KIAA0319基因与汉族儿童阅读障碍的关联性研究

目的研究KIAA0319基因与汉族儿童发展性阅读障碍的关系,为疾病的筛查和干预提供依据。方法采用病例对照研究方法,选取汉族阅读障碍儿童168例,控制混杂因素后选择健康对照儿童168例,一次性口腔黏膜拭子采集DNA,利用多重SNP分型试剂盒对KIAA0319基因的4个SNPs位点(rs4504469、rs3212236、rs6935076、rs3756821)进行遗传多态性研究。结果KIAA0319基因位点rs6935076、rs3756821、rs3212236的等位基因频率和基因型频率在阅读障碍组和健康对照组之间的差异有统计学意义(P<0.05);经Bonferrion校正检验后,位点rs6935076的等位基因频率(P=0.023)、rs3756821的等位基因(P=0.015)和基因型频率(P=0.010)仍有显著差异;多个位点间的连锁分析形成1个单倍域,其中“CCC”和“TTT”单倍体与阅读障碍儿童具有显著关联(P<0.05)。结论KIAA0319基因是汉族儿童阅读障碍的遗传易感因素。

一株柯萨奇病毒A组4型云南株的全基因组分析

目的了解中国云南2022年分离到的一株柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CVA4)病毒株的全基因组序列特征,探讨CVA4系统发育特征。方法对CVA4分离株194R3/YN/CHN/2022进行全基因组序列扩增测序,并应用Mega 7.0、Geneious 9.1.4及Simplot 3.5.1等软件拼接比对,构建CVA4分离株系统进化树,分析其全基因组序列特征。结果194R3/YN/CHN/2022分离株为CVA4,属于C2基因亚型,与我国近年的优势基因亚型一致。重组分析显示,在P2、P3非结构编码区,CVA4病毒分离株可能与EVA114原型株V13-0285、CVA16原型株G-10、CVA14原型株G-14发生过重组。结论云南分离的194R3/YN/CHN/2022属于CVA4中国流行的C2基因亚型,但发生了一定变异。

KIAA0101调控胃癌细胞周期的相关基因筛选

目的筛选KIAA0101基因对细胞周期影响的相关基因。方法以RT-PCR方法分析胃癌组织相对于配对癌旁组织中KIAA0101基因表达量,利用DAVID数据库对差异基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,使用KEGG绘制通路图,将与KIAA0101表达模式相关的基因列表回带入TCGA cBioPortal进行基因之间相互网络作用的关系研究,并借由系统生成基因拓扑关系图。最后采用RT-PCR方法对候选基因进行筛选。结果癌组织中KIAA0101 mRNA表达水平为1.104±0.379,显著高于配对癌旁组织(0.421±0.172;P=0.0179)。系统通过汇总分析全部基因探针的表达强度,对来自478例组织中与KIAA0101相关的基因进行了筛选。GO功能分析显示差异基因主要富集在蛋白磷酸化、RNA加工、细胞周期、DNA代谢过程、蛋白质转运、乙酰化、细胞凋亡、蛋白质水解、氧化还原等功能。KIAA0101表达水平的改变主要影响的胃癌相关通路有:细胞周期、剪接体、DNA复制、p53信号转导通路等。KEGG通路图及基因拓扑图显示,BUB1B、MAD2L1、CDC45、CDK1、CCNE1、CCNB2等与KIAA0101相关的基因也与细胞周期相关,RT-PCR结果证实BUB1B、MAD2L、CDK1、CCNE1、CCNB2 mRNA表达水平显著高于配对癌旁组织(P<0.05),CDC45 mRNA表达水平无显著性差异(P>0.05)。结论 KIAA0101可能通过影响BUB1B、MAD2L1、CDK1、CCNE1、CCNB2表达产生对细胞周期的影响,这个结果可以为KIAA0101影响细胞周期的作用机制、肿瘤标志物的筛选和药物靶点的选择提供参考。

shRNA干扰A549细胞KIAA0101基因表达的初步研究

目的探讨小发卡RNA(small hairpin RNA,shRNA)真核表达质粒介导的RNA干扰技术对人肺腺癌A549细胞KIAA0101基因表达的抑制作用。方法应用pSIREN-RetroQ载体构建KIAA0101基因shRNA重组质粒,经脂质体法导入A549细胞,分别设置为空白对照组、阴性对照组、干扰A组和干扰B组,采用实时定量PCR法和免疫印迹(Western blot)法检测检测转染后细胞KIAA0101基因mRNA与表达蛋白质的变化,四唑盐(MTT)比色法测定各组干扰细胞活性。结果成功构建KIAA0101基因shRNA重组质粒,相对阴性对照组与空白对照组,干扰B组KIAA0101的mRNA与蛋白质表达水平均下降达70%(P≤0.05)以上,MTT法结果显示降低KIAA0101的表达可抑制肺癌细胞的生长活性。结论shRNA干扰质粒可以显著降低细胞内KIAA0101mRNA与蛋白质的表达水平,并且抑制癌细胞的生长活性,为该基因在肺癌中的深入研究奠定了基础。

荧光差异显示PCR克隆大鼠脑缺血相关基因KIAA0280

【目的】研究大鼠急性局灶性脑缺血时缺血组织与非缺血组织中基因表达的差异,克隆出与脑缺血相关的基因。【方法】应用荧光差异显示PCR(FDDPCR)从同一例大鼠大脑皮层缺血组织和非缺血组织中筛选出有表达差异的基因片段,经反向Northernblot杂交,将杂交阳性的片段且经RT-PCR反复验证,选取差异明显的片段进行克隆测序;经生物信息学分析处理,选取同源性低的EST片段R6,利用cDNA5'端快速扩增PCR(5'RACE法)进行基因全长的克隆。【结果】利用5'RACE法成功地克隆EST片段R6至编码区,扩增并获取全长4821bp及完整的可读框(ORF),RT-PCR及Northernblot印迹结果证实了克隆的结果,同源性分析发现该基因ORF与人大脑中已知的KIAA0280基因高度同源,同源性96%,编码166个氨基酸,为结构及功能未明确蛋白质,该基因定位于大鼠第11号染色体长臂(11q.13)。【结论】应用荧光差异显示PCR成功地自大鼠体内克隆到与人KIAA0280相似的基因,其在大鼠急性局灶性脑缺血中明显上调,该蛋白质结构及功能均未见报道及研究,其显著地差异表达提示其在脑缺血病理过程中具有重要作用。

KIAA0101基因在人非小细胞肺癌中的功能预测

目的应用生物信息学分析方法对肺癌组织中高表达的基因KIAA0101进行功能预测与分析。方法通过dChip软件对人肺癌基因表达谱数据集中癌旁组织与癌组织两组样本进行比较,筛选出与KIAA0101基因共表达的差异基因。运用DAVID、GO、STRING等生物信息学软件对筛选基因进行生物学功能分析,并通过GATHER转录因子预测软件预测该组基因的共同转录因子。结果与癌旁正常组织比较,肺癌组织中KIAA0101等9个基因表达水平升高两倍以上,并且具有相似表达变化趋势;转录因子预测发现该组多数基因启动子区含有转录因子E2F1结合位点。结论筛选出人非小细胞肺癌组织中与KIAA0101基因共表达的一组基因,其中BUB1B、CDC20、CCNB2等基因与细胞周期的调节密切相关,推测KIAA0101基因可能参与肺癌细胞周期的调节,并且该组基因转录水平表达升高可能受转录因子E2F1的调控。

人KIAA1173基因的克隆、转染及生物学特性的实验研究

目的建立表达KIAA1173基因的鼻咽癌6-10B细胞模型,并观察转染细胞的生物学活性。方法从新鲜肌肉组织中提取总RNA,采取逆转录PCR得到人KIAA1173基因cDNA。获得的人KIAA1173基因克隆到真核表达载体pcDNA3.1(+),进行酶切和序列鉴定。将重组质粒pcDNA3.1(+)-KIAA1173和空载体利用阳离子脂质体介导转入鼻咽癌6-10B细胞,经G418筛选阳性克隆。用RT-PCR、原位杂交及免疫细胞化学等方法检测KIAA1173基因在6-10B细胞中的稳定表达情况,并通过MTT法、肿瘤细胞侵袭实验及裸鼠体内成瘤性实验方法,检测KIAA1173基因对鼻咽癌细胞的增殖、侵袭及成瘤能力的影响。以空白质粒转染组作为对照。结果在mRNA和蛋白水平证实,转染细胞内有KIAA1173基因的高表达,表明细胞可表达人KIAA1173基因。6-10B在转染了pcDNA3.1(+)-KIAA1173后,较转染空载体pcDNA3.1(+),肿瘤细胞的增殖能力、侵袭能力及裸鼠体内成瘤能力明显降低(P<0.05)。结论结果提示KIAA1173基因可能是一鼻咽癌肿瘤抑制基因。获得生物学活性稳定的KIAA1173基因高表达的鼻咽癌细胞模型,为进一步研究奠定了基础。

KIAA1199基因与肿瘤关系的研究进展

KIAA1199基因是HUGE蛋白质数据库中KIAA基因家族中的重要成员,其表达主要通过遗传和表观遗传机制调控,参与细胞内信号通路转导,具有调节细胞生长、分化、凋亡、运动等生物学行为的重要功能。研究发现KIAA1199基因与肿瘤的发生发展关系十分密切,是一种促癌基因,在多种类型肿瘤中表达上调,尤其是结直肠癌、胃癌、乳腺癌等肿瘤中明显上调,并可促进肿瘤细胞的增殖、黏附、侵袭及迁移等活动,重建肿瘤细胞与周围细胞及细胞外基质的联系,促进EMT进程。同时,KIAA1199基因与Wnt/β-catennin信号通路关系密切,是该通路的重要靶基因,并且可反馈调节该通路中重要复合体水平。由此认为KIAA1199基因可通过上述一系列机制促进肿瘤发生发展。

KIAA1199基因在消化系统肿瘤中的作用

KIAA1199基因是HUGE数据库中的重要成员之一,通过表观遗传学等机制参与细胞内信号通路的转导,调控细胞生长、分化、凋亡、迁移等活动。近年研究发现,KIAA1199基因与肿瘤的发生、发展关系密切,在人类多种肿瘤尤其是消化系统肿瘤中的表达均异常升高,具有促进肿瘤细胞增殖、黏附、侵袭、迁移等作用。本文就KIAA1199基因在消化系统肿瘤中的作用作一综述。

表达人KIAA1173基因的鼻咽癌6-10B细胞模型的建立

目的建立表达人KIAA1173基因的鼻咽癌6-10B细胞模型,为探究人KIAA1173基因在鼻咽癌发病机制中的作用奠定实验基础。方法从新鲜肌肉组织中提取总RNA,采取逆转录PCR(RT-PCR)得到人KI-AA1173基因cDNA,纯化PCR产物,与真核表达载体pcDNA3.1(+)连接,转化,铺板,筛选阳性克隆,酶切鉴定并进行序列测定。将重组质粒pcDNA3.1(+)-KIAA1173和空载体利用阳离子脂质体介导转入鼻咽癌6-10B细胞,经G418筛选阳性克隆。用RT-PCR、原位杂交及免疫细胞化学方法检测KIAA1173基因在6-10B细胞中的稳定表达情况。以空白质粒转染组作为对照。结果重组质粒pcDNA3.1(+)-KIAA1173经酶切和DNA测序分析显示与GenBank所公布的相应序列相符,插入方向正确,阅读框架完整。转染KIAA1173基因的6-10B细胞阳性克隆在mRNA和蛋白水平证实,转染细胞内有该基因高表达,表明细胞可表达人KIAA1173基因。结论成功获得了人KIAA1173基因全长cDNA的基因克隆,将该基因导入鼻咽癌6-10B细胞后,获得生物学活性稳定的KIAA1173基因高表达的细胞模型。

KIAA基因家族的研究进展

人类基因组计划实施和完成过程中,不断地发现KIAA基因,这是一类新识别的大片段cDNA,可编码巨大蛋白质,而对巨大蛋白质的功能研究已经成为后基因组计划的一大主题。该文就KIAA基因家族数据库的建立、序列特征、功能分类、研究新进展作一综述。

心脏发育候选致病基因KIAA0196斑马鱼品系的建立及初步机制研究

目的:探究KIAA0196基因对心脏发育的影响及斑马鱼品系的建立。方法:提取先天性心脏病患者外周血和gDNA,采用拷贝数变异和靶向序列分析筛选出候选致病基因。用CRISPR/Cas9技术建立KIAA0196基因敲除斑马鱼品系。对野生型和突变型斑马鱼进行解剖和组织学染色,观察心脏形态、大小及环化方向等表型。结果:通过CRISPR/Cas9技术成功构建了斑马鱼KIAA0196基因敲除品系。受精后60h,突变个体(杂合子+纯合子)显微镜检查显示心包积液、心脏受压和尾部严重卷曲。突变型斑马鱼与野生型相比,心脏存在心房缩小,心室增大,心肌细胞更加松散等缺陷。结论:KIAA0196基因在心脏发育过程中起重要的调控作用,该基因可能为先天性心脏病的致病候选基因。

通过Crispr-cas9介导抑制KIAA0101基因可诱导肝癌细胞凋亡

目的构建肝癌细胞KIAA0101基因敲除的稳转株,研究抑制KIAA0101表达后肝癌细胞的细胞行为学改变。方法通过生物信息学筛选sgRNA,通过Crispr-cas9技术,构建抑制KIAA0101基因表达的sgRNA-cas9共转染慢病毒,并对KIAA0101基因敲除的实验组与空白对照组进行细胞增殖、凋亡、细胞周期及克隆形成实验。结果通过生物信息学筛选获得3条sgRNA,其中,sg1、sg3组具有明显的抑制KIAA0101基因表达的功能。通过crispr-cas9技术,获得了基于crispr-cas9技术介导的KIAA0101低表达的Huh-7肝癌细胞稳转株,结果显示,抑制KIAA0101基因表达后,相比对照组,实验组细胞增殖、迁移能力无显著变化,对细胞周期影响不显著(P>0.05),细胞凋亡率显著增加(P<0.05)。结论本研究通过Crispr-cas9技术,构建了Huh-7肝癌细胞KIAA0101基因敲除的稳转株,证实抑制KIAA0101基因表达后,Huh-7细胞凋亡显著增加。

人类起源的探索--2022年诺贝尔生理学或医学奖

北京时间2022年10月3日,瑞典斯德哥尔摩卡罗琳斯卡医学院宣布将2022年诺贝尔生理学或医学奖授予瑞典进化遗传学家斯万特•佩博(Svante Paabo),以表彰他在“关于已灭绝古人类基因组和人类进化方面的发现”中做出的杰出贡献。本文对斯万特•佩博的生平、科学贡献和意义加以介绍。

胶质瘤中BRAF基因异常的研究进展

BRAF是生长信号转导蛋白激酶RAF基因家族成员之一,调控丝裂原活化蛋白激酶/细胞外信号相关激酶通路,在细胞分裂、分化和发育中发挥重要作用。目前常见的BRAF基因异常包括BRAF基因突变和BRAF基因融合。近些年研究显示BRAF基因的异常改变可发生于多种胶质瘤类型,并且作为独特的分子遗传学特征为胶质瘤的诊断、预后及治疗提供重要依据。本文就BRAF基因在胶质瘤中的异常的形式、机制、检测以及临床诊治意义等研究进展做一综述。

视神经胶质瘤临床病理及BRAF基因融合特点分析

目的探讨视神经胶质瘤(optic pathway gliomas,OPG)的临床病理学特征及毛细胞型星形细胞瘤(pilocytic astrocytoma,PA)中KIAA1549-BRAF基因融合的表达及临床意义。方法收集40例OPG的临床病理资料,采用免疫组化EnVision两步法染色。应用FISH法检测KIAA1549-BRAF基因的融合,并复习相关文献。结果40例OPG中有36例为PA(WHOⅠ级),4例为OPG(WHOⅡ级)。36例PA镜下为双相型形态,部分伴黏液样变、微小囊性变、血管透明变及钙化等。4例OPG(WHOⅡ级)中,1例为毛细胞黏液型星形细胞瘤(pilomyxoid astrocytoma,PMA);1例为少突胶质细胞瘤;1例细胞密度及核质比高,Ki-67增殖指数约10%;1例病变范围广泛,肿瘤侵犯鞍上、视神经管及海绵窦。36例PA中有14例(38.9%)KIAA1549-BRAF基因融合阳性,22例(61.1%)阴性。Fisher确切概率法分析显示,KIAA1549-BRAF基因融合与患者年龄有相关性,其中年龄较小者(<10岁)阳性率较高(P=0.005)。KIAA1549-BRAF基因融合阳性与无瘤生存率无关(P=0.181)。4例OPG(WHOⅡ级)KIAA1549-BRAF基因融合阴性。结论OPG多发于儿童,大多为低级别胶质瘤,临床以PA多见。部分PA可发生KIAA1549-BRAF基因融合,年龄较小者基因融合阳性率较高;基因融合与患者预后无关。

筛选KIAA1456抑制卵巢癌细胞增殖的靶向lncRNAs

目的筛选KIAA1456抑制卵巢癌细胞增殖的靶向lncRNAs。方法细胞免疫荧光检测KIAA1456在卵巢癌细胞HO8910PM中的表达。用基因芯片技术检测过表达KIAA1456后的卵巢癌细胞HO8910PM,与对照HO8910PM卵巢癌细胞之间差异lncRNA基因表达谱,筛选出有明显差异的lncRNAs,并验证。构建KIAA1456-RNAi慢病毒载体,干扰卵巢癌细胞HO8910/PM中KIAA1456的表达,RT-q PCR和Western blot检测KIAA1456干扰效率。用RT-q PCR再次检测KIAA1456沉默后相关lncRNAs的表达变化。结果KIAA1456主要表达于HO8910PM细胞的细胞核。过表达KIAA1456后,表达相差1.2倍以上的lncRNA有654条,表现最显著的有下调的SSX8,上调的SNORD14D,SNORA26,lncRNA-ENST00000384488,PCR验证结果与芯片趋势一致。KIAA1456-RNAi慢病毒载体成功干扰了卵巢癌细胞HO8910PM中KIAA1456的表达,KIAA1456下调后,SSX8上调,SNORD14D,SNORA26,lncRNA-ENST00000384488下调。结论 KIAA1456可通过调节SSX8,SNORD14D,SNORA26,lncRNA-ENST00000384488等相关lncRNAs的表达,从而抑制卵巢癌细胞的增殖,为提高卵巢癌的诊断和治疗提供了一个新的靶点。

NEXMIF基因新发变异致West综合征患儿1例的临床及遗传学分析

目的:探讨1例NEXMIF基因变异所致West综合征患儿的临床特征及基因变异情况。方法:以1例2021年3月就诊于解放军总医院第一医学中心儿科的患儿作为研究对象。收集患儿的临床资料,对患儿及其父母进行全外显子组测序,对候选变异进行Sanger测序验证及致病性分析。总结患儿的治疗情况。结果:患儿为男性,出生4个月时无明显诱因出现成串痉挛发作,视频脑电图提示异常,高度失律,监测到数次成串痉挛发作。头颅磁共振成像提示额顶部脑外间隙增宽。查体发现患儿不会竖头、追听、追视,小头畸形,身高<1 SD,在当地医院诊断为West综合征,予泼尼松口服3个月后癫痫发作得到控制,调整为托吡酯片口服,已有7个月未发作。测序发现患儿携带NEXMIF基因c.982_c.983delTT(p.L328Dfs*23)新发无义变异。结论:对以严重发育落后甚至倒退为首发症状、癫痫发作难以控制且伴有异常面容的West综合征患儿,需警惕NEXMIF基因变异。基因检测有助于早期诊断及治疗。

柚皮苷中药单体调节miR-216a基因对结直肠癌细胞增殖和凋亡的影响研究

目的探讨柚皮苷中药单体靶向调节miR-216a基因对结直肠癌细胞增殖、凋亡的影响及机制。方法qRT-PCR检测三株结直肠癌细胞(SW620、LOVO和HCT116)miR-216a和KIAA1199基因mRNA表达,Western blotting检测KIAA1199蛋白表达。双荧光素酶报告基因实验检测KIAA1199-WT/MUT与miR-216a mimics共转染后的荧光素酶活性,qRT-PCR及Western blotting检测miR-216a mimics/inhibitor转染SW620细胞后KIAA1199基因mRNA及蛋白表达。MTT、流式细胞术分别检测miR-216a、靶向KIAA1199及柚皮苷(0.4 mmol/L、0.8 mmol/L和1.6 mmol/L)对SW620细胞活力、凋亡的影响。qRT-PCR检测柚皮苷对miR-216a基因和KIAA1199基因表达的影响,Western blotting检测柚皮苷对KIAA1199蛋白表达的影响。结果三株结直肠癌细胞miR-216a基因表达明显降低,KIAA1199基因mRNA及蛋白表达均明显升高(P<0.05)。选择SW620细胞作为研究对象。过表达miR-216a可明显抑制SW620细胞活力,促进细胞凋亡(P<0.05),同时过表达miR-216a和KIAA1199可减弱过表达miR-216a对SW620细胞活力和凋亡的影响。不同浓度柚皮苷均可抑制SW620细胞活力,促进细胞凋亡,上调miR-216a基因表达,下调KIAA1199基因表达,呈剂量依赖性(P<0.05)。结论柚皮苷中药单体可引起miR-216a表达水平改变进而调控KIAA1199表达,从而影响结直肠癌细胞增殖和凋亡。

KIAA1199和Ki67在胃癌组织中表达的相关性及其临床意义

目的分析胃癌(gastric cancer,GC)组织中KIAA1199和Ki67的表达及其与患者临床病理学特征及预后的关系,探讨KIAA1199在GC中的临床意义.方法回顾性分析2013年1月至2014年12月在武汉大学中南医院接受手术治疗的90例GC患者的组织和临床病理资料,通过免疫组织化学法检测KI-AA1199和Ki67在GC组织和癌旁正常组织中的表达情况,分析其表达水平与患者临床病理特征之间的关系,并采用Kaplan-Meier法和Cox回归模型探讨影响患者预后的相关因素.结果KIAA1199和Ki67在GC组织的表达均显著高于癌旁组织(P均<0.05),KIAA1199主要在胞浆中表达,而Ki67主要表达于胞核,两者的表达水平呈显著正相关(r=0.504,P<0.05).胃癌组织中KIAA1199的表达水平与肿瘤分化程度、淋巴结转移和TNM分期密切相关(P均<0.05),Ki67的表达水平与患者年龄、肿瘤分化程度和TNM分期显著相关(P均<0.05).生存分析显示,胃癌组织中KIAA1199的表达水平与患者的总生存期显著负相关(P<0.05),而Ki67的表达水平则与患者的预后无明显相关性(P>0.05).多元Cox回归分析显示KI-AA1199高表达是影响GC患者预后的独立因素(P<0.05).结论KIAA1199表达是影响GC患者预后的一个独立因素,在GC的术后预后评估方面具有潜在的临床应用价值.