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基于Label-free技术的肝癌相关抗原KTN1蛋白质组学研究
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作者 潘剑 张瑶尧 +4 位作者 覃秋红 陈承晓 黄天明 黄荣师 罗国容 《广西医科大学学报》 CAS 2022年第7期1073-1079,共7页
目的:鉴定肝癌相关抗原KTN1相互作用蛋白,旨在筛选出与KTN1相结合的重要蛋白,为进一步研究KTN1在肝细胞癌(HCC)中发挥生物学功能的机制提供实验依据。方法:选取HCC细胞株Huh7、HepG2和正常肝细胞株WRL68为实验对象。RIPA法提取各组细胞... 目的:鉴定肝癌相关抗原KTN1相互作用蛋白,旨在筛选出与KTN1相结合的重要蛋白,为进一步研究KTN1在肝细胞癌(HCC)中发挥生物学功能的机制提供实验依据。方法:选取HCC细胞株Huh7、HepG2和正常肝细胞株WRL68为实验对象。RIPA法提取各组细胞的总蛋白,考马斯亮蓝染色鉴定蛋白质提取效果,Co-IP实验下拉KTN1蛋白结合蛋白并用Western blotting和蛋白质银染鉴定下拉效果。利用label-free技术对下拉蛋白质进行鉴定,采用ProteinPilot软件分析质谱的结果,采用Skyline软件对蛋白质进行定性和定量分析。利用生物信息学数据库对富集的蛋白质进行GO功能注释和KEGG通路注释分析。结果:考马斯亮蓝染色显示3种细胞的蛋白条带清晰可见。Western blotting和蛋白质银染鉴定Co-IP实验下拉的蛋白中可见KTN1蛋白条带,各组Co-IP富集后均可见10个以上的条带,而阴性对照IgG的泳道则没有蛋白条带或者极少的蛋白条带。Label-free技术共鉴定出29种KTN1结合蛋白,其中H2B1L、IGHG2、VSXL2、RS18、H32、SHRM3、CALL5、SIK3等8种蛋白仅在HCC细胞系Huh7样本中检出。GO分析显示Huh7细胞株中下拉20种KTN1结合蛋白富集于14个生物过程、11个细胞组分和7种分子功能。KEGG通路注释显示这20种蛋白主要富集于Alcoholism和Systemic lupus erythematosus两个通路。结论:在肝细胞癌株Huh7中鉴定出了20种KTN1蛋白结合蛋白,其中H2B1L、IGHG2、VSXL2可能共同参与了KTN1在HCC中的生物学作用。 展开更多
关键词 肝细胞癌 ktn1 免疫共沉淀 相互作用蛋白
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紫甘薯花色苷通过调控KTN1-AS1表达对肺癌细胞的增殖和凋亡的影响 被引量:2
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作者 范智彦 刘金菊 《食品与药品》 CAS 2021年第1期10-16,共7页
目的探讨紫甘薯花色苷对肺癌细胞增殖和凋亡的影响及作用机制。方法体外培养肺癌A549细胞,分为对照组、紫甘薯花色苷不同剂量(200,400,800μg/ml)组、si-NC组、si-KTN1-AS1组、紫甘薯花色苷800μg/ml+pc DNA组、紫甘薯花色苷800μg/ml+p... 目的探讨紫甘薯花色苷对肺癌细胞增殖和凋亡的影响及作用机制。方法体外培养肺癌A549细胞,分为对照组、紫甘薯花色苷不同剂量(200,400,800μg/ml)组、si-NC组、si-KTN1-AS1组、紫甘薯花色苷800μg/ml+pc DNA组、紫甘薯花色苷800μg/ml+pc DNA-KTN1-AS1组,细胞计数试剂盒-8(CCK-8)检测细胞增殖,流式细胞仪检测细胞凋亡,实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测细胞中KTN1-AS1表达水平,蛋白印迹法(Western blot)检测细胞周期蛋白D1(cyclin D1)、p21、B淋巴细胞瘤-2蛋白(Bcl-2)和B淋巴细胞瘤-2相关蛋白(Bax)表达水平。结果与对照组比较,紫甘薯花色苷不同剂量组细胞增殖抑制率、凋亡率及p21和Bax蛋白表达升高(P<0.05),cyclin D1和Bcl-2蛋白表达及KTN1-AS1表达降低(P<0.05),且呈剂量依赖性。与si-NC组比较,si-KTN1-AS1组细胞抑制率、凋亡率及p21和Bax蛋白表达升高(P<0.05),cyclin D1和Bcl-2蛋白表达降低(P<0.05)。与紫甘薯花色苷800μg/ml+pc DNA组比较,紫甘薯花色苷800μg/ml+pcDNA-KTN1-AS1组细胞抑制率、凋亡率及p21和Bax蛋白表达降低(P<0.05),KTN1-AS1及cyclin D1和Bcl-2蛋白表达升高(P<0.05)。结论紫甘薯花色苷可能通过下调KTN1-AS1表达抑制肺癌A549细胞增殖,并促进细胞凋亡。 展开更多
关键词 紫甘薯花色苷 肺癌 ktn1-AS1 细胞增殖 凋亡
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薯莨提取物通过KTN1反义RNA 1对食管癌细胞生物行为的影响 被引量:1
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作者 陈吉柏 范长玲 张浩 《安徽医药》 CAS 2022年第6期1084-1088,I0002,共6页
目的研究薯莨提取物是否影响食管癌细胞的生物学行为。方法自2019年1月至2020年1月,采用(10、20和30 mg/L)浓度的薯莨提取物处理食管癌Eca109细胞,分别记为薯莨-L组、薯莨-M组、薯莨-H组,另以未加薯莨提取物的Eca109细胞作为对照组。细... 目的研究薯莨提取物是否影响食管癌细胞的生物学行为。方法自2019年1月至2020年1月,采用(10、20和30 mg/L)浓度的薯莨提取物处理食管癌Eca109细胞,分别记为薯莨-L组、薯莨-M组、薯莨-H组,另以未加薯莨提取物的Eca109细胞作为对照组。细胞计数试剂盒8(CCK-8)测定细胞增殖,克隆形成实验分析细胞克隆能力,蛋白质印迹法检测周期素依赖激酶抑制剂p21(P21)、上皮钙黏素(E-cadherin)、基质金属蛋白酶-2(MMP-2)蛋白表达,Transwell分析细胞迁移、侵袭,实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)检测长链非编码RNA(lncRNA)KTN1反义RNA 1(KTN1-AS1)表达。在Eca109细胞中转染KTN1-AS1小干扰RNA(si-KTN1-AS1),或转染KTN1-AS1过表达质粒(pcDNA3.1-KTN1-AS1)并使用薯莨提取物处理,观察其对细胞增殖、迁移和侵袭的影响。结果与对照组相比,薯莨-L组、薯莨-M组、薯莨-H组Eca109细胞的抑制率[(1.06±0.21)%比(19.25±1.68)%比(38.57±3.69)%比(62.14±6.06)%]、P21、E-cadherin蛋白水平明显提高,细胞的克隆形成数、迁移细胞数[(142.00±11.59)比(121.00±11.07)比(94.00±9.26)比(73.00±7.15)]、侵袭细胞数[(81.00±8.03)比(67.00±6.21)比(50.00±5.04)比(37.00±3.56)]、MMP-2蛋白表达量、KTN1-AS1表达量显著减少(P<0.05),均呈浓度依赖性。抑制KTN1-AS1明显增加Eca109细胞的抑制率[(1.04±0.17)%比(47.81±4.55)%]、E-cadherin、P21蛋白表达量,显著降低迁移细胞数[(144.00±13.52)比(85.00±8.51)]、侵袭细胞数[(80.00±8.11)比(47.00±4.36)]、克隆形成数和MMP-2蛋白水平(P<0.05)。过表达KTN1-AS1能减弱薯莨提取物对食管癌细胞增殖、迁移、侵袭的抑制作用。结论薯莨提取物通过下调食管癌细胞中KTN1-AS1的表达,发挥抑制细胞增殖、迁移和侵袭的作用。 展开更多
关键词 薯蓣属 薯莨提取物 ktn1反义RNA 1 食管肿瘤 增殖 迁移 侵袭
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KTN1在肾透明细胞癌中的表达及临床意义
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作者 赵军 李丽媚 +3 位作者 张海山 周晓莹 郑倩 李萍 《广西医科大学学报》 CAS 2022年第10期1542-1549,共8页
目的:探索激动素1(KTN1)在肾透明细胞癌(KIRC)中的表达变化和临床意义。方法:利用TCGA数据库中533例KIRC组织以及72例正常对照组织转录组数据,分析KTN1在KIRC中mRNA表达变化,及其与患者临床病理指标的相关程度和生存时间的关联,并分析KT... 目的:探索激动素1(KTN1)在肾透明细胞癌(KIRC)中的表达变化和临床意义。方法:利用TCGA数据库中533例KIRC组织以及72例正常对照组织转录组数据,分析KTN1在KIRC中mRNA表达变化,及其与患者临床病理指标的相关程度和生存时间的关联,并分析KTN1 mRNA表达水平作为KIRC的诊断效能;利用GEO数据库对662例KIRC组织样本和268例正常对照组织样本进行KTN1 m RNA表达水平的meta分析;采用实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)检测KTN1在KIRC细胞系以及组织中的转录水平;利用UALCAN数据库分析KTN1蛋白表达水平及其启动子区甲基化修饰水平;GSEA软件用于通路富集。结果:与正常对照组织比较,KIRC中KTN1 mRNA表达降低(P<0.05)。TCGA数据库分析发现,在远处器官转移、淋巴结转移以及Ⅲ~Ⅳ期患者中KTN1 mRNA表达水平较低(均P<0.05)。生存分析显示KIRC患者中KTN1低表达组预后不良(P=0.008)。分别基于TCGA数据库和RT-qPCR结果绘制受试者工作特征曲线(ROC),发现曲线下面积(AUC)为分别为0.931(95%CI:0.894~0.948,P<0.001)和0.867(95%CI:0.727~1.000,P<0.001)。KIRC中KTN1启动子区域的甲基化水平高于正常对照组织(P<0.01),经5-aza-dC去甲基化处理后,KIRC细胞的KTN1 mRNA表达上调(P<0.01);通路富集结果发现KTN1与异体移植排斥反应、干扰素γ反应等22个通路有关。结论:在KIRC中KTN1因高甲基化导致转录失活,并提示患者的不良预后,KTN1可能是KIRC潜在的诊断和预后分子标志物。 展开更多
关键词 肾透明细胞癌 ktn1 诊断 预后 分子标志物
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转座子引起的猪ktn1基因结构变异及其与生产性能的关联分析 被引量:6
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作者 陈才 陈伟 +5 位作者 郑尧 顾浩 王伟 王宵燕 高波 宋成义 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期267-275,共9页
为探明转座子对猪的ktn1基因及其侧翼区结构变异的贡献,从全基因组测序(WGS)数据库中获取14个猪基因组中的ktn1基因序列和侧翼序列,通过ClustalX多序列比对和RepeatMasker转座子注释,全面解析转座子对ktn1的影响。通过PCR检测到一个SIN... 为探明转座子对猪的ktn1基因及其侧翼区结构变异的贡献,从全基因组测序(WGS)数据库中获取14个猪基因组中的ktn1基因序列和侧翼序列,通过ClustalX多序列比对和RepeatMasker转座子注释,全面解析转座子对ktn1的影响。通过PCR检测到一个SINEA1转座子插入多态,在苏姜猪群体中与相关性状进行关联分析。结果显示,ktn1基因及其侧翼区中含有至少77个转座子片段,其中绝大部分(98.70%)为SINE类转座子,并鉴定到9个小结构变异和4个由转座子引起的大结构变异,表明转座子是基因变异的重要来源。其中一个SINEA1插入多态引起的结构变异,在不同品种中呈现丰富的多态性,且无插入个体(SINE-/-)苏姜猪的断奶窝重((64.20±10.6) kg)比纯合有插入个体(SINE+/+)((74.14±9.0) kg)和杂合有插入个体(SINE+/-)((69.71±7.7) kg)轻(P<0.05),表明基于转座子插入多态研发分子标记具有可行性,提示转座子插入多态分子标记在分子辅助育种中具有较强的应用潜力。 展开更多
关键词 转座子 插入多态 结构变异 ktn1基因 关联分析
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IQ67 DOMAIN protein 21 is critical for indentation formation in pavement cell morphogenesis
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作者 Xinhua Feng Shujuan Pan +9 位作者 Haifu Tu Junjie Huang Chuanlei Xiao Xin Shen Lei You Xinyan Zhao Yongqiang Chen Danyun Xu Xiaolu Qu Honghong Hu 《Journal of Integrative Plant Biology》 SCIE CAS CSCD 2023年第3期721-738,共18页
In plants, cortical microtubules anchor to the plasma membrane in arrays and play important roles in cell shape. However, the molecular mechanism of microtubule binding proteins, which connect the plasma membrane and ... In plants, cortical microtubules anchor to the plasma membrane in arrays and play important roles in cell shape. However, the molecular mechanism of microtubule binding proteins, which connect the plasma membrane and cortical microtubules in cell morphology remains largely unknown. Here, we report that a plasma membrane and microtubule duallocalized IQ67 domain protein, IQD21, is critical for cotyledon pavement cell(PC) morphogenesis in Arabidopsis. iqd21 mutation caused increased indentation width, decreased lobe length, and similar lobe number of PCs, whereas IQD21 overexpression had a different effect on cotyledon PC shape. Weak overexpression led to increased lobe number, decreased indentation width, and similar lobe length, while moderate or great overexpression resulted in decreased lobe number, indentation width, and lobe length of PCs. Live-cell observations revealed that IQD21 accumulation at indentation regions correlates with lobe initiation and outgrowth during PC development. Cell biological and genetic approaches revealed that IQD21 promotes transfacial microtubules anchoring to the plasma membrane via its polybasic sites and bundling at the indentation regions in both periclinal and anticlinal walls. IQD21 controls cortical microtubule organization mainly through promoting Katanin 1-mediated microtubule severing during PC interdigitation. These findings provide the genetic evidence that transfacial microtubule arrays play a determinant role in lobe formation, and the insight into the molecular mechanism of IQD21 in transfacial microtubule organization at indentations and puzzle-shaped PC development. 展开更多
关键词 IQD21 ktn1 lobe outgrowth pavement cell interdigitation transfacial microtubules
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