基于KM-plotter分析STAT家族基因表达对乳腺癌预后价值

目的:研究信号传导及转录激活蛋白(STAT)家族基因表达对乳腺癌预后价值。方法:使用公开的在线生存分析网站KM-plotter数据库,对乳腺癌患者的总生存期(OS)与7个STAT基因的表达水平的相关性进行研究。结果:在所有乳腺癌患者中STAT3/4/5A/5B/6的高转录水平预示着更好的总生存期。结论:结合近年来国内外文献报道结果,认为STAT1/4/5A/5B/6可能是乳腺癌良好预后的生物标志物。

CCNB1在卵巢癌中的表达及意义

目的:探讨CCNB1在卵巢癌诊断和预后判断的作用。方法:通过Oncomine数据库分析并提取组织RNA,Real-time PCR法检测CCNB1在卵巢癌组织中的表达。通过在线数据库及分析工具"the Kaplan Meier plotter"(KM plotter)数据库的应用发掘CCNB1的预后价值。结果:Oncomine数据库中共有18个研究结果涉及正常卵巢组织和卵巢癌组织中的CCNB1的表达情况,全部显示CCNB1在卵巢癌中表达增高。本研究对9对配对的卵巢癌及其癌旁组织进行Real-time PCR,得到相同结果。在KM plotter数据库中的分析显示:无论是无进展生存期(PFS)或总生存期(OS),CCNB1 mRNA水平越高,卵巢癌患者的预后越差(HR>1,P<0.05)。且CCNB1 mRNA高水平在早于2期(包括2期)卵巢癌患者中提示预后较差,在晚于3期(包括3期)患者中CCNB1 mRNA水平与预后无明显相关性。结论:CCNB1在卵巢癌组织中表达升高,可作为提示预后差的卵巢癌的分子标记物。

FN1在胃癌组织和细胞中的表达及意义

目的:研究纤维连接蛋白1(fibronectin-1,FN1)在胃癌组织和细胞中的表达,探讨其与预后的关系。方法:利用Oncomine数据库挖掘FN1在胃癌组织中的表达;实时荧光定量聚合酶链反应检测FN1在人胃癌细胞系中的表达;利用Kaplan-Meier Plotter分析FN1表达水平与胃癌预后的关系。结果:Oncomine数据库分析FN1在多种肿瘤组织中表达增加,与胃正常组织相比,FN1在胃癌组织中表达增加,并具有统计学差异(P=1.41E-5)。FN1 mRNA在人胃癌细胞系SGC7901中表达水平增高,在胃癌组织中FN1蛋白表达增加。KM Plotter数据库分析结果显示FN1表达量与胃癌患者总体生存率存在相关性,即高表达FN1的患者总体生存率较差。结论:FN1在胃癌组织和细胞中的表达高于正常组织和细胞,是胃癌的危险因素,其表达水平越高预后越差。

GPX3在胃癌中的表达及临床意义

背景谷胱甘肽过氧化物酶3(glutathione peroxidase 3,GPX3)在胃癌(gastric cancer,GC)中低表达,但其表达与GC患者预后联系尚不明确.目的分析GPX3基因在GC中的表达模式及预后价值.方法首选,利用Oncomine数据库分析GPX3基因在GC及正常胃黏膜组织中的表达情况;利用KM Plotter数据库分析GPX3的表达对GC患者的预后进行分析.其次,运用TCGA数据集对GPX3的表达模式和预后价值进行验证.最后,通过免疫组织化学法检测含有90例胃腺癌及其癌旁组织的组织芯片对上述结果进一步验证.结果利用Oncomine数据库分析,发现GPX3基因在GC组中表达显著低于正常胃黏膜组织(P<0.05).利用KM Plotter数据库分析,发现GC组织中GPX3低表达与患者总体生存率显著相关(P<0.05).利用TCGA数据集对GPX3的表达模式和预后价值进行验证,提示GPX3低表达与患者GC患者总体生存率显著相关(P<0.05).通过对90例GC及其癌旁组织的组织芯片研究分析发现,GPX3在癌组织中显著低表达(P=0.037),GPX3低表达与患者的年龄、性别、肿瘤临床分期无关,但与GC患者总体生存率显著相关(HR=0.48,95%CI:0.28-0.85,P=0.019).结论GPX3在GC中呈低表达,且与预后显著相关.

核转运蛋白基因2的表达在皮肤恶性黑素瘤临床预后中的作用

目的:探讨核转运蛋白基因(karyopherin, KPNA)2在皮肤恶性黑素瘤临床预后中的作用。方法:应用GEO数据库数据分析,比较KPNA2 mRNA在正常皮肤组织、恶性黑素瘤中表达的差异,并进一步利用两种在线数据库进行生存分析,分析KPNA2 mRNA与皮肤恶性黑素瘤的预后之间的关系。结果:KPNA2 mRNA水平在正常皮损组织中明显要低于恶性黑素瘤组织,差异有统计学意义(P<0.05);同时生存分析显示KPNA2 mRNA表达水平与皮肤恶性黑素瘤的预后具有的显著相关性,其表达水平高则预后差(P<0.05)。结论:KPNA2与皮肤恶性黑素瘤临床预后密切相关,为皮肤恶性黑素瘤治疗提供潜在靶点。

Netrin-4在卵巢癌中的表达及其临床意义

目的:研究Netrin-4在卵巢癌中的表达情况及其临床意义。方法:利用CSIOVDB数据库分析Netrin-4在卵巢癌中的表达情况及其与肿瘤的分期、分级、EMT和对化疗敏感性的关系。利用KM plotter数据库分析Netrin-4表达与卵巢癌预后的关系。结果:Ⅰ期卵巢癌中Netrin-4表达量明显高于Ⅱ期、Ⅲ期和Ⅳ期,差异均有统计学意义(P<0.01),Ⅱ期、Ⅲ期及Ⅳ期比较无明显差异(P>0.05)。Spearman相关分析表明,Netrin-4表达量与EMT得分呈负相关(相关系数Rho=-0.149330,P<0.001)。化疗耐药卵巢癌患者的Netrin-4表达明显降低(P<0.01)。KM Plotter预后相关分析显示,Netrin-4低表达与卵巢癌的无进展生存率低(HR=0.75,P<0.01)和总生存率低相关(HR=0.81,P<0.05)。结论:Netrin-4表达与卵巢癌的恶性程度、分期、分级、EMT及患者的预后相关,可能作为卵巢癌治疗和预后相关的分子靶点。

CLDN11在肿瘤中的表达水平及临床预后价值研究

目的探讨claudin-11(CLDN11)在各种肿瘤中的表达水平及其与临床预后的相关性。方法采用ONCOMINE和UALCAN数据库分析CLDN11在肿瘤中的转录水平;利用KM-plotter数据库评估CLDN11对肿瘤的临床预后价值。结果综合ONCOMINE和UALCAN数据库分析表明:CLDN11在大多数肿瘤中是低表达的,尤其在乳腺癌、结直肠腺癌、肾癌、肺腺癌等肿瘤中。使用KM-plotter数据库进行临床预后分析表明:CLDN11在食管癌、头颈部鳞状细胞癌、肾乳头状细胞癌、胰腺癌、胃癌、子宫内膜癌、睾丸生殖细胞肿瘤的高表达水平,预示更差的无进展生存期;而在肝癌、肉瘤中则预示更好的无进展生存期。CLDN11在肾透明细胞癌、肾乳头状细胞癌、胃癌、甲状腺癌和子宫内膜癌中的高表达水平预示更差的总生存期,而在乳腺癌中则预示更好的总生存期。结论CLDN11能够作为多种肿瘤的预后指标,但是仍需要进一步的实验验证。

HOXB7基因在胃癌中的表达及预后价值

背景胃癌(gastric cancer, GC)是严重危害人体健康的恶性肿瘤,其发病率和死亡率分别占世界恶性肿瘤的第5位和第3位,因此,寻找GC治疗的新靶点和预后的新标志对改善患者预后至关重要.目前, HOXB7在GC中的表达及预后价值鲜有报道.目的分析HOXB7基因在GC中的表达模式及预后价值.方法利用Oncomine数据库分析HOXB7基因在GC及正常胃黏膜组织中的表达.利用KM Plotter数据库分析HOXB7表达与预后的关系.结果对Oncomine数据库中关于GC和正常胃黏膜组织HOXB7基因芯片数据集进行分析发现GC组织中HOXB7基因的表达显著高于正常胃黏膜组织,差异有统计学意义(P<0.05).进一步分析发现HOXB7基因在肠型GC和弥漫型GC中的表达均显著高于正常胃黏膜组织. KM Plotter数据库分析显示, GC组织中HOXB7高表达与患者总体生存率显著相关(P<0.05).且HOXB7高表达与不同亚型GC患者(Lauren亚型)总体生存率仍显著相关(P<0.05).结论 HOXB7的表达变化可能是正常胃黏膜上皮转变为GC的重要分子生物学事件,HOXB7或可作为GC预后的标志物.

KCNK5双孔钾通道蛋白在甲状腺乳头状癌中的表达及临床意义

目的检测KCNK5在甲状腺乳头状癌(PTC)组织中的表达,探讨其与临床病理特征及患者预后的相关性。方法应用免疫组织化学和Western bloting方法检测PTC组织及癌旁正常组织中KCNK5表达,分析其与PTC临床病理特征的关系,KM Plotter数据库分析KCNK5与PTC预后的关系。结果免疫组化结果显示KCNK5表达于PTC细胞的胞膜、核膜和胞质,癌旁正常组织阴性或弱阳性;Western blot和免疫组化半定量积分显示PTC组织中的KCNK5水平显著高于癌旁正常组织(P<0.05)。KCNK5表达与PTC患者的TNM分期、淋巴结转移密切相关(均P<0.05);多因素Logistic回归分析进一步证实KCNK5与淋巴结转移密切相关(P<0.05)。Kaplan-Meier分析显示KCNK5高表达患者生存率明显低于KCNK5低表达患者(P<0.01)。结论KCNK5与PTC患者淋巴结转移和预后密切相关,有望成为PTC评估预后的指标。

胃癌相关基因COL1A2、FN1、COL6A3预后分析

目的分析胃癌和癌旁组织差异表达基因,筛选出胃癌相关的关键基因,分析关键基因与胃癌预后的关系。方法利用NCBI(美国国立生物技术信息中心)公共数据平台GEO(Gene Expression Omnibus)中胃癌基因芯片数据GSE2685、GSE19826、GSE79973,采用GEO在线分析工具GEO2R分析数据,选取TOP250,输出差异表达基因,并通过在线生物信息学绘制韦恩图,获得共有差异基因;通过KM plotter数据库的应用分析COL1A2、FN1、 COL6A3与预后的关系。结果通过分析GSE2685、GSE19826、GSE79973芯片数据,共获得6个共表达基因,利用差异倍数作图,选取差异倍数在2倍以上的基因COL1A2、FN1、COL6A3进行分析,KM plotter数据库的分析显示COL1A2、FN1、COL6A3与胃癌的总生存期成负相关。结论 COL1A2、FN1、COL6A3在胃癌组织中表达高于癌旁组织,是胃癌的危险因素,其表达水平越高预后越差。

ATAD2在卵巢癌中表达及意义的现状分析

目的研究ATAD2在卵巢癌中的表达及预后评判价值。方法首先,通过Oncomine数据库探索ATAD2在卵巢癌中的表达变化;其次,应用在线数据库及分析工具"the KaplanM eier plotter"(KM plotter)数据库探索ATAD2在卵巢癌中的预后评判价值。结果 Oncomine数据库中共有391个涉及不同种类类型肿瘤的研究结果。其中有75个研究结果关于ATAD2表达差异有统计学意义(P<0.05),70个研究结果显示ATAD2的表达增高,5个研究结果显示ATAD2的表达降低。共有两个研究涉及ATAD2在卵巢癌和正常组织中的表达,共647个样本,显示ATAD2在卵巢癌中的表达较正常组织明显增高。另外,KM plotter数据库的分析显示ATAD2mRNA水平与卵巢癌患者的总生存期以及无进展生存期成负相关。结论 ATAD2 mRNA水平在卵巢癌组织中明显增高,并且是卵巢癌的危险因素,其水平越高预后越差。

ELF5在乳腺癌的表达及意义

目的研究E74-like factor 5 (ELF5)在乳腺癌的表达,探讨ELF5的表达与不同分型乳腺癌预后的关系。方法利用Oncomine数据库挖掘ELF5在乳腺癌组织中的表达;利用Kaplan-Meier Plotter分析ELF5表达水平与雌激素受体阳性/阴性表达乳腺癌生存的关系。结果 Oncomine数据库分析ELF5在乳腺癌中表达降低(P=8.29e^(-10));KM plotter数据库分析结果显示ELF5表达量与雌激素受体阳性表达的乳腺癌无复发生存(RFS)呈正相关,即高表达ELF5的患者无复发生存较高(P=0.008)。结论 ELF5在乳腺癌组织中表达低于癌旁正常组织,其表达水平越高预后越好。