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东方蜜蜂微孢子虫KRAB-A蛋白的分子特性及系统进化分析
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作者 叶亚萍 吴鹰 +6 位作者 钱加珺 赵浩东 吉挺 蔺哲广 徐细建 陈大福 郭睿 《安徽农业大学学报》 CAS CSCD 2023年第4期632-637,共6页
为明确KRAB-A的分子特性并进行东方蜜蜂微孢子虫与其他物种KRAB-A蛋白的系统进化分析,以期丰富KRAB-A的基本信息,使用NCBI数据库中的ORF工具预测KRAB-A蛋白的氨基酸序列。利用ExPASy网站上的相关软件预测和分析KRAB-A蛋白的亲水性、信... 为明确KRAB-A的分子特性并进行东方蜜蜂微孢子虫与其他物种KRAB-A蛋白的系统进化分析,以期丰富KRAB-A的基本信息,使用NCBI数据库中的ORF工具预测KRAB-A蛋白的氨基酸序列。利用ExPASy网站上的相关软件预测和分析KRAB-A蛋白的亲水性、信号肽、磷酸化位点、二级结构及三级结构。通过Mega11.0软件采用邻接法构建基于KRAB-A蛋白的系统进化树。结果显示,KRAB-A基因可编码1018个氨基酸;KRAB-A蛋白的分子式为C5314H8526N1522O1556S43,分子量约为120.00kDa,等电点为9.33,脂溶系数为79.20,亲水性为-0.75;KRAB-A含有41个丝氨酸、21个酪氨酸和16个苏氨酸磷酸化位点,1个H2C2模体,但不含有信号肽;KRAB-A含44.40%的α-螺旋,5.40%的β-转角,16.50%的延伸及33.69%的无规卷曲;蜜蜂微孢子虫的1个KRAB-A蛋白(NAPIS_ORF00138)与明球囊霉的2个KRAB-A蛋白(RCL2_000589200和RCL2_003114000)中存在与东方蜜蜂微孢子虫KRAB-A蛋白中相同的H2C2模体;东方蜜蜂微孢子虫KRAB-A(AAJ76_2380003054)与其姐妹种蜜蜂微孢子虫KRAB-A(NAPIS_ORF01514)聚为一支。研究结果明确了东方蜜蜂微孢子虫KRAB-A基因的分子特性,揭示KRAB-A可能是一种亲水性蛋白和胞内蛋白,东方蜜蜂微孢子虫KRAB-A(AAJ76_2380003054)与蜜蜂微孢子虫KRAB-A(NAPIS_ORF01514)间具有很高的保守性,为进一步的功能研究提供依据。 展开更多
关键词 东方蜜蜂微孢子虫 锌指蛋白krab-a结构域 krab-A基因 生物信息学分析
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哺乳动物锌指蛋白家族中KRAB功能域的进化
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作者 袁力赟 赵中明 丁国徽 《生物信息学》 2009年第3期202-206,211,共6页
KRAB锌指基因是哺乳动物中最大的转录调控因子家族,它的多数成员在基因组上成簇分布,具有五种不同的亚家族,在功能行使上承担着不同的作用。本文通过对人类、黑猩猩、小鼠、大鼠和狗五种哺乳动物全蛋白质组序列及mRNA组织表达谱分析,验... KRAB锌指基因是哺乳动物中最大的转录调控因子家族,它的多数成员在基因组上成簇分布,具有五种不同的亚家族,在功能行使上承担着不同的作用。本文通过对人类、黑猩猩、小鼠、大鼠和狗五种哺乳动物全蛋白质组序列及mRNA组织表达谱分析,验证了C2H2锌指结构在单个KRAB蛋白质中出现的数目多于一般锌指蛋白质;KRAB功能域在各物种中分布显著不同且与分化时间不成正比,这表明KRAB相关功能域多样性在灵长类进化过程中潜在的适应性进化。同时,提出KRAB亚家族进化的路线:即KRAB-Aa为起始家族,Ba由Aa直接演变形成,而Ca,blonga和XRCC三种亚型可能经过Ba或直接从Aa演变形成;此外,锌指结构在单个蛋白质中出现个数伴随KRAB功能域自身的进化路线逐渐递增,反映了KRAB功能域在形成新转录调控因子方面的积极作用。 展开更多
关键词 krab功能域 锌指基因 亚家族 进化
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一种特异识别SV40启动子的人工转录因子的构建 被引量:6
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作者 赵兴卉 朱旭东 +2 位作者 刘娟 饶相君 黄培堂 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第5期608-612,共5页
转录因子是真核表达调控中非常重要的一类反式作用因子 ,通常由DNA结合域与效应域两部分组成 ,而锌指结构是DNA结合域的常见组成单元。人工转录因子就是基于转录因子的这种结构特点 ,人为地选择针对特定序列的DNA结合域与具有特定作用... 转录因子是真核表达调控中非常重要的一类反式作用因子 ,通常由DNA结合域与效应域两部分组成 ,而锌指结构是DNA结合域的常见组成单元。人工转录因子就是基于转录因子的这种结构特点 ,人为地选择针对特定序列的DNA结合域与具有特定作用的效应域组合而成。利用噬菌体展示技术 ,筛选到与SV4 0启动子上 9bp序列特异结合的锌指结构 ,再连接KOX1的KRAB域构建了一种人工转录因子。转染实验表明它对SV4 0下游的报告基因的表达有很显著的抑制作用。 展开更多
关键词 SV40启动子 人工转录因子 锌指 真核表达调控
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KAPtain in charge of multiple missions: Emerging roles of KAP1 被引量:5
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作者 Chun-Ting Cheng Ching-Ying Kuo David K Ann 《World Journal of Biological Chemistry》 CAS 2014年第3期308-320,共13页
KAP1/TRIM28/TIF1β was identified nearly twenty years ago as a universal transcriptional co-repressor because it interacts with a large KRAB-containing zinc finger protein(KRAB-ZFP) transcription factor family. Many s... KAP1/TRIM28/TIF1β was identified nearly twenty years ago as a universal transcriptional co-repressor because it interacts with a large KRAB-containing zinc finger protein(KRAB-ZFP) transcription factor family. Many studies demonstrate that KAP1 affects gene expression by regulating the transcription of KRAB-ZFP-specific loci, trans-repressing as a transcriptional co-repressor or epigenetically modulating chromatin structure. Emerging evidence suggests that KAP1 also functions independent of gene regulation by serving as a SUMO/ubiquitin E3 ligase or signaling scaffold protein to mediate signal transduction. KAP1 is subjected to multiple post-translational modifications(PTMs), including serine/tyrosine phosphorylation, SUMOylation, and acetylation, which coordinately regulate KAP1 function and its protein abundance. KAP1 is involved in multiple aspects of cellular activities, including DNA damage response, virus replication, cytokine production and stem cell pluripotency. Moreover, knockout of KAP1 results in embryonic lethality, indicating that KAP1 is crucial for embryonic development and possibly impacts a wide-range of(patho)physiological manifestations. Indeed, studies from conditional knockout mouse models reveal that KAP1-deficiency significantly impairs vital physiological processes, such as immune maturation, stress vulnerability, hepatic metabolism, gamete development and erythropoiesis. In this review, we summarize and evaluate current literatures involving the biochemical and physiological functions of KAP1. In addition, increasing studies on the clinical relevance of KAP1 in cancer will also be discussed. 展开更多
关键词 krab domain-associated PROTEIN 1 TRANSCRIPTIONAL CO-REPRESSOR POST-TRANSLATIONAL modification CHROMATIN remodeling krab-containing zinc finger PROTEIN
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PRDM9 KRAB结构域在减数分裂DSB位点决定中的作用
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作者 丁健 林震 童明汉 《中国细胞生物学学报》 CAS CSCD 2023年第5期725-733,共9页
同源重组是减数分裂过程中的关键步骤,对确保同源染色体正确分离和遗传多样性都有重要意义。重组位点并非随机分布于基因组中,而是被限定在特殊区域,被称为重组热点。在大多数哺乳动物中减数分裂重组位点的决定是由PRDM9介导的。PRDM9... 同源重组是减数分裂过程中的关键步骤,对确保同源染色体正确分离和遗传多样性都有重要意义。重组位点并非随机分布于基因组中,而是被限定在特殊区域,被称为重组热点。在大多数哺乳动物中减数分裂重组位点的决定是由PRDM9介导的。PRDM9首先识别染色体上的特异结合序列,然后催化序列附近核小体的H3K4me3修饰,从而指导SPO11产生程序性的DNA双链断裂。PRDM9主要包括三个保守的结构域:锌指结构域,负责特异性DNA结合;PR/SET结构域,催化H3K4me3修饰;以及KRAB结构域,其功能目前尚不清楚。该研究发现PRDM9的KRAB结构域特异敲除小鼠表现为减数分裂前期I阻滞。在机制上, KRAB结构域特异敲除导致H3K4me3无法在重组热点上形成,继而导致DNA双链断裂产生于基因启动子区域而非重组热点区域。因此, KRAB结构域为PRDM9的组蛋白H3K4甲基转移酶活性所必需。 展开更多
关键词 减数分裂 同源重组 PRDM9 krab结构域
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