序,筛选出差异表达基因(DEGs)后进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,并使用qRT-PCR对测序结果的准确性进行验证。结果模拟高原环境导致小鼠神经元损伤,并且这种损伤伴随脑血管平滑肌收缩功能改变;RNA-seq测序结果显示,Hypoxia组和Control组相比有511个DEGs(变化大于2倍;P<0.05),其中298个上调差异基因,213个下调差异基因。GO富集分析DEGs主要富集在线粒体结构功能以及糖代谢相关途径。在KEGG通路富集分析中,糖酵解/糖异生、氨基酸生物合成、RIG-I样受体信号通路较显著(P<0.05)。结论CVSMCs可通过改变能量代谢、物质代谢、信号传导等多个途径在低气压缺氧脑损伤中发挥作用。本研究为后续进一步研究CVSMCs在低气压缺氧脑损伤中的作用机制提供了新的方向和思路。

基于网络药理学探究玉屏风颗粒治疗小儿反复呼吸道感染的作用机制

目的基于网络药理学分析玉屏风颗粒(YPFG)治疗反复呼吸道感染(RRTI)的作用机制,为中医药诊治RRTI提供药理学基础。方法采用TCMSP数据库和SwissTargetPredication数据库筛选YPFG的活性成分和活性成分靶点。利用DisGeNET数据库、DrugBank数据库、GeneCards数据库和OMIM数据库获取RRTI所有致病靶点。构建药物-疾病靶点-化合物网络和蛋白-蛋白相互作用网络探索主要作用药物、化合物和靶点蛋白。采用GO富集分析和KEGG信号通路富集分析探索YPFG治疗RRTI的主要分子机制。结果经筛选得到YPFG发挥作用的3种主要活性成分为黄花菜木脂素A、白花前胡乙素和汉黄芩素,主要治疗靶点为SRC(SRC原癌基因,非受体酪氨酸激酶)和环氧化酶-2。富集分析显示磷酸化(生物过程)、细胞质核周区(细胞组成)、磷酸转移酶活性(分子功能)等是主要的GO富集条目;信号通路主要涉及肿瘤信号通路、松弛素信号通路、Th17信号通路等。结论YPFG主要通过参与肿瘤信号通路、松弛素信号通路、Th17信号通路等某些关键节点的信号转导来治疗RRTI。YPFG对多个信号通路产生直接或间接的影响,其有多组分、多靶点、多通道作用的特点。

基于网络药理学探讨三七治疗肝癌的作用机制

目的基于网络药理学、分子对接技术探究三七干预肝癌的潜在作用靶点及机制。方法采用网络药理学的方法,通过TCMSP、CNKI、PubMed筛选三七的活性成分;通过GeneCard、SwissTarget Prediction获取三七活性成分的作用靶标;采用Cytoscape软件对三七干预肝癌的成分与靶点进行可视化,得到药物-成分-靶点网络图,通过STRING网站构建蛋白相互作用(PPI)网络,再用R软件对三七干预肝癌的靶点基因进行GO功能富集和KEGG通路富集分析,最后采用分子对接技术对所得结果进行验证。结果根据生物利用度和类药性从三七成分中共筛选出7个有效成分和253个靶基因,GeneCards中得到与肝癌相关靶基因16964个,二者取交集得到161个三七干预肝癌有效靶点。经GO功能富集分析发现的基因与细胞因子活性、转录因子活性、核受体活性等功能有关,且经KEGG通路富集分析发现其与肿瘤、乙型肝炎、脂质和动脉粥样硬化等通路有关。分子对接结果发现,PPI网络中排名前3位的活性成分与排名前3位的核心靶点蛋白可自发结合,且具有较强的结合活性。结论三七防治肝癌的核心靶点为AKT1、白细胞介素-6等,其机制可能与MAPK信号通路、AKT信号通路等有关。

基于网络药理学探讨石菖蒲治疗血管性痴呆的作用机制

目的基于网络药理学探讨石菖蒲治疗血管性痴呆(VD)的作用机制。方法筛选石菖蒲的活性成分,构建石菖蒲活性成分—作用靶点网络和蛋白相互作用网络,对靶点涉及的生物功能和通路进行分析。结果从石菖蒲中筛选出3个活性成分,作用于25个血管性痴呆靶点,石菖蒲治疗VD的核心基因主要有CASP3、MAPK8、RELA、AR等。中药-疾病靶点涉及的GO功能共富集到77条生物过程,主要包括核受体活性、转录因子活性,直接配体调节的序列特异性DNA、类固醇激素受体、类固醇结合、RNA聚合酶II转录因子结合、RNA聚合酶II基础转录因子结合、谷胱甘肽结合等。中药-疾病靶点涉及的KEGG通路主要包括流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、 AGE-RAGE信号通路、调控TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路、NF-κB信号通路、MAPK号通路等。结论基于网络药理学探讨石菖蒲治疗血管性痴呆的作用机制,为临床治疗VD提供了一定的理论依据,也可为VD新型药物的开发提供方向。

基于网络药理学的阳和化岩汤治疗乳腺癌作用机制探讨

目的:通过网络药理学方法探讨阳和化岩汤治疗乳腺癌的作用机理。方法:运用中药成分数据库TCMID、中药系统药理学数据库和分析平台TCMSP、知网CNKI获取阳和化岩汤的药物主要成分及作用靶标基因,于DRUGBANK数据库中获取乳腺癌疾病相对应的靶标基因,获取两者相交集靶基因,运用网络可视化软件STRING构建蛋白质间相互作用网络,并将结果进行网络可视化展示,通过网络结构和节点间加权重联系的计算分析算法筛选出重要的关键基因。借助DAVID在线工具进行疾病药物交集靶基因的基因本体论(GO)分析和KEGG通路富集分析。最后利用Cytoscape软件构建阳和化岩汤治疗乳腺癌的'化合物—靶点—通路'网络图。结果:阳和化岩汤靶标基因与乳腺癌疾病靶标基因的交集基因有524个。GO分析结果显示,生物功能包括细胞表面受体连接的信号转导,G蛋白偶联受体蛋白信号通路,细胞内信号级联,第二信使介导的信号,调节细胞增殖维持稳态等,交集靶基因的细胞功能主要在于作用于细胞膜、细胞质及细胞外间隙等。交集靶基因的分子功能主要是相同蛋白结合、肽结合、蛋白质二聚化活性、趋化因子受体结合等。信号通路富集结果显示,阳和化岩汤与乳腺癌交集靶基因的网络主要涉及细胞因子—细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路、PI3K/Akt信号通路、T细胞受体信号通路、VEGF信号通路、Erb B信号通路等。结论:阳和化岩汤治疗乳腺癌是多靶点、多通路共同作用的过程,其机制多与调节肿瘤细胞增殖与凋亡通路相关。

阿尔茨海默病相关差异表达基因及其生物信息学分析

目的:为阿尔茨海默病(AD)发病机制的阐释、早期预防与诊断以及治疗靶点的筛选提供参考。方法:从美国国立生物技术信息中心公共数据平台基因表达数据库中下载基因芯片数据集GSE28146,使用GEO2R在线分析工具筛选出AD相关差异表达基因(DEGs);使用DAVID 6.8生物信息学资源数据库进行基因本体(GO)分析和KEGG通路富集分析;使用STRING数据库和Cytoscape 3.2.1软件进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析。结果与结论:筛选出AD相关DEGs共1478个,其中上调913个、下调565个。GO分析结果显示,DEGs主要分布于细胞质、膜、细胞外隙中,主要通过转录的正/负调节、核因子κB活性的正调节、Rho蛋白信号转导的调节、蛋白质磷酸化的调节等生物学过程以及蛋白质结合、DNA结合、转录因子活性(序列特异性DNA结合)等分子功能来诱导AD的发生。KEGG通路富集分析结果显示,DEGs显著富集于癌症途径、肺结核、破骨细胞分化、Janus激酶/信号传导及转录激活因子信号通路、叉头转录因子信号通路、EB病毒感染等信号通路上。DEGs编码蛋白的PPI网络含节点蛋白共1205个、边3931条;其中的关键核心基因为SOCS3、NEDD4、CBLB,可能是AD发生发展的潜在靶点。

miR-455-5p在上皮性卵巢癌中表达研究及其靶基因功能分析

目的研究miR-455-5p在上皮性卵巢癌中的表达情况,分析其表达对上皮性卵巢癌发生发展的影响。方法从GEO数据库中下载正常卵巢上皮组织与上皮性卵巢癌组织miRNA表达数据GSE83693,通过差异表达分析获得上皮性卵巢癌中miRNA差异表达数据,分析miR-455-5p在正常卵巢上皮与上皮性卵巢癌组织中的表达是否存在差异,应用qRT-PCR验证差异表达预测结果;应用生物信息学软件对miR-455-5p靶基因进行KEGG通路富集分析及GO基因功能注释,探究miR-455-5p表达失调在上皮性卵巢癌发生发展过程中的作用。结果筛选出明显差异表达miRNA 101例,34例表达上调,67例表达下调;其中miR-455-5p呈明显下调(P<0.01),差异倍数为-2.9019;qRT-PCR验证结果显示,上皮性卵巢癌细胞(SKOV-3,OVCAR-3,A2780)中miR-455-5p表达量明显低于正常卵巢上皮细胞(IOSE-80),差异均有统计学意义(P<0.05);KEGG通路富集分析结果显示,miR-455-5p调控的靶基因主要参与的通路共5个,包括有TGF-β信号通路,Hippo信号通路,ECM-受体相互作用,癌症中的转录失调通路,慢性粒细胞白血病,这些通路均与肿瘤相关。GO功能注释分析结果显示上述通路中miR-455-5p调控的靶基因主要参与蛋白质磷酸化,促进细胞增殖、迁移,抑制细胞凋亡,促进上皮-间充质转化,转录调节及调控细胞周期等与肿瘤发生相关的功能。结论 miR-455-5p在上皮性卵巢癌中表达下调,miR-455-5p靶基因参与上皮性卵巢癌肿瘤相关通路与功能,与上皮性卵巢癌发生发展相关。

miR-126对男性喉癌患者进展影响的生物信息学分析

目的通过预测分析miR-126的靶基因,为研究miR-126影响男性喉癌患者进程的作用机制提供理论支持。方法分析肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中miR-126对男性喉癌患者的具体影响,寻求miR-126影响男性喉癌患者的靶基因,通过DAVID数据库对有效靶基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果 miR-126高表达可提高男性喉癌患者总生存率(OS),且在正常组织中高表达;miR-126的58个靶基因中有7个(DNMT1、GRIN2B、L2HGDH、PIK3R2、PTPN7、SIRT1、TWF1)对生存有影响;GO富集分析发现有效靶基因参与异染色质形成和细胞代谢活动;KEGG通路富集分析发现PIK3R2、SIRT1主要通过AMPK和FoxO信号通路影响细胞代谢和凋亡过程。结论 miR-126可以提高男性喉癌患者的OS,这种作用可能是通过其靶基因调节细胞代谢及凋亡过程实现的。

基于网络药理学对人参抗脓毒症效应的分子机制研究

目的:基于网络药理学方法研究人参抗脓毒症的分子机制,为新药研发及中药人参的拓展应用提供理论依据。方法:通过中药系统药理数据库及分析平台(TCMSP)获取人参的有效成分及有效成分作用靶点;通过GeneCards、DrugBank和OMIM数据库预测脓毒症相关靶点,并运用Uniprot数据库规范靶点的基因名称,利用STRING平台进行蛋白质相互作用分析,然后采用Cytoscape3.7.2软件构建“有效成分-靶点-信号通路”相互作用网络,最后采用Metascape平台进行GO(Gene Ontology)生物功能分析和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集。结果:经筛选获得人参有效成分17种,人参-脓毒症交集靶点43个,其中核心靶点包括AKT1、TNF、CASP3、MAPK8、IL1B、PTGS2、JUN、ICAM1、NOS3、VCAM1、PPARG等。GO分析获得1064条生物过程(P<0.01),KEGG富集得到102条信号通路(P<0.01),其中直接与脓毒症相关的信号通路包括TNF、NF-κB、Th17细胞分化、IL-17以及Toll样受体等信号通路。结论:人参可能通过对物质代谢、信号转导、炎症反应等多靶点及多通路的调节从而发挥抗脓毒症效应。

胶质母细胞瘤差异表达基因的生物信息学分析

目的:应用生物信息学方法挖掘胶质母细胞瘤(GBM)的相关基因,进而探讨发病机制,为GBM临床诊断和靶向治疗提供理论依据。方法:从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库下载基因芯片数据集GSE4290和GSE15824,应用GEO2R筛选GBM的差异表达基因(DEGs)。采用DAVID数据库进行GO富集和KEGG通路富集分析,分别应用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络和关键基因模块,筛选GBM靶基因。进一步运用ONCOMINE数据库验证临床组织样本中靶基因与GBM的关系。结果:共筛选出76个DEGs,富集分析结果显示DEGs在血管生成的正调节、抗原的呈递和处理、信号转导、调节自噬等方面存在显著富集。共挖掘出POSTN、TAGLN、CALD1、EPCAM 4个GBM靶基因,经证实均在临床GBM组织样本中存在显著上调且靶基因的上调与患者的不良预后密切相关。结论:通过生物信息学共挖掘出4个与GBM显著相关的靶基因,可能是未来GBM发病机制、临床诊断、治疗的重要研究靶点。

腺性膀胱炎差异表达基因生物信息学分析及关键基因筛选

目的对腺性膀胱炎(CG)差异表达基因进行生物信息学分析,并筛选关键基因。方法自公共平台数据库内完成基因芯片数据集GSE11783的下载,借助在线分析软件GEO2R,完成CG相关差异表达基因的筛选;借助生物信息学资源数据库DAVID6.8,开展基因本体(GO)以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;借助数据库STRING以及软件Cytoscape 3.6.1,分析蛋白—蛋白互作(PPI)网络。结果筛选出CG相关差异表达基因共154个,其中上调74个、下调80个。GO分析发现,差异表达基因主要经由T细胞活化及免疫应答(IR)、细胞杀伤调控、淋巴细胞活化及IR、γ-干扰素生成的正调节、细胞杀伤正调节、辅助性T细胞分化正调控、促进辅助性T17(Th17)细胞分化、促进T细胞IR调控等生物学途径,实现对CG的成功诱发。经KEGG通路富集分析可知,差异表达基因显著富集于NOD样受体信号途径、自身免疫性甲状腺病变、细胞因子及其受体间互作、Th17细胞分化、Rap1信号途径、JAK-STAT信号途径、自然杀伤细胞主要参与的细胞毒性等。差异表达基因编码蛋白的PPI网络含节点蛋白共146个、边70条;其中的关键基因为CLEC7A和CD80,可能是CG发生发展的潜在靶点。结论CG样本中相关差异表达基因有154个,主要参与T细胞活化及免疫应答、淋巴细胞活化及免疫应答、NOD样受体、细胞因子—细胞因子相互作用等信号通路;CLEC7A与CD80为蛋白网络作用的关键基因,可能是CG发生发展的潜在靶点。

基于网络药理学探讨三叶糖脂清治疗2型糖尿病的作用机制

[目的]探讨三叶糖脂清片治疗2型糖尿病(T2DM)的作用机制。[方法]使用网络检索平台中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)的SYSDT运算确定三叶糖脂清的有效活性成分与相关靶点信息,使用Perl语言并结合Uniprot数据库,最终得到三叶糖脂清的基因靶点缩写。利用人类表型本体论(HPO)数据库和Genecard数据库检索T2DM相关靶基因。使用STRING数据库分析并结合Cytoscape 3.7.1软件绘制靶点蛋白互作网络(PPI),借助Perl语言转换为基因编号,利用R语言的Bioconducor程序包进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和基因功能分析(GO)富集分析。探讨三叶糖脂清的多重药理作用机制,为下一步实验验证奠定基础。[结果]通过网络参数分析确定了三叶糖脂清含有80个活性成分,对应82个生物靶点。通过Genecard和HPO数据库得到540个T2DM靶点,其中Genecard数据库中选取Score值大于30的靶点。两者对比提取重叠靶点,并与80个活性成分构建出“活性成分-靶点”网络。揭示了三叶糖脂清活性成分与T2DM靶点之间的相互作用,并对重叠靶点的蛋白互作网络(PPI)进行分析,明确药物影响疾病的关键靶点。此外,对重叠靶点进行KEGG通路富集分析和GO功能富集分析,探索了三叶糖脂清治疗T2DM的作用机制。[结论]三叶糖脂清治疗T2DM具有多成分、多靶点、多途径的特点,为进一步开展三叶糖脂清抗T2DM作用的分子机制研究提供了新思路和科学依据。

基于网络药理学探讨益母草-马齿苋治疗异常子宫出血的作用机制

本研究基于网络药理学方法预测益母草-马齿苋治疗异常子宫出血(AUB)的关键靶点并分析其潜在的作用机制。通过TCMSP数据库、《中药词典》以及相关文献获取益母草-马齿苋的中药成分及作用靶点,并对靶基因进行注释通过GeneCards和OMIM数据库对AUB的相关靶基因进行检索,运用Cytoscape软件与STRING数据库构建"中药-成分-疾病-靶点"调控网络和蛋白互作网络;通过Bioconductor软件对靶点的GO及KEGG通路进行富集分析利用AutoDock Vina对核心活性成分和核心蛋白靶点进行分子对接验证,PyMOL软件绘制对接结果图。结果表明以口服生物利用度(OB)和类药性(DL)为标准,并检索《中药词典》及相关文献最终从益母草-马齿苋中共筛选出19个有效成分,与疾病相对应的作用靶点共92个最终通过GO和KEGG富集分析获得相关基因通路,分子对接结果表明其核心活性成分与核心蛋白靶点之间具有较强的结合活性。本文初步得出益母草-马齿苋可能通过多成分多靶点发挥调控细胞增殖和凋亡、促进血管再生、抑制炎症反应和调节激素分泌等作用,对异常子宫出血起到相应的治疗作用。

驴骨素蛋白质组学研究

采用十二烷基磺酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis,SDS-PAGE)、二维电泳和基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(matrix assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF/TOF/MS)等技术手段揭示驴骨素蛋白的性质和组成,为具有特征生理活性的驴骨生物活性肽的深层次开发提供依据。结果表明,驴乳粉蛋白含量为47.82 g/100 g,分子量在10 kDa~250 kDa间呈弥散型分布,等电点均匀分布在4.5~6.5之间。通过与马科蛋白图库进行对比,检索出89种蛋白,对这些蛋白进行基因本体论(gene ontology,GO)分类和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)信号通路富集,发现这些蛋白参与间充质迁移、氨基酸刺激的细胞反应、核小体组装、视网膜稳态、软骨内骨形态发生中的软骨发育等生物过程,也参与血小板激活、黏附斑、蛋白质的消化与吸收等信号通路。

基于网络药理学探讨小青龙汤治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制

目的:利用网络药理学分析小青龙汤治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的作用机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索小青龙汤药物活性成分和靶点,绘制中药-化合物-靶基因网络,筛选关键化合物;利用GeneCards和人类孟德尔遗传数据库(OMIM)搜索COPD疾病基因;绘制韦恩图并获取药物-疾病共同基因;利用小青龙汤-慢阻肺药物疾病共同基因绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,根据网络关系选择核心基因;对核心基因分别进行基因本体(GO)功能注释和富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:挖掘得到小青龙汤中药活性成分137个,潜在作用靶点188个,慢性阻塞性肺疾病相关靶点6949个,小青龙汤-COPD共同靶点160个,主要富集于92个生物过程和49条信号通路上。结论:小青龙汤中多个药物含有山柰酚、槲皮素、(+)-儿茶素、豆甾醇、β-谷固醇等成分,可作用于AKT1、IL6、MAPK1、PTGS2、TP53等核心基因,调控氧化应激反应、血小板α-颗粒等生物过程,参与HIF-1、PI3K-AKT信号通路的调节,干预氧化应激反应和炎症反应等过程,产生抑制炎症反应、抗氧化应激的作用,进而通过上述过程参与COPD的炎症反应与氧化应激过程。

基于网络药理学研究淫羊藿治疗多囊卵巢综合征的作用机制

目的:基于网络药理学探讨淫羊藿治疗多囊卵巢综合征的靶点和机制。方法:中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选淫羊藿活性成分及靶基因,GeneCards数据库获取多囊卵巢综合征相关基因,Venny将淫羊藿靶基因与PCOS相关基因映射,Cytoscape3.2.1软件构建淫羊藿-成分-靶点-疾病网络,STRING10.5软件构建PPI网络互作图和Origin9.1软件对PPI网络中的前30位蛋白绘制条形图,最后使用David v 6.8数据库将淫羊藿治疗多囊卵巢综合征的共同靶点做GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。结果:共得到淫羊藿候选药效成分23个,涉及作用靶点106个,多囊卵巢综合征相关基因3739个,淫羊藿治疗多囊卵巢综合征的关键化合物21个,共同作用靶点67个。GO功能富集主要包含序列特异性DNA结合、转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等。KEGG富集通路主要有PI3K-AKt信号通路、TNF信号通路等72条。结论:筛选和分析淫羊藿治疗多囊卵巢综合征的作用机制,为后续进行深入研究提供了一定思路和参考。

探究附子与白附子治疗痹症网络机制的差异

目的:基于网络药理学策略探讨附子与白附子治疗痹症药效差异的原因。方法:应用中医药系统生物学数据和分析平台获取附子和白附子的化合物。以口服生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18来筛选活性成分,并预测相应靶标。以类风湿性关节炎为关键词,经人类基因数据库搜索、收集相应疾病靶标,随后产生附子、白附子抗类风湿性关节炎靶标。采用蛋白质相互作用数据库(String datebase)构建疾病靶标网络并分析其关键靶标。最后对附子、白附子抗类风湿性关节炎靶标进行KEGG通络富集分析。结果:附子与白附子的共同活性成分为谷甾醇。附子抗类风湿性关节炎的主要节点在于调控PTGS2和PTGS1。白附子抗类风湿性关节炎的主要节点在于调控BCL2、BAX、CASP9、JUN、CASP3、CASP8等凋亡相关蛋白。结论:附子与白附子治疗痹症网络机制的差异可能与附子抑制前列腺素代谢,白附子抑制前列腺素代谢和细胞凋亡相关信号通路有关。

小细胞肺癌差异表达基因的生物信息学分析

目的:应用生物信息学方法挖掘小细胞肺癌(small cell lung cancer, SCLC)的相关基因,探讨其发病机制,为SCLC诊断和治疗提供靶点。方法:从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中下载基因芯片数据集GSE43346和GSE6044,利用在线分析工具GEO2R筛选SCLC的差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)。应用DAVID数据库进行GO和KEGG通路富集分析,利用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络和关键基因模块,筛选SCLC关键基因。运用UCSC和ONCOMINE数据库中的临床组织样本验证靶基因与SCLC的关系。结果:初筛出114个DEGs,富集分析发现差异基因在细胞分裂、细胞周期、有丝分裂、DNA复制等方面存在显著富集。共筛选出12个SCLC靶基因,经临床SCLC组织样本验证关键基因在SCLC组织中存在显著高表达。其中FBXO5、NCAPG、GINS2、GMNN、MCM6、ESPL1、MCM2、NDC80、BUB1B、CCNB2基因可能是SCLC分子发病机制的新靶点。结论:通过生物信息学筛选出10个与SCLC相关的新靶点,表明其可能是未来研究SCLC发病机制、临床诊断和治疗的重要靶基因。