人KIAA0146基因及蛋白质的生物信息学分析

KIAA0146是同源重组修复蛋白质复合体BLM/RAD51的支架蛋白质。当前KIAA0146相关的实验研究非常少。本文采用生物信息学方法对KIAA0146基因及其蛋白质进行快速分析以期为其往后的实验研究提供线索。首先发现KIAA0146基因存在多个转录起始位点及启动子,且启动子(2 127~2 177 bp)和(3 127~3 177 bp)的侧翼各有2个Cp G岛。然后发现KIAA0146是亲水的不稳定蛋白质。由于未发现KIAA0146蛋白包含信号肽和跨膜区域,所以它可能既不是分泌蛋白质也不是跨膜蛋白质。但是KIAA0146可能是细胞核蛋白质,在其N端包含核定位信号"RARGSKRKR",而且构建的KIAA0146蛋白的三级结构提示它可能具有核酸结合结构域。最后发现RAD51、ATM、RAD51B、MRE11A、BLM、DNA2、RMI1、BRCA1、BRCA2和XRCC2可能与KIAA0146相互作用,而且KIAA0146可能通过与这10个蛋白质相互作用参与DNA损伤应答及修复、发育和细胞代谢调节等生物过程。总之,文中对KIAA0146基因结构及其蛋白质的亚细胞定位、三级结构和潜在的分子功能等进行了预测分析,为往后实验研究KIAA0146提供了重要的理论依据和新线索。

基于生物信息学数据库研究肿瘤组织细胞表达KIAA0146的机制及意义

KIAA0146通过直接参与细胞DNA损伤修复过程在肿瘤的发生及治疗中起重要作用.NF-κB通过调控其靶基因在肿瘤细胞DNA损伤修复中发挥作用.但是KIAA0146基因在肿瘤组织细胞中的表达情况以及NF-κB是否调控该基因表达至今并不清楚.文章发现:KIAA0146在宫颈癌细胞中显著高表达.在TNFα处理的淋巴母细胞检测中发现KIAA0146基因区内包含5个NF-κB结合区.在TNFα处理的宫颈癌细胞内检测发现KIAA0146基因区内包含12个富集倍数超过20的NF-κB结合峰.而且这些NF-κB结合峰内均包含NF-κB结合位点(κB位点).此发现表明,TNFα诱导NF-κB通过κB位点结合KIAA0146基因.文章还发现:在宫颈癌细胞内TNFα诱导NF-κB在转录水平上调KIAA0146及2个已知NF-κB靶基因(IL6和NFKBIA)的表达.而且NF-κB特异性抑制剂Bay11-7082阻止TNFα诱导NF-κB在转录水平上调KIAA0146和NFKBIA的表达.因此TNFα诱导NF-κB在转录水平上调KIAA0146的表达可能是该基因在宫颈癌中高表达的分子机制.文章最后发现,KIAA0146基因高表达的宫颈癌、膀胱癌、头颈鳞状细胞癌和肺腺癌患者五年生存率显著提高.